이 건 토지는 당초부터 처분청이 학교용지로 무상귀속시켜야 할 토지이나 처분청이 이를 청구법인에게 유상으로 매각한 후 청구법인으로 하여금 이 건 토지를 기부채납 하도록 하였음에도 청구법인이 이를 기부채납을 조건으로 취득한 것이 아니라고 보는 것은 타당하지 아니한 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후에 기부채납 계약을 체결하였다 하더라도 이 건 토지는 「지방세법」제9조 제2항에서 규정한 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당된다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 2017.5.29. OOO 토지 16,000㎡(초등학교 신축 부지, 이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고.납부하였다. 나. 청구법인은 2018.8.7. 이 건 토지는 OOO에게 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로서, 「지방세법」제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상이라는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2018.10.12. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.24. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 교육부장관은 이 건 토지 일대에서 진행되는 ‘OOO 개발사업’(이하 “이 건 개발사업”이라 한다)의 경우 시유지 개발사업이라는 특수성으로 인하여 그 개발사업자는 주택건설사업승인을 받은 청구법인이 아니라 OOO시장(이하 “처분청”이라 한다)이므로 처분청이 학교용지를 무상 공급하여야 한다고 질의회신OOO 이하 “이 건 질의회신”이라 한다)을 하였는바, 청구법인은 OOO에게 이 건 토지를 무상으로 공급할 이유가 없게 되었으나 이 건 질의회신을 받기 전인 2016.6.20.에 처분청과 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하여 부득이 이를 취득한 후 OOO에게 기부채납한 것으로, 이 건 토지는 청구법인이 국가 등에 기부채납을 목적으로 취득하는 부동산으로 「지방세법」제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상에 해당된다. (2) 처분청은 청구법인에게 주택건설사업계획을 승인하면서 ‘학교용지를 확보.조성하여 교육지원청에 공급하여야 한다’는 내용을 그 승인 조건으로 명시하였을 뿐만 아니라 교육부장관은 이 건 토지를 처분청이 무상 공급하여야 하는 토지로서 OOO이 이를 취득하지 않아도 된다고 답변(이 건 질의회신)하였고, 이 건 토지는 청구법인이 취득하기 전에 이미 도시계획시설(초등학교용지)로 결정되어 그 면적과 위치가 구체적으로 특정되었는바, 청구법인이 취득(2017.5.29.)하기 전부터 기부채납의 대상이 되는 학교용지로 확정되었고 볼 수 있으며, 이 건 토지의 매매계약서에 청구법인이 이 건 토지를 취득하여 OOO에게 매각하는 것으로 한다고 기재되어 있다고 하더라도 이는 청구법인이 OOO에게 기부채납하고자 취득한 부동산으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 이 건 토지의 당초 취득목적이 OOO에게 매각하고자 한 것이라거나 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후인 2018.5.8. OOO과 이 건 토지의 기부채납 약정을 체결하였다는 이유만으로 처분청이 이 건 토지를 「지방세법」제9조 제2항에서 규정한 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산이 아니라고 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. (3) 대법원은 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산을 “사업자가 주택건설사업계획 승인을 받은 후, 그 조건을 이행하고자 취득하는 부동산 뿐만 아니라 주택건설사업계획 승인 전이라도 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 기부채납에 대한 협의가 진행 중으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 경우에는 그 후에 취득하여 기부채납한 토지도 이에 해당된다고 판결(대법원 2005.5.12. 선고 2003다43346 판결, 같은 뜻임)하였음을 볼 때, 이 건 토지는 취득세 비과세 대상에 해당된다. 나. 처분청 의견 「지방세법」제9조 제2항에서 국가 등에 기부채납을 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 비과세한다고 규정하고 있고, 여기에서 “기부채납”이란 기부자가 그 소유 재산을 국가나 지방자치단체의 공유재산으로 증여하는 의사표시를 하고 국가나 지방자치단체는 이를 승낙하는 채납의 의사 표시를 함으로써 성립하는 증여계약으로(대법원 2006.1.26. 선고 2005두14998 판결), 공공시설용지로 편입될 토지에 관하여 기부채납을 하도록 승인조건을 부과한 때에 비로소 기부채납에 대한 의사의 합치가 있었다 할 것인데, 청구법인은 OOO에게 매각하기 위하여 이 건 토지를 취득하였을 뿐 이를 기부채납하고자 취득한 것이 아니고, 그 후「학교용지 확보 등에 관한 특례법」제4조 제3항에 따라 이 건 토지를 무상으로 공급하여야 하는 상황이 됨에 따라 이 건 토지를 OOO에게 기부채납한 것으로 결과적으로 기부채납을 하였다는 점은 동일하다 하더라도 이 건 토지는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에는 해당되지 않는다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건 토지가 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당되는지 여부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인과 처분청은 2016.6.20. 이 건 토지가 포함된 OOO 토지 369,835.7㎡에 대하여 아래와 같이 매매계약을 체결하였고, 처분청은 같은 날 청구법인을 사업시행자로 하는 주택건설사업계획을 승인하였고, 그 승인서에는 “사업시행자는「학교용지 확보 등에 관한 특례법」제3조 제1항에 따라 학교용지를 확보.조성하여 교육청에 공급할 것”이라는 OOO의 의견이 승인조건 중 하나로 기재되어 있다. (나) OOO은 2016.5.30. 이 건 토지가 포함된 OOO 복합개발사업(이하 “이 건 개발사업”이라 한다)의 사업 주체를 OOO으로 보아야 할지 아니면 청구법인을 포함한 민간사업자로 보아야 할지에 대하여 교육부장관에게 질의하였고, 교육부장관은 2016.7.29. “이 건 개발사업은 지방자치단체 소유의 시유지를 공모를 통해 민간개발사업자에게 사업을 추진하게 한 경우로서 사업주체는 지방자치단체OOO로 볼 수 있으므로 OOO은 학교용지를 무상으로 공급하여 시.도 교육비 특별회계 소관 공유재산으로 하는 것이 타당하다”고 회신하였고OOO 처분청에게 “학교용지에 관한 업무협의는 교육부의 질의회신 취지에 맞게 무상 공급을 전제로 검토될 것”이라고 하며, 처분청도 이에 적극 협조하여 줄 것을 요청하였다OOO (다) 처분청은 2016.12.22. “OOO 도시관리계획 결정 및 지형도면”을 고시OOO하였고, 그 결과 초등학교 부지인 이 건 토지의 면적(16,000㎡)과 위치가 최종적으로 확정되었다. (라) 처분청은 2017.1.6. 이 건 개발사업의 사업주체를 누구로 볼 것인지에 대하여 교육부장관에게 질의하였고, 교육부장관은 2017.4.5. 아래와 같이 회신하였다(지방교육재정과-2261).

① 이 건 개발사업의 개발사업시행자는 OOO이나, 이 건 개발사업부지 내 학교시설용지 등 전체 개발사업의 주체는「학교용지 확보 등에 관한 특례법」의 입법 취지에 따라 지방자치단체OOO로 판단됨(OOO는 이 건 개발사업 전체 지역의 개발사업자이면서 개발사업자의 인.허가권자로서의 지위를 가지고 있다고 판단됨) ②「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제97조 제1항 및 제2항에서 도시.군관리계획결정을 고시한 경우에는 국공유지로서 도시.군계획시설에 필요한 토지는 그 계획으로 정하여진 목적 이외 목적으로 매각하거나 양도할 수 없다고 명시하고 있어 “학교설립 의사를 가지고 있지 않은 자에게 학교용지를 매각하는 행위는 무효”라고 볼 여지가 있으므로 OOO는 이에 대한 소관부처의 명확한 법령해석을 받을 필요가 있음 ③「학교용지 확보 등에 관한 특례법」제3조 및 같은 법 시행령 제2조 및 제2조의2에 따라 개발사업시행자는 교육감과 학교용지의 위치, 규모, 공급가액 등 학교용지 확보 등에 관한 협의를 거쳐야 했으나, 해당 개발사업시행자는 OOO과 직접적인 협의과정이 없었다고 보이므로 OOO는 이에 따른 확인 조치가 필요함

(마) 청구법인과 처분청은 2017.5.25. 청구법인이 취득하여야 하는 이 건 토지(초등학교 부지)의 면적을 “OOO 도시관리계획 결정”(OOO 고시 제2016-190호, 2016.12.22.)에 따라 16,000㎡로 변경하는 제2차 변경계약을 체결하였다. (바) 청구법인은 2017.5.29. 이 건 토지를 취득한 후 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고.납부하였다. (사) OOO은 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후에도 처분청에게 이 건 토지가 무상 공급될 수 있도록 협조를 구하는 요청을 하였다OOO (아) 청구법인은 이 건 토지를 학교용지로 하여 기부채납 하여야 하는지 여부에 관계 없이 2017.2.9.부터 2018.2.21.까지 3차례에 걸쳐 학교용지부담금 OOO원을 납부하였다. (자) 청구법인이 학교용지부담금을 납부하였음에도 이 건 토지를 기부채납하게 되어 학교용지를 이중으로 부담하게 될 처지에 놓임에 따라 OOO, 처분청 및 청구법인은 당사자간 이견을 해소하고, 이 건 개발사업 구역 내 입주민들의 피해를 예방하기 위하여 2018.2.23. 아래와 같이 “학교설립을 위한 3자간 상생 협약”을 체결하였다.

OOO 내 학교 설립 추진을 위한 관계기관 상생 협약 제1조[목적] 본 협약은 OOO 내 학교 설립을 위한 학교용지 공급, 학교시설비 부담 및 학교용지부담금 환급 등에 대한 OOO(OOO을 포함하며, 이하 “교육청”이 함), OOO(청구법인, 이하 “OOO”라 한다)간 이견을 해소함으로써 원활한 학교설립을 통하여 학부모.학생.입주민의 피해를 예방하는데 목적이 있다. 제3조[초등학교 학교용지 공급] OOO는 OOO 내 가칭OOO학교용지를 교육청에 기부채납한다. 교육청은 기부채납사실 내용(금액 등)을 OOO에 통보하고, OOO는 OOO의 신청에 의해 기 납부한 학교용지부담금 반환을 결정하여 OOO에 반환 요청한 후 처리한다. 또한 OOO의 기부채납에 필요한 사항에 대해 OOO와 교육청은 적극 협조한다. 제5조[중학교 학교용지 해제] 교육청은 도시계획시설로 결정된 OOO 내 중학교 학교용지에 대해 OOO에 학교용지 해제를 요청한다. 제6조[고둥학교 학교용지 공급] OOO는 도시계획시설로 결정된 OOO 내 고등학교 학교용지를 교육청에 무상공급한다. OOO

(차) 위의 상생협약에 따라, 청구법인과 OOO은 2018.5.8. 이 건 토지에 대한 기부채납 계약을 체결한 후 2018.5.11. OOO 명의로 이 건 토지를 소유권이전 등기하였고, 처분청은 2018.5.23. 및 2018.12.27. 2회에 걸쳐 청구법인에게 학교용지부담금 OOO원과 중.고등학교 부지에 대한 정산금(계약금 등) OOO원을 반환하였다. (2) 「지방세법」제9조 제2항에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 등에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 여기에서 말하는 “기부채납을 조건으로 취득하는 부동산”이란 사업자가 주택건설사업계획승인을 받고 그 승인조건에서 나타난 기부채납 등의 조건에 맞추어 취득한 토지가 이에 해당함은 당연하고, 나아가 주택건설사업계획승인 이전이라도 이미 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 행정관청과 사이에 기부채납에 대한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 경우에는 그 이후에 취득하여 국가 등에 기부채납한 토지도 비과세 대상에 해당된다 할 것(대법원 2011.11.10. 선고 2011두17363 판결, 같은 뜻임)이다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청이 2016.6.20. 청구법인을 사업시행자로 하여 승인한 주택건설사업계획의 승인조건에 학교용지를 확보.조성하여 교육청에 공급하여야 한다고 명시되어 있는 점, 청구법인이 이 건 토지를 취득하기 이전에 교육부장관은 처분청을 이 건 개발사업의 사업주체로 보아 처분청이 학교용지를 OOO에게 무상 귀속하여야 한다고 회신하였으므로 청구법인이 학교용지 전부 또는 일부를 OOO에게 매각한다는 이 건 토지의 매매계약서 제6조의 규정은 사실상 효력을 상실하였다고 볼 수 있는 점, 청구법인은 2017.5.25. 처분청과 이 건 토지의 면적을 “OOO 도시관리계획 결정”에 따라 16,000㎡로 변경하는 제2차 변경계약을 체결한 후 2017.5.29. 이 건 토지를 취득하였으므로 청구법인이 취득할 당시 기부채납의 대상이 되는 이 건 토지의 위치나 면적은 구체적으로 특정되었다고 보이는 점, 이 건 토지의 무상귀속과 관련한 질의회신 및 관계 행정관청 간의 협조 요청은 이 건 토지를 청구법인에게 매각하여야 하는 처분청이 청구법인을 대신하여 교육당국(OOO 등)과 이 건 토지의 기부채납 등에 관한 협의를 한 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인은 이 건 개발사업의 사업주체가 아니므로 공동주택의 신축에 따른 학교용지부담금 약 OOO원을 부담하면 되나 이 건 토지(약 OOO원)를 기부채납함에 따라 취득세 등을 제외하고도 약 OOO원을 더 부담하였다 할 것인데 여기에 이 건 토지의 매도인인 처분청의 귀책이 없다고 보기 어려운 점, 이 건 토지는 당초부터 처분청이 OOO에게 무상귀속시켜야 할 토지이나 처분청을 이를 청구법인에게 유상으로 매각한 후 청구법인으로 하여금 이 건 토지를 OOO에게 기부채납 하도록 하였음에도 청구법인이 이를 기부채납을 조건으로 취득한 것이 아니라고 보는 것은 타당하지 아니한 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후인 2018.2.23. 처분청 및 OOO과 상생협약을 체결하고, 2018.5.8. 비로소 이 건 토지의 기부채납 계약을 체결하였다 하더라도 이 건 토지는 「지방세법」제9조 제2항에서 규정한 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당된다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 지방세법 제9조[비과세] ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가 등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속 등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. (2) 학교용지 확보 등에 관한 특례법 제3조[학교용지의 조성ㆍ개발] ① 300가구(제5조 제5항 제3호에 해당하는 개발사업은 그 개발사업분을 뺀 가구 수를 대상으로 하고,「도시 및 주거환경정비법」제2조 제2호 다목의 재건축사업 및「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제2조 제1항 제3호 다목의 소규모재건축사업은 기존 가구를 뺀 가구 수를 대상으로 한다) 규모 이상의 개발사업을 시행하는 자(이하 “개발사업시행자”라 한다)는 개발사업을 시행하기 위하여 수립하는 계획에 학교용지의 조성ㆍ개발에 관한 사항을 포함시켜야 한다. 이 경우 학교용지의 위치와 규모 등은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제43조에 따른 학교시설의 설치기준 등에 관한 규정을 준용한다. ③ 개발사업시행자가 제1항에 따라 학교용지를 개발하거나 제2항에 따라 학교용지를 확보하려는 때에는 교육감의 의견을 들어야 한다. 이 경우 교육감은 제4조제4항에 따라 학교용지 매입비용의 2분의 1을 부담하는 시ㆍ도지사와 비용부담 등에 대하여 협의하여야 한다. ④ 시ㆍ도지사, 시장 또는 군수는 제1항에 따른 학교용지의 조성ㆍ개발계획을 포함한 개발사업계획이 허가ㆍ인가 또는 승인되면 지체 없이 그 학교용지에 대하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제25조에 따른 도시ㆍ군관리계획을 입안하여야 한다. ⑤ 제2항에 따른 적절한 규모의 학교용지 확보에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제4조[학교용지의 확보 및 경비의 부담] ① 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 또는 특별자치도(이하 “시ㆍ도”라 한다)인 개발사업시행자는 제3조에 따른 학교용지를 확보하여 시ㆍ도 교육비특별회계 소관 공유재산(公有財産)으로 하여야 한다. ② 시ㆍ도 외의 개발사업시행자는 제3조에 따른 학교용지를 시ㆍ도에 공급하고, 시ㆍ도는 학교용지를 확보하여 시ㆍ도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 하여야 한다. ③ 제1항과 제2항에 따른 학교용지의 공급가액은 다음 각 호와 같다. 1. 다음 각 목의 개발사업시행자가 개발사업을 하는 경우에는 학교용지를 무상(「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업의 경우 2천가구 규모 이상은 초등학교와 중학교는 학교용지 조성원가의 100분의 50, 고등학교는 학교용지 조성원가의 100분의 70으로 하고, 2천가구 규모 미만인 경우에는 조성원가)으로 공급하여야 한다. 가. 국가 또는 지방자치단체 나.「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관 다. 「지방공기업법」제5조 에 따른 지방직영기업 라. 「지방공기업법」제49조 에 따른 지방공사 마. 「지방공기업법」제76조 에 따른 지방공단 2. 제1호 각 목의 개발사업시행자 외의 개발사업시행자가 공급하는 학교용지의 공급가액은「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제2호에 따른 감정평가에 의한 가액으로 한다. ④ 제1항과 제2항에 따라 시ㆍ도가 학교용지를 확보하는 데에 드는 경비는 시ㆍ도의 일반회계와 제5조의4에 따른 학교용지부담금특별회계에서 2분의 1을, 시ㆍ도 교육비특별회계에서 2분의 1을 각각 부담한다. ⑤ 시ㆍ도지사는 제4항에 따라 부담하는 금액을 각각 시ㆍ도의 일반회계와 제5조의4에 따른 학교용지부담금특별회계 예산에 계상하여 시ㆍ도 교육비특별회계로 전출하여야 한다. ⑥ 제3항 제1호에서 “학교용지 조성원가”란 제2조 제2호에 따른 관계 법률에서 용지 조성원가를 정하고 있는 경우에는 그 용지 조성원가를 말하며, 용지 조성원가를 정하고 있지 아니한 경우에는 「택지개발촉진법」제18조 제3항에 따른 택지 조성원가의 산정방식을 준용하여 산정한 가격을 말한다. ⑦ 개발사업시행자가 학교용지 또는 학교시설을 시ㆍ도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 무상공급하는 경우에는 무상공급에 소요되는 비용을「개발이익환수에 관한 법률」제11조 제1항에 따른 개발비용에 포함할 수 있다. (3) 학교용지 확보 등에 관한 특례법 시행령 제2조[개발사업계획의 승인 신청] ①「학교용지 확보 등에 관한 특례법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제1항에 따른 개발사업시행자(이하 “개발사업시행자”라 한다)가 개발사업계획의 승인을 신청할 때에는 다음 각 호 중 해당하는 의견서 또는 협의결과를 각각 첨부하여야 한다. 1. 법 제3조 제3항에 따른 교육감의 의견서 2. 법 제4조의2 제2항 및 같은 조 제6항에 따른 교육감과의 협의결과