이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2009.11.16. OOO 주식회사로부터 OOO 외 9필지 토지 80,483㎡ 중 7,999.399㎡

를 OOO원에 취득하고,

2009.12.16. 지방세법(2010.3.31. 개정전, 이하 같다)

제282조의 규정

에 의한 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취

득

하는 부동산(기업

부설연구소 사용면적 77.51%)에 대하여는 취득세 등을

감

면받고, 나머

지

부동산(기타부분 사용면적 22.49%)에 대하여는 취

득세 등 OOO

원

을 납부하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사(2010.10.25.∼2010.10.29.)결

과,

청구법인이 취득한 토지 중 OOO 외 5필지 토

지 2,077.388㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 운동장 및 도로부지(도시계획시설)로 사용하는 것으로 조사하고,

쟁점토지를 기업부설연구소(이하 “연구소”라 한다)용에 직접 사용하지 아니하는 토지로 보아 쟁점토지의 취득가액 OOO원에서

취득세 납부를 위해 신고한 가액 OOO원을 차감한 OOO원을 과세표준으로 하고 가산세를 적용하여 2011.2.21. 청구법인에게 취득세 OOO원,

농어촌특별세 OOO원, 등록세 OOO원, 지방교육세 OOO

원, 합계 OOO원을 부과고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.3.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

다른 법인의 경우에는 4년의 유예기간이 경과한 후에 추징여부를 판단함에도 쟁점토지에 대하여는 4년의 유예기간이 경과되기도 전에 기업부설연구소용에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 보아 취득세

등을 추징하는 것은 과세형평에 위배되며, 개발제한구역해제 등을 진

행하고 있음에도 불구하고 기업부설연구소용에 사용하는 것을 포기했다는 발생하지도 아니한 미래행위를 예단하여 과세하는 것은 이익

침해적 제재규정에 대한 엄격해석원칙이나 조세법률주의에 위배되므

로 취득세 등의 부과처분을 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대

하여 연구소 설치후 유예기간이 경과하기 전에 당해 부동산에 대한 기업부설연구소에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용함으로써

그 목적이 전환한 경우에는 더 이상의 목적에 따른 4년이란 유예기간

을 적용할 수 없다고 보아야 할 것인 바(조심 2008지150, 2009.4.7. 참조),

청구법인이 쟁점토지를 취득하여 기업부설연구소용이 아닌 다른 용도(운동장 및 도로부지)로 사용하고 있는 사실이 확인되고 있는 이상, 청구법인은 당초 목적에 따른 유예기간을 적용할 수 없으므로, 처분청이 쟁점토지를 기업부설연구소용에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 부동산으로 보아 감면받은 취득세 등을 추징(부과고지)한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지를 기업부설연구소용에 직접 사용하지 아니한다 하여 감면받은 취득세 등을 추징(부과고지)한 처분이 정당한지 여부

나. 관련법령

(1)

지방세법 (2010.3.31. 개정전)

제282조(기업부설연구소용 부동산에 대한 면제) 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2) 지방세법 시행령(2010.9.20. 개정전)

제228조(기업부설연구소) 법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년이내에

「기술개발촉진법」 제7조

제1항제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 청구인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인과 청구법인의 4개 계열법인들은 청구법인이 소유한

토지위에 공동으로 기업부설연구소를 설치하기 위하여 2006.8.25. 청

구

법인이 소유한 토지 15,927㎡를 제외한 64,450㎡를 4개 계열법인들에

게

매각하기로 하는 계약을 다음 <표>와 같이 체결하고, 2006.11.20. 법

인별 소유지분대로 소유권이전 등기를 경료하였다.

1) 정산대상 부지 현황

2) 정산원칙

가) 금번 2006년 8월 각사가 합의한 부지매매는 사업부지(사업외부지) 분할 및 연구소사용승인 후 건물 실사용면적 비율에 따른 사용부지의 공유지분 비율 확정을 통한 정산을 전제로 한다.

나) 부지매매후 사업추진상의 편의를 위해 사업부지(사업외부지)

가

미분할된 OOO에 대해서는 취득금

액 비율로 이전등기를 완료한다.

다) 연구소 사용승인후 최종 정산시 정산대금을 공동사업자의 토

지 취득에 대한 최종잔금으로 하기로 합의한다.

라) 연구소 사용승인후 부지정산에 대한 최종 정산대금 수수는 공

동사업자의 공동사업종료에 따른 처리이므로 금번 매매대금 산정시 적용한 평균 감정평가액OOO과 동일하게 적용키로 한다.

(나) 4개 계열법인 중 OOO 주식회사는 2006.7.11. 460-30 외 2필지상 연구소를 증축(90,958.92㎡)하는 건축허가를 받았으며, 이후 청구법인과 4개 계열법인 공동명의로 건축주를 변경하고 2008.10.17. 다음 <표>와 같이 건축물 임시사용승인을 받았다.

(다) 2008.10.16. 청구법인과 4개 계열법인은 쟁점토지에 대하여 분

할[(460-26 → 460-26), (460-77, 30 → 460-30, 460-78, 460-79)]신청을 하였고 쟁점토지는 2008.10.23. 다음과 같이 각각 분할되었다.

1) 460-26의 59,320㎡가 460-26의 51,485㎡와 460-77의 7,835㎡로 분할되었고, 460-30의 102,847㎡가 460-30의 59,585㎡와 460-78의 38,959㎡ 및 460-79의 4,303㎡로 각각 분할(2008.10.23.)되었다.

2) 분할후 연구소부지에 해당하지 아니하는 460-26의 51,485㎡와

460-30의 59,585㎡는 청구법인의 단독소유로, 분할된 연구소부지

인

460-77의 7,835㎡와 460-78의 38,959㎡ 및 460-79의 4,303㎡는 청구법

인과 4개 계열법인 공동소유로 하여 공유물분할을 원인으로 하는 소유권이전 등기가 경료(2009.11.10.)되었다.

3) 460-1의 4,949㎡는 460-1의 1,385㎡과 460-76의 3,564㎡로 분할(2008.10.23.)되었다.

4) OOO의 8,331㎡는 460-75의 7,289㎡와 460-80의 1,201

㎡

로

분할(2008.11.6.)되었다(당초 8,331㎡에서 지적정리로 159㎡증가된

8,490㎡로

변경).

(라) 청구법인은 공유물분할시 취득한 토지 25,571.57㎡의 시가표준액에

지방세법 제131조

제1항 제5호의 세율을 적용하여 2009.11.13. 등록세 등 OOO원을 신고납부하였다.

(마) 청구법인은 2009.11.16. OOO주식회사로부터 OOO

원에 토지를 취득하고 그 위의 지상건물 중 기업부설연구소로 사용하

는

비율(77.51%)에 해당하는 취득가액 OOO원에 대하여는 (구)지

방

세법 제282조

의 규정에 의한 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하

여

취득하는 부동산으로 보아 취득세 등 OOO원을 감면받았고, 기

업부설연구소용에 직접 사용하지 아니하는 부분[근린생활시설 및

중전기공장, 비율(22.49%)]에 해당하는 취득가액 OOO원에 대

하여는 (구)

지방세법 제112조

제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 2009.12.16. 취득세 등 OOO원을 신고납부하였다.

(바) 한편, 청구법인과 4개 계열법인들은 기업부설연구소를 신축

하고 당초 취득한 토지를 다음 <표>와 같이 상호 정산(매매)한 사실이

나타난다.

(사) 청구법인은 2010.6.24. OOO로부터 기업부설연구소 변경신고에 따라

기술개발촉진법 제7조

제1항 제2호의 규정에

의한 기준을 갖춘 연구소로서 OOO의 인정을 받은 사

실이 나타난다.

(아) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사(2010.10.25.∼2010.10.29.)

결과, 쟁점토지는 도시계획시설(운동장 및 도로부지)로 청구법인이 기

업

부설연구소용에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도에 사용하는 토지

로

보아 쟁점토지의 취득가액 OOO원에서 청구법인이 취득세 납

부를 위해 신고한 가액 OOO원을 차감한 OOO원을

과세표준으로 하여 2011.2.21. 청구법인에게 취득세 등 OOO원

을 부과고지하였다.

(2) 청구법인은 다른 법인의 경우 4년의 유예기간이 경과한 후

에

비로소 추징여부를 판단함에도 쟁점토지에 대하여는 4년의 유예기간

이 경과되기도 전에 기업부설연구소용에 직접 사용하지 아니하는 부동산

으로 보아 취득세 등을 추징하는 것은 과세형평에 위배되며, 개발제

한구역해제 등을 진행하고 있음에도 불구하고 기업부설연구소용에 사용하는 것을 포기했다는 발생하지도 아니한 미래행위를 예단하여 과세

하는 것은 이익침해적 제재규정에 대한 엄격해석원칙이나 조세법률주

의에 위배된다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.

(3)

지방세법 제282조

및

동법 시행령 제228조

에는 기업

부설연구소

용에 직접 사용하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적

의 7배 이내)

에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 연구소 설치후 4년 이내에

정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용

하는 경우에

는 그 해당 부분에 대하여 면제된 취득세 등을 추징하도

록 규정되어 있다.

(4) 건축물의 부속토지는 토지의 이용현황에 따라 객관적으로 결정 되

는 것으로 경계가 구획된 경우에는 그 구내의 토지 중 기준면적 이내의

토지를 말하며 경계구획이 되어 있지 않은 경우에는 그 토지가 명백

히 건축물의 부속토지로 볼 수 없는 것을 제외하고는 기준면적 이내의 토지를 건축물의 부속토지로 보아야 할 것이고,

지상정착물의 효용과 편익을 위하여 사용되고 있는 토지의 이용

현

황에 따라 객관적으로 판단하여야 하고, 또한 외형상 분리된 토지

라

할지라도 부속토지의 해당 여부는 외형상 단순한 분리나 공부상의 필

지수

에 의한 구분으로 판단하기 보다는 취득목적, 인접정도, 실제이용

현황, 경제적 일체성 등을 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것이

다.

(5) 살피건대, 이 건의 경우 청구법인이 2009.11.16. OOO주식

회사로부터 취득한 도로부지

는 도로확충을 위한 도시계획시설로 고시

된 토지라고 하더라도 옹벽이나 조경조설을 함으로써 연구소용부지와 도로간의 울타리 또는 경계로

이용되면서 연구소구역 내에 위치 하고 있는 것으로 나타나므로 연구소용에 공해지고 있다고 봄이 타당한 것으로 판단된다.

또한, 운

동장부지는 연구동과 구분되는 펜스가 주위에 설치되어 있고 중간에 차량용

통행

도로가 있으나 쪽문으로 자유로운 출입이 가능할 뿐만 아니라 연

구

단

지의 정문을 통과하여야만 출입이 가능하고,

공장동이 신축되어 있

었지만 이미 폐쇄되고 창원으로 이전하여 현재

는 사실상 가동중인 공장동이 없어 이를 공장용 부속토지라고 보기는 어렵다 하겠고,

운동장부지를 청구법인의 소속 직원들이 체육시설로 이용하고 있는 사실이 제출된 자료에 나타나며,

공유법인인 OOO주식회사

소속 연구원들도

위 운동장부지를

복지후생증진을 위

한 전용체육시설

로 사용하고 있어 위 운동장부지는 연구소의 효용과 편익을 위하여 사용

되는 연구소용 건물의 부속토지라고 인정된 사실OOO이 있어

청구법인과 4개 계열법인들이 공동으로 소유하고 있는 쟁점토지가 소재하는 도로부지와 운동장부지는 그 취득목적과 실제이용현황 등을 종합적으로 감안할 때, 연구소의 효용과 편익을 위하여 사용되고 있다고 보아야 하고 쟁점토지는 연구소용 건물의 부속토지에 해당 되는 것으로 보아야 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점토지에 대하여 유예기간내에 기업부설연구소용 부동산에 직접 사용하지 않는 부동산으로 보아 청구법인이 감면받은 취득세 등을 추징(부과고지)한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 지방세기본

법 제123조 제4항과

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.