이유
1. 원처분 개요

청구법인은 정부의 투자인가를 받아 설립한 외국인 투자기업으로서 인가내 영업인 컴퓨터부품제조업(이하 “인가사업”이라 한다)과 인가외 영업인 무역중개업(이하 “인가외 사업”이라 한다)을 함께 영위하고 있는 바, 인가사업은

외자도입법 제14조

제1항 제2호의 규정에 의하여 법인세 감면을 받고 있으며, 1991.7.1～1992.6.30 사업연도(이하 “이 건 사업연도”라 한다) 법인세를 신고함에 있어 감면세액을 계산하기 위한 인가사업과 인가외 사업의 소득구분 계산시 이 건 사업연도 손익계산서상의 당기제품제조원가 21,907,313,787원을 인가사업의 개별손금으로, 판매비와 일반관리비 1,081,514,521원은 인가외 사업의 개별손금으로 각각 구분하여 계산하였으나 처분청에서는 판매비와 일반관리비를 인가외 사업의 개별손금이 아닌 인가사업 및 인가외 사업의 공통손금으로 보고 이 공통손금을 제조원가비율로 안분계산하여 감면세액을 결정하여 이 건 사업연도 법인세 110,943,640원을 청구법인에게 1994.1.16 결정고지 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1994.3.15 심사청구를 거쳐 1994.6.22 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구법인은 인가사업은 경기도 화성군 봉담면 OO리 OOOOOOO에 소재한 OO공장(이하 “OO공장”이라 한다)에서, 인가외 사업은 OO특별시 강남구 OO동 OOOOOOOO에 소재한 OO사무소(이하 “OO사무소”라 한다)에서 각각 별도의 사업장을 가지고 독립적으로 영업을 하고 있으며, 다만, 결산재무제표 작성시 사업장별 소득계산을 단순히 하기 위하여 OO공장 판매비와 일반관리비에 해당하는 인건비는 제조원가 명세서상의 노무비 계정에 포함하였고, 기타비용은 경비계정에 포함하였으므로 손익계산서상의 판매비와 일반관리비는 전액이 인가외 영업의 개별손금이 분명함에도 불구하고 처분청이 이를 공통손금으로 본 것은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

국세청장은 처분청에서 확인한 바에 의하면 청구법인의 대표이사급여등이 인가외 사업의 일반관리비에만 계상되어 있는등 손금이 인가외 소득에만 편중 처리되어 있을 뿐만 아니라 청구법인의 이 건 사업연도의 직전기와 전전기 사업연도중에는 판매비와 일반관리비등을 인가소득과 인가외 소득에 각각 배부하였음에도 이 건 사업연도 기간중에는 전적으로 인가외 소득에만 배부되어 있는 사실등으로 미루어 보아 청구법인은 인가소득을 상대적으로 과대계상하고, 인가외 소득을 과소계상함으로써 법인세 등의 부담을 경감하려 한 것으로 보이므로 손익계산서상의 판매비와 일반관리비를 공통손금으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분청의 당초처분은 타당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 쟁점은 청구법인의 손익계산서상 판매비와 일반관리비를 인가사업 및 인가외 사업의 공통손금으로 보아야 하는지, 또는 인가외 사업의 개별손금으로 보아야 하는지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령을 보면

법인세법 시행령 제69조

제1항에서 「법 및 다른 법률의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 그 사업과 기타의 사업별로 구분할 수 없는 공통손익과 그 공통손금에 대응하는 공통익금을 재무부령이 정하는 바에 의하여 구분계산하여야 한다」라고 규정하고 있고,

같은법시행규칙 제25조

제1항에서 「영 제2조 제4항의 규정에 의하여 수익사업과 기타 사업의 손금을 구분 경리하는 경우에 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분 계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금 이외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 같다)이 없는 경우나 기타 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통손금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. ～ 2. (생략)

3. 수익사업과 기타 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타사업의 개별손금액에 비례하여 안분계산한다.

② (생략)

③ 영 제69조의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타 사업에 공통되는 익금과 손금의 구분계산은 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.」라고 규정하고 있으며,

같은법 기본통칙 2-1-14…8(개별손금·공통손익등의 계산)에서는 「규칙 제25조 제3항의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타사업을 겸영하는 법인의 익금과 손금의 구분계산은 법에 특별히 규정한 것을 제외하고는 다음과 같이 계산한다.

1. ～2. (생략)

3. 개별손금

가. 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련하여 발생한 비용은 당해사업의 개별손금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다.

(1) 매출원가

(2) 특정사업에 전용되는 고정자산에 대한 제비용

(3) 특정사업에 관련하여 손금산입하는 준비금·충당금 전입액

(4) 기타 귀속이 분명한 제비용

나. 영업외비용과 특별손실중 과세사업의 개별손금으로 구분하는 것을 예시하면 다음과 같다.

(1) 유가증권 평가손

(2) 유가증권 처분손

(3) 고정자산 처분손

4. 공통손금

감면사업과 과세사업에 공통으로 발생되는 비용이나 귀속이 불분명한 비용은 공통손금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다.

가. 사채발행비 상각

나. 사채할인발행차금 상각

다. 주식발행비 상각

라. 기타 개별손금으로 구분하는 것이 불합리한 비용」이라고 규정하고 있다.

다. 살피건대,

청구법인의 손익계산서상 판매비와 일반관리비가 인가사업 및 인가외 사업의 공통손금인지 또는 인가외 사업의 개별손금인지 여부에 대하여 살펴보면

① 청구법인은 인가사업과 인가외 사업을 별개의 사업장에서 별도의 조직과 별도의 규정에 의해 독립적으로 운영하고 있음이 청구법인의 조직도표 및 제규정등에 의해 확인되고,

② 쟁점이 된 손익계산서상의 판매비와 일반관리비는 급여등의 인건비, 차량유지비, 수선비 등 23개 계정과목의 합계금액이고, 동 금액은 인가외 영업의 사업장인 OO사무소의 영업부, 영업관리부, 기술지원부, 관리부등 4개 부서의 경비로 결재·지출된 것이 장부 등 관련 증빙서류에 의거 확인되며,

③ 이 건 사업연도 손익계산서상의 제품제조원가 21,907,313,787원에는 인가사업의 사업장인 OO공장의 인건비(노무비 계정 1,171,805,436원) 및 차량유지비·수선비 등 19개 항목의 경비 1,745,350,441원이 포함되어 있음이 청구법인이 신고한 법인세신고서 부속서류인 제조원가명세서에 나타나 있으며,

④ 처분청에서 판매비와 일반관리비를 공통손금으로 본 이유중의 하나로 청구법인의 공동대표이사인 청구외 OOO OO OOO의 급여가 손익계산서상의 판매비와 일반관리비에 계상되었다는 사실을 적시하고 있으나, 당심판소에서 처분청에 재확인한(국심 46830-10726, 1994.12.16)바에 의하면 이 건 사업연도중 OOO OO OOO의 급여가 판매비와 일반관리비에 계상되지 아니하였다는 처분청의 회신(처분청 법인 46220-2619, 1994.12.17)이 있었으며

⑤ 청구법인의 1989.7.1～1990.6.30 사업연도 및 1990.7.1～1991.6.30 사업연도 기간중에는 청구법인의 손익계산서상의 판매비와 일반관리비 항목에 인가사업부문에서 발생된 비용도 일부 계상되어 있는 바, 그 내용을 보면 1990.10월까지는 청구법인의 인가사업 사업장인 OO공장에서 OOOOO등의 제품을 조립하여 국내에 판매하였으나 그 이후부터는 국내판매를 하지 아니하고 하드디스크(Hard disk) 부품인 피.씨.비. 어셈브리(P.C.B. Assembly)라는 전자장치회로판을 생산하여 싱가폴에 전량 수출하고 있는 바, 국내매출이 발생한 사업연도에 국내매출에 따른 운임등 제부대비용을 손익계산서상의 판매비와 일반관리비에 계상했던 것임이 확인되고 있으므로 단순히 이 건 사업년도부터 손익계산서상 판매비와 일반관리비에 인가영업 부문을 포함하지 아니하였다 하여 이를 분식기장 판단의 근거로 삼을 수는 없다하겠다.

다만, 손익계산서상 판매비와 일반관리비로 계상된 금액에는 인가사업과의 업무관련성이 인정되는 관리부등의 경비가 포함되어 있음이 확인되는 점 등으로 보아 동 금액 전액이 인가외 영업의 개별손금이라는 청구주장 또한 그대로 받아들이기는 어렵다 할 것이다.

라. 위 사실관계를 종합해 볼 때 청구법인의 손익계산서상 판매비와 일반관리비의 대부분은 인가외 사업의 개별손금임이 분명하므로, 처분청이 이 건 판매비와 일반관리비 전체금액 1,081,514,521원을 전액 공통손금으로 보아 감면세액을 계산한 것은 사실조사를 소홀히 한 부당한 처분이라고 판단된다.

따라서 청구법인의 손익계산서상 판매비와 일반관리비중에서 인가사업과 인가외 사업의 공통손금 포함여부를 재조사하여 공통손금을 다시 산출하고 그 공통손금을

법인세법 시행규칙 제25조

제1항 제3호에 규정하고 있는 공통손금 안분계산방법인 인가사업과 인가외 사업의 개별손금액에 비례하여 안분계산하여

외자도입법 제14조

제1항에서 규정한 법인세 감면세액을 경정결정하여야 할 것이다.

마. 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.