이유
1. 사실 청구법인(OO건설주식회사)은 본사를 서울특별시 영등포구 OOO동 OOOO에 두고 건설업을 영위한 법인인 바 87.5.28 청구외 OOO으로부터 경기도 용인군 용인읍 OO리 OOOOOO외 4필지 토지 12,900평방미터(이하“쟁점토지”라 한다)를 국민주택 규모의 아파트 건설용지로 취득한 후 조세감면규제법 제61조 제3항 단서 규정에 따라 청구법인의 신청에 의거 매도인의 양도소득세를 면제받았으나, 처분청은 청구인이 쟁점토지를 매입한 날(87.5.28)로부터 3년이내인 90.2.22 주택건설업의 등록이 취소(말소)되었다하여 기면제받은 위 양도소득세 29,612,700원에 상당하는 금액의 법인세를 청구법인에게 부과하자, 청구인은 이에 불복 91.2.6 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 청구법인은 국민주택을 건설하기 위하여 쟁점토지를 취득하고 건축허가를 6차례나 신청하였으나 법령에 따라 건축허가가 불가능하다고 반려되었던 바 이는 조세감면규제법 시행령 제50조 제7항이 정하는 수용이나 도시계획 기타 법률의 규정에 의하여 주택을 건설할 수 없는 경우에 해당되어 감면세액을 추징하지 않기로 되어 있는데도 처분청이 매입일로부터 3년이내에 국민주택을 건설하지 아니하였다하여 기면제 받은 양도소득세 29,612,700원을 청구법인에게 추징한 처분은 부당하다는 주장이다. 3. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점토지를 국민주택 건설용지로 양도소득세를 면제받았으나 쟁점토지를 매입한 날로부터 3년이내에 국민주택을 건설하지 않았으며, 또한 청구법인은 주택건설 사업자로 당해 토지를 매입한 날로부터 3년이내에 주택건설사업의 등록이 취소되었기에 조세감면규제법 제62조 제2항의 규정에 따라 실수요자인 청구법인에게 추징한 당초 처분은 정당하다는 의견이다. 4. 쟁점 이 건의 쟁점은 국민주택 건설용지에 대하여 양도자가 면제받은 세액을 청구법인에게 토지매입일로부터 3년이내에 주택건설업의 등록이 말소되었다 하여 추징한 당초처분의 당부를 가리는 데 있다. 5. 심리 및 판단 먼저 관련 법령을 보면 구조세감면규제법(82.12.21 개정) 제62조 제1항, 동시행령 제50조 제2항, 제3항에서 내국인이 토지를 주택건설촉진법에 의한 국민주택의 건설용지로 양도하고 이를 취득한자가 그 토지를 매입한 날로부터 3년이되는 날 이내에 국민주택을 건축한 경우에는 당해토지를 양도함으로써 발생하는 양도소득세를 매도인에게 환급하되 다만 주택건설등록사업자인 실수요자에게 양도하는 경우에는 그 양도소득세를 면제한다라고 규정하고 있고, 동법 제62조 제2항, 동시행령 제50조 제4항, 제6항, 제7항을 모아보면, 동법 제62조 제2항에서 “실수요자가 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해토지에 국민주택을 건설하지 아니하는 경우”이거나 “기타 대통령령이 정하는 사유가 발생하는 경우” 에는 면제된 세액에 상당하는 금액을 실수요자로부터 징수 한다라고 규정하고 있고, 전시 법 제62조 제2항 상단의 “대통령령이 ... 건설하지 아니하는 경우”라 함은 동시행령 제50조 제4항 (제1호)에서 실수요자가 주택건설촉진법 시행령에 의한 아파트를 건설하는 경우에는 건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택 규모를 건설하지 아니하는 경우라고 규정하되 그 제7항에서 수용이나 도시계획·기타 법률의 규정에 의하여 주택을 건설할 수 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다라고, 또한 위 제2항 하단의 “기타 대통령령이 ...발생하는 경우”라 함은 전시 시행령 제50조 제6항에서 주택건설등록업자가 당해토지를 매입한 날로부터 3년이내에 주택건설업의 등록이 취소되어 주택을 건설할 수 없는 것이 객관적으로 명백한 경우를 말한다라고 각각 규정하고 있다. 다음, 과세경위와 청구주장을 보면, 처분청은 청구법인이 양도자의 관할세무서(수원)에 양도소득세의 면제를 신청하여 동 세액을 면제받았으나 쟁점토지를 매입한 날로부터 3년이내에 국민주택을 건설하지 아니하였고 또한 청구법인의 주택건설업의 등록이 토지매입일(87.5.28)로부터 3년이내인 90.2.22 취소되었다하여 전시 시행령 제50조 제6항 등에 정한 사유에 해당된 것으로 보아 이 건 추징하였음을 알 수 있고, 이에 대해 청구법인은 그 자신이 토지취득후 3년이 지나도록 국민주택을 건설하지 못한 사유가 토지취득이래 6차례 용인군수에게 건축허가를 신청하였는데도 불구하고 도시계획·기타법령의 규정에 의하여 그 건축허가를 득하지 못하였기 때문이고 전시 시행령 제50조 제7항에서 정한 사유에 해당되므로 이 건 추징한 당초처분은 취소되어야 한다는 주장이다. 살피건대, 이 건 토지를 취득(87.5.28)한 이래 3년이 경과한 90.5.31까지 국민주택을 건축한 사실없이 계속 나대지 상태로 방치되었음이 확인될 뿐만 아니라 청구인도 이를 인정하고 있고, 영등포구청장도 청구법인의 주택 건설업등록이 90.2.22 자로 말소되었음을 확인하고 있는데 반하여 용인군수의 건축허가 반려 사유를 보면, 그 반려사유가 건축허가상 필요한 공작물미설치, 대지조성계획미비등 청구법인에게 그 책임이 있을뿐 전시 시행령 제50조 제7항에서 정한 사유에 해당된다고 볼 수는 없는점 등 이러한 사항을 모아볼 때 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.