이유
1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 2002.11.7. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 외 1필지 토지 1,650㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후, 2003.2.28. 이 사건 토지상에 공장용 건축물 482.4㎡(이 사건 토지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 신축 취득한데 대하여 구 조세특례제한법(2003.5.10. 법률 제6867호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조제3항 및 제120조제3항의 규정에 의하여 창업중소기업이 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산으로 보아 각각 취득세와 등록세 등을 면제하였으나, 구 조세특례제한법상 창업중소기업에 해당되지 아니한다고 보아 그 취득가액(312,520,000원)을 과세표준으로 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 6,250,400원, 농어촌특별세 625,040원, 등록세 2,720,160원, 지방교육세 544,030원, 합계 10,139,630원을 2004.6.11. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 2002.8.5. 에어펌프 제조·판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 설립당시 본점을 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에 두었으나, 공장준공 이후인 2004.4.10. 본점을 이 사건 부동산 소재지로 이전하였는 바, 청구인이 이 사건 부동산을 취득할 때와 공장설립 승인신청 및 완료신고를 할 때에도 본점 소재지를 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지로 신고하였고, 처분청 또한 이 사건 부동산에 대하여 지방세감면결정통지를 하면서 근거법령, 감면대상, 감면세액 등을 구체적으로 명시하였을 뿐만 아니라 수신처를 본점 소재지인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지로 하였으므로, 이는 과세관청이 청구인에게 본점이 어느 지역에 소재하고 있든지 관계없이 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는

지방세가 감면되는 것으로 신뢰할 만한 공적인 견해를 표명한 것으로 보아야

하고, 그 후 사정변경이나 상황변경 또는 고의적인 은폐·탈루 등 청구인에게

귀책되는 사유가 없었음에도, 처분청이 조세특례제한법상 창업중소기업에 해당되지 아니한다고 보아 면제한 취득세 등을 부과한 것은 국세기본법상

신의성실의 원칙에 위배되는 처분으로서 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 수도권 내에서 법인 설립등기를 필한 후 부동산을 취득한 다음 수도권 외의 지역으로 이전한 경우 창업중소기업에 해당되지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 구

조세특례제한법 제6조

제1항에서 2003년 12월 31일 이전에

수도권정비계획법 제6조

제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(이하 “수도권 과밀억제권역”이라 한다)외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 “창업중소기업”이라 한다)과

중소기업창업지원법 제5조

제2항의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년이내에 종료하는 과세연도까지 당해사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 같은 법 제119조제3항 및 제120조제3항에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득·등기하는 사업용 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득·등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있으며,

수도권정비계획법 제6조

제1항제1호,

같은법시행령 제9조

및 별표1에서 과밀억제권역을 인구 및 산업이 과도하게 집중되었거나 집중될 우려가 있어 그 이전 또는 정비가 필요한 지역이라 하면서 그 범위를 ㅇㅇ시 등으로 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2002.8.5. 에어펌프 제조·판매업 등을 목적사업으로 하고, 본점 소재지를 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지로 하여 설립하였다가 2004.4.10. 본점을 이 사건 부동산 소재지인 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지로 이전한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 부동산 취득신고와 공장설립 승인신청 및 완료신고를 하면서 본점 소재지를 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지로 신고하였고, 처분청 또한 지방세감면결정통지를 하면서 수신처를 본점 소재지로 하였는 바, 이는 과세관청이 본점이 어느 지역에 소재하고 있든지 관계없이 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 지방세가 감면되는 것으로 신뢰할 만한 공적인 견해를 표명한 것으로 보아야 하므로, 면제한 취득세 등을 부과한 것은 신의성실의 원칙에 반하는 부당한 처분이라고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 구 조세특례제한법(2003.5.10. 법률 제6867호로 개정되기 전의 것) 제119조제3항 및 제120조제3항에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득 등기하는 사업용 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있는 바, 동 규정에서의 “창업중소기업”이라 함은 같은 법 제4조 및

같은법시행령 제2조

의 규정에 의한 중소기업 중 같은 법 제6조제3항의 규정에 의한 업종을 영위하는 중소기업으로서 2003.12.31. 이전에

수도권정비계획법 제6조

제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업을 의미하므로, 수도권 과밀억제권역 내에서 창업하는 경우에는 창업중소기업에 해당되지 아니한다 할 것으로서, 청구인은 2002.8.5. ㅇㅇ시에서 법인설립등기를 필한 후 2004.4.10. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시로 본점을 이전한 사실이 법인등기부등본 등에서 입증되고 있는 이상, 청구인은 구

조세특례제한법 제119조

제3항 및 제120조제3항의 규정에 의하여 취득세와 등록세가 면제되는 창업중소기업에 해당되지 아니한다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 또한, 세무공무원의 직무수행과 관련한 신의성실의 원칙은 납세자의 신뢰대상이 되는 과세관청의 공적인 견해표명이나 관행 등에 반하는 처분을 납세자에게 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과를 초래하였을 때 비로소 신의성실의 원칙에 위배되는 지의 여부를 가리는 것으로서, 처분청 담당공무원이 이 사건 부동산에 대하여 취득세 등을 감면하면서 청구인이 구 조세특례제한법상 창업중소기업에 해당되는 지를 정확히 확인하지 아니한 잘못이 있다 하더라도, 당초 구 조세특례제한법에 의한 취득세 등의 감면대상으로 보아 면제하였다가 다시 추징한 처분은 과세관청의 공적인 견해표명이나 관행 등에 반하는 처분이 아니고 사실관계를 오인함으로써 관계규정을 잘못 적용하여 위법·부당하게 된 행정행위를 바로잡은 경우에 해당된다 하겠으므로, 이 사건 취득세 등의 부과처분이 신의성실의 원칙에 반하는 부당한 처분이라는 청구인의 주장도 받아들일 수 없는 것이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로

지방세법 제77조

제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 9. 23.

행 정 자 치 부 장 관