이유
1. 처분 개요 가. 청구법인은 2010.9.29. OOO외 9 필지 59,355㎡상에 산학협력관 및 강의실 건축물 15,014.91㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축하고 처분청으로부터 임시사용승인을 받았으며, 같은 날 이 건 건축물 부속토지의 지목을 임야 등에서 대지로 변경하였다 나. 처분청은 2012.2.9. 이 건 건축물 중 강의실용 부분 6,572.91㎡는 청구법인이 교육용도에 직접 사용하고자 취득하는 부동산으로 보아 「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 따라 취득세 등을 비과세하였으나, 나머지 8,442㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)는 그 용도가 창업보육센터로서 청구법인이 교육용도에 직접 사용하는 부동산에 해당되지 않을 뿐만 아니라 창업보육센터 설치·운영자인 OOOOO 산학협력단(이하 “쟁점법인”이라 한다)이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당되지 않는다고 보아 청구법인의 취득세 등 면제 신청을 거부하였다. 다. 청구법인은 쟁점건축물의 취득가액 OOO(쟁점건축물의 신축비용과 그 부속토지의 지목변경 가액의 합이다)을 과세표준으로 하고「지방세법」112조 제1항 및 같은 법 제131조 제1항 제4호에서 규정한 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO (가산세 포함)을 납부기한 후인 2012.3.16. 처분청에 신고 납부하였다 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.4.2. 이의신청을 거쳐 2012.6.21. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 쟁점건축물은 창업보육센터사업자로 지정받은 산학협력단인 쟁점 법인이 창업보육센터로 사용하고자 취득한 부동산으로서「지방세법」 제288조 제4항에서 산학협력단이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득 하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제하도록 규정하고 있음에도 처분청이 그 형식상 취득자가 쟁점법인이 아니라 학교법인인 청구법인 이라는 사유만으로 취득세 등을 면제하지 않은 것은 부당하다. 비록 청구법인과 쟁점법인은 서로 다른 법인격을 가지고 있으나 ,쟁점법인은 청구법인의 지휘를 받는 산하기관으로서 쟁점법인의 재원 으로는 쟁점건축물과 같은 부동산을 자기 명의로 취득하는 것이 현실적 으로 불가능한바, 창업보육센터로 사용 중인 쟁점건축물을 청구법인이취득하였다고 하더라도 이에 대한 취득세 등은 면제하여야 한다. 나. 처분청 의견 쟁점건축물이「지방세법」288조 제4항에서 규정한 창업보육센터용 부동산에 해당된다고 하더라도 쟁점건축물의 취득자는 산학협력단인 쟁점법인이 아니라 청구법인이고, 쟁점법인이 청구법인의 산하기관이라 하더라도 청구법인과 쟁점법인은 별 개의 독립된 법인이므로 청구법인이 취득한 쟁점건축물은「지방세법」 제288조 제4항에서 규정한 산학협력단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당되지 않는 다고 할 것인바, 청구법인이 쟁점건축물과 그 부속토지의 지목 변경에 대한 취득세 등을 신고 납부한 것은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구법인 소유의 부동산을 청구법인 산하의 산학협력단이 창업보육센터로 사용하는 경우 당해 부동산에 대하여 취득세 등을 면제할 수 있는지 여부 나. 사실관계 및 판단 (1) 사실관계에 대하여 살펴본다. 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 OOO를 운영하고 있는 학교법인이며, 쟁점 법인인「OOO 산학협력단」은 청구법인이「산업교육 진흥 및 산학협력 촉진에 관한법률」제25조 제1항에 근거하여 2004.4.9. 설립한 산학협력단으로서 목적사업은 산학협력계약의 체결 및 이행 등이고, 주사무소는 OOO 구내이다. (나) OOO은 2009.7.9.「OOO 산학협력단」을 아래와 같이 창업보육센터사업자로 지정하였다. 산학 협력단의 장은 대학의 장이 임면하며 그 소관업무 수행은 대학의 장의 지도 및 감독을 받고 산학협력단의 시설은 박물관, 교수·직원 등의 주택, 연수원 등과 함께 대학의 부속시설로 되어 있지만, 산학협력단은 대학과는 독립된 법인으로서 별도의 예산이 책정되어 있고 그 회계처리도「산학협력단 회계처리 규칙」에 따르는 것으로 되어 있다. 창업보육센터는 전국적으로 281개가 운영되고 있으며 운영 주체는 아래와 같다.

구분

합? 계

대학

연구소

지자체

공공기관

민간법인

개? 소

281

211

24

8

24

14

대학이 운영하는 창업보육센터(211개)의 경우 대학에서 직접 운영하는 경우가 120개이고 쟁점법인과 같이 대학 산하의「산학협력단」에서 운영하는 경우는 91개이다. (다) 청구법인은 2010.9.29. 처분청으로부터 이 건 건축물에 대한 임시 사용승인을 받았으나, 처분청에 취득신고를 하지는 않았다. 처분청은 청구법인이 쟁점건축물을 비롯한 이 건 건축물에 대하여 취득신고를 하지 않음에 따라 2011.6.13.에 청구법인에게 이 건 건축물의 취득 신고 안내를 하였으며, 청구법인은 처분청의 취득신고 안 내에 따라 2012.2.9 처분청에 이 건 건축물의 취득신고를 하고 이 건 건축물 전부에 대하여 취득세 비과세(면제) 신청을 하였으나, 처분청은 청구법인이 강의실로 사용하는 부분에 대하여만 취득세 등을 비과세하고 나머지인 쟁점건축물에 대하여는 취득세 면제를 거부하였으며 이에 따라 청구 법인은 2012.3.7. 쟁점건축물과 그 부속토지의 지목변경에 대하여 취득 신고를 하고 2012.3.16. 취득세 등을 납부하였다. 심판청구일 현재「OOO 산학협력단」이 운영하는 쟁점건축물 내 창업보육센터에는 아래와 같은 업체가 입주해 있다. < 쟁점건축물 내 입주업체 현황 > (2) 쟁점에 대하여 살펴본다. (가) 「지방세법」제280조 제4항에서「중소기업창업지원법」에 의하여 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용에 직접 사용 하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제288조 제4항은「산업교육진흥 및 산학협력 촉진에 관한 법률」에 의하여 설립된 산학협력단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제 한다고 규정하고 있고,「산업교육진흥 및 산학협력 촉진에 관한 법률」(2011.5.19. 법률 제10629호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항 및 제2항에서 대학은 학교규칙으로 정하는 바에 따라 대학 내에 법인인 산학협력단을 둘 수 있다고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 쟁점건축물의 취득자가 학교법인인 청구법인이기는 하지만 청구법인의 지휘를 받는 산하기관인 쟁점법인의 재원(財源)으로는 자기 명의의 부동산을 취득하는 것이 현실적으로 불가능한바, 비록 청구법인이 취득하였다고 하더라도 산학협력단인 쟁점법인이 창업 보육센터로 사용하는 쟁점부동산에 대하여는 취득세 등을 면제하여야 한다고 주장하고 있으나, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 점, 「지방세법」제280조 제4항 및 같은 법 제288조 제4항에서 중소기업청장으로부터 창업보육 센터사업자가 창업보육센터용으로 사용 하기 위하여 취득하는 부동산 또는 산학협력단이 그 고유업무에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제한다고 규정 하고 있는 점, 쟁점법인의 경우 청구법인의 산하기관이기는 하지만 「 산업교육진흥 및 산학협력 촉진에 관한 법률」제25조 제2항의 규정에 따라 설립된 법인으로서 청구법인과는 그 법인격이 다른 점, 쟁점법 인이 쟁점건축물과 같은 부동산을 취득할 수 없는 사유가 법령의 금지 또는 행정관청의 제한 등에 있는 것이 아니라 쟁점법인 자체의 재원 부족에 기인하는 것으로서 이와 같은 사유가 부동산을 취득할 수 없는 정당한 사유에 해당된다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 비록 쟁점건축물을 산학협력단인 쟁점법인이 창업보육센터용으로 직접 사용하고 있다고 하더라도 이러한 사실만으로 쟁점건축물이 「지방세법」제280조 제4항 및 같은 법 제288조 제4항에서 규정한 취득세 등이 면제되는 부동산에 해당된다고 볼 수는 없는 바, 청구법인이 쟁점 건축물에 대하여 취득세 등을 신고 납부한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.