이유
1. 처분개요 가. 청구인은 2002.5.13. 취득한 OOO 대 244.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 2002.10.19. 건물 493.7㎡를 신축하여 2003.5.28. 쟁점토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 양도하고 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였다. 나. OOO세무서장은 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원으로 확인하여 2014년 4월 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점부동산의 취득가액을 OOO으로 하여 2014.5.14. 청구인에게 2003년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였으며, 청구인의 이의신청으로 건물 환산가액을 OOO원으로 재계산하여 양도소득세를 OOO원 감액한 OOO원으로 경정하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.7.30. 이의신청을 거쳐 2014.9.19. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 공OOO로부터 OOO원에 취득한 것이 아니라 이OOO가 공OOO로부터 취득하여 청구인에게 미등기전매한 것을 청구인이 OOO원에 취득한 것이고, 부동산매매계약서 및 영수증상의 계약금OOO 및 중도금OOO이 청구인의 계좌 인출금액과 일치하며, 은행의 보관기간(10년)은 지났으나 수표로 인출된 계약금 OOO원은 당초 귀속자를 추적할 수 있었던 금액이므로 쟁점토지의 취득가액 OOO원을 인정하여야 한다. 나. 처분청 의견 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 실지 계약서로 인정되는바, 청구인이 당초 제출한 매매가액 OOO원의 매매계약서는 작성시기가 불분명하여 부인되었고, 매매가액 OOO원의 매매계약서는 당초 제출된 매매계약서가 거부되자 제출된 것으로서 일관성이 결여되어 신빙성이 없으며, 대금영수증은 사인 간의 임의작성이 가능하고 및 계좌 인출액만으로 수취인을 확인할 수 없는 등 대금지급을 확인할 수 있는 증빙이 제출되지 않았으므로 검인계약서상의 금액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 검인계약서상 매매가액을 쟁점토지의 취득가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부 나. 관련 법률 (1) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. 1. 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우 2. 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우 3. 제104조 제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우 4. 취득후 1년 이내의 부동산인 경우 5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우 6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우 7. 기타 당해 자산의 종류·보유기간·보유수(수)·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. ③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 심리자료 등에 나타나는 과세경위 등은 다음과 같다. (가) 부동산등기부등본 등에 의하면, 쟁점토지는 OOO에서 2002.7.16. 같은 동 462-5 대 244.1㎡로 환지되었고, 청구인은 2002.5.13. 쟁점토지를 공OOO로부터 매매로 취득하였으며 다가구주택 및 근린생활시설을 신축하여 2002.10.19. 소유권보존등기한 후 2003.5.28. 쟁점부동산을 박OOO에게 양도하였다. (나) 청구인의 양도소득세 신고서(2003.5.28.) 및 처분청의 경정고지서(2014.5.6.) 등에 의하면, 청구인은 아래 <표>와 같이 쟁점부동산의 양도가액을 실거래가액(매매가액 OOO원의 계약서)으로, 취득가액은 토지는 실거래가액(검인계약서의 OOO원), 건물은 환산취득가액(OOO원)으로 신고하였으나, 처분청은 양도가액을 실거래가액(매매가액 OOO원의 계약서)으로, 취득가액은 토지는 실거래가액(검인계약서의 OOO원), 건물은 환산취득가액(OOO원)으로 하여 양도소득세를 경정 고지하였다. (다) 처분청은 양도소득세 신고시 제출된 검인계약서에 의하여 쟁점토지의 취득가액을 OOO원으로 결정하였는바, 검인 부동산 매매계약서(OOO장 2002.5.10. 검인)에 의하면, 청구인은 2002.3.19. 공OOO로부터 OOO원(계약시)과 잔금 OOO원(2002.5.4. 지불)의 지급조건이며, 청구인이 쟁점토지 취득에 대한 취득세 및 등록세 신고가액도 OOO원으로 나타난다. (라) 청구인이 제출(1차)한 부동산매매계약서(2002.3.19.)에는 청구인이 공OOO로부터 OOO를 매매대금 OOO원에 매수하고, 매매대금은 계약금 OOO원(계약시)과 잔금 OOO원(2002.5.12. 지불)의 지급조건이며, 특약사항으로 환지확정증명원에 의한 계약이라고 기재되어 있다. OOO지방국세청장은 위 부동산매매계약서의 작성시기를 판단할 수 없다고 감정하였고, 국세청전산자료에는 공OOO가 2002.5.9. 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 신고한 것으로 나타난다. (마) 청구인이 제출(2차)한 부동산매매계약서(2002.4.15.)에는 청구인이 이OOO로부터 OOO를 매매대금 OOO원에 매수하고, 매매대금은 계약금 OOO원(계약시), 중도금 OOO원(2002.4.25. 지불), 잔금 OOO원(2002.5.3. 지불)의 지급조건이며, 특약사항으로 설계비 OOO원은 매매가격에 포함되었고, 등기는 공OOO로부터 받는다는 내용이 기재되어 있다. (바) 청구인의 OOO에서 2002.4.15. OOO원이 수표(수표번호 OOO)로 인출되었고, 2002.4.25. OOO원이 대체 인출되었으며, 영수증(2매)에는 이OOO가 2002.4.25. OOO의 중도금으로 OOO원을 영수하고, 2002.5.3. OOO 매매잔금으로 OOO원을 영수한다고 기재되어 있다. (2) 청구인은 공OOO로부터 쟁점토지를 취득한 것이 아니라 이OOO가 공OOO로부터 취득하여 미등기전매한 쟁점토지를 청구인이 이OOO로부터 취득하였고, 취득가액은 부동산매매계약서(2002.4.15.)상의 매매대금 OOO원이며, 매매대금은 계약금 OOO원(계약시), 중도금 OOO원(2002.4.25.), 잔금 OOO원(2002.5.3.)의 지급조건으로서 영수증OOO과 청구인 계좌 인출내역OOO에 의하여 확인되고, 잔금 OOO원은 청구인의 OOO 토지 및 건물의 양도대금으로 충당하였다고 주장하고 있는바, 부동산등기부등본상 위 부동산은 2002.5.6. 조OOO에게 OOO원에 양도된 것으로 확인된다. (3) 처분청은 매매당사자들이 작성하여 시장 군수 구청장의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 간의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되고, 그 계약서가 실지와 달리 작성되었다는 점은 주장하는 자가 입증해야 하는바(대법원 1993.4.9. 선고 93누2353 판결, 같은 뜻임), 청구인이 취득세 신고시 검인계약서를 지방자치단체에 제출하였고 지방자치단체는 이를 근거로 취득세를 부과한 사실이 취득세 및 등록세 신고서에 의하여 확인되고, 청구인이 제출한 매매가액 OOO원의 부동산매매계약서는 작성시기가 불분명하며, 매매가액 OOO원의 부동산매매계약서는 계좌사본과 영수증이 함께 제출되었으나 계좌인출 내역만으로는 수취인을 확인할 수 없고, 영수증은 사인간 임의작성이 가능하여 실지 취득가액에 대한 구체적인 증빙이 없다는 의견이다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 취득가액은 검인계약서상의 매매가액이 아닌 부동산매매계약서(2002.4.15.)상의 OOO원이라고 주장하나, 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되고, 그 계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점은 이를 주장하는 자가 입증하여야 하는바, 당초 부동산매매계약서(2002.3.19.)는 작성시기가 불분명한 이유 등으로 부인되었고, 이후 제출된 부동산매매계약서(2002.4.15.)는 공증 확인 신고 등의 법률행위 등이 없어 그 자체만으로는 실지 계약서로 인정하기 어려우며, 대금지급 증빙으로 제출된 영수증은 사인간 임의작성이 가능하여 신뢰할 수 없고, 계좌인출 내역만으로 수취인을 확인할 수 없는 등 대금지급사실이 객관적 증빙에 의하여 확인되지 않으므로 처분청이 청구인이 주장하는 부동산매매계약서(2002.4.15.)상의 매매대금을 인정하지 아니하고 청구인이 취득세 등록세 양도소득세 신고시 제출하였던 검인계약서상의 매매대금을 쟁점토지의 실지 취득가액으로 하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.