이유
1. 사실 청구인은 서울특별시 영등포구 OO동 OOOOOOO에 주소를 두고 있는 사람으로서 82.10.11 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 대지 595.8평방미터(총 1,249평방미터중 청구인 지분 48%, 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 청구외 OOO외 4인으로부터 OOO과 공동 취득하여 88.2.26 학교법인 OO OOO에 양도한 사실에 대하여, 처분청은 이 건 양도상대방이 법인이므로 실지거래가액이 확인되어 취득가액은 144,008,006원으로, 양도가액은 576,184,453원으로 하여 88.11.2 양도소득세 54,337,310원 및 동방위세 10,867,460원을 결정고지하자 이에 불복하여 88.12.30 심사청구를 거쳐 89.5.1 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 청구인은 82.10.11 쟁점 부동산 총 1,249평방미터(청구인 지분 595평방미터)를 604,640,000원(청구인 지분 288,016,012원)에 취득하여 88.2.26 청구외 학교법인 OOOOO에 1,209,600,000원(청구인 지분 576,184,453원)에 양도하였는데 처분청이 청구인 지분 취득가액을 144,008,006원으로 인정하여 결과적으로 양도차익이 과다 계산되었는바, 처분청이 채택한 취득가액은 당시 양도자인 OOO 등의 요구에 의하여 부득이 사실과 다르게 재작성한 계약서상의 금액이므로, 실지거래가액인 604,640,000원(청구인 지분 288,016,012원)을 취득가액으로 하여 양도차익을 결정하여야 하며, 위 실지거래가액을 인정하지 아니할 경우에도 실지 양도가액에 의하여 환산한 가액을 취득가액으로 채택하는 것이 정당한다는 주장이다. 3. 국세청장 의견 청구인은 쟁점부동산의 취득당시 실지거래가액이 604,640,000원이라고 주장하나 전 소유자 OOO이 302,320,000원이라고 확인(88.8.29)한바 있고 매매를 중개하였던 청구외 OOO도 302,320,000원이라고 88.8.18자 확인서를 통하여 진술한 사실 등에 비추어 볼 때 처분청이 쟁점 부동산의 실지 취득가액을 302,320,000원(청구인 지분 : 144,008,006원)이라고 본 것은 정당하다는 의견이다. 4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 청구인의 불복 청구시에 제시하고 있는 매매계약서상의 취득가액을 실지거래가액으로 인정할 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다 할 것이다. 5. 심리 및 판단 먼저 이 건 양도소득세 과세 경위를 보면, 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 82.10.11 청구외 OOO외 4인으로부터 청구외 OOO과 공동 취득하여 88.2.26 학교법인 OOOOO에 양도하고 88.3.31자로 양도가액은 실지거래가액 576,184,453원으로, 취득가액은 환산가액 272,335,958원으로 하여 자산양도차익 예정신고하고 양도소득세 및 방위세 126,423,024원을 납부한데 대하여, 처분청은 전 소유자 OOO으로부터 징취한 취득시 부동산 매매계약서상의 실지거래가액 144,008,006원을 취득가액으로, 양도가액은 학교법인 OOOOO의 매매계약서상의 가액 576,184,453원으로 하여 양도차익을 계산하고, 이 건 양도소득세를 과세하였음이 처분청이 제출한 양도소득세 결정결의서 등 관계서류에 의하여 확인되고 있다. 다음으로 청구인은 처분청이 취득가액을 결정함에 있어 과세근거로 삼은 취득당시 매매계약서는 사실과 다르게 작성된 서류일뿐 자신이 제시하고 있는 실지매매계약서상의 거래금액 288,016,012원을 취득가액으로 결정함이 타당하며, 설사 위 두가지 계약서를 모두 인정할 수 없다면 실지 취득가액의 확인이 불가능할 경우로 보아 취득가액은 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호 다목 및 동법 시행규칙 제56조의 5 제5항 제1호의 규정에 의하여 양도당시의 실지거래가액을 기준으로 환산한 가액을 취득가액으로 결정함이 타당하다고 주장하고 있는바, 처분청은 이 건 부동산의 전 소유자인 청구외 OOO의 확인서(88.8.29)와 부동산 매매계약서, 부동산 중개업자인 청구외 OOO의 확인서(88.11.18)등에 의거 실지 취득가액을 144,008,006원으로 하여 양도차익을 결정하였으며, 이 건 부동산 취득당시 거래상대방인이 전시한 OOO의 경위서(89.4)에 의하면 “실지 양도가액은 288,016,012원(총거래가액 604,640,000원중 48%지분 평당 160만원)이나 본인의 사정(상속세 관계)에 의해 실지거래금액의 2분의 1에 해당하는 144,008,006원(총 거래가액 302,320,000원중 48%지분 평당 80만원)으로 된 이른바 다운 계약서를 작성하여 보관하던 중 처분청의 조사에 의해 위 계약서가 제시되어 처분청이 이를 과세근거로 삼았다”고 진술하고 있는바, 이 두가지 계약서를 비교하여 보면, 처분청이 과세근거로 삼은 계약서상 계약일이 82.8.24이며, 취득가액은 평당 80만원, 지번은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO로 기재되어 있고, 계약서 내용중 매매조건등 단서 규정이 형식적으로 기재되어 있는데 비하여, 청구인이 이 건 불복 청구시에 진실한 계약서라고 주장하면서 제시하고 있는 매매계약서를 보면 계약일은 82.8.24로 상호 일치하나 취득가액이 평당 160만원이고, 물건 소재지는 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO으로 되어 있으며, 계약서상 날인된 인장도 인감도장이고 계약조건을 명시한 단서 규정이 구체적으로 약정되어 있음이 확인되고 있다. 살피건대, 첫째, 쟁점 부동산은 82.11.9자 구획정리로 지번이 변경되어 쟁점 부동산 계약일인 82.8.24 현재에는 그 지번이 강남구 OO동 OOOOOO으로 되어 있었던 사실이 토지 대장등본에 의하여 확인되고 있으나 처분청이 과세근거로 삼은 매매계약서상에는 물건소재지가 변경후의 지번인 강남구 OO동 OOOOOO로 되어 있는 점과 계약서상의 단서 규정 내용·날인도장 등에 비추어 볼 때 과세 근거로 한 계약서를 진실한 것이라고 보기는 어렵다 할 것이다. 둘째, 청구인은 후일에 대비하여 이 건 과세(88.10.17) 1년전인 87.10.20에 위 OOO으로부터 “쟁점 부동산을 평당 160만원에 양도하였다”는 확인서와 인감증명서를 받아 이를 거증으로 제시하고 있으며, 셋째, 처분청이 부동산 중개업장인 청구외 OOO에게 실지 취득가액을 확인받은 것은 인정되나 확인시점이 청구인이 심사청구를 제기한 날(88.11.11) 이후인 88.11.18이었으며 동인은 그 3일후인 88.11.21 지병으로 사망한 사실이 확인되고 있어 사망직전 병원에서 진술했다는 정황을 감안할 때 진실된 사실을 입증하였다고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 청구인이 이 건 불복청구시에 제시하는 매매계약서는 처분청이 과세근거로 한 계약서에 비할 때 진실성이 있는 것으로 보이나 취득가액에 대한 금융자료 등 객관적이고도 명백한 증빙제시가 없는한 청구인이 제시하는 매매계약서상의 가액도 진실한 실지거래가액이라고 보기는 어렵다 하겠다. 그렇다면 이 건의 경우 양도가액은 법인과의 거래로서 실지거래가액이 확인되나 실지취득가액의 확인은 위의 심리내용과 같이 불가능하므로 소득세법 시행령 제10조 제1항과 제115조 제1항 제1호 다목 및 동법 시행규칙 제56조의 5 제5항 제1호의 규정에 의하여 실지 양도가액을 기준으로 환산한 가액을 취득가액으로 하여 양도차익을 계산하고 양도소득세 및 동 방위세를 과세하는 것이 타당할 것으로 판단된다. 6. 결론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.