이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.3.30. OOO토지 OOO㎡ 및 그 지상 건축물 OOO㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 매매로 취득한 후, 이 건 부동산의 취득가액 OOO원에

「지방세법」제11조

제1항 제7호 나목의 표준세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 처분청은 2020년 4월경 청구법인에 대한 지방세 세무조사를 실시하여 청구법인이 이 건 부동산에 대한 취득세 과세표준을 과소 신고하였고 이 건 부동산 중 AAA 및 주식회사 BBB(이하 “BBB”라 한다)에게 임대한 건축물 OOO㎡ 및 그 부속토지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)는 정당한 사유 없이 취득일부터 1년 이내에 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하였거나 취득일부터 2년 이상 해당 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하여 취득세 중과세율 적용대상인 것으로 보아, 2020.5.14.

「지방세법」 제13조

에 따른 과밀억제권역 안 취득 등에 대한 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 부과ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.8.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)

「지방세법」 제13조

제2항 제2호는 대도시에서 공장을 신설하거나 증설함에 따라 부동산을 취득하는 경우 취득세 중과세율이 적용되는 것으로 규정하고 있고, 같은 조 제8항은 제1항과 제2항에 따른 공장의 범위와 적용기준은 시행규칙으로 정한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제7조 제2항 제2호 다목은 ‘기존공장(승계취득한 공장을 포함한다)의 업종을 변경하는 경우’를 취득세 중과세율 적용대상에서 제외하는 것으로 규정하고 있다.

이 건 부동산의 용도지역이 일반공업지역이고, 건축물대장상 용도가 일반공장으로 청구법인이 이를 취득하기 전부터 공장으로 사용되던 건물이므로 공장의 신ㆍ증설에 해당하지 않으므로, 기존공장을 승계취득한 이 건 부동산의 경우 취득세 중과세율 적용대상에 해당하지 않는다.

(2) 설령, 청구법인의 이 건 부동산 취득이

「지방세법」 제13조

에서 규정하는 과밀억제권역안 취득세 중과세율 적용대상이라 하더라도 같은 법 제13조 제3항 제1호 가목 및 제2호 가목에서 규정하는 취득세 중과세율 적용사유가 발생하지 아니하였다.

「지방세법」 제13조

제2항 단서는 같은 법 시행령 제26조에서 규정하는 과밀억제권역 안 중과세율 적용 제외업종에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우를 취득세 중과세율을 적용하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 같은 조 제3항은 중과세율 적용의 예외에 해당하더라도 ‘정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우(제1호 가목)’ 및 ‘부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우(제2호 가목)’에는 취득세 중과세율을 적용하는 것으로 규정하고 있다.

청구법인은 이 건 부동산을 취득할 당시 전소유자로부터 임차인 AAA와의 임대차계약을 승계하였는데, AAA가 2017.4.15. 폐업한 이후 새로운 임차인 BBB와 2017.5.17. 임대차계약을 체결하면서 새로운 임차인 BBB의 대표이사는 AAA 대표의 사위로 특수관계자였기 때문에 임대차계약 시작일을 2017.4.1.로 기재한 것일 뿐, 실제 BBB에 대한 임대시작일은 2017.5.17.이고, 임대면적은 계약서에 기재된 바와 같이 OOO㎡이다.

청구법인은 이 건 부동산을 2017.3.30. 취득하여 2019.6.20. 매각할 때까지 2년 2개월 20일간 보유하였고, 그 중 임대기간은 2017.4.1.부터 2017.6.30.까지이며 그 이후 청구법인이 직접 사용하였으므로 ‘부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우(제1호 가목)’에 해당하지 않는다.

또한, AAA에 대한 부분은 매도인의 임대차계약을 인수한 것이므로 대도시 중과제외 업종에 직접 사용한 것으로 보아야 하므로, 이를 제외하면 청구법인은 이 건 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하였으므로,

「지방세법」 제13조

제3항 제1호 가목 및 제2호 가목에서 규정하는 추징사유가 발생하지 아니하였음에도 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과ㆍ고지한 처분은 위법하다.

(3) 처분청은 쟁점부동산 면적을 OOO㎡로 보아 추징 과세표준을 산정하였으나, 임대면적을 OOO㎡로 하여 재산정하여야 한다.

또한, 추징사유발생일을 2017.4.1.로 하여 납부불성실가산세를 계산하였으나, 취득(신고) 당시 중과세율 적용대상에서 제외하여 표준세율을 적용하여 한 신고는 정당하였으므로, 의무사용기간 2년을 채우지 않고 매각(양도)한 날을 추징사유발생일로 보아 납부불성실가산세를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2013.10.21. 과밀억제권역인 OOO시에서 설립된 후 2017.3.30. 과밀억제권역 내 위치한 이 건 부동산을 취득하여 취득세 중과세율 적용대상이나, 대도시 중과 제외 업종인 도시형공장에 직접 사용할 목적으로 취득한 것으로 하여 중과세율 적용이 제외된 것이다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산을 2017.3.30.부터 2017.4.15.까지 AAA에 임대하였고 2017.4.16.부터 2017.6.30.까지 BBB에 임대하였으며, 2019.6.20. 이를 제3자에게 매각하였으므로 ‘취득일부터 2년 이상 해당 업종에 직접사용하지 아니하고 매각’한 것이다.

(3) 청구법인은 2017.5.17. BBB와 임대차계약을 체결하면서 임대 시작일을 2017.4.1일로 기재한 것일 뿐 실제 임대시작일은 2017.5.17., 임대면적은 OOO㎡라고 주장하나, BBB의 국세청 사업장연계자료에 의하면 임대차 계약기간시작일이 2017.4.1, 계약기간종료일이 2019.3.31. 사업장 면적이 OOO㎡, 전세보증금이 OOO원으로 되어 있고, 청구법인이 세무조사시 제출한 부동산임대공급가액명세서에도 입주일이 2017.4.1., 퇴거일이 2017.6.30.로 기재되어 있는바, 청구주장을 받아들이기 어렵다.

또한, 청구법인은 추징사유발생일을 매각한 날로 보아 납부불성가산세를 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점부동산은 청구법인이 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 않고 임대를 시작한 2017.4.1.이 추징사유발생일이 되며, 신고.납부기한인 30일이 지난날부터

「지방세기본법」제55조

에 따른 납부불성실가산세를 적용하여야 하는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산이

「지방세법」 제13조

에서 규정하는 과밀억제권역 안 부동산 취득에 대한 취득세 중과세율 적용대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2013.10.21. OOO를 본점소재지로 하여 설립되었고 2019.7.2. OOO로 본점소재지를 이전하였으며, 법인등기부등본상 목적사업은 자동차 부품 제조업 등으로 확인된다.

(2) 이 건 부동산 매매계약서에 의하면 청구법인은 2016.12.13. 매도인 bbb과 이 건 부동산을 매매대금 OOO원에 매수하기로 하는 계약을 체결한 것으로 확인된다.

(가)

「수도권정비계획법」 제6조

및 같은 법 시행령 별표1에 의하면 이 건 부동산이 위치한 OOO시는 과밀억제권역에 포함되는 것으로 나타난다.

(나) 이 건 부동산의 용도지역이 일반공업지역이고, 건축물대장상 용도가 일반공장으로 청구법인이 이를 취득하기 전부터 공장으로 사용되던 건물이므로 공장의 신ㆍ증설에 해당하지 않는다는 점에 대해서는 다툼이 없다.

(다) 이 건 부동산 매매계약상 계약금은 OOO원으로 그 중 OOO원은 계약시 지급하고 나머지 OOO원은 2016.12.20. 지급하며, 잔금 OOO원은 2017.3.30.에 지급하되 잔금 중 OOO원은 2017.4.7. 정산하기로 약정한 것으로 나타난다.

(라) 매매계약 특약사항에 의하면 ① 임차인 CCC는 잔금 지급일 전 매도인이 명도하고, ② 임차인 AAA는 매수인이 인수하기로 약정하였다. 한편 위 매매계약서상 이 건 부동산에 대한 매매계약은 ‘공장/창고 매매계약’이고 공장용지 및 그 지상의 공장을 매수하는 것임이 확인된다.

(마) 처분청이 2017.2.3. 발행한 부동산거래계약신고필증상 청구법인은 매도인 bbb으로부터 공장용지 및 그 지상의 건축물에 해당하는 이 건 부동산을 매수한 것으로 신고한 사실이 확인된다.

(3) 청구법인은 2017.3.30. 처분청에 이 건 부동산에 대한 취득세를 신고하면서

「지방세법 시행령」 제26조

제1항 제16호에서 규정하는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조에 따른 도시형공장으로 사용하겠다는 내용의 사용계획서를 제출하였고, 이 건 부동산의 취득가액 OOO원에

「지방세법」 제11조

제1항 제7호 나목의 세율을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

(4) 처분청은 2020년 4월경 청구법인에 대한 지방세 세무조사를 실시하여 청구법인이 이 건 부동산에 대한 과세표준을 과소신고한 사실 및 쟁점부동산은 정당한 사유 없이 취득일부터 1년 이내에 대도시 중과제외 업종에 직접 사용하지 아니하였거나 취득일부터 2년 이상 직접사용하지 아니하고 매각한 것으로 보아 2020.5.14.

「지방세법」 제13조

에서 규정하는 과밀억제권역 안 취득 등 중과세율을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 부과ㆍ고지하였다.

(가) 청구법인은 이 건 부과처분 중 취득세 과세표준 과소신고 사실에 대해서는 심판청구를 제기하지 아니하였다.

(나) 청구법인은 쟁점부동산을 2017.3.30.부터 2017.4.15.까지 AAA에 이를 임대하였고 2017.4.16.부터 2017.6.30.까지 BBB에 임대하였으나 AAA에 대한 임대는 매도인의 임대차계약을 인수한 것이므로 대도시 중과제외 업종에 직접 사용한 것으로 보아야 하고, BBB에 임대한 면적은 임대차계약서에 기재된 바와 같이 OOO㎡라고 주장하며 다음과 같은 자료를 제출하였다.

1) 이 건 부동산 매매계약서에 의하면 매도인과 쟁점부동산의 임차인 AAA가 체결한 임대차계약은 청구법인이 인수하기로 약정한 것으로 확인된다.

2) AAA에 대한 국세청 사업장연계자료에 의하면, AAA는 2016.1.1.부터 2017.12.30.까지를 계약기간으로 하여 사업장면적 OOO㎡를 임차하면서 임차보증금으로 OOO원을 지급하였다고 신고한 사실이 확인된다.

3) 임대차계약서에 의하면 청구법인은 BBB와 2017.5.17. 이 건 부동산에 대하여 보증금을 OOO원으로 하고 월세를 OOO원으로 하며 임차면적을 약 OOO㎡로 하는 임대차계약을 체결한 것으로 확인된다. 다만, 해당 임대차계약상 보증금 지급일은 2017.4.1.로 나타나고, 임대차계약 특약사항에 의하면 기본 및 현시설물 상태에서 임대한다고 기재되어 있는 것으로 확인된다.

(다) 처분청은 이 건 부동산 중 국세청 사업장연계자료에 의해 BBB에 임대한 것으로 확인되는 건축물 OOO㎡ 등의 쟁점부동산은 정당한 사유 없이 취득일부터 1년 이내에 대도시 중과제외 업종에 직접 사용하지 아니하였거나 취득일부터 2년 이상 직접사용하지 아니하고 매각한 것이므로 취득세 중과세율 적용대상이라는 의견이다.

1) BBB에 대한 국세청 사업장연계자료에 의하면, BBB는 2017.4.1.부터 2017.6.30.까지 사업장면적 OOO㎡를 임차하면서 임차보증금으로 OOO원을 지급하였다고 신고한 사실이 확인된다.

2) BBB가 국세청에 부가가치세를 신고하면서 제출한 부동산임대공급가액명세서에 의하면 BBB는 청구법인으로부터 2017.4.1.부터 2017.6.30.까지 쟁점부동산을 임차하고 보증금 OOO원, 월 임차료 OOO원을 지급한 것으로 신고한 사실이 확인된다.

3) 법인등기부등본에 의하면 BBB는 2017.3.8. 쟁점부동산을 주사무소 소재지로 하여 설립되었다가 2017.7.6. 주사무소 소재지를 OOO로 변경하였고, 자동차부품업 등을 영위하는 것으로 확인되며, 당초 대표이사는 ccc, 사내이사 dddㆍeee, 감사 fff으로 등기되어 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

「지방세법」 제13조

제2항 제1호는 대도시에서 법인을 설립하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 중과세율을 적용하되, 다만

「수도권정비계획법」 제6조

에 따른 과밀억제권역에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우를 그 예외로 규정하고 있고, 같은 법 같은 조 제3항은 취득세 중과세율 적용의 예외사유에 해당하는 경우에도 ① 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 ② 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우 등에는 취득세 중과세율이 적용되는 것으로 규정하고 있다.

청구법인은 2013.10.21. 대도시 내인 OOO시에서 설립된 후 그로부터 5년 이내인 2017.3.30.

「수도권정비계획법」 제6조

및 같은 법 시행령 별표1에서 과밀억제권역으로 규정한 OOO시 내에 위치한 쟁점부동산을 취득하여 취득세 중과세율 적용대상이나, 대도시 중과세율 적용 제외 업종인 도시형공장을 직접 사용할 목적으로 취득한 것으로 하여 중과세율 적용이 제외되었다.

그러나 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 2017.3.30.부터 2017.4.15.까지 이를 AAA에 임대하였고 2017.4.16.부터 2017.6.30.까지 BBB에 임대하였으며, 2019.6.20. 이를 제3자에게 매각한 것으로 확인되는바, 청구법인은 쟁점부동산을 중과제외업종에 직접 사용할 목적으로 취득한 것으로 보기 어렵고 또한

「지방세법」 제13조

제3항 제2호 가목에서 취득세 중과세율 적용 사유로 규정하고 있는 ‘취득일부터 2년 이상 해당 업종에 직접사용하지 아니하고 매각’한 것에 해당하는 것으로 보인다.

한편, 청구법인은 2017.5.17. BBB와 임대차계약을 하면서 임대 시작일을 2017.4.1일로 기재한 것일 뿐 실제 임대시작일은 2017.5.17., 임대면적은 OOO㎡라고 주장하나, BBB의 국세청 사업장연계자료에 의하면 임대차 계약기간 시작일은 2017.4.1., 계약기간종료일 2019.3.31., 사업장 면적은 OOO㎡, 전세보증금은 OOO원으로 기재되어 있고, 청구법인이 세무조사시 제출한 부동산임대공급가액명세서에도 입주일은 2017.4.1., 퇴거일은 2017.6.30.으로 기재되어 있는바, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

따라서 처분청이 청구법인의 쟁점부동산의 취득에 대하여

「지방세법」 제13조

에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 이 건 취득세 등을 부과ㆍ고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「지방세기본법」 제96조

제6항,

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2019.12.31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것)

제13조[과밀억제권역 안 취득 등 중과] ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고,

「수도권정비계획법」 제6조

에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 "사원주거용 목적 부동산"이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 "휴면법인"이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(

「수도권정비계획법」 제2조

에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

2. 대도시(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설함에 따라 부동산을 취득하는 경우

③ 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다.

1. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 대도시 중과 제외 업종 중 대통령령으로 정하는 업종에 대하여는 직접 사용하여야 하는 기한 또는 다른 업종이나 다른 용도에 사용·겸용이 금지되는 기간을 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 달리 정할 수 있다.

가. 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우

나. 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 사원주거용 목적 부동산으로 직접 사용하지 아니하는 경우

다. 부동산 취득일부터 1년 이내에 다른 업종이나 다른 용도에 사용·겸용하는 경우

2. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우

나. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종이나 다른 용도에 사용·겸용하는 경우

(2) 지방세법(2018.12.31. 법률 제16194호로 개정되기 전의 것)

제20조[신고 및 납부] ② 취득세 과세물건을 취득한 후에 그 과세물건이 제13조 제1항부터 제7항까지의 세율의 적용대상이 되었을 때에는 대통령령으로 정하는 날부터 30일 이내에 제13조 제1항부터 제7항까지의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

(3) 지방세법 시행령

제26조[대도시 법인 중과세의 예외] ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

16. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조에 따른 도시형공장을 경영하는 사업

제34조[중과세 대상 재산의 신고 및 납부] 법 제20조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 날"이란 다음 각 호의 구분에 따른 날을 말한다.

4. 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 사원 주거용 목적 부동산을 취득한 후 법 제13조제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하여 법 제13조제2항 각 호 외의 부분 본문을 적용받게 되는 경우에는 그 사유가 발생한 날

(4) 지방세기본법(2017.12.26. 법률 제15291호로 개정되기 전의 것)

제55조[납부불성실·환급불성실가산세] 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)한 경우 또는 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다. 이 경우 가산세는 납부하지 아니한 세액, 과소납부분(납부하여야 할 금액에 미달하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액 또는 초과환급분(환급받아야 할 세액을 초과하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 부과결정일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율