2010.1.1. 개정법률 부칙 제70조는 외국인기술자의 범위가 아닌 외국인기술자의 감면율, 감면기간, 일몰기한에 대한 것인 점, 2010.2.18. 개정된 조특법 시행령 제16조 제1항 본문에서 대한민국 국적을 가진 자는 외국인 범위에서 제외한다고 하고 있고, 그 부칙에서 동령 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득분부터 이를 적용한다고 하고 있는 점, ***는 대한민국 국적을 보유한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 ***의 2011년ㆍ2012년 귀속 근로소득에 대하여 조특법 제18조 의 외국인기술자에 대한 소득세의 감면을 배제함이 타당해 보임(조심 2012중3172, 2013.3.21. 같은 뜻임)

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 「OOO과학기술원법」에 따라 설립된 법인으로, 이OOO(대한민국 국적을 가진 미국영주권자)와 OOO(인도국적자)에게 2011년·2012년 귀속 근로소득을 지급하면서 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)제18조 의 외국인기술자에 대한 소득세의 감면규정을 적용하는 것으로 하여 원천세 신고를 하였다. 나. 처분청은 OOO지방국세청장으로부터 시달된 「외국인 연말정산 감면 등 점검계획」에 따라 이OOO에 대하여는 이중국적자로서 감면배제 대상이고, OOO에 대하여는 감면적용 가능시기를 도과한 것으로 보아 2016.9.9. 청구법인에게 근로소득세 2011년 귀속분 OOO원, 2012년 귀속분 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.12.5. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 이OOO는 미국영주권자로서 2009년 1월부터 청구법인에서 근로를 제공하고 있는 자로서, 조특법이 2010년 1월 개정·시행되었으나, 부칙에서 “법 개정 전에 근로를 제공한 외국인기술자에 대하여는 개정규정에도 불구하고 종전규정에 따른다”고 명시하고 있고, 국세청 법령해석OOO 및 집행기준 등에서 “대한민국 국적을 가진 외국영주권자가 외국인기술자로서 2009.12.31. 이전에 국내에서 내국인에게 최초로 근로를 제공하여 소득세 면제대상인 경우, 동 외국인기술자는 2010.1.1.이후의 잔여감면기간에 대하여 같은 법 부칙 제70조에 따라 종전규정을 적용하여 소득세를 면제한다”고 공표하고 있어, 이에 근거하여 외국인기술자 세액감면 대상자로서 2011년 OOO원, 2012년 OOO원의 소득세를 감면받았다. 세무관청은 신의성실의 책임이 있음에도 불구하고 해당 예규를 믿고 이행한 선량한 납세자인 청구법인에게 상기 예규가 법령에 위배된다면서 과세처분이 정당하다고 주장하는 것은 납득하기 어려우며, 납세자 신뢰보호에도 어긋난다. (2) 「소득세법」 제85조 제3항에서 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 원천징수대상 소득금액에 대하여 납세의무자의 관할 세무서장이 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과·징수하는 경우 원천징수의무자에게 가산세액만을 징수하도록 규정하고 있는바, OOO은 인도국적자로서 2013년 퇴직 후 본국으로 귀국하였기에 원천징수의무자의 원천징수의무 이행이 어려운 실정임에도 청구법인에게 2012년 귀속분 근로소득세 본세 OOO원을 과세한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 조세법규의 해석은 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확정해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것인바, 2010.2.16. 개정된 조특법 시행령 제16조 제1항 본문에서 대한민국의 국적을 가진 자는 외국인 범위에서 제외하고 있고, 그 부칙에서 2010년 귀속 소득부터 이를 적용한다고 하고 있다. 또한, 같은 법 시행령 제16조의 규정은 외국인기술자의 범위를 정하고 있어 청구법인이 법령해석을 오인한 것으로 2011년 2012년 과세연도의 근로소득에 대한 소득세는 감면하지 않은 것이 타당하다. (2) 「소득세법」 제85조 제3항에서 납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에 「국세기본법」 제47조의5 제1항에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 세액으로 하여 그 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할세무서장이 동법 제80조 의 규정에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과·징수하는 경우는 원천징수의무자에게 「국세기본법」 제47조의5 제1항 규정에 따른 가산세액만을 징수하도록 규정하고 있다. 이 건의 경우 청구법인의 외국인기술자인 근로소득자 OOO이 퇴사 후 출국한 사실에 대해선 「소득세법」 제85조 제3항 제2호에서 규정된 직접 소득세를 부과·징수하는 경우에 해당하지 않으므로 원천징수의무자인 청구법인에게 원천징수할 근로소득세 본세를 포함하여 부과·징수하는 것이 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 대한민국 국적을 가진 영주권자의 2010년 이후 근로소득에 대한 외국인기술자에 대한 조특법상 소득세 감면여부 ② 근로자 퇴사로 원천징수 의무이행이 어려운 경우 원천징수의무자에게 가산세만 징수 가능한지 여부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청은 「외국인 연말정산 감면 등 점검」과정에서 이OOO는 2010.2.18. 개정된 조특법 시행령 제16조 에 따라 외국인의 범위에서 제외되는 대한민국 국적보유자임을 이유로, OOO은 감면기간(5년)을 초과하는 것을 이유로 하여 아래 <표1>과 같이 근로소득 감면세액을 부인하여 경정·고지하였다. OOO (2) 처분청의 과세전적부심사결정서에 의하면 이OOO는 2009.1.8.부터 2012.2.29.까지(계약기간은 상호 동의에 의해 연장 또는 감소하는 것으로 함) 청구법인 소속 전기전자컴퓨터공학부 교수로 고용계약을 체결한 것으로 나타난다. (3) 청구법인은 조특법이 2010년 1월 개정·시행되었으나, 부칙에서 “법 개정 전에 근로를 제공한 외국인기술자에 대하여는 개정규정에도 불구하고 종전규정에 따른다”고 명시하고 있고, 아래 <표2>·<표3>과 같이 국세청 예규 및 집행기준도 같은 내용으로 회신 및 해석하고 있어 이를 신뢰하여 2009년 1월부터 청구법인에서 근로를 제공하고 있는 이OOO의 2011년～2012년 귀속분 근로소득에 대하여 외국인기술자 세액감면을 적용하였는바, 세무관청은 신의성실의 책임이 있음에도 불구하고 해당 예규를 믿고 이행한 선량한 납세자인 청구법인에게 상기 예규가 법령에 위배된다면서 과세처분이 정당하다고 주장하는 것은 납득하기 어려우며, 납세자 신뢰보호에도 어긋난다는 주장이다. <표2> 국제세원관리담당관실-271, 2010.6.3.

대한민국 국적을 가진 외국영주권자 가 「조세특례제한법」제18조 (2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘ 종전규정’이라 함)에 따른 외국인 기술자로서 2009.12.31. 이전에 국내에서 내국인에게 최초로 근로를 제공 하거나 신고된 기술도입계약에 따라 근로를 제공 하여 소득세 면제대상인 경우 , 동 외국인기술자는 2010.1.1. 이후의 잔여감면기간에 대하여 같은 법 (2010.1.1. 법률 제9924호로 개정된 것) 부칙 제70조에 따라 종전규정을 적용하여 소득세를 면제받을 수 있는 것 입니다.

<표3> 조세특례제한법 집행기준 18-16-1 【외국인기술자의 범위】

① 소득세감면적용을 받는 외국인 기술자란 대한민국의 국적을 가지지 아니한 사람으로서 영 제16조에 해당하는 사람을 말한다. 다만, 대한민국 국적을 가진 외국영주권자 인 외국인 기술자가 2010.1.1.이전에 국내에서 내국인에게 최초로 근로를 제공 하거나 신고된 기술도입계약에 따라 근로를 제공 하여 소득세 면제대상인 경우, 동 외국인기술자는 종전 규정을 적용하여 소득세를 면제받을 수 있다 .(2010.1.1. 법률 제9221호 부칙 제70조)

(4) 조특법 제18조 제1항은 “외국인기술자가 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 근로소득에 대하여 소득세를 면제”하던 것을 “2년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 근로소득에 대하여 소득세의 50%를 감면”하는 것으로 2010.1.1. 법률 제9924호로 개정하면서, 부칙 제70조에서 “이 법 시행 전에 국내에서 최초로 근로를 제공하는 외국인기술자에 대해서는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.”고 규정하고 있고, 조특법 시행령 제16조 제1항은 “법 제18조 제1항에서 대통령령이 정하는 외국인기술자라 함은 각호의 1에 해당하는 외국인”으로, 같은 항 제2호에서는 “「특정연구기관 육성법」의 적용을 받는 특정연구기관에서 연구원으로 근무하는 자”로 각 규정하던 것을 “대통령령으로 정하는 외국인기술자란 대한민국의 국적을 가지지 아니한 사람”으로 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정하였고, 부칙 제3조에서 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득분부터 적용하도록 경과규정을 두고 있다. (5) 기획재정부가 발간한 2009 개정세법 해설책자에는 아래 <표4>와 같이 관련내용이 기재되어 있다. <표4> 2009 간추린 개정세법 해설

2. 외국인 기술자에 대한 근로소득세 감면 축소(조특법 §18) (1) 개정내용 종 전 개 정 □ 외국인기술자 소득세 면제 ○ 감면 대상 근로자 - 기술도입대가에 대해 조세가 면제되는 기술도입계약에 따라 기술 을 제공하는 외국인기술자 - 기술집약적산업·과학계 정부출연 연구기관 연구원 등 ○ 감면혜택 - 근로제공후 최초 5년간 근로소득세 100% 면제 ○ 일몰 : ‘09.12 이전 근로제공 외국인 ○ 대상자 범위 조정 - 고도기술수반사업 영위로 조세감면 되는 외투기업에 고도기술을 제 공하기 위해 국내근로하는 외국인기술자 (현행과 같음) ○ 감면혜택 축소 - 근로제공후 최초 2년간 근로소득세 50% 감면 ○ 일몰 2 년 연장 (‘09.12 → ’11.12) (2) 개정이유 ○ 내·외국인간, 기술자와 비기술자간 과세 불형평 완화 (3) 적용시기 및 적용례 ○ 2010.1.1. 이후 최초로 근로를 제공하는 분부터 적용 ○ 2009.12.31. 이전에 국내에서 최초로 근로를 제공하거나 신고된 기술도입계약에 따라 근로를 제공한 외국인은 잔여감면기간동안 종전 규정에 따라 100% 면제 3. 근로소득세가 감면되는 외국인기술자 범위 조정(조특령 §18 ②) (1) 개정내용 종 전 개 정 □ 대통령으로 정하는 외국인 기술자 ○ 기술을 제공하는 외국인 * 예규로 외국영주권자도 외국인에 포함 □ 범위 조정 ○ 대한민국의 국적을 가지지 아니 한 자 * 한국국적 가진 영주권자 제외 (2) 개정이유 ○ 국제적으로 인적자본 교류가 자유로운 상황에 맞춰 우리나라 국적을 가진 외국영주권자는 외국인기술자의 범위에서 제외 ○ 외국영주권이 있는 자와 없는 자간 과세형평 제고 (3) 적용시기 및 적용례 ○ 시행령 공포일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득부터 적용

(6) 「소득세법」 제85조 제3항에서 “원천징수의무자가 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에 「국세기본법」 제47조의5 제1항에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 원천징수의무자로부터 징수”하도록 규정하면서, 단서에서 “원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할세무서장이 동법 제80조 의 규정에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과·징수하는 경우는 원천징수의무자에게 「국세기본법」 제47조의5 제1항 규정에 따른 가산세액만을 징수”하도록 각 규정하고 있다. (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 개정법령 부칙에 따라 종전규정에 따라 근로소득을 감면하여야 한다고 주장하나, 2010.1.1. 개정법률 부칙 제70조는 외국인기술자의 범위가 아닌 외국인기술자의 감면율, 감면기간, 일몰기한에 대한 것인 점, 2010.2.18. 개정된 조특법 시행령 제16조 제1항 본문에서 대한민국 국적을 가진 자는 외국인 범위에서 제외한다고 하고 있고, 그 부칙에서 동령 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득분부터 이를 적용한다고 하고 있는 점, 이OOO는 대한민국 국적을 보유한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 이OOO의 2011년·2012년 귀속 근로소득에 대하여 조특법 제18조 의 외국인기술자에 대한 소득세의 감면을 배제함이 타당해 보이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다OOO 또한, 청구법인은 국세청장의 질의회신이 청구법인의 질의에 대한 답변이라는 증빙을 제시하지 못하고 있는바, 신의성실의 원칙은 공적인 견해를 표명한 과세관청과 그 견해를 표명받은 특정 납세자와의 관계에서 개별적으로 적용되는 것이므로 공적인 견해를 표명받지 못한 청구법인에 대하여는 신의성실의 원칙 적용대상으로 보기 어려운 점, 조세법률에 있어서 그 과세요건과 이에 대한 예외적 규정인 비과세 내지 면세요건을 규정하는 것은 그 규정이 현저히 불합리하지 아니하는 한 입법자의 입법재량에 속하는 점, 개정된 조특법 시행령 제16조 는 대한민국 국적을 가지지 않은 사람으로 외국인기술자를 한정하면서 그 부칙 제3조에서 그 개정규정을 2010년 귀속 근로소득분부터 적용하도록 규정한 것 뿐이므로, 위 감면조항은 이미 과세요건이 완성된 근로소득세 감면분에 대하여 소급적용하는 규정으로 보기 어려운 점, 그 밖에 위 감면조항의 취지나 입법 경위, 법령개정의 예측 가능성 측면 등에 비추어 신의성실의 원칙이나 소급과세의 금지규정에 위반하다는 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다OOO (8) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 인도국적자인 OOO이 본국으로 귀국하여 원천징수의무 이행이 어려우므로 원천징수의무자인 청구법인에게 가산세액만을 징수하여야 한다고 주장하나, 원천징수세액은 원천징수의무자에게 징수하는 것이 원칙이고, 다만 원천징수의무자가 폐업·행방불명되는 등 원천징수의무자로부터 조세채권을 확보하기 어려운 경우 납세의무자에게 직접 과세할 수 있다고 보는 것이 원천징수제도 취지에 부합하는바, 소득자인 OOO이 퇴직하여 본국으로 귀국하였다 하더라도 본세를 포함하여 원천징수의무자인 청구법인에게 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다OOO 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 〈별지〉관련 법령 (1) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제18조【외국인기술자에 대한 소득세의 면제】① 대통령령이 정하는 외국인기술자가 국내에서 내국인에게 근로를 제공하고 지급받는 근로소득으로서 당해 외국인기술자가 국내에서 최초로 근로를 제공한 날(2009년 12월 31일이전인 경우에 한한다)부터 5년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 근로소득에 대하여는 소득세를 면제한다. ③ 제1항 또는 제2항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 면제신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정된 것) 제18조【외국인기술자에 대한 소득세의 면제】① 대통령령으로 정하는 외국인기술자가 국내에서 내국인에게 근로를 제공하고 받는 근로소득으로서 그 외국인기술자가 국내에서 최초로 근로를 제공한 날(2011년 12월 31일 이전인 경우만 해당한다)부터 2년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 근로소득에 대해서는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. ③ 원천징수의무자가 제1항 및 제2항에 따라 소득세가 감면되는 근로소득을 지급할 때에는 「소득세법」 제127조 에 따라 징수할 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 원천징수한다. ④ 제1항이나 제2항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. 부칙(법률 제9921호, 2010.1.1.) 제70조(외국인기술자에 대한 소득세의 면제에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 국내에서 최초로 근로를 제공하거나 신고된 기술도입계약에 따라 근로를 제공하는 외국인기술자에 대해서는 제18조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (3) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제16조【외국인기술자의 범위 등】① 법 제18조 제1항에서 "대통령령이 정하는 외국인기술자"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 외국인을 말한다. 1. 기획재정부령이 정하는 엔지니어링기술도입계약에 의하여 국내에서 기술을 제공하는 자 2. 「특정연구기관 육성법」의 적용을 받는 특정연구기관에서 연구원으로 근무하는 자 (이하 생략) ② 법 제18조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 소득세를 면제받고자 하는 자는 근로를 제공한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 기획재정부령이 정하는 바에 따라 원천징수의무자를 거쳐 원천징수 관할세무서장에게 세액면제신청서를 제출하여야 한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 법률 제22037호로 개정된 것) 제16조【외국인기술자의 범위 등】① 법 제18조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 외국인기술자"란 대한민국의 국적을 가지지 아니한 사람으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다. 1.～2. (개정되기 전의 것과 동일) 부칙(대통령령 제22037호, 2010.2.18.) 제3조(외국인기술자의 범위에 관한 적용례) 제16조 제1항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득분부터 적용한다. (5) 국세기본법 제15조 【신의·성실】 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. (6) 소득세법 제80조 【결정과 경정】② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다. 2. 제137조, 제137조의2, 제138조, 제143조의4, 제144조의2, 제145조의3 또는 제146조에 따라 소득세를 원천징수한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 원천징수의무자의 폐업·행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우 제85조 【징수와 환급】③ 납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에 「국세기본법」 제47조의5 제1항에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 세액으로 하여 그 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 「국세기본법」 제47조의5 제1항에 따른 가산세액만을 징수한다. 2. 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할 세무서장이 제80조 및 제114조에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과·징수하는 경우 (7) 특정연구기관 육성법 제2조 【특정연구기관】이 법에 따라 정부의 보호ㆍ육성을 받을 수 있는 연구기관은 특별법에 따라 설립된 연구기관과 재단법인인 연구기관으로서 대통령령으로 지정하는 연구기관(이하 "특정연구기관"이라 한다)으로 한다. (8) 특정연구기관 육성법 시행령 제3조 【연구기관의 지정】 법 제2조에서 "대통령령으로 지정하는 연구기관"이라 함은 다음 각 호의 연구기관을 말한다. 2. 「광주과학기술원법」에 따른 광주과학기술원