이유
1. 원처분의 요지 처분청은 2003.3.3 대도시내(경기도 성남시 분당구 ○○ 동 ○ 번지)로 전입한 청구인이 2005.1.27. 경기도 성남시 분당구 ○○ 동 ○ - ○ 번지상에 지하4층·지상8층 연면적 24,379.69㎡ 오피스텔(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)을 신축한 후 2005.2.11 이 사건 건축물의 취득가액 22,255,422,439원에 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세를 납부함에 따라 이를 수납한 후, “ 도시 내에서 설립 또는 대 도시외에서 전입 전·후 5년 이내의 법인의 본·지점용 사업장으로 사용 하기 위한 부동산 등기가 아닌 상가 또는 오피스텔을 분양하기 위하여 건축 하여 그 취득 등기를 하는 경우에는 등록세 중과세 대상에서 제외한다 ” 는 행정 자치부 질의 회신 (지방세정팀-287호, 2005.4.19)에 따라 2005.5.3 청구인이 신고 납부한 등록세에서 표준세율에 해당하는 세액을 제외한 나머지 세액을 환부 하였으나, 그 후 행정자치부에서 상기 질의회신 중 “대 도시외에서 전입 전·후 5년”을 “대 도시외에서 전입하기 전 5년”으로 변경 (지방세정팀-1369, 2005.6.28 )함에 따라 이 사건 건축물의 소유권보존등기를 대도시외에서 전입 후 5년 이내에 취득한 부동산의 등기로 보아 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 356,520,810원 지방교육세 71,304,160원 합계 427,824,970원을 2006.9.14 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 주택건설사업을 목적으로 하는 건설업법인인 청구인은 1995.9.18. 대도시 외 지역인 경기도 용인시 ○○ 읍 ○○ 리 ○ 번지 ○○ 상가 ○ 호에서 설립되어 2003.3.3 대도시인 경기도 성남시 분당구 ○○ 동 ○ 번지 ○○○○○ 폴리스 ○ - ○ 호로 전입 후 이로 부터 5년 내인 2005.2.11.이 사 건 건축물을 등기 하고 등록세를 중과세율로 신고 납부하 였으나 2005.5.3. 처분청이 위 신고 납부한 등록세 중 중과세에 해당하는 부분을 스스로 환부하였음에도 처분청의 세무조사 (지방세무주사 ○○ 외 1인)에서 이 사건 건축물의 등기를 등록세 중과 대상으로 보아 다시 등록세 등을 부과 고지한 것은 일사부재리의 원칙에 위배되는 되는 것 일 뿐만 아니라 청구인은 이 사건 건축물을 청구인의 본점 또는 지점에 사용하고자 취득한 것이 아니라 실수요자 에게 분양하고자 취득 등기한 것이므로 대도시내에서 법인의 본점 또는 지점등기를 제한하여 수도권 과밀억제를 방지하 고자 하는 등록세 중과세 규정의 입법취지 에도 부합하지 않는다고 주장 하면서 이 사건 등록세 등의 취소를 구하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 주택건설사업자가 대도시내로 본점 전입 후 5년 이내에 대도시 내에서 오피스텔을 신축 등기한 경우 등록세 중과세 대상에 해당되는지 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제138조 제1항제3호에서 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기에 등기에 대하여는 등록세를 3배 중과세하도록 규정하고 같은법시행령 제102조제2항에서 “그 설립·설치 ·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용 ·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.3.3. 대도시내 지역인 경기도 성남시 분당구 ○○ 동 ○ 번지 ○○○○○ 폴리스 ○ 동 ○ 호로 본점을 이전하고 2005.2.11. 이 사건 건축물의 소유권보존등기 시 중과세율을 적용 하여 등록세를 납부한 사실과 처분청이 행정자치부 질의회신(지방 세정팀-287호 , 2005.4.19.)에 의거 중과세율로 납부한 등록세 중 중과세 부분을 환부하였으나, 그 후 처분청이 실시한 세무조사에서 이 사건 건축물의 등기를 등록세 중과 대상 으로 보아 이 사건 등록세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 처분청이 기 납부한 등록세 중 중과세 부분을 스스로 환부 처분한 후 세무 조사에서 이 사건 건축물의 취득 등기를 등록세 중과세 대상 으로 보아 다시 이 사건 등록세 등을 부과한 처분은 일사부재리의 원칙에 위배 되는 부당한 처분일 뿐 만 아니라, 대도시내에서 법인의 본점 또는 지점등기를 제한하여 수도권 과밀억제를 방지하고자 하는 등록세 중과세 규정의 입법 취지 에도 부합하지 않는다고 주장하고 있으나 처분청이 청구인이 신고 납부한 이 사건 건축물의 등록세 중과세 부분을 환부 처분하였다가 다시 부과하는 것은 처분청이 사실관계를 오인함 으로써 관계 규정을 잘못 적용 하여 위법 부당하게 된 행정 행위를 바로 잡은 경우에 해당하는 것으로서 형사소송에 적용되는 일사부재리의 원칙과는 관계가 없다고 할 것이고 청구인의 경우와 같이 1995.9.18. 대도시 외 지역인 경기도 용인시 ○○ 읍 ○○ 리 ○ 번지 ○○ 상가 ○ 호를 본점 소재지로 하여 설립되어 2003.3.3 등록세 중과세 지역인 경기도 성남시 분당구 ○○ 동 ○ 번지 ○○○○○ 폴리스 ○ - ○ 호로 전입 후 이로 부터 5년 내인 2005.2.11.이 사 건 건축물을 취득 등기한 사실이 법인등기부 등에서 입증되고 있는 이상 처분청이 이 사건 등록세 등을 중과세한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2007. 7. 23. 행 정 자 치 부 장 관