이유
1. 원처분 개요

청구법인은 청구외 OOO 등 4인과 공동으로 85.4.3 부산지방해운항만청장으로부터 부산직할시 남구 OO동 OOOOO 공유수면 56,646 ㎡에 대한 공유수면매립면허를 취득하여 청구법인이 공사비 2,985,756,687원을 지급하여 공사를 하고 89.6.9 준공인가를 받았다.

처분청은 청구법인이 공사의 대가로 매립지중 19,677㎡를 취득한 것에 대하여 이건 공사를 용역의 공급으로 보아 93.12.1 청구법인에 부가가치세 352,862,150원을 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.1.25 심사청구를 거쳐 94.5.3 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

공유수면매립공사는 청구법인이 시행자이므로 국가에 대한 용역의 공급이 아니고, 공사비는 토지매입비용으로 계상하고있음에도 대법원판결에서 ‘용역의 공급’이라고 한 것을 근거로 과세한 처분은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

대법원 판결(93누4809, 93.5.25)에서 청구법인이 국가 및 부산직할시 토지매립공사용역을 제공하고 대가로 공유수면 중 일부를 취득한 것이므로 매립공사는 용역의 공급에 해당한다고 하였으므로 청구법인이 제공한 공사비를 과세표준으로 하고, 용역의 공급이 완료된 때를 공급시기로 보아 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

공유수면매립공사를 용역의 공급으로 보고 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령 및 선결정례

이건 매입세액 공제와 관련한 법규정을 보면

부가가치세법 제17조

제2항 제4호에 의하면 면세되는 재화또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다 하고, 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액에는 투자에 관련된 매입세액을 포함한다고 하고 있고,

당심선결정례(국심 92서193, 92.3.17)등에 의하면 공유수면매립토지중 매립시공업자에 귀속되는 토지 이외의 토지매립비용은 면세되는 재화 또는 용역에 관련된 비용으로 보아 동 매입세액을 공제할 수 없다고 하고있다.

다. 심리 및 판단

청구법인이 매립한 공유수면매립지 56,646㎡은 국가및 부산직할시에 18,760㎡, 동업자 OOO 등에게 18,208㎡, 청구법인에 19,677㎡가 각각 귀속되었고, 청구법인은 부가가치세 신고시 이 공사와 관련한 매입세액 265,448,611원을 매출세액에서 공제하여 신고하였으나 처분청은 매입세액 중에서 청구법인에 귀속된 토지에 해당하는 매입세액은 공제하고 국가등에 귀속된 토지에 해당하는 매입세액을 불공제하여 91.8.16 청구법인에게 부가가치세184,538,750원을 고지한 사실이 있다.

청구법인은 이에 불복하여 행정소송을 제기 하였고, 대법원은 매립공사와 토지취득과는 경제적 대가관계가 있고, 유상의 용역공급에 관련된 매입세액이므로 매출세액에서 공제하여야 한다고 판결(93누4809, 93.5.25)하였고, 위 판결에 따라 처분청은 불공제하였던 매입세액을 공제하고 청구법인에 관련 부가가치세액을 환급한 것인데 처분청에서 위 판결에 따라 매입세액을 공제하고 환급하면서 동시에 이건 매립공사가 용역의 공급이라는 위 판결의 내용에 따라 청구법인이 지급한 공사비 상당액을 용역의 공급대가로 보아 부가가치세를 과세한 것은 잘못이 없다 할 것이다.

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.