이유
1. 사실 및 처분개요 청구인 OOO, OOO, OOO, OOO, OOO(이하 “청구인들”이라 한다)은 대구광역시 수성구 OO동 OOOOOOO의 대지 496.5㎡ 및 같은 곳 OOOOOO의 대지 563.6㎡의 양 지상에 건물(오피스텔) 11,498.08㎡를 신축하여 92년도중에 그 중 일부(토지 436.87㎡, 건물 4,740.64㎡ 이하 92년도중에 분양된 오피스텔을 “쟁점오피스텔”이라 한다)를 분양한 후 (분양금액 : 5,075,682,600원) 이에 대한 부가가치세 신고시에는 위 분양금액 5,075,682,600원을 지방세법상의 과세시가표준액에 비례하여 토지·건물가액을 안분계산하여(안분계산내역 : 토지 537,382,824원, 건물 4,538,299,776원) 건물분에 대한 부가가치세를 신고·납부하였고, 92년 귀속 종합소득세 신고시에는 부가가치세 신고시와는 달리 구소득세법시행령 제170조 제2항의 규정에 의거 기준시가에 비례하여 토지·건물가액을 안분계산하여(안분계산내역 : 토지 1,815,830,048원, 건물 3,259,852,552원) 종합소득세(부동산매매업)를 산출·신고하였다. 위 사실에 대하여 처분청은 쟁점오피스텔의 전체 실지거래가액(분양금액)을 지방세법상의 과세시가표준액에 비례하여 토지·건물의 매매가액을 안분계산하고, 필요경비에 산입할 토지의 취득가액은 지방세법상의 과세시가표준액으로 평가한 금액으로 하여 청구인들의 쟁점오피스텔 매매관련 92년 귀속 종합소득세(부동산매매업)를 결정하고, 95.10.1 청구인들에게 92년 귀속 종합소득세 181,679,150원 (청구인별 고지세액 : 별지)을 고지하였다. 청구인들은 이에 불복하여 95.11.27 심사청구를 거쳐 96.2.16 심판청구를 하였다. 2. 청구인들 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인들 주장 부동산매매의 실지거래가액중 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우, 부가가치세 과세표준은 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제3항의 단서 규정에 따라 “지방세법에 의한 과세시가표준액”에 비례하여 토지와 건물가액을 안분계산하게 되어있고, 구소득세법 시행규칙 제67조 에 의한 부동산매매업자에 대한 종합소득세액의 계산은 동법 시행령 제170조 제2항 단서규정에 따라 “기준시가”에 비례하여 토지와 건물가액을 안분계산하게 되어 있으며, 국세청 예규(소득 22OOO-2533·92.11.25, 재일 4OOO4-44·96.1.8)의 내용도 토지와 건물가액을 구소득세법 시행령 제170조 제2항의 단서규정에 따라 안분계산하여 계산하도록 되어 있다. 따라서, 토지와 건물가액의 구분이 불분명한 경우 그 구분계산방법을 각 세법(부가가치세법, 소득세법)에서 달리 규정하고 있는 바, 부가가치세 신고가 선행되었다고 하여 종합소득세 결정시에도 부가가치세 신고내용을 근거로 토지와 건물가액을 구분계산함은 부당하므로, 이 건 종합소득세 결정시에는 기준시가에 비례하여 토지와 건물가액을 안분계산하여야 한다. 나. 국세청장 의견 청구인들은 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제3항 단서규정에 따라 쟁점오피스텔의 토지·건물가액을 안분계산하여(과세시가표준액을 기준하여 안분계산), 건물가액에 대해서는 세금계산서를, 토지가액에 대해서는 계산서를 교부하였음이 확인되는 바, 비록 청구인들과 쟁점오피스텔을 분양받은 자 간에 체결된 분양계약서에 토지와 건물가액이 구분되어 기재되지 않았다 하더라도, 청구인들은 토지가액에 대하여는 계산서를, 건물가액에 대하여는 세금계산서를 교부함으로써 쟁점오피스텔 분양시에 토지와 건물가액이 구분되어 분양되었다고 봄이 타당하므로, 이 건의 경우는 소득세법 시행령 제170조 제2항의 규정에 의한 “토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때”에 해당되지 않는다고 보여지므로, 처분청이 청구인들이 부가가치세 신고시에 신고한 가액대로 토지 및 건물의 분양가액을 계산하여 종합소득세(부동산매매업)를 결정·고지한 처분은 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 부동산매매업자인 청구인들이 쟁점오피스텔의 토지와 건물을 함께 양도함으로써 전체의 실지거래가액은 확인되지만 토지·건물 각각의 실지거래가액의 구분이 불분명한 경우, 종합소득세 과세를 위한 매매차익을 계산함에 있어 동 토지와 건물가액을 과세시가표준액과 기준시가중 어느 것을 기준하여 안분계산함이 타당한지를 가리는데 있다. 나. 관계법령 (1) 쟁점오피스텔 분양당시 시행되던 소득세법 제82조 (부동산매매업자에 대한 종합소득세액의 계산) 제2항은「부동산매매업자로서 종합소득금액에 토지등의 매매로 인하여 발생하는 사업소득 이외의 종합소득이 있는 자에 대한 종합소득에 대한 세액의 계산에 있어서는 다음 각호의 세액 중 많은 금액을 종합소득산출세액으로 한다. 1. 제70조의 규정에 의한 종합소득산출세액 2. 제92조 제2항의 규정에 의한 산출세액의 당해 연도분 합계액과 종합소득과세표준에서 제92조 제1항의 규정에 의한 토지 등 매매차익의 당해 년도분 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고, 이에 기본세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액」이라고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은「제1항 및 제2항의 부동산매매업자에 대한 종합소득세액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (88.12.26 신설)」라고 규정하고 있다. (2) 소득세법시행령 제134조 (부동산매매업자에 대한 종합소득세액의 계산) 제2항은「법 제82조에 규정하는 종합소득산출세액의 계산은 재무부령이 정하는 바에 의한다.」라고 규정하고 있으며, 동법시행규칙 제67조 (부동산매매업자에 대한 종합소득세액의 계산) 제2호는 「토지 등의 매매로 인하여 발생한 소득 이외의 종합소득이 있는 경우에는 다음 (가) 및 (나)에 의하여 계산한 금액 중 많은 금액을 그 종합소득산출세액으로 한다. (가) (매매차익 - 기타 필요경비 + 다른 종합소득금액) - 소득공제액 = 종합소득과세표준 종합소득과세표준 × 기본세율 = 종합소득산출세액 (나) {(매매차익 - 양도소득공제 - 법 제68조 제2항의 규정에 의한 소득공제액) × 법 제70조 제3항 각호의 규정에 의한 세율} + {(다른 종합소득금액 - 소득공제액) × 기본세율} = 종합소득산출세액 (89.3.6 개정)」이라고 규정하고 있다. (3) 한편, 소득세법시행령 제170조 (양도소득금액의 조사결정) 제2항은 「토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 이 경우에 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산 한다. (78.12.30 개정)」라고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인들이 쟁점오피스텔의 토지와 건물을 함께 분양함으로써 전체 실지거래가액(5,075,682,600원)은 확인되지만, 토지·건물 각각의 실지거래가액은 구분되지 않는다는 사실, 청구인들이 쟁점오피스텔 분양에 대한 부가가치세 신고시에는 그 토지·건물의 실지거래가액의 구분이 불분명한 경우로 보아 공급계약일 현재의 과세시가표준액에 비례하여 그 가액을 구분하고 건물분에 대한 부가가치세를 신고·납부한 사실 및 92년 귀속 종합소득세 신고시에는 위 부가가치세 신고시와는 달리 소득세법 시행령 제170조 제2항의 기준시가에 비례하여 토지·건물가액을 구분하고 이에 따라 종합소득세액(부동산매매업)을 산출하고 신고·납부한 사실에는 다툼이 없다. (2) 쟁점오피스텔 분양당시 시행되던 소득세법은 부동산매매업에서 발생하는 소득을 사업소득으로 규정하여 종합소득세를 부과하고 있으나, 부동산매매업은 양도소득과 같이 부동산의 매매로 인하여 발생하는 소득을 과세대상으로 하고 있으므로 양도소득세의 세부담과의 균형을 위하여 소득금액계산 및 세액계산과 신고납부방법은 다른 사업소득과는 다른 특례규정을 두고 있는 바, 앞서의 관계법령에서 살펴 본 바와 같이 부동산매매업자에 대하여는 종합소득세과세방법(종합소득 산출세액)과 양도소득세과세방법(토지 등 매매차익예정신고 산출세액) 중 세액이 많은 방법에 의하여 과세토록 규정하고 있다. (3) 이 건 과세기록에 의하면 처분청은 청구인들의 92년 귀속 부동산매매소득에 대하여 양도소득세과세방법으로 산출세액을 계산하고 종합소득세를 부과한 사실이 확인된다. (4) 앞서 본 소득세법시행령 제170조 제2항은 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있는 바, 위 소득세법시행령 제170조 제2항에서의 “토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때”란 당해자산의 거래증빙에 의하여 토지가액과 건물가액이 명백히 구분되지 아니하는 경우를 뜻하는 것으로 해석되므로, 청구인들이 쟁점오피스텔의 토지와 건물을 함께 양도함으로써 전체 실지거래가액(5,075,682,600원)은 확인되지만, 토지·건물 각각의 실지거래가액은 구분되지 않은 이 건의 경우는 위 소득세법 시행령 제170조 제2항에서 규정하는 “토지와 건물등의 가액의 구분이 불분명한 때” 에 해당된다 할 것이다. 한편, 쟁점오피스텔의 분양시기가 92년도인 이 건의 경우 토지의 기준시가는 분양당시의 개별공시지가에 의하여 계산하고, 건물의 기준시가는 분양당시의 지방세법시행령 제80조 의 규정에 의한 과세시가표준액에 의하여 계산하여야 할 것이다. (5) 위 관계법령 및 사실관계를 종합해 볼 때, 청구인들이 쟁점오피스텔을 토지·건물 구분없이 함께 분양함으로써 전체 실지거래가액(5,075,682,600원)은 확인되지만 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명한 이 건의 경우, 쟁점오피스텔의 분양으로 인한 청구인들의 92년 귀속 부동산매매차익을 계산함에 있어서 토지와 건물가액의 구분은, 전체 실지거래가액을 분양당시 토지·건물의 기준시가(토지는 양도당시에 개별공시지가에 의하여 평가한 가액, 건물은 양도당시 지방세법상의 과세시가표준액에 의하여 평가한 가액)에 비례하여 안분계산하여야 할 것으로 판단된다. 라. 결 론 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [ 별 지 ] 청구인별 고지세액 (단위 : 원)

주 소

성 명

주민등록번호

고 지 세 액

대구광역시 수성구 OO동 OOO

OOO

OOOOOOOOOOOOOO

101,528,810원

상 동

OOO

OOOOOOOOOOOOOO

4,641,420원

대구광역시 수성구 OO동 OOOOOO

OOO

OOOOOOOOOOOOOO

61,134,420원

대구광역시 수성구 OO동 OOOO

OOO

OOOOOOOOOOOOOO

7,187,250원

대구광역시 수성구 OO동 OOOO

OOO

OOOOOOOOOOOOOO

7,187,250원

합 계

181,679,150원