이유
1. 원처분 개요
청구법인은 OO특별시 중구 OO로 OO OOOOO에 사업장을 둔 외국은행 국내지점으로서 ‘86～’90사업년도 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어서 ① 본점 경비 배부방법에 있어서 본점 배부대상경비와 당해은행본점의 「해외지점 통제부」의 배부대상경비를 구분하여 본점등의 경비 배부액을 계산하여 이를 손금에 산입하였으며 (’86～’90사업년도), ② 내국인에게 외화를 대부하고 지급받는 이자 및 수수료에 대한 법인세 감면소득 계산시 감면소득과 기타사업에 공통되는 손금을 매출총이익금액에 비례하여 안분계산하여 그 감면소득을 계산하였다. (’89년 및 ’90사업년도)
처분청은 ① 본점등의 경비배부방법에 있어 청구법인의 본점이외의 지역을 통할하는 「통할점」이 없음에도 청구법인의 「해외지점 통제부」를 「통할점」으로 보아 법인세법 기본통칙 6-1-33...54 제2호 나목에 규정된 산식에 따라 본점등의 경비를 배부한 것은 잘못이라 하여 다음 산식에 따라 배부대상경비를 계산하였으며,
〈산식〉
본점의 배부대상경비×
1. 원처분 개요
청구법인은 OO특별시 중구 OO로 OO OOOOO에 사업장을 둔 외국은행 국내지점으로서 ‘86～’90사업년도 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어서 ① 본점 경비 배부방법에 있어서 본점 배부대상경비와 당해은행본점의 「해외지점 통제부」의 배부대상경비를 구분하여 본점등의 경비 배부액을 계산하여 이를 손금에 산입하였으며 (’86～’90사업년도), ② 내국인에게 외화를 대부하고 지급받는 이자 및 수수료에 대한 법인세 감면소득 계산시 감면소득과 기타사업에 공통되는 손금을 매출총이익금액에 비례하여 안분계산하여 그 감면소득을 계산하였다. (’89년 및 ’90사업년도)
처분청은 ① 본점등의 경비배부방법에 있어 청구법인의 본점이외의 지역을 통할하는 「통할점」이 없음에도 청구법인의 「해외지점 통제부」를 「통할점」으로 보아 법인세법 기본통칙 6-1-33...54 제2호 나목에 규정된 산식에 따라 본점등의 경비를 배부한 것은 잘못이라 하여 다음 산식에 따라 배부대상경비를 계산하였으며,
〈산식〉
본점의 배부대상경비×
본점의 배부대상경비×
② 외화대부사업에 대한 법인세 감면소득계산에 있어서 89.3.6
법인세법 시행규칙 제25조
제3항 단서규정이 삭제되었으므로 공통손금을 구분계산함에 있어서 수입금액에 비례하여 공통손금을 안분계산하여 법인세 과세표준과 세액을 경정하고 91.12.2 청구법인에게 다음세액을 고지하였다.
사업년도
법 인 세
방 위 세
’86(86.1.1～86.12.31)
14,197,730원
2,268,360원
’87(87.1.1～87.12.31)
8,502,870
1,948,550
’88(88.1.1～88.12.31)
7,563,160
1,403,190
’89(89.1.1～89.12.31)
60,334,660
14,848,640
’90(90.1.1～90.12.31)
23,099,050
5,577,670
청구인은 이에 불복, 92.1.29 심사청구를 거쳐 92.5.25 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
가. 청구법인은 (1) 본점 경비배부방법에 있어서 청구법인의 국내지점을 통할하는 통할점이 별도로 있지는 아니하나 본점의 한 부서인 해외지점 통제부가 청구법인의 4개 해외지점(OO 및 OOO, OOOO, OOO, OO지점)의 담당부서로서 위 4개 해외지점만을 위하여 발생된 경비는 관련된 지점의 수입금액에 따라 별도로 배부하는 것이 법인세법 기본통칙 6-1-33...54 제2호 나목에 규정된 산식보다 더 합리적인 경비배부방식이므로 청구법인이 본점에서 발생된 경비를 발생부서별로 구분한 후 해외지점 통제부에서 발생된 경비는 해외지점의 수입금액에 따라 배부하고 해외지점 통제부 이외의 부서에서 발생된 본점 경비는 본점 산하 각지점의 수입금액에 따라 배부하여 손금을 계산한 것은 정당하다는 주장이며,
(2) 또한, 외국은행 국내지점의 외화대부이자 및 수수료에 대하여 법인세를 면제하도록 규정된
조세감면규제법 제69조
제4항이 88.12.26 세법개정시 삭제되었으나 동법 부칙 제24조 제2항에서 88.12.31 이전에 대출된 외화대부이자 및 수수료에 대하여는 계속 법인세를 면제하도록 규정되어 있고, 89.3.6에
법인세법 시행규칙 제25조
제3항 단서규정이 삭제됨에 따라 공통손금을 수입금액(매출액)에 비례하여 안분계산 하도록 되었으나, 외국은행의 영업특성상 외화대부이자 및 수수료가 수입금액에서 차지하는 비율이 상대적으로 높아 수입금액에 비례하여 안분계산하는 경우 공통손금이 많이 배분됨에 따라 실제로는 감면소득이 발생하지 않게 되므로, 이는 ① 상위법령(조세감면규제법)에서 규정한 조세감면 혜택이 하위법령(법인세법시행규칙)에 의하여 상실되는 모순이 있으므로 조세감면규제법(88.12.26 개정) 부칙 제24조 제2항의 규정에 의하여 계속 감면되는 기대출 외화대부이자등은 종전의 규정에 따라 매출총이익금액 기준으로 공통손금을 안분계산하여야 하며, ② 89.3.6에
법인세법 시행규칙 제25조
제3항 단서규정이 삭제된 후 91.2.11에 시행한 재무부예규(국조 22601-183)가 있기 까지는 80.2.27에 시행한 재무부예규(직세 1264-548)에 따라 공통손금을 매출총이익금액에 비례하여 안분계산하는 것이
국세기본법 제18조
제3항의 소급과세금지원칙에 부합되므로 이 건 처분은 부당하다는 주장이다.
나. 국세청장은 (1) 본점등의 경비배부방법에 있어 청구법인의 해외지점 통제부는 국내지점을 통할하는 통할점이 아니라 본점의 1개 부서에 불과하므로 동 부서에서 발생한 공통경비는 본점의 공통경비로 보는 것이 합리적이어서 청구법인의 해외지점 통제부에서 발생된 경비를 본점의 경비에 합산하여 수입금액에 비례하여 배부한 당초처분에 달리 잘못이 없으며
(2) 외화대부사업에 따른 법인세 감면소득을 계산함에 있어 공통손금 안분계산은 89.3.6에
법인세법 시행규칙 제25조
제3항 단서규정이 삭제되었으므로 공통손금을 계산함에 있어서 다른 감면사업과 같이 수입금액에 비례하여 안분계산한 당초처분에 잘못이 없다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
가. 이 사건은 ① 외국은행 국내지점의 본점경비 배부방법에 있어서 본점조직의 1개부서(해외지점담당부서)인 해외지점 통제부를 통할점으로 보아 관련경비를 배부할 수 있는지 여부 및 ② 외국은행 국내지점이 88.12.31 이전에 대부한 외화대부 이자소득에 대한 법인세 면제소득금액을 계산함에 있어서, 감면사업과 기타사업에 공통되는 손금을 수입금액에 비례하여 안분계산할 것인지 또는 매출총이익금액에 비례하여 안분계산할 것이지 여부에 다툼이 있다.
나. 먼저 본점 경비배부방법에 대한 다툼을 살펴본다.
(1) 관련법령
①
법인세법 제54조
및
동법시행령 제121조
제1항 제1호의 규정을 모아보면 외국법인의 각 사업년도의 국내원천소득의 총합계금액을 계산함에 있어서 법 제9조에서 규정하는 손금은 법 제55조에서 규정하는 국내원천 소득에 관련하는 수입금액. 자산가액과 국내원천소득에 합리적으로 배분되는 것에 한하도록 규정되어 있다.
② 동법 기본통칙 6-1-33...54의 규정을 살펴보면 외국은행의 국내사업장(이하 “국내지점”이라 한다)의 각 사업년도의 소득금액을 결정함에 있어서 당해 외국은행의 본점 및 그 국내지점을 통할하는 관련지점(이하 “본점 등”이라 한다)의 일반관리비중 공통경비로서 그 국내지점의 국내원천소득의 발생과 합리적으로 관련된 경비를 배부 계산함에 있어서 일괄배부방법을 선택할 경우 배부대상경비중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 본점등의 경비 배부액으로 하며, 이 경우 본점 및 통할점의 수입금액과 이들 산하 각 지점등의 수입금액의 합계액은 본점과 통할점 및 산하 각 지점별로 수입금액을 계산하여 합계한 금액을 말하며, 본·지점간 또는 지점간의 거래로 인하여 발생한 수입금액을 상계하지 아니한 금액으로 하고, 본점등의 산하 각 지점이라 함은 본점등이 업무를 지휘, 관리, 감독 등 통할하는 전세계에 있는 모든 지점, 연락사무소 그리고 당해 본점이 51% 이상 출자한 출자법인으로 그 영업의 성격상 지점의 영업과 동일한 영업을 하는 법인(이하 “지점 등”이라 한다)을 말한다라고 규정되어 있다.
〈산식〉
(본점의 배부대상경비 ×
청구인은 이에 불복, 92.1.29 심사청구를 거쳐 92.5.25 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
가. 청구법인은 (1) 본점 경비배부방법에 있어서 청구법인의 국내지점을 통할하는 통할점이 별도로 있지는 아니하나 본점의 한 부서인 해외지점 통제부가 청구법인의 4개 해외지점(OO 및 OOO, OOOO, OOO, OO지점)의 담당부서로서 위 4개 해외지점만을 위하여 발생된 경비는 관련된 지점의 수입금액에 따라 별도로 배부하는 것이 법인세법 기본통칙 6-1-33...54 제2호 나목에 규정된 산식보다 더 합리적인 경비배부방식이므로 청구법인이 본점에서 발생된 경비를 발생부서별로 구분한 후 해외지점 통제부에서 발생된 경비는 해외지점의 수입금액에 따라 배부하고 해외지점 통제부 이외의 부서에서 발생된 본점 경비는 본점 산하 각지점의 수입금액에 따라 배부하여 손금을 계산한 것은 정당하다는 주장이며,
(2) 또한, 외국은행 국내지점의 외화대부이자 및 수수료에 대하여 법인세를 면제하도록 규정된
조세감면규제법 제69조
제4항이 88.12.26 세법개정시 삭제되었으나 동법 부칙 제24조 제2항에서 88.12.31 이전에 대출된 외화대부이자 및 수수료에 대하여는 계속 법인세를 면제하도록 규정되어 있고, 89.3.6에
법인세법 시행규칙 제25조
제3항 단서규정이 삭제됨에 따라 공통손금을 수입금액(매출액)에 비례하여 안분계산 하도록 되었으나, 외국은행의 영업특성상 외화대부이자 및 수수료가 수입금액에서 차지하는 비율이 상대적으로 높아 수입금액에 비례하여 안분계산하는 경우 공통손금이 많이 배분됨에 따라 실제로는 감면소득이 발생하지 않게 되므로, 이는 ① 상위법령(조세감면규제법)에서 규정한 조세감면 혜택이 하위법령(법인세법시행규칙)에 의하여 상실되는 모순이 있으므로 조세감면규제법(88.12.26 개정) 부칙 제24조 제2항의 규정에 의하여 계속 감면되는 기대출 외화대부이자등은 종전의 규정에 따라 매출총이익금액 기준으로 공통손금을 안분계산하여야 하며, ② 89.3.6에
법인세법 시행규칙 제25조
제3항 단서규정이 삭제된 후 91.2.11에 시행한 재무부예규(국조 22601-183)가 있기 까지는 80.2.27에 시행한 재무부예규(직세 1264-548)에 따라 공통손금을 매출총이익금액에 비례하여 안분계산하는 것이
국세기본법 제18조
제3항의 소급과세금지원칙에 부합되므로 이 건 처분은 부당하다는 주장이다.
나. 국세청장은 (1) 본점등의 경비배부방법에 있어 청구법인의 해외지점 통제부는 국내지점을 통할하는 통할점이 아니라 본점의 1개 부서에 불과하므로 동 부서에서 발생한 공통경비는 본점의 공통경비로 보는 것이 합리적이어서 청구법인의 해외지점 통제부에서 발생된 경비를 본점의 경비에 합산하여 수입금액에 비례하여 배부한 당초처분에 달리 잘못이 없으며
(2) 외화대부사업에 따른 법인세 감면소득을 계산함에 있어 공통손금 안분계산은 89.3.6에
법인세법 시행규칙 제25조
제3항 단서규정이 삭제되었으므로 공통손금을 계산함에 있어서 다른 감면사업과 같이 수입금액에 비례하여 안분계산한 당초처분에 잘못이 없다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
가. 이 사건은 ① 외국은행 국내지점의 본점경비 배부방법에 있어서 본점조직의 1개부서(해외지점담당부서)인 해외지점 통제부를 통할점으로 보아 관련경비를 배부할 수 있는지 여부 및 ② 외국은행 국내지점이 88.12.31 이전에 대부한 외화대부 이자소득에 대한 법인세 면제소득금액을 계산함에 있어서, 감면사업과 기타사업에 공통되는 손금을 수입금액에 비례하여 안분계산할 것인지 또는 매출총이익금액에 비례하여 안분계산할 것이지 여부에 다툼이 있다.
나. 먼저 본점 경비배부방법에 대한 다툼을 살펴본다.
(1) 관련법령
①
법인세법 제54조
및
동법시행령 제121조
제1항 제1호의 규정을 모아보면 외국법인의 각 사업년도의 국내원천소득의 총합계금액을 계산함에 있어서 법 제9조에서 규정하는 손금은 법 제55조에서 규정하는 국내원천 소득에 관련하는 수입금액. 자산가액과 국내원천소득에 합리적으로 배분되는 것에 한하도록 규정되어 있다.
② 동법 기본통칙 6-1-33...54의 규정을 살펴보면 외국은행의 국내사업장(이하 “국내지점”이라 한다)의 각 사업년도의 소득금액을 결정함에 있어서 당해 외국은행의 본점 및 그 국내지점을 통할하는 관련지점(이하 “본점 등”이라 한다)의 일반관리비중 공통경비로서 그 국내지점의 국내원천소득의 발생과 합리적으로 관련된 경비를 배부 계산함에 있어서 일괄배부방법을 선택할 경우 배부대상경비중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 본점등의 경비 배부액으로 하며, 이 경우 본점 및 통할점의 수입금액과 이들 산하 각 지점등의 수입금액의 합계액은 본점과 통할점 및 산하 각 지점별로 수입금액을 계산하여 합계한 금액을 말하며, 본·지점간 또는 지점간의 거래로 인하여 발생한 수입금액을 상계하지 아니한 금액으로 하고, 본점등의 산하 각 지점이라 함은 본점등이 업무를 지휘, 관리, 감독 등 통할하는 전세계에 있는 모든 지점, 연락사무소 그리고 당해 본점이 51% 이상 출자한 출자법인으로 그 영업의 성격상 지점의 영업과 동일한 영업을 하는 법인(이하 “지점 등”이라 한다)을 말한다라고 규정되어 있다.
〈산식〉
(본점의 배부대상경비 ×
)
+ (통할점의 배부대상경비 ×
청구인은 이에 불복, 92.1.29 심사청구를 거쳐 92.5.25 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
가. 청구법인은 (1) 본점 경비배부방법에 있어서 청구법인의 국내지점을 통할하는 통할점이 별도로 있지는 아니하나 본점의 한 부서인 해외지점 통제부가 청구법인의 4개 해외지점(OO 및 OOO, OOOO, OOO, OO지점)의 담당부서로서 위 4개 해외지점만을 위하여 발생된 경비는 관련된 지점의 수입금액에 따라 별도로 배부하는 것이 법인세법 기본통칙 6-1-33...54 제2호 나목에 규정된 산식보다 더 합리적인 경비배부방식이므로 청구법인이 본점에서 발생된 경비를 발생부서별로 구분한 후 해외지점 통제부에서 발생된 경비는 해외지점의 수입금액에 따라 배부하고 해외지점 통제부 이외의 부서에서 발생된 본점 경비는 본점 산하 각지점의 수입금액에 따라 배부하여 손금을 계산한 것은 정당하다는 주장이며,
(2) 또한, 외국은행 국내지점의 외화대부이자 및 수수료에 대하여 법인세를 면제하도록 규정된
조세감면규제법 제69조
제4항이 88.12.26 세법개정시 삭제되었으나 동법 부칙 제24조 제2항에서 88.12.31 이전에 대출된 외화대부이자 및 수수료에 대하여는 계속 법인세를 면제하도록 규정되어 있고, 89.3.6에
법인세법 시행규칙 제25조
제3항 단서규정이 삭제됨에 따라 공통손금을 수입금액(매출액)에 비례하여 안분계산 하도록 되었으나, 외국은행의 영업특성상 외화대부이자 및 수수료가 수입금액에서 차지하는 비율이 상대적으로 높아 수입금액에 비례하여 안분계산하는 경우 공통손금이 많이 배분됨에 따라 실제로는 감면소득이 발생하지 않게 되므로, 이는 ① 상위법령(조세감면규제법)에서 규정한 조세감면 혜택이 하위법령(법인세법시행규칙)에 의하여 상실되는 모순이 있으므로 조세감면규제법(88.12.26 개정) 부칙 제24조 제2항의 규정에 의하여 계속 감면되는 기대출 외화대부이자등은 종전의 규정에 따라 매출총이익금액 기준으로 공통손금을 안분계산하여야 하며, ② 89.3.6에
법인세법 시행규칙 제25조
제3항 단서규정이 삭제된 후 91.2.11에 시행한 재무부예규(국조 22601-183)가 있기 까지는 80.2.27에 시행한 재무부예규(직세 1264-548)에 따라 공통손금을 매출총이익금액에 비례하여 안분계산하는 것이
국세기본법 제18조
제3항의 소급과세금지원칙에 부합되므로 이 건 처분은 부당하다는 주장이다.
나. 국세청장은 (1) 본점등의 경비배부방법에 있어 청구법인의 해외지점 통제부는 국내지점을 통할하는 통할점이 아니라 본점의 1개 부서에 불과하므로 동 부서에서 발생한 공통경비는 본점의 공통경비로 보는 것이 합리적이어서 청구법인의 해외지점 통제부에서 발생된 경비를 본점의 경비에 합산하여 수입금액에 비례하여 배부한 당초처분에 달리 잘못이 없으며
(2) 외화대부사업에 따른 법인세 감면소득을 계산함에 있어 공통손금 안분계산은 89.3.6에
법인세법 시행규칙 제25조
제3항 단서규정이 삭제되었으므로 공통손금을 계산함에 있어서 다른 감면사업과 같이 수입금액에 비례하여 안분계산한 당초처분에 잘못이 없다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
가. 이 사건은 ① 외국은행 국내지점의 본점경비 배부방법에 있어서 본점조직의 1개부서(해외지점담당부서)인 해외지점 통제부를 통할점으로 보아 관련경비를 배부할 수 있는지 여부 및 ② 외국은행 국내지점이 88.12.31 이전에 대부한 외화대부 이자소득에 대한 법인세 면제소득금액을 계산함에 있어서, 감면사업과 기타사업에 공통되는 손금을 수입금액에 비례하여 안분계산할 것인지 또는 매출총이익금액에 비례하여 안분계산할 것이지 여부에 다툼이 있다.
나. 먼저 본점 경비배부방법에 대한 다툼을 살펴본다.
(1) 관련법령
①
법인세법 제54조
및
동법시행령 제121조
제1항 제1호의 규정을 모아보면 외국법인의 각 사업년도의 국내원천소득의 총합계금액을 계산함에 있어서 법 제9조에서 규정하는 손금은 법 제55조에서 규정하는 국내원천 소득에 관련하는 수입금액. 자산가액과 국내원천소득에 합리적으로 배분되는 것에 한하도록 규정되어 있다.
② 동법 기본통칙 6-1-33...54의 규정을 살펴보면 외국은행의 국내사업장(이하 “국내지점”이라 한다)의 각 사업년도의 소득금액을 결정함에 있어서 당해 외국은행의 본점 및 그 국내지점을 통할하는 관련지점(이하 “본점 등”이라 한다)의 일반관리비중 공통경비로서 그 국내지점의 국내원천소득의 발생과 합리적으로 관련된 경비를 배부 계산함에 있어서 일괄배부방법을 선택할 경우 배부대상경비중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 본점등의 경비 배부액으로 하며, 이 경우 본점 및 통할점의 수입금액과 이들 산하 각 지점등의 수입금액의 합계액은 본점과 통할점 및 산하 각 지점별로 수입금액을 계산하여 합계한 금액을 말하며, 본·지점간 또는 지점간의 거래로 인하여 발생한 수입금액을 상계하지 아니한 금액으로 하고, 본점등의 산하 각 지점이라 함은 본점등이 업무를 지휘, 관리, 감독 등 통할하는 전세계에 있는 모든 지점, 연락사무소 그리고 당해 본점이 51% 이상 출자한 출자법인으로 그 영업의 성격상 지점의 영업과 동일한 영업을 하는 법인(이하 “지점 등”이라 한다)을 말한다라고 규정되어 있다.
〈산식〉
(본점의 배부대상경비 ×
)
+ (통할점의 배부대상경비 ×
)
= 본점 등의 경비배부액
(2) 살피건대, 청구법인은 위 산식을 적용함에 있어 국내지점을 통할하는 통할점은 없으나 본점의 해외지점 통제부가 당해 국내지점의 업무를 통할하고 있으므로 본점의 배부대상경비에서 해외지점통제부에서 발생된 경비만을 구분해내어 위 산식에 규정된 통할점의 배부대상경비를 해외지점 통제부의 배부대상경비로 하고, 통할점 산하 각 지점등의 수입금액의 합계액을 해외지점 통제부 산하 각 지점등의 수입금액의 합계액으로 하여 위 산식에 따라 계산함이 합리적이라 주장하고 있으나 ① 해외지점 통제부는 별도의 영업기능이 없어 그 수입금액이 없으며, ② 통할점이라 함은 “국내지점을 통할하는 관련점”이라고 규정된 바, 청구법인의 해외지점이 아닌 본점조직의 1개부서인 해외지점 통제부를 통할점으로 볼 수는 없고, ③ 더구나 청구법인의 해외지점 통제부만을 독립적으로 운영하여 그에 소요되는 경비를 구분하여 계상하였다거나 구분하여 계상할 수 있는 증빙의 제시도 없으므로 처분청이 청구법인의 본점내 해외지점 통제부에서 발생된 경비를 본점의 배부대상 경비에 합산하여 본점의 수입금액과 본점 산하 각지점등의 수입금액의 합계액중 국내지점의 수입금액이 차지하는 비율에 따라 배부한 당초처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.
다. 다음, 외화대부사업에 따른 법인세 감면소득 계산시 공통손금을 매출총이익금액에 비례하여 안분계산하여야 한다는 청구주장에 대하여 살펴본다.
(1) 관련법령
① 조세감면규제법(88.12.26 개정전) 제69조 제4항 및 동법시행령 (88.12.31 개정전) 제56조 제2항의 규정에 의하여, 외국은행의 국내지점이 내국인에게 외화를 대부(차주가 외국환은행이 아닌 경우에는 상환기간이 360일 이상인 것에 한함)하고 지급받는 이자 및 수수료에 대하여는 소득세 또는 법인세를 면제하도록 규정되어 있었으나, 88.12.26 조세감면규제법 개정시 동 규정이 삭제되면서 동 법률 부칙 제24조 제2항에 “이 법 시행 당시 (89.1.1 시행) 종전의 제69조의 규정에 의하여 외화대부이자 및 수수료 등에 대한 조세감면에 관하여는 종전의 제69조의 규정에 의한다”라고 규정하고 있어, 88.12.31 이전에 대출한 외화대부이자 및 수수료등에 대한 법인세는 종전의 규정에 의하여 계속 면제받도록 규정하고 있다.
②
법인세법시행령 제69조
제1항에서는 “법인세법 및 다른 법률의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 그 사업과 기타의 사업별로 구분할 수 없는 공통손금과 그 공통손금에 대응하는 공통익금을 재무부령이 정하는 바에 의하여 구분 계산하여야 한다”라고 규정되어 있으며, 동법 시행규칙(89.3.6 개정전) 제25조 제1항 제2호에서 “수익사업과 기타 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한다”라고 규정되어 있고, 동조 제3항에 “영 제69조의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타 사업에 공통되는 익금과 손금의 구분계산은 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다. 다만,
조세감면규제법 제69조
제4항에 규정하는 외국은행의 국내지점이 외화대부사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우의 공통손금은 매출총이익금액(영업수입의 합계금액에서 이에 대응하는 직접 비용을 공제한 금액을 말한다)에 비례하여 안분계산한다”라고 규정되어 있었으나, 89.3.6에 동법시행규칙 개정시 동조 동항 단서규정을 삭제하였고 동 규칙 개정내용은 그 부칙 제2조의 규정에 의하여 동 규칙 시행(89.3.6)후 최초로 종료하는 사업년도분부터 적용하도록 규정하고 있다.
(2) 살피건대, 청구법인은 법인세법 시행규칙(89.3.6 개정령) 제25조 제3항 단서 규정이 삭제된 이후에도 조세감면규제법(88.12.26 개정 법률) 부칙 제24조 제2항의 규정에 따라 계속 법인세가 면제되는 기대출 외화대부이자등에 대하여는 매출총이익금액 기준으로 공통손금을 안분 계산하여 감면소득을 계산하여야 한다고 주장하고 있으나, ① 앞에서 살펴본 바와 같이
법인세법 시행규칙 제25조
제3항 단서 규정이 삭제된 89.3.6 이후에 최초로 종료하는 사업년도분 부터는 외국은행의 국내지점이 감면사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우의 공통손금은 동규칙 제25조 제1항 제2호 및 제3항의 규정에 의하여 감면사업과 기타사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하는 것이라고 보아야 할 것이고, ② 88.12.26 조세감면규제법 개정시 외국은행 국내지점의 내국인에 대한 외화대부사업에서 발생하는 이자소득의 조세감면 제도를 폐지하면서
동법 제69조
제6항의 규정으로 신설된 외국환은행의 비거주자에 대한 외화대부사업에서 발생하는 이자등의 조세감면소득을 계산함에 있어서도 다른 감면소득과 마찬가지로 법인세법시행규칙(89.3.6 개정령) 제25조 제1항 제2호 및 제3항의 규정에 따라 그 감면사업과 기타사업의 수입금액에 비례하여 공통손금을 안분계산하도록 하고 있는 점등을 종합하여 볼 때, 조세감면규제법(88.12.26 개정) 부칙 제24조 제2항의 규정에 의하여 법인세가 계속 면제되는 외국은행 국내지점의 기대출 외화대부이자에 대한 면제소득을 계산함에 있어서 그 공통손금은 89.3.6에 개정·시행하는
법인세법 시행규칙 제25조
의 규정에 따라 감면사업과 기타사업의 수입금액에 비례하여 안분계산 하는 것이 타당하다고 판단된다.(재무부 예규 국조 22601-183; 91.2.11도 같은 취지임)
라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 모두 이유없다고 판단되므로
국세기본법 제81조
및 제65조 제1항 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.