이유
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 2000.2.28. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○타운 ○차 ○○호 아파트형 공장(대지 89.54㎡, 건물 383.73㎡, 이하 “이 사건 공장”이라 한다)을 취득함에 따라 취득세와 등록세를 면제하였으나, 이 사건 공장의 건물 중 191.86㎡(이하 “이 사건 쟁점 건축물”이라 한다)를 직접 사용하지 아니하고, 무상임대 하였으므로 그 부분은 면제된 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아 이 사건 쟁점 건축물과 그 부속토지의 안분한 취득가액(159,595,840원)에
지방세법 제112조
제1항 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,830,290원, 등록세 5,745,440원, 교육세 1,053,320원, 합계 10,629,050원(가산세 포함)을 2001.9.5. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
청구인은 무정전전원장치(UPS) 등 전산부대설비를 제작·설치·운영하는 법인으로서, 전산장비의 원격지감지시스템을 국산화하기 위하여 2001.1.
10. 그 분야에 기술력을 보유하고 있는 청구 외 ○○(주)와 연구개발용역계약을 체결하고, 2001.3월부터 청구 외 ○○(주) 기술직원과 청구인의 임직원이 이 사건 쟁점 건축물에서 공동으로 전산장비 원격지감지시스템 개발 장소로 사용한 것인데도 처분청은 이 사건 쟁점 건축물(191.86㎡) 을 청구 외 ○○(주)에 무상임대한 것이라면서 면제한 세액을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단
이 사건 심사청구는 아파트형 공장을 취득한 후 5년이내에 그 일부를 타인에게 무상으로 사용토록 한 경우 감면한 세액을 추징한 처분이 정당한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다.
먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 ○○시세감면조례(2000.3.31. 조례 제3731호로 개정되기 전의 것) 제19조 제2항에서 아파트형 공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는
중소기업기본법 제2조
의 규정에 의한 중소기업자가 공장설립자로부터 최초로 분양 받아 취득하는 아파트형 공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나, 취득일부터 5년 이내에 타인에게 양도 또는 임대하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1996.2.27. 법인을 설립한 후 1998.9.29. 목적사업을 항온항습기·무정전전원장치의 제조 및 도소매업과 전산부대장비 일체의 무역 및 서비스업 등으로 변경하였고, 2000.2.28. 이 사건 공장을 분양받아 취득한 후 취득세 등을 면제받았으며, 처분청 담당공무원이 2001.6.12. 현지 확인결과 이 사건 공장의 중앙을 조립식 패널로 막아 2개의 공간으로 구분하고 각각 별도의 출입문을 설치한 사실을 제출된 관련자료에서 알 수 있다.
이에 대하여 청구인은 이 사건 쟁점 건축물을 전산장비 원격지감지시스템 국산화을 위하여 연구개발용역계약을 체결한 업체의 기술직원과 청구인의 임직원이 공동 개발장소로 사용한 것이라고 주장하는데 대하여 살펴보면, 처분청은 청구인이 이 사건 공장을 칸막이로 막고 이 사건 쟁점 건축물에 청구외 ○○(주)의 직원이 있었으며, 그 직원의 진술 등을 근거로 이 사건 쟁점 건축물을 취득일부터 5년 내에 청구 외 ○○(주)에 임대한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징하였으나, 처분청은 청구인이 이 사건 쟁점 건축물을 청구 외 ○○(주)에 임대한데 대한 임대차계약서나 임대료 수입 등에 대한 아무런 증빙자료로 제시하지 못하고 있고, 또한 청구인은 이 사건 공장을 2000.2.28. 취득한 후 2001.1.10. 청구 외 ○○(주)와 전산장비 원격지 감지 시스템의 소프트웨어를 개발하는 연구개발용역계약(용역기간 2001.1.10-2001.12.31)을 체결하고, 효율적인 개발사업 추진과 개발내용의 비밀유지 등을 위해 청구 외 ○○(주)의 기술직원을 파견받아 이 사건 쟁점 건축물에서 청구인의 임직원과 공동개발사업을 추진하다가 그 용역계약기간이 종료하기 이전에 청구 외 ○○(주)가 철수(2001.7.28)하고 이 사건 공장을 청구인이 단독으로 사용하고 있는 사실을 볼 때, 청구인은 이 사건 공장을 취득하여 직접 사용하다가 이 사건 쟁점 건축물을 전산장비 원격지감지시스템을 국산화하기 위하여 연구개발용역계약을 체결한 청구 외 ○○(주) 기술직원과 일시적으로 공동으로 사용하였다 하여 청구인이 이 사건 공장을 취득한 후 5년 내에 임대용으로 사용한 것으로 보기는 어렵다 하겠으므로 처분청이 이 사건 쟁점 건축물을 청구 외 ○○(주)에 임대한 것으로 보아 감면한 세액을 추징한 처분은 잘못이라 할 것이다.
따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로
지방세법 제77조
제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2002. 1. 28.
행 정 자 치 부 장 관