이유
1. 원처분 개요

청구인은 서울특별시 종로구 OOO가 OO 소재 청구외 OO기업(주)의 대표이사로서 청구인의 소유주식 6,050주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 포함한 동 법인의 총주식 10,000주(1주당 액면가액: 10,000원)를 89.10.10 청구외 OOO등 10인에게 양도하였다.

처분청은 청구인과 기타 특수관계에 있는자가 양도한 주식의 합계가 8,500주(전체의 85%)로서 이는

소득세법 제23조

제1항 제3호 및

같은법 시행령 제44조의2

제1항 제1호의 규정에 의한 기타자산의 양도에 해당된다고 보아 쟁점주식의 양도 및 취득가액을 기준시가로 평가하여 91.9.18 청구인에게 양도소득세 485,925,360원 및 동 방위세 97,185,070원과 증권거래세 12,420,750원 합계 595,531,180원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 91.11.16 이의신청과 92.2.13 심사청구를 거쳐 92.6.8 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인은 89.10.10 쟁점주식 등의 양도시 사실상 주식소유현황은 청구인 4,650주, 타인인 청구외 OOO 2,850주, 청구외 OOO 1,500주, 청구외 OOO 1,000주로서 청구인과 기타 특수관계 있는 자의 주식소유비율이 전체의 46.5%에 해당되므로 쟁점주식의 양도는 기타자산의 양도에 해당되지 아니하고, 설사 쟁점주식의 양도가 기타자산의 양도에 해당된다 하더라도 쟁점주식의 실지양도가액 및 취득가액이 확인되고 있으므로 기준시가로 평가함은 부당할 뿐 아니라 기준시가로 평가함이 타당하다 하더라도 그 평가방법 및 주식취득가액 평가가 잘못되었으므로 이를 경정하여야 한다는 주장이며, 또한 주식의 양도가액은 기준시가로 평가하면서 증권거래세의 과세표준을 실지거래가액으로 평가한 사실과 청구인의 양도주식이 6,050주인데 7,550주로 계산한 것은 사실을 잘못 판단하였다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

국세청장은 청구인이 당초조사관서(서울지방국세청)에 제출한 확인서를 보면 양도당시 주식소유현황은 청구인 6,050주, 청구외 OOO 1,850주, 청구외 OOO 500주, 청구외 OOO 100주로서 전체의 85%를 청구인과 기타 특수관계에 있는자가 소유하고 있었음이 확인되고 있어 쟁점주식의 양도는 기타자산의 양도에 해당되고, 청구인은 쟁점주식의 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 입증할 수 있는 증빙의 제시가 없으므로 기준시가로 양도차익을 계산함은 잘못이 없으며, 또한 청구인, 청구외 OOO, 청구외 OOO의 확인서에 의하면 OOO 및 OOO 명의의 주식은 청구인의 주식임을 확인하고 있으므로 쟁점주식을 청구인의 소유주식으로 보고 이 건을 과세한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점주식의 양도가 기타자산의 양도에 해당되는지 여부.

② 쟁점주식의 양도 및 취득가액을 기준시가로 평가하여 양도차익을 계산한 당초처분의 당부.

③ 쟁점주식의 증권거래세의 과세표준을 실지양도가액으로 한 당초처분의 당부.

나. 쟁점①(쟁점주식의 양도가 기타자산의 양도에 해당되는지 여부)에 대하여

① 관련법령

소득세법 제23조

제1항을 보면, 양도소득은 당해년도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다라고 규정하면서 그 제3호에서 제1호(토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득) 및 제2호(부동산의 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득)이외에 대통령령이 정하는 자산(이하 “기타자산”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득으로 규정하고 있고,

같은법 시행령 제44조의2

제1항 본문 및 제1호에 의하면 법 제23조 제1항 제3호에서 「기타자산」이라 함은 당해법인의 자산총액 중 법 제23조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인 및 당해법인의 주식 등의 합계액중 주주1인과 기타주주가 소유하고 있는 주식등의 합계액이 차지하는 비율이 50/100 이상인 법인의 주주 또는 출자자 1인(이하 “주주1인”이라 한다) 및 그와

국세기본법 시행령 제20조

에 규정하는 친족기타 특수관계에 있는 자(이하 “기타주주”라 한다)가 그 법인의 주식 또는 출자지분의 합계액의 50/100 이상을 양도하는 경우의 당해주식등을 의미한다라고 규정하고 있다.

② 쟁점주식의 양도가 기타자산의 양도에 해당되는지 여부.

첫째, OO기업(주)는 그 주된목적사업이 부동산임대업 및 매매업으로서 당해법인의 자산총액 중 토지 및 건물의 양도로 인하여 발생한 소득이 자산총액의 대부분(총주식 양도대금이 2,990,409,781원인 반면 양도당시 토지 및 건물의 국세청기준시가에 의한 평가액은 2,498,990,237원임)을 차지하고 있음이 청구인이 제시한 OO기업(주)의 주식평가조서 및 동 법인의 양도·양수계약서등에 의하여 확인되고 있고,

둘째, 91.7월 당초조사관서(서울지방국세청)에 제출된 청구인의 확인서 내용을 보면, 청구인은 89.10.10 청구외 OO기업(주)의 총주식 10,000주를 청구외 OOO등 10인에게 양도할 당시 동 법인의 주주현황은 청구인 6,050주, 청구외 OOO(청구인의 형) 1,850주, 청구외 OOO(청구인 동생) 500주, 청구외 OOO(청구인 누나) 100주로서 청구인과 그와 특수관계에 있는 기타주주의 주식수의 합계가 전체의 85%(8,500주)임을 확인하고 있으며,

셋째, 청구인은 쟁점주식(6,050주) 중에는 청구외 OOO의 주식 2,850주, 청구외 OOO의 주식 1,000주 및 청구외 OOO의 주식 1,500주가 포함되어 있으므로 청구인과 그와 특수관계에 있는 기타주주의 소유주식의 합계가 전체의 46.5%(4,650주)로서 쟁점주식의 양도가 기타자산의 양도가 아니라고 주장하고 있는 바, OOO과 OOO이 당초조사관서에 제출한 확인서를 보면 이들은 OO기업(주)의 주식을 취득하거나 양도한 사실이 없고, 주주로 등재된 사실이나 배당소득을 수령한 사실등도 전혀 없음을 확인하고 있으므로 청구인의 주장은 신빙성이 없어 보인다 하겠다.

위의 사실을 종합하여 볼 때, 쟁점주식의 양도시 청구인과 그와 특수관계에 있는 기타주주의 소유주식수는 8,500주로서 전체주식의 50% 이상이 될뿐 아니라 OO기업(주)의 자산총액 중 토지 및 건물의 가액이 전체의 50% 이상이 되므로 쟁점주식의 양도는

소득세법 제23조

제1항 및

같은법 시행령 제44조의2

제1항에 의한 기타자산의 양도에 해당된다고 판단된다.

다. 쟁점②(쟁점주식의 양도차익을 기준시가로 평가한 당초처분의 당부)에 대하여

① 관련법령

소득세법 제23조

제4항,

같은법 제45조

제1항 제1호 및

같은법 시행령 제170조

(89.8.1 개정 이후 신법령, 이하같다) 제4항에 의하면 양도소득금액 결정을 위한 양도가액과 취득가액은 기준시가에 의하는 것이 원칙이나 위

소득세법 시행령 제170조

제4항 각호가 정한 경우에 한하여는 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있고,

같은법 시행령 제170조

제1항 단서의 규정을 보면 제4항 제2호의 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 제115조 제1항 다목의 규정에 의한 기준시가에 의하여 결정하도록 규정하고 있으며,

같은법 시행령 제115조

제1항 제3호의 규정에서는 제44조의2 제1항 제1호 및 제3호의 기타자산의 기준시가의 결정은

상속세법 시행령 제5조

의 규정을 준용하여 평가한 가액으로 한다라고 규정하고 있다.

② 쟁점주식의 양도차익을 기준시가로 평가한 당초처분의 당부.

첫째, OO기업(주)의 양도계약서에 의하면, 동 법인의 양도시 주식가액의 평가는 총자산가액 2,990,409,781원에서 부채총액 2,967,859,979원을 공제한 차액 22,549,802원으로 평가하도록 규정하고 있는 바, 위 부채총액 2,967,859,979원은 동 법인의 차입금계정원장 등에 계상되어 있지 아니한 장부외 부채로서 그 내역을 보면, OOOO은행 OOO가 지점으로부터 대출금 1,563,900,000원, 동 법인의 건물임대보증금 688,185,600원, 동 법인이 기발행한 어음중 미결제분 383,382,667원, 사채 220,000,000원, 은행차입금 미지급이자 31,367,892원, 미지급금 73,862,220원 및 퇴직금 7,161,600원으로 되었으나 이는 OOOO은행이 쟁점주식양도 당시 동 법인의 부채를 확인한 금액 2,132,885,600원과 상이하고 또한 동 부채의 대부분이 동 법인의 장부에 계상되지 아니하였기 때문에 위 부채총액이 OO기업(주)의 부채인지 여부도 신빙성이 없을 뿐 아니라 위 부채 중 차입금등이 동 법인에 실제 사용되었는지 여부도 확인되지 아니하므로 쟁점주식의 실지양도가액은 불분명한 경우에 해당됨을 알 수 있고,

둘째, 설혹, 동 부채총액이 OO기업(주)의 부채로 인정한다 하더라도 동 부채는 장부에 미계상된 것으로서 이를 동 법인의 부채계정에 계상할 경우 이에 대응되는 금액이 자산계정에 계상되어야 하므로 결국 순자산은 「零」이 되어 쟁점주식의 가액에는 영향을 미치지 못하므로 주식의 양도가액 평가시 동 부채를 인정하여야 한다는 청구주장은 실익이 없으며,

셋째, 쟁점주식의 취득내역에 관한 청구인의 확인서, 주권 및 처분내용을 보면, 청구인은 쟁점주식(6,050주)을 77.3.29자로 1,010주, 85.3.22자로 200주를 취득하고, 87.3.21과 87.4.7에 4,840주를 인수하였는 바, 그중 77.3.29자로 취득한 1,010주의 취득시기는 소득세법 부칙(74.12.24, 법률 제2705호) 제16조(88.12.26 개정)의 규정에 의하여 77.1.1로 의제되기 때문에 동 주식의 의제취득시점인 77.1.1에는 시가가 확인되지 아니하는 경우에 해당된다.

위의 사실을 종합하여 볼 때, 쟁점주식의 실지양도가액 및 취득가액이 불분명한 경우에 해당되므로

소득세법 시행령 제170조

제1항 및 제115조 제1항 제3호의 규정에 의하여 쟁점주식의 양도차익을 기준시가로 평가한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

③ 그런데 쟁점주식의 양도 및 취득가액을 기준시가로 결정하는 과정에서 정당하게 평가하였는지 여부에 대하여 살펴본다.

㉮ OO기업(주)의 양도시 「순자산가액계산서」를 보면, 처분청은

상속세법 시행령 제5조

제5항 제1호 나목의 규정에 의하여 동 법인의 순자산 평가차액 2,332,989,115원을 평가하는 과정에서 건물의 기준시가를 300,407,835원으로 평가하였는 바, 동 건물은 서울특별시에 위치하고 68.12.18자로 신축된 철근콘크리트조 10층건물(연면적 2,287.95㎡)로서 용도가 사무실임이 건축물관리대장에 의해 확인되고 있으므로 동 건물의 양도시 기준시가는 254,191,245원(건물면적 2,287.95㎡×㎡당가액 101,000원×가산율 110/100)임을 알 수 있어 당초처분청이 양도시 건물의 기준시가를 300,407,835원으로 평가한 것은 그 계산과정에서 착오가 있었던 것으로 보여지고,

㉯ 쟁점주식의 양도소득세결정 내역서를 보면, 처분청은 쟁점주식의 취득가액을

상속세법 시행령 제5조

제5항 제1호 나목에 의하여 계산하면서 구주 1,210주는 기준시가 또는 액면가액으로 평가하고 87.3.21과 87.4.7 인수한 신주 4,840주는 재평가적립금을 자본에 전입함에 따라 인수한 무상주로 보아 취득가액이 없는 것으로 하여 그 취득가액을 「零」으로 하였는바, 이에 대하여 다음과 같이 살펴보면 당초처분은 부당함을 알 수 있다.

첫째, 당 심판소가 이 건의 당초조사관서인 서울지방국세청에 쟁점주식의 취득가액을 국세청 기준시가로 평가하는 과정에서 청구인이 쟁점주식 중 87.3.21과 87.4.7 인수한 4,840주의 취득가액을 「零」으로 한 사유에 대하여 조회하였던 바, 서울지방국세청은 위 주식은 재평가적립금을 자본에 전입한 무상주로서 주금의 납입이 없기 때문이라고 회신하여 왔고,

둘째, 당 심판소가 위 서울지방국세청의 의견내용을 확인하기 위하여 서울민사지방법원 상업등기소에 OO기업(주)의 위 신주발행에 관하여 조회하였던 바, 동 법인은 87.3.21과 87.4.7에 유상으로 주식 6,000주와 2,000주(1주당 가액 10,000원)를 각각 증자하였음이 주식회사 변경등기 신청서, 공증인가 받은 이사회 회의록, 주금납입보관증(OO은행 OOO지점에 87.3.20자로 60,000,000원, 87.4.6자로 20,000,000원), 신주청약서 등에 의하여 확인되고 있으므로 청구인이 인수한 위 신주 4,840주는 무상주가 아니고 유상주임을 알 수 있으며,

셋째, 당 심판소가 OO기업(주)의 소관세무서인 광화문세무서에 위 법인이 87.3.21과 87.4.7 신주 8,000주 증자시 자산재평가에 관한 소정의 승인을 받은 사실이 있는지 여부에 대하여 조회한 결과 광화문세무서는 동 법인은 위 신주증자시 자산재평가를 한 사실이 없음을 확인하고 있으므로 위 신주는 자산재평가적립금을 자본에 전입한 무상주가 아님을 알 수 있으며,

넷째, 쟁점주식중 위 신주 4,840주를 유상증자로 볼 때, 그 실질취득가액이 주당 10,000원으로 확인되는 반면 실지양도가액은 앞에서 본 바와 같이 불분명한 경우에 해당되므로 양도가액을 환산하여 계산할 수 있는지에 대하여 보면,

소득세법 시행령 제170조

(89.8.1 개정 이후 신법령) 제1항 단서의 규정에서 양도재산이 같은조 제4항 제2호의 부동산투기거래에 해당될 경우에 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나의 실지거래가액이 확인되고 다른 하나가 불분명할 때에 그 불분명한 가액을 환산하여 계산하도록 규정하고 있는 바, 쟁점주식의 경우는 동시행령 제170조 제4항 제2호의 각목에 해당되지 아니하기 때문에 그 취득가액을 취득시의 기준시가에 의하여 결정하여야 할 대상으로 보여진다.

따라서 쟁점주식의 양도가액을 기준시가로 평가함에 있어 동 법인의 건물의 기준시가는 254,191,245원으로 하고, 위 신주 4,840주의 취득가액은 취득시의 기준시가로 평가함이 타당하다고 판단된다.

라. 쟁점③(쟁점주식의 증권거래세의 과세표준을 실지양도가액으로 한 당초처분의 당부)에 대하여

① 관련법령

증권거래세법 제7조

및

같은법 시행령 제4조

제2항 제2호의 규정을 보면, 증권거래세의 과세표준은 당해주권등의 양도가액으로 하되, 다만 양도가액을 알 수 없거나 그 가액이 부당하게 낮을 경우에는

상속세법 시행령 제5조

의 규정에 의하여 계산한 가액으로 한다라고 규정하고 있다.

② 쟁점주식의 증권거래세의 과세표준을 실지양도가액으로 한 당초처분의 당부.

첫째, 양도소득세 결정결의서 및 처분청의 처분근거를 보면, 처분청은 쟁점주식의 실지양도가액이 확인되지 아니하기 때문에 쟁점주식의 양도가액을 양도시의 기준시가로 평가하였으므로 쟁점주식의 증권거래세의 과세표준도

증권거래세법 제7조

단서 및

같은법 시행령 제4조

제2항 제2호에 의해 양도시의 기준시가로 평가함이 타당하다 하겠으므로 처분청이 동 법인의 양도계약서상 총양도가액인 2,990,409,781원을 기준으로 평가한 것은 관계법리를 오인한 것으로 보여지고,

둘째, 청구인의 확인서 및 양도소득세 결정결의서를 보면, 청구인의 양도주식수는 전체양도주식 10,000주중 6,050주로 확인되고 있으므로 처분청이 쟁점주식의 증권거래세산정시 주식수를 7,550주로 계산한 것은 청구인의 양도주식수를 잘못 적용한 것이라 하겠다.

따라서 쟁점주식의 증권거래세 과세표준을 양도당시의 기준시가로 평가하고 청구인의 양도주식수를 6,050주로 하여 당초처분을 결정하여야 한다는 청구주장은 이유있다고 판단된다.

마. 심판청구는 심리결과 일부 이유있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.