이유
1. 사실 및 처분개요

청구법인은 경기도 화성군 태안읍 OO리 OOOOO 일원에서 아파트 신축분양사업을 함에 있어 청구외 OOO 소유의 경기도 화성군 태안읍 OO리 OOOOOOO 전 4,232㎡의 일부가 위 사업지구에 속하게 되어, 95.2.28 위 토지를 전부 매수한 다음 이를 필지분할하여 사업지구에 속하는 부분의 토지(3,666㎡)는 청구법인 명의로 취득에 관한 등기를 하였으나, 사업지구에 속하지 아니하는 부분의 토지(577㎡. 이하 “쟁점토지”라 한다)는 청구법인 명의로 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 95.9 이를 청구외 OO건설주식회사에 국민주택건설용지로 양도하였다.

청구법인은 쟁점토지에 대한 특별부가세 신고시

법인세법 제59조의 4

제1항 제2호의 세율(25%)을 적용하고 국민주택건설용지에 대한 감면신청을 하였다.

처분청은 쟁점토지가 미등기 양도토지에 해당하는 것으로 보아

법인세법 제59조의 4

제1항 제1호의 세율(40%)을 적용하고 특별부가세의 감면(국민주택건설용지)을 배제하여 97.1.3 청구법인에게 95사업년도분 특별부가세 43,242,620원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 97.2.28 심사청구를 거쳐 97.7.3 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장

가. 쟁점토지의 취득 경위

청구법인은 경기도 화성군 태안읍 OO리 OOOOO 일원에서 아파트 신축분양사업을 함에 있어 청구외 OOO 소유의 토지(경기도 화성군 태안읍 OO리 OOOOO 전 4,232㎡) 중 일부는 사업지구내에 속하고 일부는 속하지 아니하게 되어 청구법인은 사업지구내의 토지만 취득하려고 하였으나 매도자측의 요구에 의하여 그 전부를 매수할 수 밖에 없었다.

나. 미등기 경위

위 토지 중 사업구역내의 토지는 청구법인의 명의로 등기할 수 있었으나, 사업구역외의 토지(쟁점토지)는 등기를 할 수 없어 전소유자인 청구외 OOO의 명의로 그대로 둘 수밖에 없었다.

당시 농지법상으로는 도시계획구역내의 농지의 경우 농지전용부담금을 부담하면 등기가 가능하도록 규정되어 있었고 쟁점토지가 도시계획구역내에 속하였기 때문에 청구법인 명의로 등기가 가능하였다고 할 수도 있겠으나, 당시 관할 등기소에서 창구지도(행정지도)의 방법으로 사업구역외의 경우 실질적으로 등기가 불가능하도록 하였기 때문에 부득이 필지를 분할하여 사업지구내의 토지만 청구법인 명의로 등기를 하고 쟁점토지는 전소유자인 OOO의 명의로 그대로 둘 수밖에 없었다.

다. 양도 경위

쟁점토지는 마침 인근에서 아파트 신축분양사업을 시행하는 청구외 OO건설주식회사의 사업지구에 속하게 되어 청구법인은 쟁점토지를 OO건설주식회사에 양도하였다.

라. 쟁점토지에 대한 청구법인의 회계처리 및 세무처리

청구법인은 쟁점토지의 취득에 관한 등기는 하지 못하였지만 청구법인의 자산으로 계상하였으며(건설용지 계정), 쟁점토지를 청구외 OO건설주식회사에 양도한 후 그 특별부가세 및 법인세를 신고납부하였다.

마. 이 건 처분의 부당성

처분청은 청구법인이 쟁점토지를 미등기양도한 것으로 보아 고율의 특별부가세 세율을 적용하고 조세감면규제법상의 감면을 배제하였으나, 청구법인은 등기소의 행정지도(창구지도)에 의하여 부득이 등기를 하지 못한 것이며, 등기는 하지 못하였지만 청구법인의 장부에 계상하고 그 양도에 대한 법인세 및 특별부가세를 신고납부하는 등 조세회피의 목적이 없었으므로 위 처분은 부당하다.

3. 국세청장 의견

청구법인은 쟁점토지는 청구법인의 아파트신축사업구역 밖의 토지로서 소유권이전등기가 불가능하여 청구법인 명의로 소유권이전등기를 하지 못한 것이고 청구법인은 조세회피의 목적이 없었으므로 이를 미등기양도로 보는 것은 부당하다는 주장이나,

쟁점토지는 도시계획 구역내에 소재하고 있었으므로 농지의 보전 및 이용에 관한 법률 제4조의 규정에 의하여 지목변경이 가능하고 소유권이전등기가 가능함에도 청구법인은 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 원소유자 명의로 보유하다가 쟁점토지를 청구외 OO건설주식회사에 양도한 것이므로 이를 미등기양도토지로 보아 특별부가세 감면배제 및 미등기양도토지에 대한 세율을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점토지가 미등기 양도토지에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.

나.

법인세법 제59조의 4

(세율) 제1항 제1호는 미등기 양도토지 등의 경우에는 특별부가세의 세율을 100분의 40으로 규정하고 있고, 그 제2호는 제1호 외의 경우에는 100분의 25로 규정하고 있으며, 그 제4항은 “제1항 제1호에서 미등기양도토지 등이라 함은 토지등을 취득한 내국법인이 그 토지 등의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것은 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 토지 등은 제외한다”고 규정하고, “대통령령이 정하는 토지 등”에 관하여

같은법 시행령 제124조의 9

(미등기양도제외자산) 제1호는 “장기할부조건으로 취득한 자산으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산”을, 그 제2호는 “법률의 규정 또는 법원의 처분에 의하여 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산”을 각 규정하고 있다.

법인세법 제59조의 3

(비과세 및 면제) 제5항은 “제59조의 4 제4항에 규정하는 미등기 양도토지 등에 대하여는 이 법 기타 법률 중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다.

다. 청구법인이 94.4.3 청구외 OOO과 경기도 화성군 태안읍 OO리 OOOOOOO 전 4,232㎡의 매매계약을 체결하고 95.2.28 그 대금을 청산한 후 사업지구내의 토지에 대하여는 95.4.20 소유권이전등기를 하였으나, 사업지구외의 토지(쟁점토지)에 대하여는 소유권이전등기를 하지 아니한 채 95.9 청구외 OO건설주식회사에 양도한 사실 및 쟁점토지가 도시계획 구역내에 소재하고 있는 농지인 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

청구법인은 등기소의 창구지도에 의하여 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 하지 못하였다고 주장하고 있으나, 그 당시 시행되고 있던 농지의 보전 및 이용에 관한 법률 제4조(농지전용의 제한) 및 제7조(농지의 지목변경금지)에서 도시계획구역내의 농지에 관하여는 그 전용 및 지목변경을 제한하거나 금지한 바 없고, 청구법인은 달리 쟁점토지가 법률의 규정 등에 의하여 양도 당시 취득에 관한 등기가 불가능한 토지였음을 소명하는 바 없다.

따라서 처분청이

법인세법 제59조의 4

제1항 제1호의 세율에 의하여 특별부가세를 과세한 것과 특별부가세의 감면을 배제한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

라. 이 건 심판청구는 이유없으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.