이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2001.10.4. 서울특별시 ○○구 ○○동 335-25번지 소재 다세대주택 202호(토지 58.94㎡, 건축물 76.71㎡ ; 이하 “이 사건 부동산” 이라 한다.)를 취득한 후 구 지방세법(2001.12.29 법률 제6549호로 개정되기 전의 것 ; 이하 같다) 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항 제1호에서 규정한 종교용 부동산으로 보아 취득세와 등록세 등을 비과세 받았으나 , 이 사건 부동산은 청구인의 고유 목적사업인 예배·선교 등에 직접 사용하지 아니하고 청구인 소속 수녀들의 숙소(기숙사)로 사용하고 있으므로 이 사건부동산의 취득가액 158,000,000원에 구 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조 제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,792,000원 , 등록세 5,688,000원 , 지방교육세 1,042,800원 합계 10,522,800원(가산세 포함)을 2006.9.15. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 천주교 예수 성심 전교수녀회의 기본이념에 입각하여 국내외 수도자양성, 선교사업, 자선사업, 양로원 운영 기타 복지사업 등을 목적 으로 설립된 종교단체로서 이 사건 부동산은 서울시립동작노인종합복지관(이하 “이 사건 복지관”이라 한다.)의 관리를 위탁 받은 청구인이 이 사건 복지관의 운영을 위하여 파견한 소속 수녀들의 숙소 로 사용하고자 취득하여 이 사건 심사청구일인 2007.4.16 현재까지 사용하고 있으므로 이는 종교단체가 목적사업에 직접 사용하는 것임에도 처분청이 기 비과세한 취득세 등을 부과 고지한 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 취득세 등의 취소를 구하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 성직자(수녀)를 노인복지관에 파견 운영하는 종교단체가 주택을 취득 하여 파견된 수녀들의 기숙사로 사용하는 경우 종교 목적사업에 직접 사용 하고 있는 것으로 볼 수 있는 지 여부 에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제107조 및 제127조 제1항은 용도구분에 의한 취득세 · 등록세 비과세사유를 규정하면서 그 중의 하나로 제1호에서 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기를 들고 있고, 각 본문 단서에서는 취득·등기일로 부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득·등기한 부동산의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세·등록세를 부과한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 서울특별시로 부터 이 사건 복지관의 운영권을 위탁받은 청구외 서울카톨릭사회복지회로부터 운영권을 재위탁 받은 후, 이 사건 복지관을 운영하기 위하여 청구인 소속 수녀(3명)를 이 사건 복지관에 파견한 사실과 파견된 수녀들의 숙소로 사용하고자 이 사건 부동산을 취득한 사실은 제출된 관련 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 국내외 수도자양성, 선교사업, 자선사업, 양로원 운영 기타 복지사업 등을 목적 으로 설립된 종교단체로서 이 사건 부동산은 이 사건 복지관의 운영을 위하여 파견한 소속 수녀들의 숙소 (기숙사)로 사용하고자 취득하여 현재까지 사용하고 있으므로 이는 종교단체가 목적사업에 직접 사용하는 것으로 보아 이 사건 취득세 등은 비과세되어야 한다고 주장하고 있으나 구 지방세법 제107조 및 제127조제1항은 용도구분에 의한 취득세 · 등록세 비과세사유를 규정하면서 그 중의 하나로 제1호에서 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기를 들고 있고, 각 본문 단서에서는 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득·등기한 부동산의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세·등록세를 부과한다고 규정하고 있는바, 그 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적 으로 당해 부동산의 사용 용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 하므로 (대법원 2001두 878 ; 2002. 10. 11. 선고 ) 이 사건 부동산이 청구인의 목적사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 것인지에 관하여 보면, 청구인은 교회 선교사업의 목적 달성의 하나 로서 자선 사업, 양로원(성심의 어머니집) 및 재가노인 복지사업을 하고 있으며 이 사건 복지관의 위탁 운영 또한 이와 같은 복지사업의 일환으로 이루어지고 있다고 하더라도 청구인 소속 수녀의 숙소로 독립된 주거 용도로만 사용하도록 되어있는 이 사건 부동산을 예배·기도 ·종교교육· 선교에 중추적으로 직접 공여되는 부동산이라고 보기에는 무리가 있고 또한 이 사건 복지관의 운영은 청구외 서울카톨릭사회복지회가 서울특별시 로 부터 위탁 받은 뒤 청구인에게 재 위탁 한 것으로 청구인은 이 사건 복지관을 자기책임 아래 독립적으로 운영하는 것이 아니라 수탁인의 입장에서 시설을 유지하고 관리하는 것으로 보는 것이 타당 할 것이므로 이와 같은 위탁관리 업무를 청구인의 고유목적인 선교와 직접적인 관련이 있다고 할 수도 없으므로 처분청이 이 사건 부동산을 종교용에 직접 사용되지 아니하는 것으로 보아 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 것은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2007. 5. 28. 행 정 자 치 부 장 관