이유
1. 처분개요 청구인은 92.5.18 부동산 임대업을 영위하기 위해 사업자등록을 하고 서울특별시 강남구 OO동 OOOO에 건물 540.99㎡를 92.7.8 신축하였고 94.12.20 927.65㎡의 건물을 증축(이하 당초건물과 증축건물을 “쟁점건물”이라 한다)에 따른 매입세액을 다음과 같이 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

과세기간

매입금액

매입세액

92.1기

94.2기

218,000,000원

271,000,000원

21,800,000원

26,691,670원

계

489,000,000원

48,491,670원

처분청은 청구인의 93년 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달(260,821원)된다하여 부가가치세법시행령 제74조의 2 제3항의 규정에 의하여 94.7.1부터 과세특례자로 유형 전환된 것으로 보아 이미 공제 받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 96.1.19 청구인에게 94년 제2기 부가가치세 39,359,650원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.2.27 심사청구를 거쳐 96.6.5 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 청구인은 처음부터 일반과세자로 사업자등록을 하여 세법상 일반과세자의 제반의무를 이행하여 왔고, 관할세무서로부터 부가가치세법시행령 제74조의 2 제2항에 의한 일반과세자에서 과세특례자로의 과세유형전환통지 및 사업자등록증의 교부를 받지 못하였으므로 청구인의 의사에 반한 처분청의 과세유형전환과 이에 따른 재고납부세액 등의 부과고지는 위법한 행정행위이므로 취소함이 타당하다. 나. 국세청장 의견 청구인의 93년 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달하고, 과세특례포기를 한 사실이 없으므로 94.7.1부터 과세특례로 유형 전환시켜 재고납부세액을 결정 고지한 처분은 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 일반과세자에서 과세특례자로의 유형전환시 처분청이 재고납부세액을 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다. 나. 관련법령 부가가치세법 제25조 제1항 및 같은 법 시행령 제74조 제1항 제1호의 규정에 하면 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가가 대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 3,600만원에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)에 대하여는 과세특례규정을 적용한다고 규정하고 있고, 같은 법 제30조 제1항 및 제2항에서 일반과세에 관한 규정을 적용 받고자 하는 과세특례자는 과세기간 개시 10일 전에 정부에 신고하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제74조의 2 제1항에서 과세특례의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각호의 금액에 미달되거나 그 이상 되는 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다고 규정하고 있고, 다만 신규로 사업을 개시하는 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다고 규정하고 있으며 부가가치세법 제26조의 2 (재고매입세액가산)에서는 일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의하여 납부세액에 가산하여야 한다고 규정하고 있다. 다. 사실 및 판단 (1) 청구인은 92.5.18 부동산 임대업을 영위하기 위해 사업자등록을 하고 쟁점건물을 신축하여 92.7.18 준공검사를 완료한 후 94.12.20 건물을 증축하고 쟁점건물의 신축 및 증축에 따른 매입세액 48,491,670원(92.1기분 21,800,000원, 94.2기분 26,691,670원)을 환급 받은 한편, 93년 1역년의 임대수입금액 신고금액은 260,821원이었음이 부가가치세 과세표준 및 세액신고서 등에 의하여 확인된다. (2) 일반과세자로 사업자등록을 하였으나 앞에서 본 부가가치세법 제25조 에서 규정한 과세특례의 기준에 해당되는 개인사업자가 된 경우에 일반과세자로 계속 적용 받기를 원하는 때에는 같은 법 제30조 제2항 및 같은 법 시행령 제78조 제1항의 규정에 의한 과세특례포기신고서를 소관세무서장에게 제출하여야 하며, 설사 청구인이 일반과세자로 부가가치세과세표준신고를 하였다거나, 사업자등록을 일반과세자로 검열 받은 사실이 있다하더라도 위 포기신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당연히 과세특례규정을 적용 받는 사업자로 과세유형이 전환된다고 보아야 할 것이다(대법원 판례 89누1469, 국심 92중189, 92.4.11 등 다수, 같은 뜻임). 위의 법령 및 사실관계를 종합하여 볼 때 청구인의 92년 제1기 및 제2기분의 공급대가가 36,000,000원에 미달하고, 앞에서 본 부가가치세법 제30조 제2항 및 같은 법 시행령 제78조 제1항에 규정한 과세특례포기신고서를 제출하지 아니한 사실에 대하여는 다툼이 없으므로 처분청이 이미 공제 받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 청구인에게 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 적법하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.