이유
1. 청구 주장 청구법인은 부산직할시 북구 OO동 OOOO에서 수공구 및 자동차부품제조업을 영위하는 법인으로서 청구법인이 86.10.10 및 87.4.11 2회에 걸쳐 OOOO주식회사로부터 기계장치를 147,360,000원에 매입한 사실에 대하여 처분청은 OOOO주식회사의 동 기계장치 장부가액이 87,704,088원이므로 59,655,912원 상당을 고가매입으로 보고 이에 대한 감가상각비 20,122,213원을 과다계상하였다고 보아 이를 손금불산입하고 88.12.20자로 청구법인에게 86.10.1-87.9.30 사업년도분 법인세 7,326,780원 및 동방위세 1,230,440원을 경정고지하였는 바, 법인세법 시행령 제46조 제2항 제4호에 의하면, 출자자등으로부터 자산을 시가를 초과하여 매입한 것은 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우로 보도록 되어 있고, 동법 시행규칙 제16조의 2 에 의하면, 시가가 불분명한 경우에는 감정가액에 의하고 감정가액이 없는 경우에는 상속세법 시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다고 하였고, 동 규정에 의하면 고정자산의 기계장치, 비품차량운반구등은 재구입예상가액에서 감가상각비를 공제한 가액으로 평가한다고 규정하고 있음에도 해당자산을 매도한 회사의 장부가액에 의하여 평가한 것은 시가로 보기는 어렵다 하겠고, 청구법인이 시중가격을 조회한 구입예상가액(견적서)을 제시하였는데도 이를 부인하고 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 국세청장 의견 청구법인의 출자자등이 청구외 OOOO주식회사에 총발행주식의 75%를 출자하고 있어 특수관계 있는 자에 해당되며, 청구법인이 청구외 OOOO주식회사로부터 구입한 기계장치의 가액이 147,360,000원으로 OOOO 주식회사의장부가액 87,704,088원보다 59,655,912원이 많아 고가매입하였음이 확인되는 바, 청구법인은 시중구입가격이 148,950,000원에 해당된다고 주장하며, 견적서를 제시하고 있으나 동 가격은 청구법인이 설립되기 전에 조사된 가격으로 가격조사표, 기안지등의 기안자 및 결재자등이 법인설립전에 근무한 것으로 소급작성되어 그 신빙성이 없으며, 개인사업자가 작성한 견적서를 시가로 인정하기는 어려우며, 견적서상의 재구입예상가액 148,950,000원으로 이에 감가상각비를 공제하면 장부가액과 비슷한 가격으로 청구법인의 시가주장은 받아들일 수 없고, 또한 청구외 OOOO주식회사는 결손법인으로 동 기계장치매각이익을 계상하여도 결손으로 법인세 납부세액이 발생하지 않으며, 청구법인은 고가 매입자산의 감가상각비로 인하여 법인세를 과소납부한 사실이 확인되므로 부당행위계산부인하여 법인세를 경정고지한 당초처분은 정당하다는 의견이다. 4. 쟁점 이 건의 다툼은 청구법인이 청구외 OOOO주식회사로부터 매입한 기계장치가 고가매입에 해당되어 부당행위계산부인대상이 되는지 여부를 가리는 데 있다 하겠다. 5. 심리 및 판단 법인세법 제20조 에서 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제46조 제1항 제3호에서 출자자 또는 출자자와 그 친족 및 법인 또는 출자자의 사용인이나 사용인 이외의 자로서 법인 또는 출자자의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 함께 하는 친족이 총 발행주식 또는 출자지분의 100분의 35이상을 출자하고 있는 다른 법인은 특수관계자에 해당돤다고 규정하고 있고, 같은조 제2항 제4호에서 출자자등으로부터 자산을 시가를 초과하여 매입하거나 출자자등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때는 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당된다고 규정하고 있고, 법인세법 시행규칙 제16조의 2 에서 영 제40조 제1항, 영 제41조 제1항, 영 제46조 및 영 제166조 제2항·제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 감정평가에 관한 법률 제6조의 규정에 의한 인가를 받은 감정회사가감정한 가액에 의하고, 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법 시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다고 규정하고 있으며, 시가라함은 통상의 거래에 의하여 정상적으로 형성되는 자산의 가액을 의미하는 것이라고 해석되므로 고가매입인지의 여부는 정상적인 거래가액을 기준하여 결정하여야 할것이고, 다만 그 거래가액을 알 수 없는 경우에만 공신력 있는 감정기관의시가 감정가격이나 정부의 시가표준액을 기준으로 삼아야 할 것이며, 이때의 시가에 대한 입증책임은 처분청에 있다고 보아야 할 것이다(대법원 판례 87누671, 88.2.9 동지임) 그러하다면 청구법인과 청구외 OOOO주식회사와 특수관계가 있는 자이고, 거래금액에 대하여 다툼이 없는 이 건에 있어 청구법인이 쟁점재화를 청구외 OOOO주식회사로부터 구입한 가액이 고가매입에 해당되는지의 여부에 대하여 살펴보면, 처분청은 청구법인이 청구외 OOOO주식회사로부터 쟁점재화를 매입한 가액 147,360,000원이 위 OOOO주식회사의 장부상 가액 87,704,088원보다 30%이상의 고가매입이므로 부당행위 계산부인대상으로 보아 기계장치등의 매입분에 대한 감가상각비 20,122,213원을 손금불산입하였으나 청구법인은 법인설립(86.10.1) 이전에 쟁점재화를 구입하기 위하여 86.8.25 자로 쟁점재화의 시중가격조사를 의뢰하여 부산시 북구 OO동 OOOOOO에 소재한 개인사업자인 조합기계상사 OOO(사업자:OOO)로부터 148,950,000원의 견적서를 86.9.5자로 받아 이를 기준으로 하여 쟁점재화를 2차(86.10.10 및 87.4.11)에 걸쳐 147,360,000원에 매입하고 그 대금지불은 30회(월)분할지급키로 하였음이 매매계약서 및 견적서등에 의하여 확인되고 있으며, 처분청이 고가매입인지의 여부를 판단하려면 정상적으로 형성되는 자산의 가액을 조사, 이를 기준으로 하여 결정하여야 함에도 이러한 가액의 조사없이 시가로 볼 증거가 없는 위 양도법인의 미상각액인 장부상 가액을 시가로 인정하여 과세한 처분은 실질내용에 부합된 처분이라고 보기는 어렵다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.