이유
1. 원 처분 개요

청구법인은 전라남도 고흥군 도양읍 OO부락 앞바다 445,153㎡에 대한 공유수면 매립공사를 실시하여 그중 59,505㎡을 ’90년도에 양도(분양)하였다.

처분청은 ’89.12.30 개정된 조세감면규제법에 의해 특별부가세액의 50%에 상당하는 세액을 감면하고 50%에 상당하는 세액인 특별부가세 고지 46,957,900원 및 동 방위세 환급 5,316,790원을 91.12.16 결정하였다.

청구인은 이에 불복하여 92.2.13 심사청구를 거쳐 92.5.29 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

청구인은 ’90년도에 양도(분양)한 59,505㎡에 대한 특별부가세는 구

법인세법 제59조의3

의 규정에 의하여 100% 감면해야하지 신설된

조세감면규제법 제59조

제10호의 규정에 의하여 50% 감면함은 부당하다는 주장이다.

국세청장은 위 토지의 양도가 구 법인세법이 개정된 이후인 90.1.1이후에 양도한 것이므로 신설된 조세감면규제법에 의하여 50% 감면적용함은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건의 다툼은 ’90년도에 양도한 토지에 대하여 구

법인세법 제59조의3

의 규정을 적용해야 하는지 아니면 신설된

조세감면규제법 제59조

3 제10호의 규정을 적용하는 것이 타당한지 여부에 있다.

나. 관련법령

조세감면규제법(89.12.30 개정, 법률 제4165호) 제59조 본문 및 제10호의 규정을 보면, 공유수면매립법의 규정에 의하여 공유수면을 매립한 자가 그 취득한 매립지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다라고 규정하고 있고, 같은법 부칙 제1조 및 제5조에 의하면 이 법은 90.1.1부터 시행하되, 제59조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 것부터 적용하며 이 법 시행당시 종전의 소득세법·법인세법 또는 이 법의 규정에 의하여 부과(환급, 추징 또는 징수를 포함한다)하였거나 부과할 양도소득세 또는 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다라고 규정하고 있다.

다. 쟁점토지의 특별부가세가 50% 세액감면대상에 해당된다고 본 당초처분의 당부.

첫째, 앞에서 살펴본 조세감면규제법(89.12.30 개정) 제59조 제10호의 규정이 신설되기 이전까지 시행 되어온

법인세법 제59조의3

제2항 제6호 및 같은 부칙 제12조 제2항의 규정을 보면 89.1.1 이후 최초로 공유수면 매립법에 의하여 매립의 면허를 받은자가 취득한 토지를 양도하는분 부터는 특별부가세의 50%에 상당하는 금액을 면제하고, 89.1.1. 이전에 이미 공유수면 매립법에 의하여 매립의 면허를 받은자가 취득한 토지의 양도분의 특별부가세는 100%에 상당하는 금액을 면제하도록 규정되어 있는데 반해, 89.12.30 위 법인세법 규정을 폐지하면서 신설된

조세감면규제법 제59조

제10호 및 같은법 부칙 제1조의 규정에 의하면 90.1.1 이후에 매립지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세의 50%에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 과거에 매립면허를 받은자에 대한 예외규정을 별도로 두지 아니함으로써 종전에 기히 매립면허를 받아 취득한 매립지를 90.1.1 이후에 양도하는 경우에도 이제는 전액 감면혜택을 부여하지 아니하고 50%만 감면받을 수 있도록 정책변경을 반영한 것으로 해석된다(법제처 기획 02102-11, 91.5.17 같은 해석임).

위의 관련법령 및 사실을 종합하여 볼 때, 90년도중에 양도한 위 토지의 특별부가세는 조세감면규제법(89.12.30 개정) 제59조 제10호의 규정에 의하여 100분의 50에 상당하는 세액감면대상에 해당된다고 보여지므로 처분청이 동 규정에 따라 특별부가세를 과세한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없어

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.