이유
1. 과세처분 개요

대검찰청은 91.10.29 국세청장에게 청구법인이 87사업년도(1.1～12.31)에 553,331,880원, 90사업년도에 742,000,000원의 운수수입금액을 각각 누락시켰으므로 과세관청이 그 사실을 확인한 후 법인세등을 추징하기 바란다는 내용의 범칙혐의사실을 통보하였으며, 처분청은 위 자료를 서울지방국세청장으로부터 통보받은 후 91.12.16 청구법인에게 당해 각 사업년도의 운수수입누락액 익금산입에 따른 87사업년도분 법인세 296,431,610원 및 동 방위세 38,177,000원과 90사업년도분 법인세 288,115,530원 및 동 방위세 53,424,000원을 과세하고, 92.1.16 이 건 운수수입누락액의 상여처분에 따른 87년도분 갑종근로소득세 325,204,960원 및 동 방위세 59,132,680원, 90년도분 갑종근로소득세 406,334,970원 및 동 방위세 73,927,450원을 과세하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

(가) 법인세 과세처분에 대한 심판청구에 대하여 :

① 청구법인은 세무공무원이 다른 기관의 자료통보에 대하여 사실을 조사하여 확인함이 없이 과세한 것이 근거과세에 위배되어 위법하며(대법원 85누680, 87.12.8등), 예비적 청구로서 법인세 결정시 운수수입누락액을 익금산입하면서 그에 관련된 부외경비도 손금에 산입하여야 한다고 주장한다.

② 국세청장은 처분청이 청구법인의 경리담당 상무 OOO의 진술과 청구법인의 비장등을 근거로 하여 과세한 것이 근거과세요건에 위배된바 없다고 한다(부외경비의 손금산입 여부에 대한 의견은 없음).

(나) 갑종근로소득세 과세처분에 대한 심판청구에 대하여 :

① 청구법인은 법인세 결정시 운수수입누락액중에서 각 주주에게 지출한 금액은 이를 “배당”으로 소득처분하여 배당소득세로 과세되어야하며, 운수수입누락액 전액을 그 귀속이 불분명한 대표자에 대한 상여로 처분하여 갑종근로소득세로 과세한 것은 위법하다고 주장한다.

② 국세청장은 청구법인이 배당금지급명세서와 이사회회의록을 제시하고 있으나 당해 서류만으로는 청구법인의 주장을 믿기 어렵다고 한다.

3. 심리 및 판단

가) 91.12.16의 법인세 과세처분에 대한 심판청구에 대하여 :

이 건 법인세 과세처분에 대한 심판청구는 처분청의 법인세 과세처분이 다른 기관의 과세자료 통보에 의한 것으로서 그 통보자료의 진실성 여부에 대한 조사확인이 없어 근거과세에 위배된 것인지 여부(주위적 청구)와 운수수입누락액에서 지급한 부외경비를 법인세 과세처분시 손금에 산입할 수 있는지 여부(예비적 청구)를 가리는 데 그 다툼이 있다.

(1) 주위적 청구에 대하여 본다.

국세기본법 제16조

에서 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 하며, 장부와 다른 사실이나 누락된 부분을 결정할 경우에는 당해 세무서장이 그 조사한 사실과 결정근거를 결정서에 부기하여야 한다고 하여 근거과세의 원칙을 규정하고 있다.

대검찰청이 통보한 자료에는 청구법인의 경리담당 상무 OOO가 87사업년도중에 553,331,880원의 운수수입누락이 있음을 진술한 내용이 있고, 90사업년도중에는 742,000,000원의 운수수입누락이 있는 것으로 기재된 비장(가수금원장)이 있는 바, 청구법인이 87사업년도중에 운수수입누락액 868,331,880원을 가수금에 계상하였다가 이 중 315,000,000원은 87.1월부터 3월까지의 운수수입으로 처분청에 신고함으로써 결국 남은 금액 553,331,880원이 수입계상누락하였다는 것인데 그 전후의 가수금계정 입출금 및 대체등을 한 사실로 미루어 볼 때, 위 OOO의 진술내용이 진실된 것으로 보이는 점이 있으며,

90사업년도의 경우 운수수입누락액을 기장한 비장에 “휴가비, 사건보상금, 교통진단비, 차입금 변제액, 차량인수대금의 계약금, 소개비, 사채이자등”의 부외경비 지출내용도 함께 기재되어 있는 점으로 미루어 볼 때 신빙성이 있어 보이며, 청구법인도 다음의 예비적 청구에서 보는 바와 같이 당해 비용등을 인정해 줄 것을 주장하고 있어 당해 비장이 막연히 근거없는 비망기재로는 보이지 않는다 할 것이다.

그렇다면, 과세처분 당시 그 근거가 된 과세자료가 다른 기관의 통보에 의한 것이라고 하더라도 그것이 사실과 일치하는 경우에는 이를 기초로 하여 세액을 경정할 수 있다고 할 것(대법원 판례 85누45, 85.12.10 같은 뜻임)이므로 이 건의 경우 대검찰청의 과세자료 통보내용이 청구법인의 비장 및 그 기재내용과 청구법인 경리상무 OOO의 진술내용에 의하여 그 진실성이 인정되므로 이에 근거한 처분청의 이 건 과세처분은 적법타당하다고 판단된다.

(2) 예비적 청구에 대하여 본다.

청구법인은 이 건 운수수입누락액중 비장에 기재된 비용을 손금에 산입하여야 한다고 주장하는 바, 당해 비용이 손금으로 용인되기 위해서는 그 입증책임이 청구법인에게 있음에도 청구법인이 그 구체적인 지출내용을 입증할 수 있는 증빙자료를 전혀 제시하지 못하고 있으며, 특히, 사채이자의 경우 채권자를 밝히지 못하는 한 이는 채권자가 불분명한 지급이자로서

법인세법 제16조

(손금불산입) 제11호의 규정에 의하여 손금으로 용인될 수 없는 것이다.

따라서, 청구법인이 손금이라고 주장하는 비장상의 비용은 증빙자료가 없거나 그 지출액의 성질상 이를 손금으로 용인할 수 없다 할 것이다.

이 건 법인세 과세처분에 대한 심판청구는 모두 이유없다고 판단되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

나) 92.1.16의 갑종근로소득세 과세처분에 대한 심판청구에 대하여 :

이 건 갑종근로소득세 과세처분에 대한 심판청구는 운수수입누락액중 일부가 그 귀속이 분명한 상여이거나 각 주주에게 지출된 배당인지를 가리는 데 그 다툼이 있다.

법인세법시행령 제94조의 2

제1항에서 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분에 대하여 열거하면서 그 제1호에서 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타사외유출로 하며 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 하고, 그 “가”목에서 귀속자가 출자자(출자자인 임원을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당으로 한다고 하고, 그 “나”목에서 귀속자가 사용인(임원을 포함한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 한다고 규정하고 있다.

당초 대검찰청에서 국세청장에게 자료통보할 당시에는 90사업년도 운수수입누락액 742,000,000원중 비장에 나타난 “지분”지출액(주주에 대한 배당금)을 법인세 결정시 ‘배당’으로 소득처분하여 그에 따른 배당소득세의 추징이 있을 것으로 하여 자료통보를 하였으며, 청구법인이 제시한 배당명세서에 의하면 각 주주에게 버스 1대장(주식수 674주) 매월 300,000원씩 운수수입누락액에서 지급한 것으로 기재되어 있으며, 청구법인이 제시한 90.1.25의 주주총회회의록에 의하면, 버스회사인 청구법인의 영세주주의 생활보장을 위하여 매월 300,000원씩 각 주주에게 배당금을 지급할 것을 의결한 것으로 되어 있다.

그렇다면, 청구법인이 운수수입누락액중 일부를 청구법인의 각 주주에게 그 소유주식의 비율에 따라 배당금 명목으로 현금을 지출한 사실이 인정되고, 따라서 90사업년도중에 각 주주에게 지출한 368,700,000원중 출자자인 각 임원에게 지급한 것은 그 귀속자에 대한 상여로 소득처분하여야 하고, 출자자인 임원을 제외한 나머지 주주에게 지출한 금액은 이를 법인세 결정시 배당으로 소득처분하는 것이 적법타당하므로 당초 운수수입누락액을 전부 귀속이 불분명하다고 보아 대표자에 대한 상여로 처분하여 이 건 갑종근로소득세를 과세한 것은 위법하므로 90사업년도중에 배당금으로 지출한 368,700,000원중 대표자를 제외한 주주인 임원에게 지급한 것과 주주임원이 아닌 주주에게 지급한 것은 이를 각 귀속자에 대한 상여 또는 배당으로 소득처분하여야 하고, 이에 따른 갑종근로소득세와 배당소득세를 원천징수대상으로 하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하여 청구법인이 원천징수의무를 이행하지 아니하는 때 과세하는 것은 별론으로 하고, 이 건 90년도 운수수입누락액 742,000,000원 전액을 귀속이 불분명하다고 보아 대표자에 대한 상여로 처분하여 당해 연도 갑종근로소득세를 과세한 것은 위법하다.

그리고 87년도의 경우 청구법인이 각 주주에게 지출한 사실을 구체적으로 입증하지 못하고 있으므로 이를 이유있는 것으로 받아들일 수 없다 할 것이다.

따라서 이 건 갑종근로소득세 심판청구에 대하여는 일부 이유있다고 판단되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항, 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.