이유
1. 처분개요

가.

청구법인은

2007.6.7. 서울특별시 OOO 토지 739.1㎡

및 지상 건축물 1,442.42㎡(

이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하면서

이 건 부동산 중 청구법인이 직접 사용하는 2층 일부 180.3㎡(부속토지포함)는

「지방세법」(2007.12.31. 법률 제8835호로 개정되기

전의 것, 이하 같다) 제

288조 제2항에 따라 처분청으로부터 취득세 및 재산세를

감면받고, 임대

하는

나머지

1,262.12㎡(부속토지 포함)는 같은 조

제5항에

따라 취득세 및 재산세의 100분의 50을 경감받았다.

나.

처분청은 2012.2.21. 청구법인에 대한 세무조사 결과 청구법인이

「지방세법」 제288조

에서 규정하고 있는 장학단체에 해당하지 아니하는

것

으로

보아

이 건 부동산에 대한 각 세목별 산출세액에서 기 납부한 세액을

공제한

취득세

OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO

, 합계

OOO 및 2008년도부터 2011년도까지의 재산세 등 합계 OOO을 2012.5.18. 청구법인에게

부과고지(직접 사용부분은

취득세 등을 전액 추징하고, 임대부분은 감면한 100분의 50을 추징)

하였다

.

다.

청구법인은 이에 불복하여 2012.8.16. 심판청구를 제기

하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은

국·내외를 구분하지 않고 전 세계

적으로 교육기관의 설립

및 시설확충을 하고, 우수인재 양성을 위한

장학사업 등을 폭넓게 추진하기

위하여

외교통상부로부터 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」

제4조 및

「민법」 제32조

에 의한 엄격한 절차에 따라 법인설립허가를 받아 외교

통상부 소관 「비영

리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」에 의하여

관리

·감독을 받는 공익법인으로서 청구법인의 등기부등본은 물론, 정관에서 청구법인의 목적사업을 글로벌

교육지원 및 인재양성, 교육기관의 설립 및 교육

시설의 확충, 우수

인재 양성

,

교육시스템의 개발 등 교육 및 장학사업 등의

장학사업을 청구

법인의 목적

사

업

으로 규정하고,

청구법인의 설립 첫해에

설립비용의 과다소요로

결손이

발생하여 현재까지도 보전이 되지 아니한 어려운 여건속에서도

비록

, 많은 금액은 아니지만 장학금을 지급하는 등 진정성을 가지고

성실하게 장학

사업을 수행 중에 있으며,

「지방세법」 및

어느 법률에서도

교육인적자원부의 설립허가를 받은 단체만을 장학단체나

장학법인으로 본다고 규정하고 있지 아니하고, 만약

처분청과 같이

해석할 경우 장학사업을 실시하고 있는 상당수의 외교통상부

소관

장학단체가 법률에 의한 장학단체에 해당하지 아니하는 결론에 이르게

되며, 장학의 의미는 교육활동의 전반에 걸쳐 교육목표를 달성하기 위하여

후원되는 재정적·전문적·기술적인 일련의 봉사활동을 말하는 것이고, 내국인에게 지급하는 것만 장학금으로 볼 수 없으며, 청구법인이 외교

통

상부

로부터 설립허가를

받았

다하더라도 세계화와 글로벌화를 사업이념으로

택하여 국내외를 불문하고

장학금을 지급하고 있으므로 내국인에게 장학

금을 지급한다고 하여 이를

문제 삼을 수 없고, 청구법인이 지급한 장학금은

「법인세법」 및 일반적인 기부금의 정의 및 성격에 부합하지 아니하므로

기부금에 해당하지도 아니하며, 청구법인이 알제리 등 외국을 다니면서 지출한

경비는 문화교류사업이 아니라 민간차원의 교육사업을 추진하기 위한 경비임에도

처분청은 청구법인이 교육

인적자원부가 아닌 외교통상부로부터 법인

허가를 받았고, 장학사업은 일부

사업에 불과하며, 해외에서 발생한 일들은

문화교류사업으로

장학사업에 해당하지 아니하고

, 장학금 지급액수에만 초점을 맞추어 수입

금액에서 장학금 지급비율이 매우

낮으며, 외교통상

부의 설립허가를 받은 법인이 내국인에게 장학금을 지급

하였고, 청구법인이

지급한 금액이 기부금에 해당한다는 납득하기 어려운

사유로 청구법인을

「지방세법」

제288조 제2항 및 제5항에서

규정하고

있는 장학단체로 보지 아니하여 이 건 취득세 등을 추징하는 것은 장학

단체를 운영하려고 각고의 노력을 경주하고 있는 청구법인의 의지를 꺽는

억울한 세금부과이므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 등 의견

(1) 처분청 의견

청구법인의 경우, 교육인적자원부가 아닌 외교통상부로부터 법인

허가를 받았으나 실제 장학금을 지급한 것은 내국인 1인에게 지급한

것이고, 외국에서 지급한 장학금은 전무한 점, 청구법인의 정관 및 등기

부

등본상 장학사업은 교육지원사업, 인력 풀 구축사업 및 인적교류사업 등과 함께 목적사업 중 일부사업에 불과한 점, 청구법인의 사업실적 및 예산의 사용용도와 결산서 등을 보면, 종교단체 및 사회복지재단

과의 협력지원, 세미나 및 후원회 지원, 외국과의 문화교류 및 복지지원,

교육기관에 대한 시설지원 등 청구법인 자체의 장학사업으로 볼 수

없는 지원사업에 주된활동 및 지출이 이루어졌고 청구법인의 사업내용

중 구체적·영속적이고 특정된 사업을 진행한 바를 찾아볼 수 없으며 단지, 목적사업을 수행하기 위한 준비단계 내지는 복지사업이나 강연 및 세미나 등 지원사업에 불과한 점,

청구법인의 결산서상 2007년부터 2010년까지의 수입금액대비 장학금

지급 비율은 평균 2.75%에 불과한 반면 여비교통비, 접대비 등의 항목

으로 장학사업 외의 목적사업에 활

동된 지출된 비율이 더 높은 점 등을

전체적으로 고려하며, 청구법인은

「지방세법」

제288조 제2항 및 제5항에서

규정하고

있는 장학단체로 보기 어려우므로 이 건 취득세 등을 추징한 것은 적법하다.

(2) 서울특별시장 의견

청구법인의 경우, 「정부조직법」 및

각 중앙행정기관 직제에

따르면 교육기관설립, 우수인재양성, 장학 등의

공익사업을 경영하기 위한

비영리법인의 설립허가는 교육인적자원부장관이, 외교, 통상교섭, 문화

협력 관계 공익법인의 설립허가는 외교통상부장관이 그 주무관청이 되고, 주무관청이 관계 사실을 조사하여 설립허가를 하도로 규정하고 있으므로 청구법인의 정관 목적사업 중

하나로 장학사업이 있다하더

라도 외교통상부가 주무관청으로 청구

법인의 설립허가를 한 것이 확인

되는 이상, 청구법인이 「지방세법」

제288조 제2항 및 제5항에서

규정

하고 있는 “정부로부터 허가를 받은 장학단체”라거나 “

「공익법인의

설립·운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 장학법인”이라고 볼 수 없다

하겠고,

실질적 측면을 보아도 청구법인의 경우 법인회계자료 등 관련자료 어디에도

장학금 수혜자가 누구인지 확인되지 않고, 장학금지급기준 및 장학금수혜자

결정 등 장학금 집행관련 이사회 회의록도 없으며, 그 장학금 지급규모에서도

2007년부터 2010년까지 수입금액 대비 장학금지출규모가 2.75%로서 2007년

알제리 경제사절 참가 등 문화교류 사업 등에 대한 사업비 지출규모보다 훨씬 작으므로 청구법인을 장학법인으로 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이

「지방세법」

제288조

제2항 및 제5항에서

지방세 감면

대상으로 규정하고 있는 장학단체 내지 장학법인에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

(

2007.12.31. 법률 제8835호로 개정되기

전의 것

)

제288조(사회단체 등에 대한 세액감면)

② 정부로부터 허가 또는 인가를

받거나 「민법」 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구

단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유

업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를

면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는

재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제(기술진흥단체와 체육진흥단체가 사용

하는 부동산에 대하여는 공동시설세를 과세한다)한다.

다만, 그 취득일부터 1년

내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

⑤

「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 장학법인이

장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용부동산에 대하여는 취득세 및 등록

세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 임대용으로 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세의 100분의 50을 경감한다.

다만, 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 그 용도에 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 경감받은 취득세와 등록세를 추징한다.

☞ 2007.12.31. 「지방세법」(

2007.12.31. 법률 제8835호)의 개정으로 경감율이 100분의 50에서 100분의 80으로 개정됨

(2) 민법

제32조(비영리법인의 설립과 허가) 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

(3) 공익법인의 설립·운영에 관한 법률

제1조(목적) 이 법은 법인의 설립·운영 등에 관한 「민법」의 규정을 보완하여 법인으로 하여금 그 공익성을 유지하며 건전한 활동을 할 수 있도록 함을 목적으로 한다.

제2조(적용 범위) 이 법은 재단법인이나 사단법인으로서 사회 일반의 이익에 이바지하기 위하여 학자금·장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술, 자선(慈善)에 관한 사업을 목적으로 하는 법인(이하 "공익법인"이라 한다)에 대하여 적용한다.

제4조(설립허가 기준) ① 주무 관청은

「민법」 제32조

에 따라 공익법인의 설립허가신청을 받으면 관계 사실을 조사하여 재단법인은

출연재산의 수입, 사단법인은 회비·기부금 등으로 조성되는 재원

(財源)의 수입(이하 각 "기본재산"이라 한다)으로 목적사업을 원활히 수행할 수 있다고 인정되는 경우에만 설립허가를 한다.

(4) 정부조직법(2007.11.12. 법률 제8471호로 개정되기 전의 것)

제28조(교육인적자원부) ① 교육인적자원부장관은 인적자원개발정책의 수립·총괄·조정, 학교교육·평생교육 및 학술에 관한 사무를 관장한다.

제31조(외교통상부) ① 외교통상부장관은 외교, 외국과의 통상교섭

및 통상교섭에 관한 총괄·조정, 조약 기타 국제협정, 재외국민의 보호

·지원, 국제사정조사 및 이민에 관한 사무를 관장한다.

(5) 외교통상부소관비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙(2013.4.8. 외교부령 제4호로 개정되기 전의 것)

제1조(목적) 이 규칙은 민법의 규정에 의하여 외교통상부장관이 주무관청이 되는 비영리법인의 설립 및 감독에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

제7조(사업실적 및 사업계획 등의 보고) 법인은 매사업연도의 종료후 2월 이내에 다음 각호의 서류를 외교통상부장관에게 제출하여야 한다.

1. 다음 사업연도의 사업계획 및 수지예산서 1부

2. 당해 사업연도의 사업실적 및 수지결산서 1부

3. 당해 사업연도말 현재의 재산목록 1부

제8조(법인사무의 검사·감독) ① 외교통상부장관은

민법 제37조

의

규정에 의하여 법인사무의 검사·감독을 위하여 불가피한 경우에는 법인

에게 관계서류·장부 기타 참고자료의 제출을 명하거나 소속공무원으로

하여금 법인의 사무 및 재산상황을 검사하게 할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1)

청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면, 다음과 같은 사실을

알 수 있다.

(가)

청구법인은

2007.6.7.

외교통상부장관으로부터

「공익법인의 설립

·

운영에 관한 법률」

제4조,

「민법」 제32조

및 「

외교통상부소관비영리

법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」 제3조의 규정에 의하여 법인설립을

허가 받아 설립된 법인으로서 정관상의 설립목적은 세계화 시대에 부합한

글로벌적

시각에서 국내 및 개발도상국 등 후진지역 국민들의 삶의

질과 보다

나은 사회적 환경을 조성하기 위한 교육지원 및 인재 양성을

위한 인적

교류 사업을 통해 후진지역의 지속적인 발전과 국제사회에서의 지위

향상을 도모하고, 이를 위한 교육시설의 확충, 재정지원, 선진교육 시스

템의 구축 등 수해 지역의 선진화를 위한 지원 등 이고,

정관 및 법인등기부상의 목적사업은

1. 교육기관 설립 및 교육시설 확충을 위한 지원 사업, 2. 우수 인재 양성을 위한 기초생활 및 복리

증진을 위한 장학사업, 3. 교육시스템 개발을 통한 인력 풀 구축 사업

,

4. 재단의 목적달성을 위한 연구 및 인적 교류 사업, 5. 재단의 조직과

재정지원 및 운영관리 및 6. 기타 재단의 목적달성을 위한 관련 부대사업으로 규정하고 있다.

(나)

청구법인의 연도별 수입금액 및 장학금지급액은 <표1>과

같고,

장학금 지급대장은 <표2>와 같다.

OOO

(다) 처분청 세무담당공무원은

2012.2.21.부터 2012.2.22.까지의 기간 중에 청구법인에 세무조사를 하였고, 동 조사서에는 교육청이 아닌 외교

통상부를 통해 법인설립허가를 받았고, 정관 및 등기부등본상 장학사업은

목적사업 중 극히 일부에 불과한 점, 실질적인 해외에서의 주된 업무가 장학사업을 위한 업무로 볼 수 없는 점, 결산서상 수입금액 대비 실제 장학금 금액이 4%에도 미치치 아니한 점 및 외교통상부를 통해 허가를

받았으나 정작 장학금은 내국인에게 지급한 점 등을 전체적으로 고려하면

청구법인은

「지방세법」 제288조

제2항 및 제5항에서 규정하고 있는 장학단체 내지 장학법인이라고 판단할 수 없다고 기재되어 있다.

(라)

그 외 청구법인은 장학금 관련 규정 및

연도별(2007년～2010년) 목적사업(국내외 장학

사업) 내역(원본

첨부)을 제출하고 있고, 동 내역에는 외국OOO에 대한 추진, 사업타당성

사전조사 및 사업

방향 모색을 위하여 연도별로 지출한 금액OOO이 나타난다.

(2) 먼저, 외교통상부로부터 법인설립허가를 받은 법인을 장학단체 또는 장학법인에 해당한다고 볼 수 있는지 여부에 대하여 본다.

「지방세법」 제288조

제2항 및 제5항에서 지방세 감면대상을 정부

로부터 허가 또는

인가를

받거나 「민법」 외의 법률에 의하여 설립 또는

그 적용을 받는

장학

단체 및 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 장학법인으로 규정하고 있는 바, 청구법인은 정부부처인

외교통상부로부터 설립허가를 받아 설립되었고, 「공익법인의 설립

·

운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 이상, 청구법인이 교육인적자원부가

아닌 외교통상부로부터 설립허가를 받았다

하더라도 실질적으로 장학

사업을 주된 업무로

하는 장학단체 또는 장학

법인에 해당한다면 위 조항

에서 규정하고 있는

장학단체 또는 장학법인에 해당한다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.

(2) 다음으로, 청구법인이 장학사업을 주된 업무로 하는 장학단체 또는 장학법인에 해당하는지 여부에 대하여 본다.

어느 단체가 장학단체에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것OOO으로

청구법인의

정관이나 등기부상의 목적사업에 장학사업이 포함되어 있으나,

청구

법인의 장학금 지급실적을 보면, 수입금 대비 장학금 지급규모가 미미

하고, 그 마저도 특정인에게만 지급한

것일 뿐만 아니라 지급사유도 객관

적인 장학금 지급규정 보다는 청구법인의 대표

자의 사적인 이유에 따라 지급된 것으로 나타나고, 또한, 청구법인의 연도별 사업실적을 보면

,

외국과의 문화교류, 복지지원 및 교육기관에 대한 시설지원 등 직접적인

장학사업

으로 보기는 어려운 해외지원 사업이 주된 업무를 이루고 있고

, 동 업무를

추진하기

위하여

여비교통비 및 접대비 등의 항목으로 지출된 비용이 장학금

으로 지급한 비용보다 많은 점 등을

고려하면, 장학사업은 청구법인의 주된 사업이라기보다는 부수업무에 해당하는 것으로 보이

므로 청구법인을

「지방세법」 제288조

제2항 및 제5항에서 규정하고 있는

장학단체 또는 장학법인으로 보기에는 어려움이 있다 할 것이다.

따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「지방세 기본법」 제123조

제4항과

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.