이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2013.12.15. OOO외 2필지 토지 13,239㎡ 및 건물 1,062㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하고, 처분청에 「지방세특례제한법」(2014.1.14. 법률 제12251호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제2항에 따른 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 100분의 50을 감면받았고, 나머지 취득세 100분의 50은 「조세특례제한법」 (2014.1.14. 법률 제12251호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제3항에 따른 창업중소기업이 취득하는 사업용 재산으로 하여 감면받았다. 나. 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점부동산을 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 2016.3.2. 청구법인에게 쟁점부동산의 취득가격 OOO과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.3.24. 이의신청을 거쳐 2016.9.7. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 유기질비료의 생산공장을 설립하고자 2013.12.23. 쟁점부동산을 취득하였고, 법인을 설립한 전후로 공장 설립 요건을 검토하여 쟁점부동산을 매입하였으며, 2014.5.31. 환경청으로부터 환경영향평가를 받는 등 공장설립을 위한 사업계획승인 신청을 준비하였고, 처분청은 2014.6.19. 청구법인에게 환경안전대책의 보완을 요구하였으며, 청구법인은 2015.1.14. 이에 대한 조치계획 및 보완서를 처분청에 제출하였고, 처분청은 2015.5.14. 청구법인에게 폐수배출시설 해당여부에 대한 보완자료를 재요청하였으며, 청구법인은 2015.6.23. 처분청에 소규모 환경영향평가를 받아 보완자료를, 2016.6.30. 사업계획승인요청서를 제출하였다. 처분청은 2015.7.27. 청구법인의 사업계획승인 신청에 대하여 폐수배출시설에 해당하여 법률상 사업계획승인이 불가능하다는 취지로 불승인처분을 하였고, 청구법인은 2015.8.1. 위 처분에 대하여 행정심판을 제기하였으나, 경상남도 행정심판위원회는 이를 기각하는 결정을 하였으며, 청구법인은 2015.12.24. 무방류시설은 비료(퇴비) 공장의 설립이 가능하다는 환경부, 농림부, 산업통상자원부의 질의회신문을 제출하고, 사업계획재승인 신청을 하였으나, 처분청은 쟁점부동산이 저수지 상류지역에서의 공장설립 제한 예외조건에 해당하지 않고, 환경오염이 우려된다는 이유로 또다시 사업계획불승인처분을 하였으며, 청구법인은 2016.1.28. 창원지방법원에 사업계획불승인처분 취소소송을 제기하여 2016.8.9. 승소판결을 받았다. 청구법인은 쟁점부동산을 취득하고 공장을 설립하고자 최선의 노력을 다하였으나, 처분청의 그릇된 법해석으로 인해 2차례의 사업계획불승인처분으로 인하여 공장 설립이 지연된 것이므로 청구법인이 공장을 설립할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보아야 할 것이고, 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점부동산을 취득일부터 2년 이내 해당 사업에 직접 사용하는 것을 전제로 취득세를 면제받았으나, 처분청 담당공무원이 2015.12.16. 쟁점부동산에 출장한 후 작성한 출장보고서에 의하면 잡초가 무성한 상태로 방치되어 있고 유기질비료 제조 사업 용도로 사용하지 않는다고 기재되어 있으며, 공장설립 승인에 관한 행정절차는 기본적인 준비행위에 불과하므로 쟁점부동산을 해당 사업에 직접 사용한 것으로 볼 수는 없다 할 것이고, 쟁점부동산에 유기질 비료 공장설립을 위해 사업계획승인 신청을 했지만 처분청으로부터 불승인처분을 받았고, 승인을 받기 위해 소송을 제기했다 하더라도 이러한 청구법인의 내부적 사유까지 정당한 사유로 볼 수는 없으며, 그 외 전혀 예측치 못했던 법령에 의한 금지나 제한 등의 외부적 사유 등에 관한 주장은 없고, 취득세는 납세의무자가 스스로 조세채무의 성립요건의 충족여부를 조사ㆍ확인하고 자신의 책임하에 과세표준액과 세액을 신고 납부하여야 하는 이른바 신고납부 방식에 의한 세목이라 할 것(조심 2014지614, 2014.5.13., 같은 뜻임)인 점에서 쟁점부동산을 취득하여 유예기간을 넘긴 것은 청구법인의 귀책사유에 의한 것으로 볼 수 밖에 없다 할 것이므로 청구법인이 유예기간을 넘긴 것이 취득세 추징을 면할 정당한 사유에 의한 것이라는 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다. 청구법인은 사업계획불승인처분 취소소송을 제기하여 창원지방법원이 2016.8.9. 청구법인의 승소(사업계획불승인처분 취소)판결을 했다는 점을 들어 처분청의 잘못된 불승인처분으로 인해 공장설립이 지연되어 유예기간을 넘겼다고 주장하나, 위 판결에 대하여 처분청은 2016.9.12. 부산고등법원 창원재판부(2016누11332)에 항소를 제기하여 소송 중에 있고, 청구법인은 2013.12.15. 쟁점부동산을 제조업에 사용하기 위하여 취득하여 취득세를 면제받은 후, 3년 9개월이 경과한 현재에도 공장설립을 위한 기본적인 준비행위에 불과한 공장설립 승인 신청과 관련한 소송이 진행 중이므로 처분청과의 공장설립 승인에 관한 다툼과는 별개로 「조세특례제한법」 제120조 제3항 단서에 의한 취득세 등의 추징대상에 해당한다고 보는 것이 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점부동산을 취득일부터 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 없는 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부 나. 관련 법률 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 등기사항전부증명서에 의하면 청구법인은 2013.11.18. 본점소재지를 OOO로 하고, 축산 분뇨 및 음식물 재활용업, 부산물 비료생산 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 사실이 나타난다. (나) 청구법인은 2013.12.15. OOO외 2필지 토지 13,239㎡ 및 건물 1,062㎡(쟁점부동산)를 취득하고, 「조세특례제한법」 제120조 제3항에 따른 창업중소기업이 취득하는 사업용 재산 등으로 하여 취득세 등을 감면받았다. (다) 처분청 담당공무원이 2015.12.16. 쟁점부동산에 출장한 후 작성한 복명서에 의하면 잡초가 무성한 상태로 방치되어 있고 유기질비료 제조 사업 용도로 사용하지 않고 있다고 기재되어 있다. (라) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 유예기간 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 2016.3.2. 청구법인에게 쟁점부동산의 취득가격 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다. (마) 청구법인은 이 건 심판청구를 제기하면서 다음과 같은 내용의 자료를 제출하였다. 1) OOO2014.8.2. 처분청에게 보낸 공장설립 신청에 따른 의견회신 문서OOO에는 「농어촌정비법」 제22조 및 같은 법 시행령 제30조의 저수지 상류지역에서의 공장설립에 따라 관련 법에 의한 검토 및 협의 등 절차를 이행하여야 한다고 기재되어 있다 . 2) OOO2014.6.18. 처분청에게 보낸 농업용저수지 환경안전대책 협의에 대한 보완요청 문서OOO에는 다음과 같이 기재되어 있다.

2. 귀 군에서 「농어촌정비법」 제22조 및 같은 법 시행령 제30조 제3호에 따라 협의요청한 OOO신축공장을 위한 환경상 안전대책과 관련하여 제출한 보고서를 검토한 결과 아래와 같은 미비사항이 있어 보완을 요청하니 동 보완서를 빠른 시일 내에 작성·제출하여 주시기 바랍니다 .

나. OOO저수지에 대한 현황 자료를 작성·제시하여야 함

- 관리 주체, 저수지 규모, 유역면적, 수혜면적, 농업용수 기준에 부합여부 등

다. 사업 시행시 발생 오수를 개별 오수처리시설에서 BOD 8㎎/L 이하로 처리 후 OOO저수지로 방류할 계획으로 법적 방류기준보다 낮게 배출한다고 해도 저수지로 유입되는 오염총량, 오염부하량 등은 증가하므로 사업지역 하류에 위치하는 저수지에 큰 영향을 끼칠것으로 예상됨

- OOO저수지 혼합농도 산정시 저수지용량 산정에 대한 근거자료를 제시하고 최악의 갈수기시 저수량 등 최악의 저수지 상황을 고려하여 사업 시행에 따른 오염물질 가중 여부 등 환경영향을 재검토하고 저감방안을 검토·제시하여야 함

- 오수처리시설 처리수를 타 수계나 저수지 하류로 방류하는 계획, 오수 재이용 및 공공처리장으로 이송(연계)처리하는 방안 등 검토

3) 처분청이 2014.6.19. 청구법인에게 보낸 환경안전대책 협의에 따른 보완요청 문서OOO에는 OOO외 2필지 일원에 공장설립 신청을 위해 우리 군에 제출한 환경안전대책 보고서에 대해 OOO협의한 결과 보완요청 사항이 있어 붙임과 같이 보완요청하니 빠른 시일 내에 작성·제출하여 주시기 바란다고 기재되어 있다. 4) 청구법인은 2015.7.22. 처분청에게 사업계획승인신청서를 제출하였고, 사업계획에는 쟁점토지상에 기타 비료 및 질소화합물 제조업을 하는 것으로 나타난다. 5) 처분청이 2015.7.27. 청구법인에게 보낸 사업계획 불승인처분 알림 문서OOO에 의하면 처분청은 청구법인의 사업계획을 불승인한 것으로 나타나고, 처분사유에는 사업계획서상 일일 폐수발생량 18㎥로 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제33조에 따른 폐수배출시설 설치신고 대상(폐수 5종)이며, 이는 저수지 상류지역에서의 공장설립 제한의 예외 조건인 「농어촌정비법」 제22조 제2항에 해당하지 않으므로 사업계획 승인이 불가한 것으로 나타난다. 6) 청구법인은 2015년 8월 위 처분에 불복하여 경상남도 행정심판위원회에 행정심판을 제기하였다. 7) 경상남도 행정심판위원회는 2015.10.28. 청구법인의 청구를 기각하는 결정을 하였다. 8) 청구법인은 2015.11.3. 산업통상자원부에 공장설립 승인 및 입지기준에 대하여, 2015.11.18. 환경부에 폐수배출시설의 해당 여부에 대하여, 2015.11.17. 농림부에 공장 설립 및 승인에 대하여 질의를 하였다. 9) 농림부장관은 청구법인의 질의에 대하여 농업용 저수지 상류의 공장설립 제한지역에서 공장을 설립하고자 할 경우에는 「농어촌정비법」 제22조 및 같은 법 시행령 제30조 규정에 따라 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 시행령」 제31조 제1항 제1호에 따른 특정수질유해물질 배출시설이 있는 공장과 「화학물질관리법」 제2조 제7호에 따른 유해화학물질 또는 「폐기물관리법」 제2조 제4호에 따른 지정폐기물을 제조, 보관, 저장하는 공장에 해당하지 않는 경우로서 저수지의 수질을 공장이 설립되기 전과 같은 수준으로 계속 유지할 수 있도록 하는 수질오염 방지계획을 세워 해당지역 환경청장과 협의할 경우에는 공장설립 승인이 가능하다고 회신하였다. 10) 청구법인은 2015년 12월 처분청에게 사업계획승인신청서를 제출하였고, 사업계획에는 쟁점부동산에 기타 비료 및 질소화합물 제조업을 영위하는 것으로 나타난다. 11) 처분청이 2016.1.8. 청구법인에게 보낸 사업계획 불승인처분 알림 문서OOO에 의하면 처분청은 청구법인의 사업계획을 불승인한 것으로 나타나고, 처분사유에는 사업계획서상 일일 폐수발생량 1.6㎥로 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제2조 제10호에 따른 폐수배출시설에 해당하고, 이는 저수지 상류지역에서의 공장설립 제한의 예외 조건인 「농어촌정비법」 제22조 제2항에 해당하지 아니하며, 2016.6.30. 우리 군에 신청한 기타 비료 및 질소화합물 제조업과 동일한 사업계획으로 사업계획 불승인처분 취소심판 청구사건의 재결(2015.10.28.) 주문 및 이유와 같이 불승인함으로 기재되어 있다. 12) 청구법인은 위 처분에 대하여 창원지방법원에 소를 제기하였고, 창원지방법원 판결서(2016.8.9. 선고 2016구합50264 판결)에 의하면 위의 불승인처분을 취소하고, 원고의 폐기물 처리 사업계획서에 따르면 음식 폐기물의 재활용 과정에서 발생되는 폐수를 전량 재이용하여 혐기성분해시설에 유입하도록 되어 있는바, 이는 「수질수생태계법」 별표4에서 특별히 제외하고 있는 폐수배출시설 요건에 들어맞는 점 등에 비추어 볼 때 이 사건 공장은 폐수배출시설에서 제외된다고 봄이 타당하다고 기재되어 있다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 「조세특례제한법」 제120조 제3항에서 2014년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제하되, 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다. 위 규정에서 “정당한 사유”라 함은 부동산의 취득 이후에 발생한 법령상, 사실상의 장애사유로 당해 부동산을 사용할 수 없게 된 사유 등을 말하는 것이고, 부동산을 취득할 당시 에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었고 , 취득 후에 당해 부동산을 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이며, 실제 그 해소를 위하여 노력하고 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 외부적 사유는 당해 부동산을 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다 할 것( 대법원 2002.4.26. 선고 2000두10038 판결, 같은 뜻임)이다. 청구법인은 2013.12.15. 쟁점부동산을 취득하여 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 사실이 처분청이 작성한 출장복명서에 의하여 확인되는 점, 청구법인은 쟁점부동산을 취득하여 공장을 설립하기 위해서는 처분청의 사업계획 승인이 필요하고 이를 위해서는 많은 시일이 걸릴 수 있다는 사실을 알 수 있었을 것으로 보이며, 설사 알지 못하였다 하더라도 조금만 주위를 기울였다면 알 수 있었을 것으로 보이고, 쟁점부동산을 2년 이내에 직접 사용하지 못한 것도 사업계획 승인이 이루지지 않은 것에 기인한 것이라면 그 사유는 정당한 사유가 될 수 없다고 보이는 점, 처분청이 청구법인에게 사업계획불승인처분을 한 것은 법령해석에 관하여 다툼이 있었기 때문이고, 창원지방법원이 처분청의 사업계획 불승인처분을 취소하라고 판결하였으나 처분청은 이 판결에 대하여 항소하여 이 다툼이 확정되지 아니한 점 등에 비추어, 청구법인이 취득일부터 2년 이내에 쟁점부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었다고 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항, 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 (1) 조세특례제한법(2014.1.14. 법률 제12251호로 개정되기 전의 것) 제120조(취득세의 면제 등) ③ 2014년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다. (2) 지방세특례제한법(2014.1.14. 법률 제12251호로 개정되기 전의 것) 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대하여는 등록면허세를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다. ② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 각각 2015년 12월 31일까지 경감한다. 제94조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우