이유
1. 처분개요 청구인이 89.12.29 서울특별시 송파구 OOO동 OOOOOO 소재 대지 231.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 90.5.10 동 지상에 2층 단독주택 248㎡(지하층 76㎡, 1층 96㎡, 2층 76㎡; 이하 “쟁점주택”이라 하고 “쟁점토지”와 “쟁점주택”을 합하여 이를 “쟁점부동산”이라 한다)를 준공하여 90.9.15 쟁점주택 소유권 보존등기를 경료한 후, 90.10.30 쟁점부동산을 양도하고 91.5.31 자산양도차익 확정신고를 하였으나 양도소득세는 납부하지 아니하였다. 처분청은 쟁점부동산의 양도에 대하여 청구인에게 91.10.31 납기의 90년 귀속분 양도소득세 11,210,540원과 동 방위세 2,445,930원을 결정고지하였다가(청구인은 92.6.26부터 92.9.29까지 3회에 걸쳐 위 고지세액을 납부하였다) 청구인을 주택신축판매업자로 보아 95.12.16 청구인에게 90년도분 종합소득세 34,934,830원과 동 방위세 6,986,960원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.2.15 심사청구를 거쳐 96.5.20 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장의견 가. 청구인주장 1) 청구인은 쟁점주택 취득시 발생한 부채 및 쟁점주택에 입주한 이후 건강이 악화되는등의 사유로 인하여 부득이 쟁점부동산을 양도한 것이며 영리를 목적으로 쟁점부동산을 양도한 것이 아니므로 사업성이 없음에도 불구하고 처분청이 청구인을 주택신축판매업자로 보아 이 건 종합소득세를 과세한 것은 부당하다. 2) 설사 쟁점부동산의 양도에 대하여 종합소득세가 과세되는 것으로 본다고 하더라도 쟁점부동산 양도에 대하여 처분청에서는 이미 청구인에게 91.10.31 납기의 양도소득세를 결정고지하였는 바, 종합소득세 부과처분과 양도소득세 부과처분은 별개의 처분이므로 이 건 종합소득세 과세는 기과세된 양도소득세를 취소한 후에 이루어졌어야 함에도 불구하고 심판청구일 현재까지도 기과세된 양도소득세가 취소되지 아니하고 있으므로 이 건 과세처분은 중복된 처분으로서 위법하므로 취소되어야 한다. 나. 국세청장의견 청구인은 쟁점주택을 신축 즉시 양도하였고 81년부터 92년까지 취득 25회, 양도 25회의 부동산 거래가 있었으며, 이중 19회의 주택을 신축양도한 사실이 전산자료를 통해 확인되므로 처분청이 청구인을 주택신축판매업자로 보아 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 1) 청구인을 주택신축 판매업자로 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 종합소득세를 과세한 것이 정당한지 여부와 2) 양도소득세로 과세한 이후 건설업(주택신축판매업)으로 보아 종합소득세를 과세하는 경우, 청구인이 기납부한 양도소득세를 종합소득세 총결정세액의 합계액에서 공제하여야 하는지 여부를 가리는데 그 쟁점이 있다. 나. 심리 1) 쟁점 1)에 대하여 가) 관련 법령 소득세법 제127조 를 보면, 과세표준과 세액을 결정후 그 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 과세관청은 즉시 그 과세표준과 세액을 조사하여 경정하도록 하고 있으며, 부가가치세법 시행규칙 제1조 제1항에서는 “부동산의 매매(건물을 신축하여 판매하는 경우를 포함한다)를 사업목적으로 나타내어 부동산을 판매하거나 사업상의 목적으로 1과세기간중에 1회 이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매하는 경우에는 부동산 매매업을 영위하는 것으로 본다”라고 규정하고 있다. 나) 사실관계 건물의 신축판매가 사업소득세의 과세요건인 주택신축판매업에 해당하는지 여부는 그 신축 양도행위가 수익을 목적으로 하고 그 규모, 회수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지의 여부등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하며(같은 뜻 대법원 94누 8969, 94.12.9), 부가가치세법 시행규칙 제1조 제1항은 부동산 매매업으로 볼 수 있는 경우를 예시적으로 규정한 것에 불과하여 그 부동산 거래가 전체적으로 사업목적하에 계속성과 반복성을 갖고 이루어진 이상 위 규정상의 판매횟수에 미달하는 거래가 발생하였다고 하더라도 그 과세기간 중에 있는 거래의 사업성이 부정되는 것이 아니라고 할 것인 바(같은 뜻 대법 95누 92, 95.11.7), 처분청에서 제출한 청구인의 부동산 거래자료에 의하면 청구인은 83.4.23 서울특별시 강동구 OO동 OOOOOO에 소재한 대지 260㎡를 취득하여 동 지상에 단독주택 246.9㎡를 건축하여 85.6.13 소유권 보존등기를 한 후 85.6.15 이를 양도하는 등 83년부터 92년에 걸쳐 다수의 부동산을 거래한 것으로 나타나고 있으며 (취득 : 83년 2회, 84년 1회, 85년 3회, 86년 1회, 87년 2회, 88년 1회, 89년 2회, 90년 3회, 91년 2회, 92년 3회; 양도: 83년 3회, 84년 1회, 85년 2회, 86년 1회, 88년 1회, 89년 1회, 90년 1회, 92년 9회등), 81년부터 92년에 걸쳐 단독주택을 건축하여 청구인 명의로 소유권 보존등기를 한 회수가 5회로 나타나는 점등을 종합하여 볼 때 쟁점부동산의 양도행위가 수익을 목적으로 한 사업성이 있는 것으로 보지 아니할 수 없으며, 비록 청구인은 쟁점부동산 취득시 발생한 부채와 쟁점주택 입주후 건강악화등의 사유로 인하여 부득이 쟁점부동산을 단기 양도하였다고 주장하고 있으나 이를 입증할 객관적 증빙의 제출이 없어 청구인의 주장은 이를 수긍하기 어렵다 할 것이다. 2) 쟁점 2)에 대하여 가) 관련법령 소득세법 제131조 제1항에서는 “정부는 제117조 내지 제120조의 규정에 의하여 당해년도의 과세표준과 세액을 결정한 경우에 제16조 제4호의 규정에 의한 종합소득 총결정세액·퇴직소득 총결정세액·양도소득 총결정세액과 산림소득 총결정세액의 합계액이 다음 각호의 금액의 합계액을 초과하는 때에는 그 초과하는 세액(이하 “추가 납부세액”이라 한다)을 과세표준 확정신고일이 속하는 년도의 8월 17일부터 8월 31일까지 징수한다”고 규정하면서 같은 항 제3호에서는 “제96조의 규정에 의한 자산양도차익 예정신고 자진납부세액과 제99조의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 세액”을, 그 제4호에서는 “제125조 규정에 의한 수시부과 세액”을, 그 제8호에서는 “제107조의 규정에 의한 확정신고 자진납부세액”을 규정하고 있고, 다시 같은 조 제2항에서는 “제1항 제2호·제3호 및 제7호의 금액은 각각 그 납부세액과 제93조·제98조와 제172조 제4항의 공제액을 합계한 금액으로 한다”고 규정하고 있다. 나) 사실관계 및 판단 위 소득세법 제131조 제1항의 규정등을 근거로 하여 우리 심판소의 선결정례에서는 자산양도차익 예정신고 납부세액 및 예정신고 납부하면서 공제한 예정신고 납부세액 공제액은 당해 자산의 양도를 부동산 매매업으로 보아 종합소득세 과세시 종합소득세의 총결정세액에서 공제하는 것으로 판단하고 있다(국심 92서 3222, 92.12.5, 국심 93서 1281, 93.10.4, 국심 93서 1281, 93.10.4 합동회의 등 다수) 이와 같이 자산양도차익 예정신고 납부세액을 총결정세액의 합계액에서 공제하는 것이라고 한다면 청구인이 기납부한 양도소득세 및 동 방위세 상당액도 종합소득세 및 동 방위세 총결정세액의 합계액에서 당연히 공제하여야 할 것이다. 이 건 과세와 관련하여 우리 심판소가 96.7.9 처분청에 청구인납부 세액의 구체적 내역 확인을 요구한데 대하여 96.7.16 처분청의 회신자료(소득 22640-767)에 의하여 청구인이 기납부한 세액을 구체적으로 살펴보면, 청구인은 쟁점부동산을 양도하고 91.5.31 자산양도차익 확정신고를 필하였으나 양도소득세를 납부하지는 아니하였으며 처분청은 쟁점부동산의 양도에 대하여 청구인에게 91.10.31 납기의 90년 귀속분 양도소득세 11,210,540원과 동 방위세 2,445,930원을 결정고지하였고 이에 대하여 청구인은 92.6.26 양도소득세 4,959,420원과 동 방위세 2,445,930원을, 92.6.30 양도소득세 3,000,000원을 그리고 92.9.29 양도소득세 3,251,120원을 납부하여 처분청이 기고지한 양도소득세 11,210,540원과 동 방위세 2,445,930원을 완납하였으나 처분청은 이 건 종합소득세를 과세하면서 청구인이 기납부한 양도소득세와 동 방위세 상당액을 기납부세액으로 공제하지 아니한 사실이 확인되는 바, 그렇다면 처분청이 결정고지한 이 건 종합소득세 및 동 방위세 총결정세액에서 청구인이 기납부한 양도소득세 11,210,540원 및 동 방위세 2,445,930원을 기납부세액으로 공제하여야 할 것이다. 다. 결론 이 건 심판청구는 이를 심리한 바, 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.