이유
1. 처분개요 가. 청구인은 2004.1.1.부터 의료기기 및 소모품 도·소매업을 영위하는 자(2008.4.24. 법인으로 전환)로서, 2007년 제2기에 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 OOO(공급가액, 이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였다. 나. 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 세금계산서로 보고 쟁점금액을 필요경비 부인하여, 2013.12.13. 청구인에게 2007년 제1기 부가가치세 OOO 및 2007년 귀속 종합소득세 OOO을 경정·고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.2.15. 이의신청을 거쳐 2014.6.10. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 청구인은 2007년 제2기에 쟁점거래처로부터 요실금기기 OOO(이하 “쟁점상품”이라 한다)를 인도받기로 하고 쟁점세금계산서를 미리 수령하였으나, 이후 제때에 쟁점상품을 납품받지 못하여 이를 재고자산으로 분류하였다가, 2008.4.24. 법인 전환 후 관련 재고를 정리하고자 쟁점거래처로부터 수정세금계산서를 수령하여 반품회계처리하고 2009년 제1기에 OOO에 관련 부가가치세를 신고 및 납부하였는바, 개인 및 법인사업자로 영업하는 동안 쟁점금액에 대하여 필요경비 및 매출원가로 반영한 사실이 없으므로 이를 원가에 반영한 것으로 보아 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점금액이 2007년 기말재고에 가공자산 으로 포함되어 있다고 주장하나 상품수불부와 같은 객관적인 자료 를 제시하지 못하고 있으며, 청구인이 제출한 거래명세서·세금계산서·수입 면장 등에 기재된 품목명이 부정확하여 기말재고자산명세서의 진위를 확인할 수 없고 그 외 확인이 가능한 다른 일부 품목의 경우는 기말재고자산명세서와 수치가 맞지 않는바, 쟁점금액이 2007년 기말재고에 포함되었는지가 불확실하므로 이에 대하여 필요경비 부인한 이 건 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구인이 쟁점금액을 매출원가에 포함하여 비용처리한 것으로 보아 종합소득세를 과세한 처분의 당부 나. 관련 법률 (1) 국세기본법 제16조 【근거과세】 ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다 ② 제1항에 따라 국세를 조사·결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다 ( 2) 소득세법 제27조 【사업소득의 필요경비 계산】① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응 하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다. ② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다. 제80조【결정과 경정】① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다. ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다. 1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 2. 제137조ㆍ제137조의2ㆍ제138조ㆍ제143조의4ㆍ제144조의2 또는 제146조에 따라 소득세를 원천징수한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 원천징수의무자의 폐업ㆍ행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우 3. 제140조에 따른 근로소득자 소득ㆍ세액 공제신고서를 제출한 자가 사실과 다르게 기재된 영수증을 받는 등 대통령령으로 정하는 부당한 방법으로 종합소득공제 및 세액공제를 받은 경우로서 원천징수의무자가 부당공제 여부를 확인하기 어렵다고 인정되는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 심리자료를 토대로 이 건 사실관계를 살펴본다. (가) 청구인의 2007년 귀속 종합소득세 신고 및 결정내역은 다음 <표1>과 같다. <표1> 2007년 종합소득세 신고·결정내역 (나) 처분청은 청구인의 매출 중 OOO와의 거래분[ 2007년 제2기 거래분 OOO(가공매출로 판단)을 사유로 매출감액 결정하였다. (다) 처분청은 청구인이 2007년 제2기 쟁점거래처로부터 실제로 쟁점상품을 매입하지 않고 쟁점세금계산서를 수취한 것에 대하여, 쟁점금액을 필요경비 부인하였다. (라) 청구인은 2008.4.24. 개인사업자 OOO으로 법인 전환할 당시 쟁점금액이 포함된 재고자산을 양도·양수하여 2007～2008년 기말 재고자산으로 이월되었다고 주장하며, 아래 <표2>와 같이 2007년 종합소득세 신고당시에는 제출하지 아니한 2007년의 기말재고자산명세서를 제출하였다. <표2> 2007년 기말재고자산명세 (마) 청구인이 2008년 표준손익계산서와 함께 제출한 2008년말 재고자산평가조정명세서에는 OOO가 계상되어 있다. (바) 처분청의 조사종결보고서에 따르면, 처분청이 청구인 제출서류에 의하여 2007년 매입, 매출에 의한 기말재고를 파악한 결과, 2007년 매입· 매출 품목은 총 177개로 재고 잔액은 OOO으로 집계되어 결산서상의 잔액과 불일치하고, 상품 중 OOO의 장부상 재고수량은 2,050개로 집계되나 실지 신청인의 기말재고자산명세서에서는 해당 품목이 확인되지 않으며, 2007년 제2기 OOO에 판매한 91개의 요실금기기가 가공으로 확인(대금증빙 등 미소명)되어 요실금기기 기말재고는 실제 91개가 남게 되어야 하나 청구주장에 따르면 기말재고가 없는 것으로 나타난다. (사) 청구인이 제출한 원가비율 및 기말재고율은 다음과 같다. (아) 처분청은 이 건과 관련하여 현지조사 등을 실시하지 아니하고 과세자료를 바탕으로 결정(이의결정 포함)을 한 것으로 확인되며, 청구인은 과세자료 소명과정에서, 2007년 종합소득세 신고당시에는 기말재고자산명세서를 제출하지 아니하였고, 원장 등에 의한 재고 확인은 어렵다는 내용이 포함된 확인서를 제출하였다. (2) 청구인의 주장은 다음과 같다. (가) 청구 외 OOO는 의료용품 거래활성화를 위해 2007년 하반기부터 쟁점거래처와 강북지역 총판 계약을 추진 중이었는바, 이 과정에서 쟁점거래처는 청구인에게 구매단가를 높이는 대신 대금결제기간을 연장하는 수급계약을 구두약속하고 세금계산서를 먼저 발행하였으나, OOO와 쟁점거래처의 계약이 장기간 표류하게 되자, 2008.4.24. 청구인 업체를 포괄 양수한 OOO은 2009.1.1. 쟁점거래처로부터 반품(수정)세금계산서를 수취하여 기 공제받은 부가가치세를 신고·납부하였는바, 법인 전환후에 수정세금계산서를 수취하여 공제받았던 부가가치세를 추가 납부한 사실은 쟁점금액이 법인 전환 당시(2008.4.24.) 기초재고에 포함되었음을 의미하며 이는 2007년 기말재고에도 당연히 포함되었던 것이다. (나) 별도의 경리사원도 없는 영세업체에게 상품수불부 작성은 사실상 불가능하며, 매 연말 결산시 가공재고를 포함한 실지재고를 조사하여 반영한 기말재고자산명세서를 제출하였고, 2007년 종합소득세 신고시 기말재고자산명세서를 첨부하지 않은 것(확인서 제출)은 법정 첨부서류가 아니었기 때문이지 과세자료 소명과정에서 제출된 자료가 추후에 작성되었다는 의미가 아니다. (다) 청구인은 국세부과제척기간이 지난 관계로 자료의 일부만을 보관하고 있어 처분청에 불완전한 자료를 제출할 수밖에 없었음에도 불구하고, 처분청이 청구인의 제출자료를 근거로 다른 품목(좌욕기)의 기말재고를 추출한 뒤 청구인이 제출한 기말재고와 다르다는 이유로 쟁점상품의 재고 또한 사실과 다르다고 추정한 것은 지나치게 추상적인 판단이다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 법인전환 후 수정(반품)세금계산서를 수취하여 공제받았던 부가가치세를 납부하였고 쟁점상품 감액처리시 외상매입금 계정을 상계하여 회계처리한 점, 2008년 표준손익계산서 및 이에 대한 2008년말 재고자산평가조정명세서에 쟁점금액과 일치하는 쟁점상품이 기말재고자산으로 계상되어 있는 점, 처분청 의견에 따라 2007년 매출원가 신고액에서 가공매입 OOO을 차감할 경우 청구인의 2007년 원가율(50.2%)이 다른 과세기간(61%)에 비해 크게 낮아지고, 상품재고가 2007년에 급증하였다가 2009년에 감소한 것으로 나타나는 등 2007년 가공매입분을 재고로 보유하다가 2009년에 정리하였다는 주장에 신빙성이 있는 점 등에 비추어 쟁점금액을 매출원가로 반영하지 않았다는 청구인 주장에 타당성이 있는 것으로 보이므로 쟁점금액에 대해 필요경비 부인하여 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.