이유
1. 처분 개요

가. 청구법인은 2006.5.2. OOO을 본점소재지로 하여 설립된 법인으로서 2009.3.24. OOO로 본점이전 등기를 한 바 있고, 2009.3.11. OOO 토지 35.005㎡, 건물 228.339㎡(이하 “이 건 아파트형공장”이라 한다)를 분양받아 취득한 후 처분청에 구 OOO세 감면조례(2008.12.30. 조례 제4717호로 개정된 것, 이하 같다) 제24조 제2항의 규정에 의한 아파트형공장으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면신청하여 등록세 등을 면제받았다.

나. 청구법인은 이 건 아파트형공장 중 일부인 67.54㎡(이하 “쟁점아파트형공장”이라 한다)를 취득한 날로부터 5년 이내인 2011.7.7. OOO에게 임대한 후, 2011.8.5. 쟁점아파트형공장의 취득가액인 OOO에 구 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 신고납부하고, 2011.10.18. 처분청에 일반세율을 적용하여 산출한 등록세액으로 경정하여 줄 것을 요구하는 경정청구를 하였다.

다. 청구법인은 2011.11.14. 처분청으로부터 경정대상에 해당하지 아니한다는 통지를 받고, 2011.11.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2006.5.2. OOO 1층 1호를 소재지로 하고, 엔지니어링서비스업 등을 목적사업으로 하여 법인을 설립한 후 이 건 아파트형공장을 취득하여 입주하였고, 이 건 아파트형공장은 산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 공업지역이므로 중과세 제외대상지역에 해당하고, 법인설립 후 5년이상 동일사업을 영위한 후 임대하였으므로 중과세율을 적용한 등록세를 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2009.3.11. 이 건 아파트형공장을 최초로 분양받아 엔지니어링 서비스업에 사용하다가 OOO에게 2011.7.7. 쟁점아파트형공장 부분을 임대하였으므로 구 OOO세 감면조례 제24조 제2항 단서규정에 의한 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우에 해당하여 기 감면받은 등록세 등은 추징대상에 해당하고, 청구법인은 이 건 아파트형공장을 대도시내에서 법인설립 후 5년 이내에 취득하였으므로 청구법인이 이 건 아파트형공장을 취득하여 등기할 당시 중과세율을 적용한 등록세 등을 납부하였어야 하나, 등록세 등이 감면대상에 해당하여 중과세율을 적용한 등록세 등을 감면받았으므로 감면받은 세액이 추징대상이 되는 경우에는 감면받은 세액을 추징하는 것이 타당하므로 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 부과고지하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

대도시내에서 설립되어 5년이 경과되지 아니한 청구법인이 쟁점아파트형공장을 취득하여 등록세 등을 감면받은 후 추징대상이 된 경우 중과세율을 적용한 등록세를 과세한 것이 적법한지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 구

지방세법 제138조

제1항 제3호의 규정에 의하면 대도시에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제102조 제2항의 규정에 의하면 법 제138조 제1항 제3호에서 "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말하되, 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말하는 것으로 규정하고 있다.

또한,

구 서울특별시세 감면조례 제24조 제2항의 규정에 의하면 아파트형공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는

중소기업기본법 제2조

에 따른 중소기업자가 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 아파트형공장 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제하되 다만, 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유없이 해당 사업 또는 벤처기업용에 직접 사용하지 아니하는 경우와 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.

(2) 위 처분개요에 따른 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 쟁점사항에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2006.5.2. OOO내에서 설립된 후 5년 이내인 2009.3.11. 이 건 아파트형공장을 취득하여 등록세 중과세 대상이 되었으나, 이 건 아파트형 공장을 취득할 당시 이 건 아파트형공장이 구 서울특별시세 감면조례 제24조 제2항의 규정에 의거 취득세 및 등록세의 면제대상에 해당함에 따라 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 감면받았음이 확인되고 있다.

(나) 청구법인이 이 건 아파트형 공장을 취득한 후 5년 이내인 2011.7.7. 쟁점아파트형 공장 임대하였음이 확인되고 있으므로 청구법인은 구 OOO세 감면조례 제24조 제2항 단서규정에 따라 등록세 등의 추징대상에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하고, 청구법인은 이 건 아파트형공장을 대도시내에서 법인설립 후 5년 이내에 청구인 명의로

등기하였으므로 청구법인이 감면받은 등록세가 추징대상이 된 경우에는

중과세율을 적용한 등록세를 추징하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(다) 청구법인은 법인설립 후 5년 이상 동일사업을 영위한 후 임대하였으므로 중과세율을 적용한 등록세를 과세하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 쟁점아파트형공장은 청구법인이 대도시내에서 설립된 후 5년 이내에 청구법인 명의로 등기되었고, 대도시내에서 설립되어 5년이 경과되지 아니한 법인이 취득하는 특정 부동산이 등록세 중과세 대상에 해당하는지 여부는 대도시내에서 설립된 법인이 법인설립 후 5년 이내에 부동산에 대한 등기를 하는지 여부를 기준으로 판단되어야 하므로 청구법인의 주장은 대도시 지역내의 법인·부동산 등기에 대한 등록세 중과세에 관한 법리를 오해한 것으로 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「지방세기본법」제123조

제4항과

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.