이유
1. 사실 및 처분개요

청구법인이 대도시내 공장을 지방으로 이전하고자 89.8.30 인천직할시 북구 OO동 OOOOO 소재 공장 건물 1,915㎡ 및 그 부수토지 6,163.3㎡(이하 “구공장”이라 한다)를 양도하고 경기도 김포군 통진면 OO리 OOOOO 소재 제1신공장(건물 960㎡ 및 부수토지 2,310㎡)을 90.2.25 시공하여 90.5.1 준공하여 사업을 개시하고, 경기도 김포군 대곳면 OO리 OOOOO 외 2필지 소재 제2신공장(건물 638.4㎡ 및 부수토지 4,021㎡)을 90.12.29 시공하여 92.2.19 준공하여 사업을 개시한 사실이 있다.

처분청은

조세감면규제법 제42조

(공장양도차익에 대한 법인세 등의 면제) 및 같은 법 시행령 제36조 제2항의 규정에 의하여 「구공장」의 양도차익에 대한 법인세 등을 면제하였다가 제1신공장은 구공장 양도일로부터 1년 이내 시공하고 시공일로부터 2년 이내 준공하여 감면요건에 충족되나 제2신공장은 구공장 양도일(89.8.30)로부터 1년이 경과된 90.12.29 시공하여 위 같은 법 시행령 제36조 제5항 소정의 감면요건에 충족되지 못한다 하여 구공장 감면세액 중 제2신공장 해당세액을 추징하여 93.7.1 청구법인에게 ’90사업년도(1.1～12.31) 법인세 498,683,520원(특별부가세 258,894,230원 포함)을 과세하였다.

청구법인은 이에 불복하여 93.8.26 심사청구를 거쳐 93.12.1 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 공장을 지방으로 이전코자 인천직할시 소재 구공장을 양도하고 김포군 통진면 소재 제1신공장 부지를 취득하였으나 김포군 통진면이 개발유도권역으로 수도권

정비계획법 제13조

에 의해 일정한 규모(1,000㎡)이상의 공장 신·증설이 불가함을 알고, 부득이 제2신공장 부지를 추가 취득하여 공장을 신축하게 되어 구공장을 2개의 신공장으로 분리하여 이전하게 되었는 바,

청구법인과 같이 행정규제에 의하여 부득이 2개의 신공장을 신설하여 이전하는 경우

조세감면규제법 제42조

같은 법 시행령 제36조 제5항의 감면요건(1년 이내 시공, 2년 이내 준공)을 적용, 판단함에 있어 2개의 신공장을 합하여 1개의 공장단위로 봄이 타당하므로 구공장 양도일로부터 1년 이내에 제1신공장을 시공하였고 제1신공장 시공일로부터 2년 이내에 제2신공장까지 준공하였으니 제2신공장도 감면요건을 충족한 것으로 보아야 한다.

나. 국세청장 의견

조세감면규제법 시행령 제36조

제5항의 감면요건은 신공장별로 각 적용, 판단함이 타당하고, 청구법인은 제2신공장을 구공장 양도일로부터 1년이 경과된 90.12.29 시공하였으므로 처분청이 이 부분 감면세액을 추징함은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

대도시 내의 단일공장을 양도하고 지방 여러 곳에 신공장을 신축하여 분산, 이전한 경우 그 감면요건을 판정함에 있어 각 신공장별로 판정함이 타당한지 또는 지방 여러 곳의 신공장들을 하나의 공장단위로 보아 판정함이 타당한지 여부

나. 관계법령

(1)

조세감면규제법 제42조

제1항에서 “대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득과 국가·지방자치단체로부터 지급받는 이전보상금에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 법인세를 면제한다”고 규정하고 있고, 그 제2항에서 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있으며,

(2) 같은 법 시행령 제36조 제3항 제2호 및 제5항에서 구공장을 먼저 양도하고 공장을 이전하는 경우에 지방에서 공장을 신설하는 때에는 구공장의 양도일로부터 1년 이내에 시공하고, 시공일로부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시하여야 하며, 기존공장을 취득하는 때에는 구공장의 양도일로부터 1년 이내에 공장을 취득하여 사업을 개시하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제7항에서 “법 제42조의 규정에 의하여 법인세·특별부가세를 면제받은 내국인이 제5항의 규정에 의하여 공장을 시공하지 아니하거나 이를 취득하여 사업을 개시하지 아니한 때에는 그 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있어 같은 법 시행령 제36조 제5항 소정의 선양도 후 이전하는 경우의 감면요건은 구공장양도일로부터 1년 이내 시공하여야 하는 시공요건과 시공일로부터 2년 이내에 준공하여야 하는 준공요건을 모두 충족하여야 하는 것으로 풀이된다(국세청예규 법인22601-2314, 89.6.27 같은 뜻).

(3) 대도시 내의 단일공장을 지방의 여러 곳에 공장을 신설하여 분할·이전하는 경우 위 감면요건의 충족여부는 분할·이전하는 각 신공장별로 구분하여 판정함이 타당하고 이와 달리 여러 곳의 신공장들을 합하여 1개의 공장단위로 보아 판정하게 되면 지방 여러 곳의 신공장들 중 어느 한 곳의 공장준공일이 최초로 시공한 공장의 시공일로부터 2년이 경과하는 경우 각 공장전체가 감면대상에서 제외되는 불합리한 결과를 초래하게 되는 점에서도 각 신공장별로 구분하여 감면요건의 충족여부를 판정함이 타당하다고 풀이된다(조세감면규제법 기본통칙 2-12-20...42 같은 뜻임).

다. 제2신공장이 감면요건을 충족하였는지

청구법인이 89.8.30 구공장을 양도하고 제1신공장을 구공장양도일로부터 1년 이내에 시공하고 그 시공일로부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시하였으나 제2신공장은 구공장 양도일로부터 1년이 경과한 90.12.29 시공하여

조세감면규제법 시행령 제35조

제5항 소정의 감면요건을 충족치 못하였으므로 처분청이 구공장양도차익에 대하여 감면한 세액 중 제2신공장 해당분 상당세액을 위 같은 조 제7항 제1호의 규정에 의하여 추징한 데 잘못이 없다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.