이유
1. 원처분개요 청구법인은 88.4.8부터 89.6.17까지 OO시 중구 OO동 OOOOOO 소재 대지 2,169㎡ 지상에 지상5층 건물 6,113.6㎡(이하 “전체건물”이라 한다)를 신축하여 면세사업인 금융증권업을 영위하다가 90.3.30 쟁점건물중 150평을 OOOO보험(주) OO지점에 임대하였다가 91.7.24 5·8 비업무용부동산 매각조치에 따라 OO공사를 대리인으로 하여 전체건물중 4층 전체면적 1,166.79㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 청구외 OOOO공업(주)에 양도하고 부가가치세를 무신고하였다. 처분청은 당초 국세청의 감사지적에 따라 95.12.16 청구법인의 쟁점건물 양도에 대한 부가가치세를 과세함에 있어서 전체건물에 대한 매입세액 368,979,829원중 쟁점건물에 해당되는 것으로 안분계산한 매입세액 70,438,250원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 과세하였다가 부산지방국세청의 처분청에 대한 감사시 쟁점매입세액의 부과제척기간이 도과되었다는 지적에 따라 쟁점매입세액을 불공제하고 쟁점건물의 공급에 대한 매출 과세표준을 282,877,091원으로 안분계산하여 96.10.8 청구법인에게 91년 제2기분 부가가치세 32,470,840원을 경정결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.11.28 심사청구를 거쳐 97.3.17 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 면세사업인 금융증권업을 영위하는 회사이고 쟁점건물을 면세사업에 사용하다 양도하였으므로 쟁점건물 양도에 대하여 부가가치세를 과세함은 부당하고, 설령 부가가치세를 과세한다 할지라도 쟁점건물에 대한 매출세액에서 쟁점매입세액을 공제하여야 한다. 나. 국세청장 의견 처분청이 95.12.16 쟁점건물 양도에 대한 부가가치세를 과세하면서 쟁점매입세액을 공제한 처분은 쟁점매입세액의 부과제척기간이 94.7.25에 만료되어 당연무효인 처분에 해당되므로 쟁점매입세액공제를 배제하고 과세한 당초 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 ① 청구법인이 당초 면세사업에 사용하기 위하여 신축한 쟁점건물중 150평을 과세사업(부동산임대업)에 사용하던 중에 쟁점건물 전체를 양도한 것이 면세사업 관련 부수재화의 공급에 해당되는지 여부와 ② 청구법인이 쟁점건물을 양도한 것이 부가가치세가 과세되는 재화의 공급에 해당되는 경우에 부가가치세를 산정함에 있어서 쟁점매입세액공제를 배제한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 부가가치세법 제1조 제1항에서는 부가가치세 과세대상으로 재화 또는 용역의 공급을 규정하고 있고 같은조 제4항에서 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되는 것으로 규정하고 있으며, 같은법 제12조 제1항 제10호 및 같은법 시행령 제33조 제1항 제2호에서는 부가가치세가 면제되는 재화와 용역으로 금융·보험용역중 증권업을 규정하고 있으며, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 제5호에서 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액과 사업자등록전 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액으로 각각 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 88.4.8-89.6.17까지 전체건물을 신축하여(전체건물에 관련된 매입세액은 368,979,829원임) 전체를 증권업에 사용하다가 90.3.30 쟁점건물중 150평을 청구외 OOOO보험(주) OO지점에 임대보증금 30,000,000원, 월 임대료 2,250,000원에 임대하는 중인 91.7.24 쟁점건물을 양도한 사실에는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. (2) 청구법인은 증권업을 영위하는 면세사업자이고 쟁점건물 또한 면세사업에 사용하던 고정자산이므로 쟁점건물 양도에 대하여 부가가치세를 면세하여야 한다고 주장하나, 쟁점건물중 청구법인이 청구외 OOOO보험(주)에 임대한 150평에 대하여는 청구법인이 금융증권업이라는 면세사업에 사용하다가 부동산임대업이라는 과세사업에 전용하여 사용(청구법인은 90.1.1 사업자등록증에 부동산임대업을 추가)하던 중 91.7.24 이를 양도하였으므로 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되었던 쟁점건물 공급에 대하여 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제1항의 규정에 의하여 과세표준을 안분계산하여 과세한 당초 처분은 정당한 것으로 판단되고, (3) 예비적 청구로서 청구법인은 쟁점건물의 공급이 부가가치세가 과세되는 재화의 공급에 해당되는 경우에도 쟁점건물의 공급으로 인하여 발생한 매출세액에서 쟁점매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 쟁점매입세액은 청구법인이 88.4.8-89.6.17까지 면세사업용 자산인 전체건물을 신축하면서 발생한 면세사업 관련 매입세액이므로 매출세액에서 공제될 수 없을 뿐만 아니라 청구법인이 전체건물을 신축한 이후에 쟁점건물 중 일부를 부동산임대업에 공하게 됨으로써 면세사업과 과세사업을 겸하게 되는 경우에도 쟁점매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제5호에서 규정한 등록전 매입세액에 해당되고 쟁점매입세액과 쟁점건물의 양도로 인하여 발생한 매출세액은 서로 과세기간이 달라서 이 건 매출세액에서 공제되지 아니하는 매출세액으로 보는 결론은 동일하다 할 것이므로 쟁점매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다. 라. 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.