이유
1. 원처분의 개요
청구법인은 경기도 양주군 광적면 OO리 OOOOO에서 전자부품제조 및 판매업을 영위하는 외국인 투자법인(중소제조업으로 주주인 일본국 법인은 원재료 공급처임)으로 처분청은 중부지방국세청 세무조사결과통보에 따라 91～94사업년도분 법인세를 96.1.16 과세하면서, 감면세액의 증가로 구
조세감면규제법 제71조
와 제72조의 규정에 의한 특정설비투자세액공제 및 임시투자세액공제액 111,673,589원(92사업년도 : 9,519,000원, 93사업년도 : 102,154,589원, 이하 “쟁점공제세액”이라 한다)을 직권공제하였으나, 청구법인이 96사업년도 법인세신고시 위 공제세액상당액을 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하였다 하여 추가공제한 특정설비투자세액 및 임시투자세액공제액을 추징하여 97.10.16자로 92사업년도분 법인세 14,951,490원과 93사업년도분 법인세 149,298,930원을 결정고지하였다.
청구법인은 이에 불복하여 97.12.13 심사청구를 거쳐 98.2.13 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
가. 청구법인 주장
기업합리화적립금 제도의 취지는 당해 중요산업의 감면혜택을 계속 기업내에 유보시켜 이를 법정용도에 사용케 함으로써 감면제도의 목적인 중요산업을 육성시키는 취지인 바, 청구법인은 비록 담당자의 착오로 기업합리화적립금을 과소적립하였지만 96사업년도 대차대조표상 미처분이익잉여금 1,139,836,971원이 사내에 유보되어 있었고 또한 담당자의 실수를 바로잡아 97.4.23 정기주주총회의 결의를 거쳐 적립하였을 뿐만 아니라 이건 추징세액은 92, 93사업년도 법인세이므로 구
국세기본법 제45조
의 규정에 의하여 과세처분전인 97.7.29에 수정신고까지 하였음에도 이를 부인하고 과세한 이건 처분은 부당하다.
나. 국세청장 의견
(1) 청구법인은 쟁점감면공제세액을 96사업년도의 법인세 경정시 추가로 공제받은 바 있음에도 경정일이 속하는 사업년도의 이익잉여금처분시 동액을 기업합리화적립금으로 적립하지 아니한 사실에 대하여는 달리 다툼이 없다.
(2) 96사업년도 법인세 수정신고기한내인 97.7.29자 기업합리화적립금을 추가로 적립하여 수정신고한 것이 정상적인 수정신고로 볼 수 있는지에 대하여 기 해석한 바 있는 재정경제원 예규(기법46019-125, 97.4.2)를 보면, 「세액의 증감이 아닌 기업합리화적립금의 미적립 또는 과소적립으로 인한 추가적립사항은 수정신고의 대상이 아님」이라고 해석하고 있어 기업합리화적립금을 추가 적립하여 수정신고한 청구법인의 수정신고는 적법한 수정신고로 볼 수 없다.
(3) 사실관계가 위와 같다면 법인세액의 쟁점감면공제세액에 대한 기업합리화적립금을 경정일이 속하는 96사업년도에 적립하지 아니한 사실이 확인되고 있으므로 당초 공제한 감면공제세액을 불공제하여 결정고지한 당초처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
청구법인의 경리담당 착오로 처분청이 직권공제하여준 쟁점감면공제세액에 상당하는 기업합리화적립금을 적립하지 아니하여 과세처분전(前)에 정기주주총회의 의결을 거쳐 기업합리화적립금을 적립하고 수정신고한 경우에 세액의 증감이 아닌 기업합리화적립금의 미적립 또는 과소적립으로 인한 추가적립 사항은 수정신고의 대상이 아니라는 논지로 공제세액을 추징한 처분의 당부를 가리는데 있다.
나. 관련법령
(1) 조세감면규제법은 조세의 감면 및 이에 관한 특례와 그 규제에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 제정된 법으로 구 조세감면규제법(91.12.27 법률 제4451호, 92.12.8 법률 제4521호로 개정된 것, 이하 “조감법”이라 줄여쓴다) 71조～72조의 6개 규정은 투자촉진을 위한 조세특례를 규정하고 있는데, 그 제71조에서는 특정설비투자에 대한 세액공제를 그 제72조에서는 임시투자세액공제등을 규정하면서
같은법 제91조
제1항에서는 위
조감법 제71조
와 제72조등의 규정에 의하여 세액공제 세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해사업년도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세 상당액)에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 제2항에서는 위에서 언급하는 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면·소득공제를 적용하지 아니하되, 다만 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있으며, 이의 위임을 받은
같은법시행령 제65조
제1항은 위에서 언급하고 있는 “대통령령이 정하는 경우”를
(첫째) 기업회계상 처분가능 이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우
(둘째) 내국법인이 당해 과세연도의 결산확정일(
법인세법 제26조
제3항의 결산확정일) 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우로 규정하고 그 제3항에서는 위와 같은 경우에는 그 다음 사업년도의 이익금처분에 있어서 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다고 규정하고 있고
(2) 구
조세감면규제법 제92조
제1항에서는 위
조세감면규제법 제91조
제1항에 규정하는 소득공제·세액공제·세액감면을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 공제 또는 면제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 대한 법인세 상당액)에 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 지체없이 징수한다고 규정하고 각호중 제1호에서는 법 제91조의 기업합리화적립금을 동조 제3항에 규정된 방법(이월결손금의 보전, 자본에의 전입)에 의하지 아니하고 처분한 때. 각호중 제2호에서는 법 제71조 및 제72조등의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 동조의 규정에 의하여 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 종료일로부터 5년이 경과되기전에 처분한 때(이하 단서생략)로 규정하고 있다.
(3) 한편 국세기본법(94.12.22 법률 제4810호로 개정된 것) 제45조(수정신고) 제1항의 규정에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기전까지 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있다고 규정하고 각호중 제1호에서는 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때” 각호중 제2호에서는 “과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때”로 개정하여 규정하고 있고
제45조의 2(경정등의 청구) 제1항에서는 과세표준 수정신고서를 법정신고기한내에 제출한 자가 (첫째) 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말함)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (둘째) 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말함)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말함)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 신설하여 규정하고
동 부칙 제4조에서는 위 법 제45조의 개정규정은 이법 시행후 최초로 수정신고하는 분부터 적용하고 같은 부칙 제5조에서는 위 법 제45조의 2의 개정규정은 이법 시행후 최초로 개시되는 과세기간부터 적용한다고 규정하고 있다.
다. 사실관계
(1) 처분청은 중부지방국세청의 청구법인에 대한 91～94사업년도분 법인세 특별조사과정에서 각 사업년도별 미공제세액중 청구법인이 신고하지 아니한 특정설비투자세액 공제와 임시투자세액공제등을 직권으로 추가공제하는 반면에 익금산입등을 하여 96.1.16 법인세를 다음과 같이 고지한 바 있다.
< 다 음 >
( 단위 : 원 )
‘91
‘92
‘93
1. 신고
- 공제세액
11,862,407
36,583,646
48,359,262
- 기업합리화적립금액
13,494,407
39,847,646
61,211,262
- 법인세액
26,124,221
29,371,442
41,024,309
2. 법인세 과세내용
- 96.1.16 현재 발생된 미공제세액
1,849,100
54,249,582
81,016,600
- 위 미공제세액중 처분청 직권
공제세액
1,849,100
9,519,000
102,154,589
- 법인세조사로 익금산입하고 위
공제세액을 감한후 결정한 법인세
27,936,737
38,845,116
178,018,292
(2) 청구법인은 96.1.16자로 처분청이 직권 공제하여준 세액에 상당하는 금액을 세무조정계산상 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하고 97.3.30 96사업년도 법인세를 신고한 후 청구법인의 이사회에서 수정결의를 하고 97.4.23 정기주주총회를 개최하여 위 직권 공제세액(91 : 1,848,100원, 92 : 9,519,000원, 93 : 102,154,589원)과 96사업년도분 적립금 46,787,998원의 합계금액 160,010,087원에 상당하는 161,000,000원을 기업합리화적립금으로 적립하고 97.7.29 수정신고를 하였고 이에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.
라. 판단
이건의 경우에 있어서 처분청(국세청장)은 세액의 증감이 아닌 기업합리화적립금의 미적립 또는 과소적립으로 인한 추가 적립사항은 수정신고대상이 아니라는 재경원 예규(기법46019-125, 97.4.2)에 의하여, 처분청이 96.1.16 직권공제 하여준 쟁점공제세액 111,673,589원(92사업년도 : 9,519,000원, 93사업년도 : 102,154,509원)을 97.3.30 청구법인이 96사업년도 법인세신고시 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하였다 하여 이를 추징, 과세하였으나
(1) 전시
조세감면규제법 제92조
에서 공제·감면세액의 추징은
같은법 제91조
의 기업합리화적립금을 이월결손금의 보전이나, 자본에의 전입등의 방법에 의하지 아니하고 처분한 때와
같은법 제71조
및 제72조등의 규정에 의하여 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 종료일로부터 5년이 경과되기전에 당해자산을 처분한 때로 규정하고 있는 바, 이는 관련 세법에서 규정하는 기업합리화적립금의 적립취지가 동 감면세액에 상당하는 이익잉여금을 사외에 유출시키지 말고 이월결손금의 보전에 사용하거나 자본에의 전입을 통하여 당해기업의 재무구조의 개선과건실화를 도모하기 위한 것(국심 96부1249, 97.4.14외 다수)이라고 할 것이므로, 내국법인이 공제·감면을 받은 세액에 상당하는 금액을 당해 사업년도에 기업합리화적립금으로 적립하지는 않았으나 그 공제·감면세액에 상당하는 금액을 사외로 유출하지 않은 상태에서 그 다음 사업년도에 기업합리화적립금을 적립한 경우에는 당해 사업년도에 적립하지 아니하였다 하여 공제·감면세액을 추징할 수는 없다고 할 것(국심 94서2222, 94.11.28 같은 뜻임)이며
(2) 위와 같은 입법취지에 따라 국회는 97.12.13 법률 제5417호로
조세감면규제법 제123조
제2항의 규정을 신설하여 기업합리화적립금을 당해 사업년도에 적립하지 아니하는 경우 당해 사업년도후 최초로 처분가능이익(당기순이익 + 이월이익잉여금 - 이월결손금 - 이익준비금)이 발생하는 사업년도의 이익금 처분시까지 적립할 수 있다고 규정하는 대신 같은조 제3항에서 위 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업년도의 법인세에서 가산하여 징수토록 신설규정함으로써 공제·감면 자체를 배제하기 보다는 절차 불이행에 따른 가산세를 부과하도록 하여 납세자의 권익증진 차원에서 기업합리화적립금 제도를 합리적으로 보완하였음을 알 수 있는 바,
(3) 이건 청구법인의 경우와 같이 처분청이 직권으로 공제하여준 세액을 경리담당자의 착오로 청구법인이 97.3.30 법인세신고시 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 사실을 알고 이를 바로잡기 위하여 97.4.23 정기주주총회를 개최하여 96.12.31현재의 미처분이익잉여금 1,139,836,971원을 이익준비금 17,600,000원, 기업합리화적립금 161,000,000원, 배당금 176,000,000원으로 하고 차액 785,236,971원을 차월이익잉여금으로 하는 이익잉여금 처분을 수정하고 위와 같이 기업합리화적립금을 추가적립하였다면 이는
국세기본법 제45조
와 제45조의 2 및 재경원 예규와 같이 과세표준이나 세액의 증감사항이 아니어서 수정신고나 경정청구등의 대상이 아니라 할지라도 과세처분전에 이미 공제·감면받은 세액등의 추징을 면하기 위하여 부득이 수정신고의 형태로 처분청에 이와 같은 사실을 알렸다면 과세관청이 이미 공제받은 세액을 추징할 수 없다고 할 것(대법원 95누17014, 96.2.23 같은 뜻임)이므로 처분청이 전시 재경원 예규의 내용에서 기업합리화적립금의 추가적립이 수정신고대상이 아니다라는 의미를 내국법인이 기업합리화적립금을 당해 사업년도에 적립하지 아니하면 이를 추징하는 것으로 보아 과세한 처분은 관계법령을 오해한 처분으로 판단된다.
마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로
국세기본법 제81조
및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.