이유
1. 처분개요 가. 청구인은 2012.1.3. OOO소재 토지 6,628㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 처분청에 「지방세특례제한법」(2013.3.23. 법률 제11716호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제78조 제4항에 따른 산업단지에서 산업용 건축물 등을 신축하려는 자가 취득하는 부동산으로 감면을 신청하여 취득세 등을 면제받았다. 나. 처분청은 청구인이 2012.8.31. 쟁점토지를 주식회사 OOO에게 현물출자한 사실을 확인하고, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각하여 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제2호에 따른 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2016.8.17. 청구인에게 쟁점토지의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.11.3. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 2012.1.3. 산업단지 내의 쟁점토지를 취득하고, 2012.4.30 . 공장용 건축물의 건축허가를 받아 공사를 진행하던 중 청구인이 현물출자방식으로 설립한 주식회사 OOO에게 쟁점토지를 이전하였고, 주식회사 OOO는 건축공사를 계속 진행하여 2012.12.20. 처분청으로부터 공장용 건축물의 사용승인을 받았으며, 산업단지 입주계약 변경신청시 첨부한 사업계획서에 따라 기어류제품 제조업으로 사용하고 있다. (2) 청구인은 사업운영과 공장운영의 효율성을 높이고 지역경제에 대한 기여도를 높이기 위하여 영위하던 사업을 법인으로 전환할 것을 결정하고, 「조세특례제한법」 제32조 에서 정한 현물출자방식에 의한 법인전환을 위하여 설립중인 회사인 주식회사 OOO와 사업의 포괄적인 현물출자계약을 체결하여 사업용 재산 일체를 출자하였다. (3) 대법원은 그 매각이 당초의 취득세를 면제한 취지를 벗어나는 것은 아니고 「조세특례제한법」에서 정하는 요건을 갖춘 현물출자에 의한 법인전환 등 정당한 사유가 있는 경우에는 위 법 조항의 규정에 해당하지 아니한다고 보아야 할 것(대법원 1992.6.9. 선고 91누10725 판결)이라고 판결한바 있고, 조세심판원도 같은 법 제32조의 현물출자 또는 사업양수도에 따른 재산 이전은 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영형태만을 바꾸는 것에 불과하여 취득세 등을 부과할 필요가 적음과 더불어 개인사업자의 법인전환을 장려하는 취지 등을 감안할 때 같은 법 제32조에 따른 현물출자 또는 사업양수도 방식으로 개인사업자가 법인으로 전환한 경우에도 같은 법 제119조 제3항 및 제120조 제3항 단서규정의 정당한 사유에 해당한다고 결정(조심 2009지797, 2010.5.19.)한바 있으며, 행정자치부도 개인사업자가 산업단지 내의 토지를 취득하고 공장을 신축하여 「지방세법」 제276조 제1항의 규정에 의하여 취득세 등의 면제를 받은 후 당해 부동산을 현물출자하여 법인을 설립하는 경우 또는 새로운 법인을 설립하여 사업양수도방식으로 공장을 인수하는 경우에 법인으로 전환된 사업자가 계속하여 본래의 취득목적인 산업용 건축물 등의 용도에 사용하는 경우라면 2년 이내 양도한데 대한 정당한 사유가 있는 것으로 사료되므로 이미 면제 된 취득세 등은 추징되지 않는다고 해석(행정자치부 도세-274, 2008.4.1. 등 다수)한바 있다. (4) 청구인은 쟁점토지를 취득한 후 「조세특례제한법」제32조 의 현물출자방식의 요건을 모두 갖추어 법인으로 전환을 완료하였고, 그러한 변경내용은 관할 지방자치단체로부터 입주자 변경승인을 득하여 처리한 것이며, 청구일 현재까지도 당초 취득세 등의 감면 취지에 부합하는 사업을 계속하여 왔으므로 청구인이 쟁점토지 등을 주식회사 OOO에게 매각하였다 하더라도 매각에 따른 정당한 사유가 있으므로 이 건 취득세 등의 추징은 부당하다. (5) 조세심판원은 2015년 10월까지 이전까지는 「조세특례제한법」 제32조 의 요건을 충족하는 법인전환을 함에 따라 토지를 법인에게 이전하는 경우 매각에 따른 정당한 사유 등이 있어 추징대상이 아니라고 결정하여 왔고, 대법원 및 행정자치부도 같은 입장이었으며, 조세심판원이 2015년 10월에 위와 같은 경우 매각에 따른 정당한 사유가 없다고 결정(조심 2015지1130, 2015.11.2.)하였다 하더라도 그 결정은 일종의 해석변경이므로 소급하여 적용할 수 없고, 해석변경 이후에만 적용되어야 하나, 2012.1.3. 쟁점토지를 취득하고, 2012.8.31. 쟁점토지를 주식회사 OOO에게 현물출자한 청구인에게 소급하여 적용하였으므로 이 건 과세처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 청구인이 쟁점토지를 현물출자하여 법인인 주식회사 OOO를 설립함으로써 쟁점토지를 양도하였다 하더라도 개인과 법인은 별개의 권리의무의 주체이고, 일반적으로 발기인 또는 신주 인수인이 회사에 대하여 현물출자를 하면 회사는 이들에게 주식을 발행하여 교부하게 되는데 현물출자와 주식의 교부는 서로 대가관계에 있는 것으로 볼 것이므로 현물출자의 유상성이 인정된다 할 것(조심 2015지1130, 2015.11.2., 같은 뜻임)인 점, 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제2호는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있을 뿐, 정당한 사유에 관한 것은 규정하고 있지 않은 점, 청구인이 쟁점토지를 주식회사 OOO에게 현물출자 방식에 따라 소유권을 이전하면서 이 회사의 주식 97.6%를 교부받은 것이 주주명부 등에 의하여 나타나는 점 등으로 볼 때, 청구인이 쟁점토지를 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다 할 것이므로 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구인이 산업단지 내의 쟁점토지를 취득하고 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 주식회사 OOO에게 현물출자하여 매각한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부 나. 관련 법률 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2012.1.3. OOO소재 토지 6,628㎡(쟁점토지)를 취득하고, 처분청에 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따라 산업단지에서 산업용 건축물 등을 신축하려는 자가 취득하는 부동산으로 감면을 신청하여 취득세 등을 면제 받았다. (나) 청구인과 주식회사 OOO발기인 대표 청구인은 2012.6.25. 사업의 포괄적인 현물출자계약을 체결하였고, 위 계약서에는 OOO(갑)가 운영하고 있는 OOO소재 OOO의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 주식회사 OOO(을)에게 포괄적으로 현물출자함으로써 갑의 사업을 을이 포괄적으로 승계하는 것으로 나타난다. (다) 등기사항전부증명서에 의하면, 주식회사 OOO는 2012.8.31. 기어류제품의 제조, 가공 및 판매 등을 목적사업으로 하여 설립되었고 , 대표이사는 청구인이며, 자본의 총액은 OOO원으로 나타난다. (라) 주식회사 OOO의 정관 부칙에 의하면, 이 회사 설립당시 현물출자를 하는 자의 성명, 출자의 목적인 재산, 그 가격과 이에 대하여 부여하는 주식의 종류와 수는 다음과 같다고 기재되어 있고, 현물출자자는 청구인으로, 출자재산 평가액은 OOO원으로, 부여주식수는 401,187주로 기재되어 있다. (마) 처분청이 2012.10.17. 주식회사 OOO에게 통보한 OOO산업단지 입주계약 변경 승인 통보 문서(원스톱민원봉사팀-21293)에 의하면, 쟁점토지의 당초 입주자가 청구인이었으나 주식회사 OOO로 변경하는 것을 승인한 것으로 나타난다. (바) 처분청이 2012.12.20. 주식회사 OOO에게 통보한 건축물 사용승인 통보 문서(원스톱민원봉사팀-25893)에는, 건축주는 주식회사 OOO로, 대지위치는 쟁점토지로, 용도는 공장으로, 연면적은 8,902.2㎥로, 사용승인일자는 2012.12.20.로 기재되어 있다. (사) 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점토지는 2013.2.1. OOO주식회사 명의로 소유권보존등기되었고, 2010.2.12. 매매를 원인으로 2013.2.12. 청구인 명의로 소유권이전등기되었으며, 2012.6.30. 현물출자를 원인으로 2013.2.12. 주식회사 OOO명의로 소유권이전등기된 사실이 나타난다. (아) 처분청은 청구인이 2012.8.31. 쟁점토지를 주식회사 OOO에게 현물출자한 사실을 확인하고, 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각하여 「지방세특례제한법」 제78조 제5항에 따라 쟁점토지에 대한 취득세 등이 추징대상이 된 것으로 보아, 2016.8.17. 청구인에게 쟁점토지의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고 「지방세법」제11조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다. (자) 처분청은 주식회사 OOO가 쟁점토지를 취득한데 대하여 「조세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제120조 제5항의 규정의 감면요건을 충족한 것으로 보아 취득세 등을 감면하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 「지방세특례제한법」 제78조 제4항에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를, 그 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 규정하고 있다. 조세법률주의 원칙상 과세요건, 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2003두7392, 2004.5.28., 같은 뜻임)이다. 청구인은 2012.1.3. 산업단지 내의 쟁점토지를 취득한 후 취득세 등을 감면받았고, 2012.8.31. 쟁점토지를 주식회사 OOO에게 현물출자하고 이 회사로부터 주식을 교부받은 사실이 나타나므로 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각한 것으로 보이는 점, 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있을 뿐 정당한 사유가 있는 경우에는 추징대상에서 제외한다고 규정하고 있지 아니하므로 청구인이 쟁점토지를 매각한 정당한 사유가 있는 경우에도 추징대상에서 제외할 수 없는 점, 이 건 취득세 등의 과세처분은 2011.1.1. 「지방세특례제한법」 제정·시행되면서 제78조 제5항 제2호에 정당한 사유가 규정되어 있지 않음에 따라 과세된 것으로서 해석을 변경하여 과세한 것은 아닌 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항, 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 (1) 지방세특례제한법(2013.3.23. 법률 제11716호로 개정되기 전의 것) 제78조[산업단지 등에 대한 감면] ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다. 1. 대상 지역 가.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지 2. 감면 내용 가. 산업용 건축물 등을 건축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. ⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 (2) 조세특례제한법 (2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제120조[취득세의 면제 등] ⑤ 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수에 따라 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다. 제32조[법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세] ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. ② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다. ③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다. ④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.