이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구 인이 2006.10.27. 주식회사 ○○ 과 포괄적 영업양수도계약을 체결하고, 2006.11.30. 주식회사 ○○ 의 경상남도 ○○군 ○○면 ○○리 1400번지 공장용지 26,868.2㎡ 및 그 지상 공장용 건축물 17,079.99㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대한 매매가액을 10,619,590,093원으로 하여 매매계약을 체결한 후, 그 매매가액을 과세표준액으로 하여 지방세법 제112조 제1항 및 제131조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 212,391,800원, 농어촌특별세 21,239,180원, 등록세 212,391,800원, 지방교육세 42,478,360원 합계 488,501,140원을 2006.11.30. 신고납부하자 이를 수납하였으며, 그 후 청구인이 2007.2.1. 이 사건 부동산의 취득가격을 9,133,408,740원으로 변경하여 취득세 등 수정신고를 하자 2007.2.9. 이를 반려 하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2006.10.27. 주식회사 ○○ 과 김치·두부 등 식품관련 영업권 및 위 영업에 관한 자산·부채 일체의 양수도 대금을 1,050억원으로 하는 포괄적 영업양수도 계약을 체결하고, 2006.11.30. 영업양수도에 따른 거래종결에 관한 합의를 하면서 그 양도대금 중 191백만원을 감액조정하여 거래대금을 최종확정하였으나, 영업양수도의 대가 1,050억원은 유기적으로 조직된 기업자체의 평가일뿐 개별자산의 가액을 총합한 가격이 아니므로 이 사건 부동산의 개별가격은 따로 약정되지 아니하였으며, 이 사건 부동산의 경우, 청구인이 승계하기로 한 채무의 담보로서 근저당권이 설정되어 있었고, 청구인·양도인 및 채권금융회사 사이에 채무승계계약을 체결하기 위하여 서둘러 소유권이전등기를 경료하였어야 하므로 이 사건 부동산의 감정평가액을 확인하지 아니한 채 소유권이전등기를 경료하면서 양도인인 주식회사 ○○ 의 장부가인 10,619,590,093원을 기초로 2006.11.30. 양도인 주식회사 ○○ 의 협조 하에 형식적인 매매계약서를 작성하고, 이 사건 부동산의 취득가액을 장부가로 신고하고 이 사건 취득세 등을 신고납부하였으나, 청구인은 개별자산의 취득가액을 확정하기 위하여 한국감정원에 이 사건 부동산에 대한 감정평가를 의뢰하여, 그 가액이 9,133,408,740원으로 평가되었는바, 이 사건 부동산의 취득가격을 잘못 계산한 착오를 발견하고 2007.1.29. 이 사건 부동산의 취득가액을 9,133,408,740원으로 하여 수정신고를 하였으며, 위에서 본 바와 같이 청구인은 이 사건 부동산의 개별 양도가액을 별도로 정하여 매수한 것이 아니라 포괄적인 영업양수도를 통하여 취득한 것이고 포괄적인 영업양수도의 특성상 양수도목적대상인 자산 및 영업권과 개별자산의 양도가액은 모두가 양수도가액이기 때문에 취득세과세대상의 가액으로 수정신고하는 것은 적법하다고 주장하며 이 사건 취득세 등 부과처분의 경정을 구 하였다 . 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 법인장부 가액으로 매매계약을 체결하고 그 가액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고납부한 후, 감정평가액을 과세표준으로 하여 수정신고하는 경우 지방세법 제71조 의 수정신고 대상에 해당되는지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제 111조 및 제130조, 같은법시행령 제82조의2 제1항에서 취득세와 등록세의 과세표준은 취득·등기 당시의 취득·등기자가 신고한 가액으로 하되, 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서 등 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격에 의한다고 규정하고 있고, 같은 법 제71조제1항 및 같은 법 시행령 제53조에서 이 법에 의한 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우 또는 신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우에는 60일 이내에 수정신고를 할 수 있는 것으로 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2006.10.27. 주식회사 ○○ 과 포괄적 영업양수도 계약(포괄적 영업양수도의 목적물 : 양도인의 사업중 김치, 두부, 콩나물 등 식품관련 재산, 계약 및 근로관계일체를 포함하는 영업, 양수도대금 : 1,050억원)을 체결하고, 2006.11.30. 이 사건 부동산의 가액을 10,619,590,093원으로 하여 매매계약을 체결한 후, 같은 날 이 사건 부동산의 매매계약서상의 가액을 실제거래가액으로 하여 부동산거래계약신고하고 그 가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 및 등록세 등을 신고납부하고 소유권이전등기를 한 후, 2007.1.29. 이 사건 부동산의 가액이 한국감정원의 평가액과 상이하다는 이유로 실제거래가격을 9,133,408,740원으로 변경하여 부동산거래계약 재신고를 하여 신고필증을 교부받은 후, 2007.2.1. 처분청에 취득세 등의 수정신고를 하였으나 처분청이 2007.2.9. 이를 반려한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 포괄적 영업양수도계약을 통하여 취득하였으며, 개별취득자산의 취득가액을 확정하기 위하여 한국감정원에 감정평가를 의뢰하였으나, 채권금융기관의 채무승계계약을 체결하기 위하여 감정평가 결과가 있기 전에 서둘러 소유권이전등기를 하면서 양도인인 주식회사 ○○ 의 장부가액인 금10,619,590,093원을 기초로 이 사건 부동산에 대한 형식적인 매매계약서를 작성하였고, 뒤늦게 감정평가결과를 확인하여 본 결과 부동산의 취득가격을 잘못 계산한 착오를 발견하고 이 사건 부동산의 취득가액을 금9,133,408,740원으로 수정신고하였으나 처분청에서는 이를 반려한 것은 위법 부당하다고 주장하고 있다. 우선, 청구인의 수정신고가 적법한지 여부에 대하여 보면, 지방세법 제71조 제1항 및 지방세법시행령 제53조 의 규정은 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 수정신고할 수 있는 대상을 “신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결등에 의하여 변경되거나 확정된 경우와 신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우”로 한정하고 있고, 수정신고 할 수 있는 기한은 1. 공사비의 정산 및 건설자금의 이자계산으로 인한 경우에는 기업회계기준에 따라 장부에 기장한 날, 2. 소송으로 인한 경우에는 법원의 확정판결이 있는 날, 3. 증빙서류의 압수 등으로 인한 경우에는 압수 또는 영치되었던 증빙서류를 되돌려 받는 날, 4. 법인의 청산 등 기타 사유로 인한 경우에는 법인의 청산절차 등이 진행되어 세액의 계산이 가능하게 된 날부터 60일 이내에 수정신고 할 수 있는 것으로 규정하고 있는바, 청구인의 경우를 보면, 청구인은 영업양수도계약에 의하여 이 사건 부동산을 취득하고 감정평가에 의하여 그 가액을 확정하였다고 주장하나 이러한 사정만으로 지방세법 제71조 제1항의 수정신고할 수 있는 대상에 포함되지 않는 것으로 판단되고, 설령 위와 같은 사정이 지방세법 제71조 제1항의 수정신고할 수 있는 대상에 해당된다하더라도 청구인의 경우는 지방세법시행령 제53조 각호의 어느 경우에도 해당되지 아니하므로 수정신고할 수 있는 기한은 2006.10.27. 영업양수도계약을 체결한 날을 기산일로 삼아야 할 것인데도, 청구인은 2007.2.1. 수정신고를 하여 수정신고 기한 60일을 경과하였으므로 청구인의 2007.2.1. 수정신고는 적법하지 않는 것으로 판단된다. 다음은 청구인의 2006.11.30. 취득세 등의 신고납부 시 적용한 이 사건 부동산의 취득가액이 적정한지 여부에 관하여 보면, 지방세법 제 111조 및 제130조, 같은 법 시행령 제82조의2제1항에서 취득세와 등록세의 과세표준은 취득·등기 당시의 취득·등기자가 신고한 가액으로 하되, 법인이 작성한 원장·보조 장·출납전표·결산서 등 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격에 의한다고 규정하고 있고, 이 사건 부동산의 취득가액 10,619,590,093원은 청구인이 제출한 토지명세서 및 건물명세서에 의하면 매도인의 법인 장부상의 가액을 근거로 한 사실을 알 수 있으며, 이 사건 부동산에 대한 매매계약을 취소하거나 해제한 사실을 발견할 수 없고, 포괄적 영업양수도계약의 양수도대금을 감액하거나 조정한 사실도 없으며, 청구인이 수정신고에서 이 사건 부동산의 취득가격으로 제시한 감정가액은 단지 평가자의 의견으로서 이 사건 부동산을 금전적인 가액으로 평가한 것에 불과하고 거래당사자 의사의 합치에 따라 정해지는 취득가액으로 볼 수 없다 할 것이고, 감정가액을 이 사건 부동산에 대한 법인장부 등에 의하여 입증되는 취득가액으로 볼 수 있는 근거도 없다할 것이므로 이 사건 부동산의 취득가액은 법인 장부와 매매계약서에 의하여 입증되는 10,619,590,093원을 취득가액 으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. 2007. 4. 30. 행 정 자 치 부 장 관