이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1996.12.30. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 공장용지 48,638.8㎡(이하 이 사건 토지 이라 한다)를 취득한 후 그 지상에 공장용 건축물 16,793.45㎡(이하 이 사건 건축물 이라 한다)를 1997.2.28. 신축 취득하였다고 1997.3.31. 지방세 감면신청서를 제출함에 따라 취득세 등을 면제하였으나, 청구인에 대한 세무조사 결과 청구 외 ○○공업(주)(이하 매도자 라 한다)로부터 사실상 매매로 기존 건축물인 이 사건 건축물을 승계취득한 것이므로 구 지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제276조 제1항 제1호에 의한 면제대상에서 제외되는 것으로 보아 그 취득가액(9,307,560,092원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 223,381,420원, 농어촌특별세 20,476,610원, 등록세 89,352,560원, 지방교육세 16,381,290원, 합계 349,591,880원(가산세 포함)을 2002.3.14. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1996.11.1. 매도자가 100% 출자하여 설립한 법인으로서 모기업인 매도자가 관유리사업에 사용하기 위하여 취득한 이 사건 토지 및 건축 중이던 건축물(공정 75%)를 모기업의 관유리사업 분리계획에 따라, 1996.12.13. 매매대금은 토지 5,107,074,000원, 건축물 500,000,000원(VAT별도)으로 하되 건축중인 건축물은 잠정평가금액으로서 건물 준공시 감정평가금액으로 일괄 정산하도록 매매계약을 체결하고, 1996.12.24. ○○산업단지관리공단의 양도양수 동의를 받아 이 사건 토지를 1996.12.30. 소유권 이전을 등기를 받았으나, 이 사건 토지에 건축 중인 건축물은 대형프로젝트공사로서 각 공정별 계약건수가 100여건에 이르고 생산설비 및 수입기자재 계약 등이 매도자 명의로 되어있어 공사추진상의 어려움과 공장건설에 대한 전문성 부족 등으로 매도자에게 요청하여 공사를 계속하던 중 1997.2.19. 건축주 명의를 청구인으로 변경하고 공사비를 정산하여 지급한 다음 1997.2.28. 건축물 사용검사를 받은 후 건물 및 기계장치 등에 대한 잔여 및 추가공사를 매도자가 계속하여 이에 대한 공사비를 1997.4.25. 및 1997.6.30. 정산 지급하였으므로 처분청에서 기존 건축물을 승계취득한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 청구인이 공업단지 안에서 신축중인 건축물을 매입하여 건축주 명의변경허가를 받아 사용검사를 받은 후 잔여 및 추가공사를 매도자가 계속한 경우 기존 건축물을 취득한 것으로 보아 구 지방세법 제276조 제1항 규정에 의한 면제대상에서 제외되는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법 제276조 제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 공업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 안에서 공장을 신축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)에 대하여는 다음 각호에 정하는 바에 의하여 취득세·등록세·재산세·종합토지세를 감면하되 공장용 부동산의 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우(당해 공업단지 관리기관 또는 당해 공업단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다) 또는 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지가 된 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있으며, 그 제1호에서 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정한 다음 그 가목에서 공장을 신축하기 위하여 최초로 취득하는 토지, 그 나목에서 가목의 토지 취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(기존 건축물을 취득하는 경우를 제외한다)로 규정하고 있고, 구 지방세법시행령(1997.10.1. 대통령령 제14895호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제73조 제4항에서 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용검사일(사용검사일 이전에 사실상 사용하거나 가사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 가사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 1996.12.30. 이 사건 토지를 취득한 후 그 지상에 이 사건 건축물을 1997.2.28. 신축 취득하였다고 1997.3.31. 지방세 감면신청서를 제출함에 따라 취득세 등을 면제하였으나, 청구인에 대한 세무조사 결과 매도자로부터 사실상 기존 건축물인 이 사건 건축물을 승계취득 하였으므로 구 지방세법 제276조 제1항 제1호의 규정에 의한 면제대상에서 제외되는 것으로 보아 취득세 등을 추징한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 모기업인 매도자의 관유리사업 분리계획에 따라 이 사건 토지 및 건축 중이던 건축물(공정 75%)를 취득하기로 하고 건축중인 건축물은 잠정평가금액으로 계약한 후 건물 준공시 일괄 정산하기로 매매계약을 체결하여 이 사건 토지를 취득하였으나 건축 중인 건축물의 계약건수가 100여건에 이르고 생산설비 및 수입기자재 계약 등이 매도자 명의로 되어있는 등 공사추진상의 어려움과 공장건설의 전문성 부족 등으로 매도자에게 공사를 계속하여 줄 것을 요청하여 공사를 진행하던 중 건축주 명의변경허가를 받아 공사비를 지급한 다음 청구인 명의로 사용검사를 받은 후 매도자가 잔여 및 추가공사를 계속하여 이에 대한 공사비를 정산 지급한 사실이 입증되고 있으므로 이 사건 건축물은 청구인이 신축 취득한 것임에도 처분청은 기존 건축물을 승계취득한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 처분청은 청구인이 매도자가 건축 중이던 이 사건 건축물과 이 사건 토지를 1996.12.13. 매매대금은 5,607,074,000원[토지 : 5,107,074,000원, 건축물 500,000,000원(VAT별도)]으로 하되 건축중인 건축물은 건축물 준공시 감정평가금액으로 정산한다는 매매계약서를 작성하여 1996.12.24. ○○산업단지관리공단으로부터 양도·양수 동의를 받아 1996.12.30. 이 사건 토지를 취득·등기한 후 1997.2.19. 건축주 명의변경허가를 받았고1997.2.28. 사용검사를 받아 이 사건 건축물을 취득한 사실은 인정되지만, 청구인이 이와는 별도로 매도자와 1997.2.19. 이 사건 건축물에 대한 매매대금을 8,183,145,458원으로 매매계약을 체결하면서 그 계약서 제1조 제2항 및 제3항에서 매도자 및 매수자는 제1항의 재산목록이 완료되지 않은 것임을 인정하며 추가 목록에 대해서는 추후 별도의 매매계약을 체결하는데 동의하고 본 계약물건은 1996.12.13. 계약서 제2조의 건물을 포함한다는 매매계약을 체결하고 같은 날 매매대금을 지급하였으며, 1997.4.25. 작성한 계약서에서는 1996.12.13. 및 1997.2.19. 명의이전계약서에 건물 및 기계장치 등을 더하여 매매대금을 17,272,421,657원으로 하고 매도인과 매수인은 자산목록이 완전하지 않은 것임을 인정하여 계약금액에 변동이 있는 경우 추후 별도의 매매계약을 체결하기로 하고 같은 날 매매대금을 지급하였고, 1997.6.30. 작성한 계약서에서는 1996.12.13., 1997.2.19., 1997.4.25. 명의이전계약서에 더하여 건물 및 기계장치 등의 추가 매매대금을 2,175,747,211원(부가세 별도)으로 하고 그 제1조 제2항에서 매도인과 매수인은 제1항의 자산목록이 매도인의 TR Project에 따른 명의이전대상자산의 최종분임을 이해하고 본 계약으로서 TR사업의 명의이전이 종결되는 것임을 인정하기로 한 다음 추가공사비를 지급한 사실이 세금계산서 등에서 확인되고 있고, 매도자의 1996년 및 1997년도 법인장부의 건설가계정에 공사비와 건설자금이자가 기재되어 있으므로 처분청은 청구인이 사실상 기존 건축물을 매매로 승계취득한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 사실이 확인되고 있는 반면에 공사감리자인 청구 외 (주)○○건축사무소의 공정진도조서에서 1997.2.18. 현재 이 사건 건축물에 대한 건축 진행공정이 93%로 확인되고 있으며, 공사시공자인 청구 외 (주)○○의 준공기성검사원에서 1997.2.28. 공사가 완료된 사실이 입증되고 있고, 청구인과 매도자간의 1997.2.19. 및 1997.4.25. 계약서의 건축물에 대한 매매금액도 297,994,634원의 차액이 발생되고 있을 뿐만 아니라 1997.6.30. 계약서의 건물 금액(819,720,000원)은 설계변경에 따른 추가 공사비로 확인되고 있는 점과 매도자가 건축물의 취득시기를 규정한 지방세법시행령 제73조 제4항 규정에 의한 사용검사 또는 가사용승인을 받았다거나 사실상 사용한 사실이 없는 점으로 미루어 청구인이 기존 건축물을 취득하였다고 보기는 어렵다 하겠으므로(같은 취지의 대법원 판결 1990.6.12. 89누1285 및 1993.8.24. 93누4250), 처분청에서 이 사건 건축물을 기존 건축물로 보아 취득세 등을 추징한 것은 잘못이라 할 것이다. 따라서 청구인의 심사청구는 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2002. 9. 30. 행 정 자 치 부 장 관