이유
1. 처분 개요 청구법인은 건설업을 영위하는 법인으로 OO광역시 북구 OO동 OOOOO 외 1필지 대지 1,404㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ’89.5월 458,686,800원에 취득하여 ’89.7.15 청구외 OOO에게 1,458,600,000원에 양도하는 것으로 계약(잔금지급 약정일 ’89.11.16)을 체결한 사실이 있다. 처분청은 청구외 OOO가 청구법인으로부터 쟁점토지를 양수하면서 토지대금의 잔금을 청산한 날이 ’89.11.16이라 하여 쟁점토지가 위 OOO에게 양도된 것으로 보아 ’94.12.16 청구법인에게 ’89.1.1 ～ ’89.12.31 사업년도분 법인세 881,932,340원(특별부가세 381,444,850원 포함) 및 동 방위세 133,061,600원을 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’95.2.14 심사청구를 거쳐 ’95.5.23 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 청구외 OOO와 ’89.7.15 쟁점토지에 대한 매매계약을 1,458,600,000원에 체결하면서 동일자로 계약금 150,000,000원을 받고 ’89.11.16 잔금 1,308,600,000원을 받았으나 그 중 100,000,000원은 OOO로부터 쟁점토지상의 건축물공사대금의 선수금으로 하기로 하고 나머지를 토지대금으로 계산한 것으로서, 이와 같이 쟁점토지대금중 100,000,000원은 건물을 신축하여 명도시 받기로 한 것이고, 현재까지도 건물이 명도되지 않아 쟁점토지의 잔금청산이 이루어지지 아니하여 쟁점토지의 경우 청구외 OOO에게 양도된 상태가 아니므로 이에 대하여 법인세를 부과한 처분은 잘못이다. 나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점토지와 지상건물을 신축하여 함께 양도하는 조건으로 양도하였고, 쟁점토지대금의 잔금중 100,000,000원을 건물의 선수금으로 대체하는 변경매매계약서를 작성하였던 바, 현재까지 동 토지와 건물의 잔금청산이 이루어지지 아니하였으므로 과세가 부당하다고 주장하나, ① 매매계약서상의 당초 잔금지급약정일(’89.11.16)에 토지대금의 잔금을 청구외 OOO가 지급하고 청구법인이 발급한 영수증에 의하여 확인되고 있고, ② 쟁점토지대금의 잔금지급 후 동 토지의 분할측량 결과 면적이 축소되어 정산금 57,900,000원을 매수자 OOO에게 되돌려 준 사실이 영수증에 의하여 확인되는 점, ③ 청구외 OOO와 쟁점토지상에 빌딩신축공사 도급계약을 ’91.7.1자로 체결한 사실이 있음을 종합해 볼 때, 건물신축 도급계약은 쟁점토지와는 별도로 한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이고, 쟁점토지는 ’89.11.16에 잔금청산이 이루어진 것이라 할 것이므로 처분청이 이 건 법인세 등을 과세한 것은 달리 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건은 청구법인의 소유인 쟁점토지가 ’89.11.16 청구외 OOO에게 양도된 것으로 볼 수 있는지 여부에 다툼이 있다. 나. 관련 법령 법인세법 제17조 제3항에서 내국법인이 토지 등 자산을 양도함으로써 생긴 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업년도로 한다고 규정하고 있고, 동법 제59조의 2 제4항 및 동법 시행령 제124조의 2 제11항에서 토지 등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 소득세법 시행령 제53조 의 규정을 준용한다고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 이 건 과세경위 등을 보면 청구법인과 쟁점토지 매수계약을 체결한 청구외 OOO가 청구법인 측에서 쟁점토지 양도대금(1,458,600,000원)을 ’89.11.16 모두 수령하고도 쟁점토지양도에 대한 법인세 신고를 하지 아니하였다고 처분청에 제보함에 따라 과세하게 된 것이고, 한편 쟁점토지에 대한 등기상 소유권 이전은 쟁점토지 지상의 건물신축공사와 관련한 위 거래당사자들간의 다툼으로 현재까지 OOO에게 이전되지 아니하였다. (2) 청구법인과 청구외 OOO간에 ’89.7.15 체결한 쟁점토지에 대한 매매계약 내용을 보면, 총 거래대금을 1,458,600,000원으로 하고 계약금 150,000,000원과 잔금 1,308,600,000원을 각각 지급하는 것으로 되어 있고, 청구법인이 위 대금을 OOO로 부터 수령한 날짜를 보면 ’89.7.15 계약금 150,000,000원과 ’89.11.16 잔금 1,308,600,000원을 각각 받았음이 청구법인의 대표이사 OOO이 위 OOO에게 작성 교부하여 준 영수증과 처분청에서 위 거래와 관련하여 조사한 금융자료(OO은행 및 OO은행 발행 수표 23매)에 의해 확인된다. (3) 쟁점토지를 청구법인으로 부터 양수한 위 OOO가 쟁점토지 면적을 측량한 결과 당초 계약면적(424.7평)보다 17.3평이 부족하여 청구법인측에서 ’90.11.12 동 부족면적에 해당하는 금액인 57,900,000원 상당액을 OOO에게 지급한 사실도 있었음이 OOO가 청구법인에게 작성 교부하여 준 영수증에 의해 알 수 있다. (4) 청구법인은 위 OOO로 부터 받은 쟁점토지 양도대금중 100,000,000원의 경우 쟁점토지상의 건물신축공사비에 대한 선수금으로 받은 것이므로 쟁점토지 양도의 잔금청산이 ’89.11.16 이루어진 것으로 볼 수 없다는 주장이나, 처분청에서 징취한 쟁점토지상의 건물신축에 관한 공사도급계약서를 보면 청구법인과 OOO간에 ’91.7.1 공사도급계약(도급금액 : 1,730,000,000원)을 체결한 것으로 되어 있어 쟁점토지의 잔금청산 약정일인 ’89.11.16로 부터 상당기간(20개월)이 지난 후에 건물공사계약을 한 사실이 있는 점 등으로 미루어 보면 청구주장을 신빙성 있는 것으로 보기 어렵다. (5) 청구법인과 위 OOO간에 쟁점토지의 지상건물 공사비 지급관계 등으로 다툼이 발생하여 ’93.1.21 위 OOO가 청구법인을 상대로 쟁점토지에 대한 소유권 이전등기 청구소송을 제기하였는데 OO지방법원에서 청구법인에 대하여 한 판결(93가합 1293, ’94.7.21)을 보면, 청구법인은 OOO에게 쟁점토지에 관하여 ’89.7.15 매매를 원인으로 한 소유권 이전등기 절차를 이행하라는 원고(OOO) 승소판결을 하여 동 판결은 ’94.8.19 확정되었는 바, 이와 같이 위 OOO가 청구법인에게 ’89.11.16 쟁점토지의 잔금(1,308,600,000원)을 모두 지급하여 쟁점토지에 대한 소유권을 인정받게 된 것임을 알 수 있다. 위 사실들을 종합하여 보면, 청구법인이 청구외 OOO에게 쟁점토지를 양도하면서 현재까지 등기상 소유권을 이전하지 아니하였다 하여도 그 잔금을 ’89.11.16 지급받은 것으로 인정되므로 처분청이 쟁점토지 양도에 대하여 ’89사업년도 귀속분 법인세를 과세함은 정당하다 할 것이다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.