이유
1. 원처분의 요지

처분청은 2004.9.1. 분할후 신설법인인 청구인이 2006.3.20. 인천광역시 ○○구 ○○동 178-116번지 건축물 615.05㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 증축 취득한 후 그 취득가액(95,645,000원)에 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부 하였으나, 그 후 세무조사 결과 이 사건 건축물을 대도시내 법인설립 이후 5년 이내에 취득·등기하는 부동산으로 보아 위 취득신고가액을 과세표준으로

지방세법 제138조

제1항 등의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 1,836,380원, 지방교육세 336,660원, 합계 2,173,040원(가산세 포함)을 2006.12.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1966년도 서울특별시에서 설립된 기존법인에서 2004.9.1. 인적분할로 같은 소재지에서 설립된 법인으로서 2006.3.20. 이 사건 건축물을 증축 취득하였는데, 이에 따른 부동산등기는,

지방세법시행령 제102조

제6항에서 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시내의 내국법인이 법인의 분할(

법인세법 시행령 제82조

제3항제1호내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에 한함)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세대상으로 보지 아니한다고 규정하고 있으므로, 일반세율을 적용하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내 5년이상 사업을 영위한 기존법인에서 인적분할된 신설 법인이 설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산이 등록세 중과세 대상에 해당하는지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면,

지방세법 제138조

제1항에서 그 제3호의 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 등에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하지만,

수도권정비계획법 제6조

제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다고 하고,

지방세법 시행령 제101조

제1항에서 법 제138조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 그 제5호의

주택법 제9조

의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)에 해당하는 업종을 말한다고 하고 있으며, 같은 법 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 하고, 같은 조제6항에서 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 내국법인이 법인의 분할(

법인세법시행령 제82조

제3항 제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에 한한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세대상으로 보지 아니한다고 하고 있으며,

법인세법 제46조

제1항에서 그 제1호의 분할등기일 현재 5년이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 경우로서 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다고 하고, 같은 법시행령 제82조제3항에서 법 제46조제1항제1호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것"이라 함은 그 제1호의 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할된 것 및 그 제2호의 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것 및 그 제3호의 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다)만의 출자에 의하여 분할하는 것의 요건을 갖춘 것을 말한다고 하고 있으며,

조세특례제한법 제119조

제1항에서 그 제10호의

법인세법 제46조

제1항 각호(물적분할의 경우에는

동법 제47조

제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제(제13호·제16호·제28호 및 제29호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 1966.2.17. 기존 법인인 ○○유량(주)은 서울특별시 ○○구 ○○동4가 2번지를 본점소재지로, ○○종합가공 및 식용유지 제조판매업 등의 사업목적으로 설립하였고(1996.2.28. 주식회사 ○○으로 상호변경함.), 2004.6.8. 기존 법인은 본점소재지에서 이사회를 개최하여 기존 법인을

상법 제530조의2

내지 530조의12에 의하여 (주)○○CP(분할후 존속법인) 및 (주)○○(분할후 신설법인, 청구인)으로 인적분할하는 것으로 결의하였으며, 위에서 존속법인은 본사 일부 및 전분당/사료사업을, 청구인은 식품사업부문 및 본사일부를 담당하고 있고, 2004.9.1. 공증인가 법무법인 정일에서 작성한 인증서(등부2004년제4851호)에서 분할방법은 2004.6.8. 이사회결의내용대로 분할되는 회사(기존 법인)의 주주가 분할신주배정 기준일 현재의 지분율에 비례하여 신설회사(청구인)의 주식을 배정받는 인적분할방식이라고 하였으며, 같은 날 이사회에서 본점을 서울특별시 ○○구 ○○동 204-5번지 ○○ 2빌딩으로, 승계사업장은 이 사건 건축물과 관련된 (주)○○ 인천공장외 19개 공장·지점 등으로 하고, 2004.4.6. ○○세무서장이 발급한 사업자등록증에서 위 인천공장의 개업일은 1985.6.5.로, 식용유 및 대두박 등의 임가공업으로 게재되었으며, 2006.3.20. 청구인은 이 사건 건축물을 증축으로 취득한 후 등록세 등을 일반세율로 신고납부한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 대도시내 설립후 5년이상의 기존법인에서 분할된 신설법인으로서, 비록 분할설립된 후 5년내에 이 사건 건축물을 증축취득하였지만,

지방세법시행령 제102조

제6항에 의하여 분할법인은 기존법인으로 보고 있으므로 등록세 중과세대상이 아니라고 주장하여 이를 보면,

지방세법 제138조

제1항에서 대도시 내에서의 법인의 설립후 부동산 등기를 하는 때에는 중과세율을 적용한다고 하면서 같은 법시행령 제102조제6항(이하 “쟁점조항”이라 한다)에서 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 기존법인이 법인의 분할로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세대상으로 보지 아니한다고 하고 있는바, 여기서 분할로 인하여 신설된 법인에 대하여 등록세를 중과세하지 아니하는 것은 형식상 법인분할의 경우 법인설립등기를 함으로써 대도시내에서 새로이 법인이 신설되지만 사실상으로는 종전의 법인의 일부가 분할되어 계속 존속하는 것으로서 이러한 법인이 취득하는 부동산에 대하여서 중과세하는 것은 중과세의 입법목적과 기존법인과의 과세형평에 비추어 타당하지 아니한다는 취지에서 중과세 대상에서 제외한다는 것이고, 또한, 중과세제외대상으로 삼는다는 것은,

위 쟁점조항은 2001.12.31. 대통령령 제17447호로 개정되기 전에는 현재와 같이 ‘법인을 설립하는 경우’가 아니라 ‘새로이 설립등기하는 경우’로 규정되어 있는 점 및 지방세

법 시행령 제102조전체가 법 제138조제1항에서 대도시내 법인중과세를 규정하면서 그 중과세의 범위와 적용기준을 구체적으로 정하고 있는 점(2001.12.31. 합병의 경우도 중과세예외로 신설개정함) 및

조세특례제한법 제119조

제1항제10호와 같이 법인분할로 인한 중과세 제외대상은 법인설립등기뿐만 아니라 설립시 수반되는 부동산 등기까지 포함하는 것으로 본다는 것(행정자치부 심사청구결정 제2004-72호, 2004.3.29.) 등에 비추어 위 쟁점 규정에서 법인을 설립하는 경우는 단지 설립시점의 등기만 한정한 것이 아니고 설립법인을 분할전 기존 법인과의 연속성에서 대도시내 5년이상 사업이 영위된 법인과 동일하게 보겠다는 의미가 강하다고 보는 것이 합목적성이 있다고 할 것(행정자치부 심사결정 제2006-1104호, 2006.12.27.)이므로 이러한 분할후 신설법인이 설립이후 새로이 취득하는 부동산등기는 중과세제외대상으로 봄이 상당하다고 할 것으로서, 청구인의 경우, 1966.2월 기존 법인 ○○유량(주)은 서울특별시 ○○구를 본점소재지로 설립된 후 1996.2월 상호를 (주)○○으로 변경하였고, 2004.6월 기존 법인을 (주)○○CP 및 (주)○○(청구인)으로 인적분할하는 것으로 결의하였으며, 2004.9.1. 공증인가 법무법인의 인증서에서 분할방법은 기존 법인의 주주가 분할신주배정 기준일 현재의 지분율에 비례하여 청구인의 주식을 배정받는 인적분할방식이라고 한 사실 및 같은 날 이사회에서 본점을 서울특별시 마포구로, 사업장은 이 사건 건축물과 관련된 (주)○○ 인천공장(1985.6.5. 개업)외 19개소를 승계한 사실이 확인되고 있고, 2006.6월 청구인은 이 사건 건축물을 증축으로 취득한 사실을 종합하여 볼 때, 청구인은 기존 법인에서

법인세법시행령 제82조

제3항제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 인적분할방법에 의하여 설립된 대도시내의 법인으로 확인되므로 분할설립된 후 5년내 이 사건 건축물을 취득하였다하더라도 기존 법인이 취득·등기하는 것으로 보아야 하는데도 처분청에서 이 사건 등록세를 중과세한 처분은 잘못이 있다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로

지방세법 제77조

제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 4. 30.

행 정 자 치 부 장 관