이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.6.30. 금융산업의구조개선에관한법률 제4조 의 규정에 의거 청구외 ㅇㅇ보험(주)를 흡수합병하고 청구외 ㅇㅇ보험(주) 소유의 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 168번지 토지 2,829㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다) 및 그 지상건축물 29,472.7㎡(이하 “이 사건 건물”이라 한다)를 취득한 후 2001.1.31. 이 사건 건물에 대한 보존등기를 하기 위하여 처분청에 등록세 등 감면신청을 한 데 대하여, 2001.2.7. 감면 대상이 아니라는 이유로 감면신청서가 반려됨에 따라 2001.2.8. 과세전적부심사를 청구하였으나, ㅇㅇ시장이 2001.3.6. 불채택 결정을 함에 따라, 당초 ㅇㅇ보험(주)의 취득(1995.7.31.) 당시의 법인장부 가액(46,977,279,811원)에 지방세법 제131조 제1항제3호 및 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 1,127,454,710원, 교육세 225,490,940원, 합계 1,352,935,650원(본점이전에 따른 중과분 포함)을 2001.3.14. 신고 납부(이하 “이 사건 건물에 대한 부과처분”이라 한다)하였고, 이 사건 토지에 대하여는 처분청이 2000.8.31. 등록세 등을 감면해주어 2000.12.18. 소유권보전등기를 하였으나, 2001.3.6. 이 사건 건물에 대한 과세전적부심사결정에서 과세면제대상이 아니라고 불채택 결정이 되자, 이 사건 토지의 경우도 등록세 등 감면대상이 아니라고 보아 그 시가표준액(11,636,528,000원)에 지방세법 제131조 제1항제3호 및 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 279,276,670원, 교육세 55,855,330원, 합계 335,132,000원(본점이전에 따른 중과분 포함)을 2001.3.27. 신고 납부(이하, “이 사건 토지에 대한 부과처분”이라 한다)하자 같은 날 이를 각각 수납하여 징수 결정하였으나, 청구인이 2001.6.4. 이의신청을 제기함에 따라 이의신청결정기관인 ㅇㅇ시장은 법인합병으로 부동산을 취득하는 경우 무상취득에 해당됨에도 처분청이 시가표준액을 과세표준으로 하지 아니하고 법인장부 가액을 과세표준으로 하여 이 사건 건물에 대한 등록세 등을 과다 산출한 잘못이 있으므로 당해 부과처분을 등록세 402,307,160원, 교육세 80,461,430원, 합계 482,768,590원으로 2001.7.23. 경정 결정하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부과 처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제281조제2항 및 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제227조제2호에서 금융산업의구조개선에관한법률 제4조 의 규정에 의거 재정경제부장관 또는 금융통화운영위원회의 인가를 받은 금융기관의 합병으로 인하여 양수 받은 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제하도록 규정하고 있고, 동 규정의 취지가 금융기관의 구조개선을 지원하기 위한 정부의 정책세제로서 합병법인의 등록세 부담을 덜어주려는데 있다 할 것이므로, 비록 청구외 ㅇㅇ보험(주)가 이 사건 토지상에 재개발사업을 시행하여 이 사건 건물과 그 부속토지를 새로이 취득한 후 소유권보존등기를 하지 아니하고 있다가 청구인이 당해 법인을 흡수합병 한 이후인 2000.12.18.과 2001.3.27.에 청구인 명의로 보존등기를 하였다고 하더라도, 위의 규정에 의한 「합병으로 인하여 양수 받은 재산에 관한 등기」의 범위에는 소유권이전등기는 물론, 소유권보존등기를 한 경우도 포함되는 것으로 보아 등록세를 면제하여야 함에도, 청구인이 신고 납부한 등록세 등을 수납하여 징수 결정한 것은 부당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 금융기관이 합병하면서 소유권보존등기가 되지 아니한 재산을 양수받아 존속법인 명의로 소유권보존등기를 한 경우 지방세법 제281조 제2항의 규정에 의한 등록세 등 면제대상이 되는 지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법 제281조 제2항에서 대통령령으로 정하는 법인의 합병으로 인한 법인등기와 합병으로 인하여 양수 받은 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다고 규정하고, 구 지방세법시행령 제227조 에서 법 제281조제2항에서는 「대통령령으로 정하는 법인의 합병」이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 합병을 말한다고 규정한 다음, 그 제2호에서 금융산업의구조개선에관한법률 제4조 의 규정에 의하여 재정경제부장관 또는 금융통화운영위원회(현 금융감독위원회)의 인가를 받은 금융기관의 합병이라고 규정하고 있다. 다음으로 이 사건의 경우를 보면, 당초 마포로 제2구역 제5지구 재개발조합 대표 ㅇㅇㅇ가 1986.5.24. 이 사건 토지 소재지역에 대하여 재개발사업시행인가를 받아 사업을 추진해 오다가, 1989.5.24. ㅇㅇ증권(주)로 사업시행자가 변경되었고, 1990.12.17. ㅇㅇ보험(주)로 사업시행자가 변경 인가된 후, ㅇㅇ보험(주)가 재개발사업을 시행하여 1997.7.8. 이 사건 재개발사업에 대한 준공검사필증을 교부받고 1997.7.21. 공사완료공고가 된 후 1997.7.27. 이 사건 재개발사업에 대한 분양처분의 고시를 하였으며, 그 후 ㅇㅇ보험(주)는 이 사건 건물 및 그 부속토지에 대한 소유권보존등기를 경료하지 아니한 상태로 있다가 2000.5월 청구인과 합병계약을 체결(합병일 : 2000.6.30.)한 후 2000.7.1. 금융산업의구조개선에관한법률 제4조 의 규정에 의거 금융감독위원회의 인가를 받고 청구인에게 흡수합병(2000.7.4. 법인 합병등기)됨에 따라, 청구인은 2000.8.31. 이 사건 토지에 대한 등록세 비과세 신청을 하여 처분청으로부터 비과세 결정을 받고, 2000.12.18. 청구인 명의로 이 사건 토지에 대한 소유권보존등기를 한 후 2001.1.31. 이 사건 건물에 대한 보존등기를 하기 위하여 처분청에 등록세 등 감면신청을 한 데 대하여, 2001.2.7. 감면 대상이 아니라는 이유로 감면신청서가 반려된 후 2001.2.8. 과세전적부심사를 청구하여 2001.3.6. 불채택 결정이 됨에 따라 이 사건 건물에 대하여는 당초 ㅇㅇ보험(주)의 취득 당시의 장부가액을 과세표준으로 하여 산출한 등록세 등(2000.6.1. 청구인의 본점 이전에 따른 중과분 포함)을 2001.3.14. 신고 납부하였고, 또한 이 사건 토지에 대하여도 2001.3.6. 이 사건 건물에 대한 과세전적부심에서 면제대상이 아니라고 불채택 결정이 됨에 따라 등록세 등 감면대상이 아니라고 판단하여 그 시가표준액을 과세표준으로 하여 산출한 등록세 등(본점 이전에 따른 중과분 포함)을 2001.3.27. 신고 납부한 후, 2001.6.4. 이의신청을 제기하자, 이의신청결정기관인 ㅇㅇ시장은 법인합병으로 부동산을 취득하는 경우 무상취득에 해당됨에도 처분청이 시가표준액을 과세표준으로 하지 아니하고 법인장부 가액을 과세표준으로 하여 이 사건 건물에 대한 등록세 등을 과다 산출한 잘못이 있다고 보아 2001.7.23. 등록세 등을 경정 결정하였음을 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 비록, 청구외 ㅇㅇ보험(주)가 재개발사업을 시행하여 이 사건 건물과 그 부속토지를 취득하면서 보존등기를 이행하지 아니하고 있다가 청구인이 당해 법인을 흡수합병 한 후에 청구인 명의로 보존등기를 하였다고 하더라도, 「금융기관의 합병으로 인하여 양수 받은 재산에 관한 등기」의 범위에는 소유권이전등기는 물론, 소유권보존등기도 당연히 포함되므로 이 사건 등록세 등은 취소되어야 한다고 주장하나, 구 지방세법 제281조 제2항 및 구 지방세법시행령 제227조 제2호에서 금융산업의구조개선에관한법률 제4조 의 규정에 의거 재정경제부장관 또는 금융통화운영위원회의 인가를 받은 금융기관의 합병으로 인하여 양수 받은 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제하도록 규정하고 있는 바, 여기에서 「합병으로 인하여 양수 받은 재산에 관한 등기」라 함은 존속법인이 합병을 원인으로 하여 소멸법인으로부터 취득한 재산을 존속법인 명의로 변경하는데 따른 등기, 즉 이전등기(근저당권 등의 권리를 존속법인 명의로 이전하는 경우 포함) 하는 것을 뜻하는 것으로 해석함이 타당하다 할 것이므로, 이 사건의 경우와 같이 청구외 ㅇㅇ보험(주)가 이행하여야 할 이 사건 건물 등에 대한 보존등기를 청구인 명의로 한 경우까지 「합병으로 인하여 양수 받은 재산에 관한 등기」를 한 것으로 볼 수 없으므로, 위의 규정에 의한 등록세 등의 면제대상으로 볼 수는 없는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. 2001.
9.
24. 행 정 자 치 부 장 관