이유
1. 청구인 주장 청구인은 서울시 용산구 OO동 OOOOOO OOO에 주소를 둔 사람으로서, 처분청이 89.11.1 청구인에게 결정고지한 89년도 수시분 양도소득세 38,854,380원 및 동방위세 10,781,320원에 대하여, 청구인이 용인군 기흥읍 OO리 OOOO등 전·답·임야 21필지 134,667평방미터를 87.11.9 청구외 주식회사 OOO화학에 양도하고 87.12.31 양도가액은 실지거래가액, 취득가액은 환산한 가액으로 양도차익을 계산하여 자산양도차익 예정신고, 납부한데 대하여, 처분청은 소득세법 제70조 제8항의 규정에 의거 종합소득세율을 적용하여 경정 결정하였는바, 양도소득세율과 종합소득세율에 의한 비교과세에 있어서는 거래단위별, 자산별, 보유년수별로 각기 구분하여 계산하여야 함에도 거래단위 및 보유년수가 상이한 이 건의 경우 처분청이 가중평균보유년수를 구하여 각 보유년수별 양도소득금액을 합산하여 종합소득세율에 의한 세액을 일괄계산한 당초 처분은 부당하다는 주장이다. 2. 국세청장 의견 당해년도의 양도차익 예정신고를 2회이상 하는 경우에는 소득세법 제97조 제2항의 규정에 따라 제2회이후 신고하는 양도차익의 합계액에 의하여 계산한 것이며 재무부예규(조법 1264-560, 84.5.26)에서도 같은 내용을 규정하고 있는바, 이 건의 경우 각 자산의 양도차익은 합산하고 보유기간은 양도차익 비율에 따른 평균치에 의하여 처분청이 계산하였음은 정당하다는 의견이다. 3. 쟁점 거래단위 및 보유년수가 상이한 쟁점 양도자산에 대하여 각 자산의 양도차익은 합산하고 보유기간은 양도차익 비율에 따른 평균치에 의거 계산, 과세한 당초 처분의 당부에 있다 하겠다. 4. 심리 및 판단 이 건 처분경위를 보면, 청구인은 쟁점 부동산을 83년 11월부터 87년 4월까지 사이에 취득하여 87.11.9 주식회사 OOO화학에 양도한 후 , 87.12.31 자산양도차익 예정신고(양도가액: 실지거래가액, 취득가액: 환산가액, 일부 :기준시가)를 필하였으나, 처분청은 88.2 청구인의 당초 신고에 대하여 당해 년도에 발생한 양도차익을 합산하고 보유기간은 양도차익의 비율에 따른 평균치에 의거 계산한후, 종합소득세율을 적용, 경정하였다가 89.4 다시 기준시가로 신고 한 것에 대하여도 경정, 고지하였으며, 이후 89.11.1 결정내용에 착오(기납부세액 공제)가 있어 재경정, 결정하였음을 알 수 있고, 이에 대하여 청구인은 양도소득세율과 종합소득세율의 비교 과세시 거래단위별 및 보유기간별로 각각 계산, 과세하여야 함에도 위와 같이 과세한 것은 부당하다는 주장이므로 이를 살펴본다. 소득세법 제70조 제3항 본문에서 “거주자의 양도소득에 대한 소득세는 당해년도의 양도소득 과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다”고 규정하면서, 동조 동항 제1호 내지 제3호에서 자산의 종류, 등기여부, 보유기간등에 따라 양도소득세율을 각각 “양도소득 과세표준의 100분의 40”, “양도소득 과세표준의 100분의 50”, “양도소득 과세표준의 100분의 75”등으로 규정하고 있고, 동조 제8항에서 제3항의 양도소득 산출세액이 양도소득 과세표준을 보유년수로 나눈 금액에 종합소득세율을 적용하여 계산한 금액에 대하여 보유년수를 곱한 금액보다 적은 경우에는 종합소득세율에 의한 세액을 양도소득산출세액으로 한다“고 규정하고 있으며, 종합소득세율에 의한 세액의 계산에 대하여 대통령령으로 정하도록 위임한 동조 제10항을 근거로 하여 동법시행령 제121조의 4 제1항에서 종합소득세율에 의한 세액은 다음 산식에 의하여 계산한다고 규정하면서 동조 제4항에서 “당해년도중 자산양도차익 예정신고를 2회이상 하는 경우 종합소득세율에 의한 세액은 각 예정신고시 신고하는 양도차익별로 구분하여 계산한다”고 규정하고 있고, (양도차익-양도소득공제-소득공제)/보유년수×종합소득세율×보유년수 이에 대하여 “간추린 개정세법(82년, 제무부)” 에서 “거래단위별로 비교과세하기 위하여 종합소득세율에 의한 세액은 예정신고하는 당해 양도차익별로 구분하여 계산하도록 하였다”고 그 입법취지를 제시하고 있으며, 동법 제101조 제1항 제7의 2호에서 “양도소득만이 있는 거주자로서 자산양도차익 예정신고를 한 자”는 과세표준확정신고를 하지 아니하여도 된다고 규정하고 있는바, (ⅰ) 양도소득세율이 자산의 종류, 등기여부, 보유기간등에 따라 다르기 때문에 기본적으로 양도소득 과세표준 및 세액은 각 자산별로 계산된다는 점, (ⅱ) 소득세법 제70조 제3항 본문의 “당해년도의 양도소득 과세표준”의 개념도 연간 양도소득금액의 합계액을 의미하는 것이 아니라 당해년도에 양도한 각 자산별로 각각의 양도소득금액을 지칭하는 것으로 볼 수 있다는 점, (ⅲ) 양도소득세율에 의한 세액과 종합소득세율에 의한 세액과의 비교과세에 있어서 그 근거규정인 소득세법 제70조 제8항에서 종합소득세율에 의한 세액을 자산의 보유년수를 감안하여 계산하도록 규정하고 있을뿐, 양도소득금액을 합산하여 이를 기준으로 계산한다거나, 자산별로 계산한다거나 등에 관하여 규정하고 있지 않기 때문에 원칙적으로는 양도소득과세의 기본구조에 따라 각 자산별로 보유년수를 감안하여 계산할 수 밖에 없다는 점, (ⅳ) 양도소득세를 예정결정함에 있어서 당해년도중 자산양도차익 예정신고를 2회이상하는 경우에 종합소득세율에 의한 세액은 각 예정신고시 신고하는 양도차익별로 구분하여 계산하도록 규정되어 있고, 이는 거래단위별로 비교 과세하기 위한 것이므로 결국 거래단위별로 비교과세하기위해서는 종합소득세율에 의한 세액은 거래단위별로 구분하여 계산함이 타당하다는 점, (ⅴ) 그리고, 양도소득만이 있는 거주자로서 자산양도차익 예정신고를 한 자는 과세표준 확정신고의무가 없다는 점등을 종합하여 보면, 양도소득세를 확정결정함에 있어서도 거래단위별로 비교 과세하기 위해서는 종합소득세율에 의한 세액을 거래단위별로 구분하여 계산하는 것이 타당하다 할 것이며, 다음으로 여러 자산을 하나의 거래단위로 하여 동시에 양도하고 각 자산의 보유년수가 상이할 경우에 거래단위별로 비교 과세하기 위해서는 종합소득세율에 의한 세액을 당해 거래의 각 자산의 양도차익 합계액을 기준으로 하여 계산하여야 하나, 소득세법시행령 제121조의 4 제1항에서 종합소득세율에 의한 세액은 보유년수를 감안하여 계산하도록 그 산식을 규정하고 있고, 동조 제2항에서 “제1항의 보유년수는 당해 자산의 취득일로부터 양도일까지의 기간을 연단위로 계산하되 1년미만의 기간은 1년으로 본다”고 규정하고 있을 뿐, 각 자산의 보유년수가 상이할 경우의 보유년수 적용방법에 관하여 법령에 규정된 바가 없고, 각 자산의 보유년수가 상이할 경우 보유년수를 양도차익 비율에 따른 평균치에 의하여 계산하도록 한 재무부 예규(조법 1264-560, 1984.5.26)도 법령에 아무런 근거규정이 없는 것으로서 이를 적용할 수도 없다고 판단되므로, 당해 양도자산의 보유기간이 상이한 경우 소득세법 제70조 제8항 규정의 적용상 종합소득세율에 의한 세액의 계산은 양도자산의 보유년수별로 각기 동법시행령 제121조의 4 제1항의 산식을 일일이 적용하여 계산한 것이라 하겠다(국심 87서 1851 88.2.24, 89서 1063 89.9.12 동지) 따라서 이 건의 경우는 83.11부터 87.4까지 취득하여 소유하던 부동산을 87.11.9 양도한 것이므로 소득세법 제70조 제8항의 “종합소득세율에 의한 세액”의 계산은 쟁점 양도자산의 거래단위 및 보유연수별로 각기 계산하는 것이 정당한 것으로 인정되는 반면, 보유년수를 양도차익 비율에 따른 평균치에 의거 계산, 과세한 당초 처분은 부당한 것으로 판단된다. 5. 결론 이 건 심판청구는 실리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.