이유
1. 원처분 개요 청구법인은 알미늄제품을 제조하는 업체로서 86사업년도(86.4.1～87.3.31을 말하며 이하에서 각 사업년도란 당해년도 4월 1일부터 익년도 3월31까지를 말한다)에 구 조세감면규제법 제72조 에 의하여 임시투자세액 85,102,467원을 세액공제하고 87사업년도에 구 조세감면규제법 제71조 에 의하여 특정설비 투자세액 16,500,000원과 구 조세감면규제법 제17조 에 의하여 기술 및 인력개발비 세액 5,418,780원을 세액공제하였다. 처분청은 청구법인이 86사업년도에서 89사업년도까지는 처분가능이익이 발생하지 아니하였으나 90사업년도에는 처분가능이익 813,740,513원이 발생하였음에도 90사업년도 법인세 과세표준 수정신고기한(91.12.31)까지도 위 세액 공제액들의 합계액 107,021,274원을 기업합리화 적립금으로 적립하지 아니하였으므로 기공제받은 세액을 추징하여 92.4.15 청구법인에게 86사업년도 법인세 135,687,370원 및 동 방위세 △ 10,637,800원과 87사업년도 법인세 32,547,190원 및 동 방위세 △ 2,191,870원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.5.12 심사청구를 거쳐 92.8.13 이 건 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 ① 청구법인이 90사업년도의 이익잉여금 처분시에 86사업년도 및 87사업년도에 감면받은 세액공제상당액 107,021,247원을 기업합리화 적립금으로 적립하지 못한 것은 위 세액공제후 상당한 기간이 경과하여 청구법인의 처분가능이익이 발생하였고, 경리담당자도 바뀌어 단순한 착오에 의하여 적립하지 못하였으며, ② 청구법인의 90사업년도 미처분이익잉여금 계산서에는 미처분 차기이월이익잉여금 605,153,940원이 사내에 유보되어 있으므로 기업합리화 적립금을 구분적립한 것과 그 경제적 실질내용에 있어서 하등의 차이가 없고, ③ 또한 청구법인은 92.2.21 청구법인의 이익잉여금 처분 확정기관인 서울민사지방법원의 허가를 얻어 청구법인의 90사업년도 미처분이익잉여금 606,153,940원중 107,021,247원을 기업합리화 적립금으로 정정하였으므로 이 건 부과처분은 취소하여야 한다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 ① 청구법인은 90사업년도 미처분 차기이월잉여금을 606,153,940원으로 처분하여 청구법인이 기업합리와 적립금으로 적립할 금액 107,021,247원 이상으로 사내에 유보시켰다 하여도 위 미처분 차기이월잉여금은 기업합리화를 위한 용도로 사내에 유보시킨 것이라고 할 수 없으며, ② 청구법인은 92.2.21 청구법인의 잉여금처분 확정기관인 서울민사지방법원의 허가를 얻어 90사업년도의 잉여금 처분계산서의 기업합리화 적립금을 107,021,247원으로 정정적립하였으나 위 잉여금 처분계산서의 정정은 법인세법상의 법인세 수정신고기한(91.12.31)을 경과하였으므로 당초처분은 정당하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 이 건은 조세감면규제법에 의하여 세액공제를 받은 법인이 법인세 수정신고기한까지도 기업합리화 적립금을 적립하지 아니하였으나 미처분 이월 잉여금이 적립할 금액 이상으로 사내에 유보되어 있었고 그후에 기업합리화 적립금으로 정정처분한 경우에도 기공제받은 세액공제의 공제적용 배제한 처분의 적법 여부를 가리는 데 있다. 나. 관련법령 ① 구 조세감면규제법(91.12.21 법률 제4451호로 개정되기전) 제91조(기업합리화 적립금의 적립) 제1항에서 제17조(기술 및 인력개발비에 대한 세액공제), 제71조(특정설비투자의 범위) 및 제72조(임시투자세액공제 등)의 규정에 의하여 세액공제를 적용받은 법인은 당해년도의 이익금 처분에 있어서 그 공제받은 세액에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하도록 규정하고 있고, 그 제2항에서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 제1항의 규정에 의하여 기업합리화 적립금을 적립하지 아니한 경우에는 세액공제를 적용하지 아니하도록 규정하고 있다. ② 또한 조세감면규제법시행령 제65조 (기업합리화 적립금의 적립등) 제1항 제1호 및 제3항에서 기업회계상 처분가능 이익이 당해년도에 적립하여야 할 기업합리화 적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하지 못한 경우에는 그 다음 사업년도의 이익금 처분에 있어서 적립하여야 할 기업합리화 적립금에 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하도록 규정하고 있다. 다. 사실관계 ① 청구법인은 청구법인의 90사업년도 처분가능이익을 813,740,513원으로 계산하고, 91.6.20 자로 18,871,510원은 이익준비금으로 188,715,063원은 배당금으로, 나머지 606,153,940원은 차기 이월잉여금으로 확정하여 91.6.28 청구법인의 90사업년도 법인세 과세표준을 신고하였고, 수정신고기한인 91.12.30까지 90사업년도 법인세 과세표준을 수정신고하지 아니하였다. ② 처분청은 청구법인이 신고한 90사업년도 법인세 과세표준을 서면분석시 청구법인은 90사업년도 기업회계상 처분가능이익 813,740,513원이 발생하였음에도 청구법인이 86사업년도에 감면받은 임시투자 세액공제액 85,102,467원, 87사업년도에 감면받은 기술 및 인력개발비 세액공제액 5,418,780원 및 특정설비투자세액 공제액 16,500,000원 합계 107,021,274원을 기업합리화 적립금으로 적립하지 아니한 사실을 적출하고 92.2.13 청구법인에게 위 공제세액을 추가납부하도록 안내하였으나 청구법인이 이를 이행하지 아니하여 92.4.15 자로 이 건 세액공제 적용을 배제하였다. ③ 청구법인은 92.2.21 자로 서울지방법원의 승인을 얻어 당초 90사업년도의 차기이월잉여금 606,153,513원 중에서 109,567,837원을 기업합리화적립금으로 적립하였다. 라. 기공제받은 세액의 공제적용을 배제한 처분의 적법여부 ① 위 법령에서 본 바와 같이 특정정책목표를 달성하기 위한 조세지원의 일환으로 세액공제를 적용받은 법인은 공제받은 세액을 기업합리화 적립금으로 적립하도록 의무화하고 이를 이행하지 아니한 경우에는 기공제한 세액의 공제적용을 배제한 것이므로 그 성격상 엄격히 적용되어야만이 조세정책을 효율적으로 수행할 수 있다 할 것이다. ② 법인세의 신고납부제도는 납세의무자인 법인스스로가 법인세 과세표준 및 세액을 계산하고 기타 필요한 사항을 기재하여 신고 납부함으로써 납세의무가 확정되는 것임을 감안할 때 법정신고기한내에 제출한 자가 그 기재사항에 누락·오류가 있는 때에는 법정신고기한 경과후 6월내에 수정신고하여야 하고 수정신고가 없으면 원칙적으로 당초 신고내용대로 확정된다. ③ 위 사실관계 및 관련 법령을 종합해 볼 때 청구법인은 90사업년도에 처분가능이익이 발생하였음에도 수정신고기한까지 청구법인의 결산확정기관인 법원의 허가를 얻어 90사업년도 차기이월 이익잉여금을 기업합리화 적립금으로 적립하지 아니하였음이 명백하므로 처분청이 위 법령규정에 따라 기공제받은 세액의 공제적용을 배제한 당초처분은 적법하다고 판단된다. (국심 82나1239, 83.1.13 같은 뜻임) 마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.