이유
1. 처분개요 청구법인은 OO 및 OOOO 제조업을 영위하는 사업자로 구조세감면규제법 (1990.12.31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것) 제56조의2에 따라 1990.10.1. 자산재평가를 실시하고 OOOOOOO에 상장을 준비하다 2003.12.31.까지 상장이 어렵게 되자 2003.12.30. 자산재평가를 취소하였으며, 자산재평가 취소일이 속하는 사업연도 법인세 과세표준 신고와 함께 1990사업연도 이후 각 사업연도 소득에 대한 법인세 등을 재계산한 세액을 신고·납부하지 아니하였다. 처분청은 청구법인의 자산재평가 취소에 따라 발생한 각 사업연도(1990～2001)에 과다계상된 감가상각비 173,579백만원을 손금불산입하고, 과소계상된 자산양도차익 4,582백만원 을 익금산입하여 각 사업연도 법인세, 방위세, 농어촌특별세를 149,635,503,980원으로 재계산하고, 재평가 취소로 인하여 발생한 1999.4.1.자 재평가세 토지관련 증가분을 7,207,569,210원으로 하여 2004.4.16. 청구법인에게 별첨과 같이 각 사업연도 법인세 등 합계 156,843,073,190원을 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.7.9. 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 1993.12.31. 조세감면규제법이 전문개정 되었으나, 구조세감면규제법 부칙 제23조에 대한 경과규정 또는 특별규정을 두지 아니하여 구조세감면규제법 부칙 제23조는 1994.1.1. 이후 실효 되었으므로 청구법인이 자산재평가를 취소하였더라도 각 사업연도 법인세 등을 재계산하여 신고·납부할 의무가 발생하지 아니함에도 불구하고 처분청이 실효된 법률에 근거하여 과세한 처분은 조세법률주의 즉, 과세요건법정주의에 위배된다. (2) 구조세감면규제법 부칙 제23조 제1항의 “대통령령이 정하는 기간” 및 제2항 전단 “제1항의 규정에 의한 기간”은 법인세 등의 제척기간이 아니라 재평가를 행한 법인이 주식을 상장할 수 있는 기간 또는 재평가를 취소할 수 있는 기간을 의미하고, 구조세감면규제법시행령 및 구조세특례제한법시행령이 부칙 제23조 제1항 소정의 “대통령령이 정하는 기간”을 2003년 12월 31일까지 연장하면서 이에 대한 법인세 등의 제척기간에 대한 규정을 두지 아니한 것은 입법미비이며, 구조세감면규제법 부칙 제23조 제2항 후단의 규정은 제척기간이 경과하지 아니한 각 사업연도 법인세와 방위세를 재계산하여 신고·납부하여야 한다는 점을 확인하는 규정일 뿐이다. 또한, 구조세감면규제법 부칙 제23조 제2항 후단은 “각 사업연도소득에 대한 법인세”라고만 규정하고 있으므로 “재평가 취소일이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준신고시를 기준으로 제척기간이 만료되지 아니한 각 사업연도소득에 대한 법인세”를 의미한다. 따라서 청구법인의 1998사업연도까지의 법인세, 방위세, 농어촌특별세는 부과제척기간이 경과되었다. (3) 구조세감면규제법 부칙 제23조 제2항이 재평가를 취소하는 경우 당해 법인은 각 사업연도소득에 대한 법인세(가산세포함)등을 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도분 법인세과세표준 신고와 함께 신고·납부하여야 한다고 규정하고 있는 바, 재평가를 유지하는 경우에는 가산세를 부과하지 아니하고 재평가를 취소하는 경우에만 가산세를 부과한다는 규정이 아니라 상장기간 이내에 주식을 상장하지 아니하는 경우 과소신고·납부된 법인세 등에 대한 가산세 부과여부가 당연히 문제되는 반면 상장기간 내에 재평가를 적법하게 취소하더라도 재평가 이후 각 사업연도 감가상각비가 과다계상되었으므로 법인세법상 가산세가 발생한다는 내용을 확인하는 규정에 불과하다. 납세의무 성립일을 재평가일 이후 각 사업연도 법인세 신고기간으로 보는 경우 1998사업연도까지는 부과제척기간이 경과하여 신고·납부의무가 없다. 설사 부과제척기간이 경과하지 아니하였다 하더라도 청구법인은 상장을 위하여 노력하였으나 정부의 상장유보 방침 및 정부정책의 혼선으로 상장기간 이내에 상장하지 못하였고, 2003.12.30. 재평가를 취소하기 이전까지는 감가상각비의 과다계상이나 자산양도차익의 과소계상이라는 사실 자체가 존재하지 아니하여 가산세 부과처분의 전제가 되는 각 사업연도 법인세 등의 신고·납부의무가 없었으며, 과소신고·납부에 대한 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세를 부과하는 것은 부당하다. 또한, 재평가 취소로 인하여 비로소 과소신고된 각 사업연도 법인세액이 확정되었고, 2003사업연도분 법인세 신고와 함께 신고·납부하여야 하므로 납부불성실 가산세의 기산일은 2003사업연도 법인세 신고기간 다음날이다. 납세의무 성립일을 자산재평가 취소일이 속하는 사업연도 법인세 신고기간으로 보는 경우에도 구조세감면규제법상의 상장기간 내에는 납세의무가 없었음에도 불구하고 재평가를 취소하였다 하여 가산세를 부과하는 것은 부당하며, 1999사업연도까지 소급하여 미납부가산세를 부과할 수도 없다. 나. 처분청 의견 (1) 1990.12.31. 구조세감면규제법 제56조의 2 가 삭제되고, 부칙 제23조가 신설되었는 바, 부칙 제23조 제1항은 재평가일로부터 대통령이 정하는 기간에 OOOOOOO에 상장하도록 하였고, 제2항은 1항의 상장기간이내에 재평가를 취소할 수 있도록 하였으며, 이후 동법 (조세특례제한법 포함) 시행령에서 상장기간 및 취소기간을 2003.12.31.까지로 연장하였다. 청구법인은 상장기간 내에 상장을 못하고 2003.12.30. 재평가 취소 및 재평가세 환급을 신청하였음에도 불구하고 구조세감면규제법 부칙 제23조 제2항에 규정에 따라 2003사업연도 법인세 신고와 함께 각사업연도 법인세 등을 신고·납부하지 아니하였으므로 당초 처분은 정당하다. (2) 국세기본법 제21조 제1항 (98.12.28. 개정전의 것)은 법인세 등의 납세의무는 과세기간이 종료하는 때에 성립하는 것으로 규정하고 있고, 국세기본법시행령 제12조의 3 은 공제 또는 면제받는 세액을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우에는 그 공제 또는 면제받는 국세를 징수할 사유가 발생한 날을 국세부과제척기간의 기산일로 규정하고 있는 바, 재평가일로부터 일정기한 내에 상장을 조건으로 재평가차익을 익금불산입 하여 과세표준을 계산하고 법인세를 면제하였다가 자산재평가 취소로 인하여 발생한 각사업연도 법인세 등의 납세의무의 성립시기는 각사업연도 법인세 등의 신고기한이나 2003.12.30. 청구법인의 자산재평가 취소로 인하여 상장조건 불성취가 확정되었으므로 구조세감면규제법 부칙23조 2항 규정에 따라 재평가를 취소한 날이 속하는 2003년 사업연도분의 법인세 신고기한의 다음날이 법인세 등의 부과제척기간 기산일이다. (3) 구조세감면규제법 제56조의 2 제1항 및 같은 법 부칙 제23조를 종합하면, 기업공개를 목적으로 재평가를 하는 경우 법인세를 감면하되 재평가일로부터 일정기한 내에 상장이라는 시간적 제약을 두고 그 상장기한(법인세 과세유예기한이 아닌 감면배제 기한)이내에 재평가를 취소하는 경우 재평가차익에 대한 감면을 배제하며, 각 사업연도 과대계상된 감각상각비 및 과소계상된 자산양도차익에 대하여 과세하는 것인 바, 재평가 취소에 의하여 면제받은 법인세 등에 대한 면제가 배제되어 과다계상된 감가상각비 및 과소계상된 자산양도차익에 해당하는 법인세 등이 과소신고·납부되었으며, 일정기한 내에 상장을 조건으로 법인세를 면제한 것을 조건부 법률행위로 보는 경우에도 자산재평가 취소로 인하여 법인세 면제의 효과는 소급하여 무효가 되었다. 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고, 납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 또는 과실은 고려되지 아니하는 것이고, 청구법인은 법정기한까지 상장하지 아니하는 경우 자산재평가차익에 대하여 법인세가 과세될 것을 청구법인이 알고 있었던 점, 상장을 전제로 법인세를 면제하였으나 1989년도 및 1990년도에 상장을 전제로 자산재평가를 실시한 260여 법인 중 청구법인을 비롯한 15개 법인만 상장하지 아니한 점 등을 고려할 때 이 사건 부과처분은 가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 없다. 또한, 미납부 가산세의 경우 행정벌적인 성격 이외에 연체이자적 성격이 있으며, 미납부가산세율이 13년간 시중금리보다 과다하지 아니한 점 등을 고려할 때 미납부가산세 부과처분도 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 (1) 법률을 전문(全文)개정하면서 신법에 경과규정을 두지 않은 구법 부칙조항이 당연 실효되어 조세법률주의에 위배되는 지 여부 (2) 자산재평가를 취소하는 경우 각사업연도 법인세 등의 신고·납부의무의 성립일 및 국세부과 제척기간 경과 여부 (3) 과소신고 ·미납부가산세를 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제21조 【납세의무의 성립시기】① 국세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다. 1. 소득세 또는 법인세에 있어서는 과세기간이 종료하는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세에 있어서는 당해 법인이 해산(분할 또는 분할합병으로 인한 해산을 포함한다) 또는 합병을 하는 때 10의 4. 농어촌특별세에 있어서는 농어촌특별세법 제2조 제2항의 규정에 의한 본세의 납세의무가 성립하는 때 11. 가산세에 있어서는 이를 가산할 국세의 납세의무가 성립하는 때 ② 다음 각호의 국세를 납부할 의무는 제1항의 규정에 불구하고 당해 각호의 시기에 성립한다. 4. 수시부과에 의하여 징수하는 국세에 있어서는 수시부과할 사유가 발생하는 때 (2) 국세기본법 제22조 【납세의무의 확정】① 국세는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정된다. (3) 국세기본법 제26조의 2 【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 조세조약 이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다. 1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간 2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 ④ 제1항 각호의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. (4) 국세기본법 제47조 【가산세의 부과】① 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다. ② 가산세는 당해 세법이 정하는 국세의 세목으로 한다. 다만, 당해 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면하는 국세에 포함하지 아니하는 것으로 한다. (5) 국세기본법시행령 제10조의 2 【납세의무의 확정】법 제22조 제1항에 규정하는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정되는 때는 다음 각호와 같다. 1. 소득세 법인세 부가가치세 특별소비세 주세 증권거래세 교육세 또는 교통세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때. 다만, 제2호에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 2. 제1호의 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 경우에는 그 결정하는 때 3. 제1호 이외의 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때 (6) 국세기본법 시행령 제12조의 3 【국세부과제척기간의 기산일】 ① 법 제26조의 2 제4항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 날로 한다. 1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 과세표준 신고기한 이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납 예정신고 및 수정신고기한은 과세표준 신고기한에 포함되지 아니한다. ② 다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다. 3. 공제 면제 비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 상당하는 세액을 말하고, 낮은 세율을 적용받은 경우에는 일반세율과의 차이에 상당하는 세액을 말한다. 이하 이 호에서 공제세액 등 이라 한다)을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우에는 당해 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날(2003.12.30.개정) (7) 국세기본법시행령 부칙(2003.12.30 대통령령 제18172호) 제4조【국세부과제척기간의 기산일에 관한 적용례】제12조의 3 제2항 제3호의 개정규정은 이 영 시행 후 의무불이행 등의 사유가 발생하는 분부터 적용한다. <1990.12.31. 법률 재4285호로 개정되기 전의 것> (8) 구조세감면규제법 제56조의 2 【기업공개시의 재평가특례】① 증권거래법 제88조 제1항의 규정에 의하여 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조 및 동법 제38조 의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있다. 다만, 재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다. <1990.12.31. 법률 제4285호로 개정된 것> (9) 구조세감면규제법 부칙 제23조【기업공개시의 재평가특례에 관한 경과조치등】① 이 법 시행 전에 종전의 제56조의 2 제1항 본문의 규정에 의하여 재평가를 한 법인에 대하여는 종전의 동조 동항 단서의 규정에 불구하고 재평가일부터 대통령령이 정하는 기간 이내에 주식을 한국증권거래소에 상장하지 아니하거나 한국증권업협회에 등록하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다. ② 제 1항의 규정에 의한 재평가를 한 법인이 당해 자산재평가적립금을 자본에 전입하지 아니한 경우에는 재평가일부터 제1항의 규정에 의한 기간 이내에 그 재평가를 취소할 수 있으며, 이 경우 당해 법인은 각 사업연도 소득에 대한 법인세(가산세와 당해 법인세에 부가하여 과세되는 방위세를 포함한다) 를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도분 법인세과세표준 신고와 함께 신고 납부하여야 한다. (10) 조세특례제한법 제146조 【감면세액의 추징】제5조(중소기업투자세액공제), 제11조(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제), 제24조 내지 제26조(투자촉진 관련 세액공제), 제94조(근로자 복지증진을 위한 시설투자세액공제) 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 규정에 한한다)의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 동조의 규정에 의하여 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 종료일부터 3년이 경과되기 전에 당해 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 당해 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며，당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조 의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. (11) 조세특례제한법시행령 제137조 【감면세액의 추징】 ② 법 제146조의 규정에 의한 이자상당가산액은 공제받은 세액에 제1호의 기간 및 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 1. 공제받은 과세연도의 과세표준신고일의 다음날부터 법 제146조의 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고일까지의 기간 2. 1일 1만분의 3의 율 < 2001.12.31. 대통령령 제17458호로 개정된 것> (12) 조세특례제한법시행령 제138조 【기업공개시 자산재평가에 관한 특례】법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 대통령령이 정하는 기간 이라 함은 2003년 12월 31일까지의 기간을 말한다. <1990.12.31. 법률 제4282호로 개정되기 전의 것> (13) 구법인세법 제9조 【각 사업연도의 소득】① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다. ② 제1항에서 익금 이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다. ③ 제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다. (14) 구법인세법 제15조 【익금불산입】① 다음 각호에 게기하는 익금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 당해 사업연도의 익금에 산입하지 아니한다. 5. 자산재평가법의 규정에 의한 재평가차액 (15) 법인세법 제76조 【가산세】① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다. 2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액 가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액 (이하 이 호에서 부당과소신고금액 이라 한다) 이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10 미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다. 나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. 다만, 산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세 (제29조 제4항 제31조 제4항 및 조세특례제한법에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다) 를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액 납부하지 아니한 세액 (미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율 < 1990.12.31. 대통령령 제13195호로 개정되기 전의 것> (16) 구법인세법시행령 제12조 【수익과 손비의 정의】① 법 제9조 제2항에서 수익 이라 함은 법 및 이 영에 규정하는 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다. 3. 자산의 양도금액 5. 자산의 평가차익 ② 법 제9조 제3항에서 “손비”라 함은 법 및 이령에 규정한 것을 제외하고 다음에 게기하는 것으로 한다 5. 고정자산에 대한 감가상각비 (17) 법인세법시행령 제119조 【미납부가산세율 등】① 법 제76조 제1항 제3호에서 대통령령이 정하는 이자율 이라 함은 1일 1만분의 3의 율을 말한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 1990.10.1. 자산재평가를 실시하였는 바, 감가상각자산은 541,212,580,206원, 비감가상각자산은 243,187,474,801원, 합계 784,400,055,007원으로 평가하고, 1990.12.28. 재평가차익 및 과세표준을 0원으로 신고하였으며, 당시 관할 세무서장인 여의도 세무서장은 1991.2.25. 자산재평가액을 783,512,725,007원, 자산재평가차액 및 과세표준을 417,127,436,483원, 재평가세액을 12,513,823,094원으로 결정·통지한 사실이 자산재평가신고서, 자산재평가 결정통지서 등 심리자료에 의하여 확인된다. (2) 1987.11.28 법률 제3939호로 개정된 구조세감면규제법 제56조의 2 는 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있도록 하면서 재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년 이내에 OOOOOOO에 주식을 상장하지 아니하는 경우에는 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니하는 것으로 규정하였고, 1990.12.31 법률 제4285호로 개정된 구조세감면규제법은 기업공개시의 재평가특례에 관한 동법 제56조의 2 의 규정을 삭제하는 대신 동법 부칙 제23조 제1항에서 종전의 제56조의 2 제1항 본문의 규정에 의하여 재평가를 한 법인에 대하여는 동조항의 단서 규정에 불구하고 재평가일부터 대통령령이 정하는 기간 이내에 OOOOOOO에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니하도록 규정하였으며, 동법 부칙 제23조 제2항은 제1항의 규정에 의한 재평가를 한 법인이 당해 자산재평가적립금을 자본에 전입하지 아니한 경우에 한하여 재평가일부터 제1항의 규정에 의한 기간 이내에 그 재평가를 취소할 수 있도록 하였으며, 이 경우 당해 법인은 각 사업연도 소득에 대한 법인세(가산세와 당해 법인세에 부가하여 과세되는 방위세를 포함한다)를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도분 법인세과세표준 신고와 함께 신고 납부하여야 한다고 규정하였다. 구조세감면규제법 부칙 제23조 제1항의 위임에 따라 구조세감면규제법시행령은 재평가일로부터 한국증권거래소에 주식을 상장하여야 할 기간을 5년(1990.12.31 대통령령 제13202호로 개정된 동법 시행령 제66조 ), 8년(1993.12.31 대통령령 제14084호로 개정된 동법 시행령 제109조 ), 10년(1996.12.31 대통령령 제15197호로 개정된 동법 시행령 제109조 ), 11년(1998.12.31 대통령령 제15976호로 개정된 조특법시행령 제138조 ), 13년(2000.1.10 대통령령 제16693호로 개정된 조특법시행령 제138조 )으로 연장하였고, 2001.12.31 대통령령 제17458호로 개정된 조세특례제한법시행령 제138조 에서 동 기간을 2003.12.31까지의 기간으로 규정하였으며, 2003년 동 시행령 개정시 상장기한을 연장하는 규정을 두지 않음으로써 상장기한이 2003.12.31 만료되었는 바, 청구법인은 1993사업연도에 OOOO(O)와 기업공개 협의 및 지도에 관한 약정을 하여 기업공개 준비를 추진하였고, 2003사업연도에도 OOOO(O) 및 OOOO(O)와 기업공개 주간사 계약을 체결하여 기업공개를 추진하다가 상장기한까지 상장이 어렵게 되자 동법 부칙 제23조 제2항에 따라 2003.12.30. 자산재평가 취소 및 재평가세 환급을 청구하였다. 처분청은 청구법인의 자산재평가 취소로 인하여 1990～1999사업연도까지 과다계상된 감가상각비를 손금불산입하고, 과소계상된 양도차익을 익금산입하였으며, 과소신고가산세 및 미납부가산세를 포함하여 2004.4.16. 각사업연도 법인세 등을 경정·고지한 사실이 기업공개약정서, 자산재평가취소및재평가세환급청구서 및 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다. (3) 청구법인은 1993.12.31. 법률 제4666호로 개정된 구조세감면규제법이 전문(全文)개정에 해당하고, 구법 부칙 제23조항에 대한 경과규정이 없으므로 당연 실효된 조항에 근거하여 과세하는 것은 조세법률주의에 위반된다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 1990.12.31. 법률 제4285호로 개정된 조세감면규제법은 제56조의 2 를 삭제하고, 동법 부칙 제23조를 신설하였으며, 1990.12.31. 대통령령 제13202호로 개정된 동법 시행령은 제66조 신설하여 동법 부칙 제23조 제1항의 대통령령이 정하는 기간을 5년으로 연장하였다. 1993.12.31. 법률 제4666호로 개정된 조세감면규제법은 구조세감면규제법 부칙 제23조에 대한 경과조치 및 효력에 대한 명시적인 규정을 두고 있지 아니하나, 1993.12.31. 대통령령 제14084호로 개정된 동법 시행령 제109조 는 구조세감면규제법 중 부칙 제23조 제1항의 대통령령이 정하는 기간을 8년으로 연장하였고, 이후 동법(조세특례제한법 포함) 시행령 제109조, 제138조는 대통령령이 정하는 기간을 2003.12.31.까지 연장하였다. (나) 법률이 전문개정된 경우 일반적으로 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 소멸하는 것으로 볼 수 있겠으나, 자 산재평가와 관련하여 상장유예기간 적용과 동 기간 내의 자산재평가 취소로 인한 과세문제를 다루는 이 건의 경우 1990.12.31. 법률 제4285호로 개정된 조세감면규제법 부칙 제23조에서 자산재평가에 관한 경과규정을 신설한 이후 동 조항의 위임에 근거한 동법 시행령 개정으로 상장유예기간을 계속 연장하였고 , 청구법인도 동 규정에 의하여 자산재평가를 취소한 점 등을 보면, 비록 1993.12.31. 법률 제4666호로 전문 개정된 조세감면규제법이 구조세감면규제법 부칙 제23조에 대한 경과조치를 명시하지 아니하였다고 하더라도 동 조항이 당연 실효되었다고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 구조세감면규제법 부칙 제23조를 적용한 이 건 과세처분이 조세법률주의에 위반된다는 청구주장은 이유 없다고 판단된다. (4) 청구법인의 자산재평가취소에 따른 각사업연도 법인세 등의 납부의무의 성립일 및 국세부과 제척기간 경과여부에 대하여 본다. (가) 기업공개시의 자산재평가 특례를 규정한 구조세감면규제법 제56조의 2 는 법인으로 하여금 기업공개를 유도하기 위한 조세유인규정으로서 법인이 상장을 전제로 자산재평가를 실시하면 이를 자산재평가법에 의한 재평가로 보아 법인세율(34%)보다 저율인 3%의 재평가세를 부담하게 함으로써 법인에게 조세부담을 경감시켜 주는 대신 조세경감을 받은 법인이 상장기한까지 상장을 이행하지 못한 경우에는 이미 행한 자산재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니하므로 법인이 행한 재평가차액은 재평가 당시 법인세법상의 임의평가차익이 되어 당초 감면한 법인세를 추징하게 되고, 1990.12.31 법률 제4285호로 개정된 구조세감면규제법 부칙 제23조 제2항에 따라 자산재평가적립금을 자본에 전입하지 아니한 법인이 상장기간 이내에 그 재평가를 취소한 경우에는 각사업연도에 과다계상된 감가상각비를 손금불산입하고 과소계상된 양도차익을 익금산입하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세 등을 재계산한 세액을 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도분 법인세 과세표준 신고와 함께 신고·납부하게 된다. (나) 국세기본법 제21조 및 제22조에 의하면 수시부과에 의하여 징수하는 국세는 수시부과할 사유가 발생하는 때 납세의무가 성립하고, 세법이 정하는 절차에 의하여 세액이 확정된다고 규정하고 있는 바, 청구법인은 1990사업연도에 ‘자산재평가’라는 과세요건이 발생하여 ‘재평가차익’이라는 회계상 수익이 발생하였고, 법인세법상 과세 가능한 수익이 발생하였으나 정부가 기업공개촉진이라는 정책목적을 달성하기 위하여 재평가차익에 대하여 3%의 재평가세를 징수하는 대신 구조세감면규제법 제56조의 2 제1항의 규정에 의하여 일정기한내 상장을 조건으로 법인세를 감면하였으므로 상장유예기간동안 자산재평가에 터 잡았던 청구법인의 회계처리와 세무신고는 적법한 것이었으며, 각 사업연도 법인세신고시 당초 자산재평가에 근거한 감가상각 증가분 및 양도차익 감소분도 적법하게 소득금액 및 과세표준에서 제외되었으나, 상장유예기간을 도과한 법인이 감면되었던 재평가차액에 대한 법인세 추징문제가 발생한 것과 달리 재평가적립금을 자본전입하지 아니한 청구법인이 상장유예기간 내에 재평가를 취소함에 따라 각 사업연도의 과다계상된 감가상각비 손금불산입, 과소계상된 양도차익 익금산입문제가 발생하여 당초 적법하게 과세대상에서 제외되었던 각 사업연도 소득에 대한 법인세 등을 추징할 수 있는 사유가 발생하였다. 따라서 각 사업연도 법인세 등을 재계산한 세액에 대한 납세의무는 자산재평가를 취소하는 때 성립하였고, 구조세감면규제법 부칙 제23조 제2항은 각 사업연도 법인세 등을 재계산한 세액을 재평가 취소일이 속하는 사업연도분 법인세 과세표준 신고와 함께 신고 납부하도록 규정하고 있으므로 2003사업연도 법인세 신고시 각사업연도 소득에 대한 법인세 등을 재계산한 세액의 납세의무가 확정되었다. (다) ‘국세부과의 제척기간’이란 당해 국세를 부과할 수 있는 날로부터 국가 또는 납세자가 당해 국세의 납세의무를 확정할 수 있는 권리의 법정존속기간을 말하는 것으로, 국세기본법 시행령 제12조의 3은 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우에는 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날, 공제 면제 비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우에는 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날을 국세부과제척기간의 기산일로 규정하고 있는 바, 신고납부제도를 채택하고 있는 법인세는 원칙적으로 납세자의 신고가 있을 때 납세의무가 확정되지만 납세자의 신고가 없을 때에는 국가가 조세를 부과하여 이를 확정하며, 구조세감면규제법 부칙 제23조 제2항은 재평가를 취소하는 경우 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 재계산하여 취소한 날이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준 신고와 함께 신고·납부하도록 규정하고 있으므로 재평가를 취소한 날이 속하는 2003사업연도 법인세 신고기한의 다음날부터 국세부과 제척기간이 기산된다. 따라서 국세부과 제척기간이 경과하였다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없는 것으로 판단된다. (5) 가산세부과처분에 대하여 본다. (가) 구조세감면규제법 부칙 제23조 제2항은 재평가를 취소하는 경우 당해 법인은 가산세를 포함하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세 등을 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도분 법인세과세표준 신고와 함께 신고 납부하도록 규정하고 있고, 법인세법 제76조 제1항 제2호 및 제3호는 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우 과소신고가산세를 부과하며, 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에 미납부가산세를 부과하는 것으로 규정하고 있다. (나) 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법령에 규정된 신고, 납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재라 할 수 있고, 납세자가 정당한 사유로 신고·납부 등 의무를 이행하지 못한 경우에는 이를 부과할 수 없다. 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이다(대법원 2001두403, 2003.9.5 외 다수 같은 뜻). (다) 청구법인은 자산재평가법에 의한 자산재평가를 실시하고 감가상각비 및 양도차익을 회계처리하여 정상적으로 각 사업연도 법인세 등의 과세표준 및 세액을 신고·납부하였으며, 구조세감면규제법에서 정한 상장유예기간 내에 자산재평가를 취소함에 따라 비로소 과소신고·납부된 각 사업연도 법인세 등에 대한 추가 납부의무가 발생하였는 바, 각 사업연도 법인세 등의 신고당시 자산재평가 및 이에 근거한 회계처리는 적법한 것이었고, 상장유예기간 동안에는 당초 감면되었던 재평가차액에 대한 법인세의 신고·납부의무가 없었을 뿐만 아니라 감가상각비 과다계상 및 양도차익 과소계상이라는 문제도 없었으며, 청구법인이 자산재평가를 취소한 후 2003사업연도 법인세 과세표준 신고와 함께 각 사업연도 소득에 대한 법인세 등의 추가 납부할 세액이 확정된 점 등을 고려하면 각 사업연도 법인세 등을 신고할 당시에 과세표준에 미달하게 신고한 의무해태가 있었다고 보기 어렵다. 또한, 상장유예기간 또는 재평가 취소일까지는 각 사업연도 법인세 등을 재계산한 세액에 대한 납부의무도 유예한 것으로 볼 수 있고, 구조세감면규제법 부칙 제23조 제2항이 재평가를 취소한 경우 각 사업연도 법인세 등을 재계산한 세액을 재평가 취소일이 속하는 사업연도분 법인세 과세표준 신고와 함께 납부하도록 납부기한의 이익을 주었으며, 청구법인의 2003사업연도 법인세 신고와 함께 각 사업연도 소득에 대한 법인세 등의 추가 납부할 세액이 확정된 점 등을 고려하면 각 사업연도 법인세 등을 납부할 당시에 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 것으로 보기도 어렵다. 한편, 자산재평가를 실시하고 재평가차액을 자본전입한 후 상장유예기간인 2003.12.31.까지 OOOOOOO에 주식을 상장하지 아니하여 법인세를 추징하는 경우 주식상장 유예기간동안에는 신고 및 납부의무가 있다고 볼 수 없어 과소신고가산세 및 미납부가산세를 부과할 수 없는 것(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O)인 바, 이 건은 청구법인이 자산재평가를 실시한 후 주식상장 유예기간내에 상장하지 못하게 되어 자산재평가를 취소함에 따라 각 사업연도 소득에 대한 법인세 등을 추가 납부하여야 하는 경우로서 주식상장 유예기간이 경과하여 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니하게 됨에 따라 법인세를 추징하는 경우와 본질적으로 다르지 아니한 점을 감안할 때 구조세감면규제법 부칙 제23조 제2항의 규정에서 가산세를 포함하여 법인세를 납부하여야 한다는 의미는 이를 반드시 적용하여야 한다는 특별규정이라기보다는 법인세 추징시 일반적으로 적용되는 법인세법상의 가산세 규정을 준용한 것으로 신고·납부의무를 이행하지 못한 정당한 사유가 있거나 그 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 경우에는 가산세를 적용하지 아니하는 것이 합리적인 해석이라 할 것이므로 이 건에 대하여도 주식상장 유예기간 동안은 과소신고가산세 및 미납부가산세를 적용하지 아니하는 것이 타당하다 하겠다. 따라서 청구법인이 각 사업연도 소득에 대한 법인세 등을 재계산한 세액을 2003사업연도 법인세 신고기한에 납부하지 아니하였으므로 2003사업연도 법인세 신고기한 다음날부터 미납부가산세를 부과하는 것은 별론으로 하더라도 처분청이 각 사업연도 법인세 등을 재계산하면서 과소신고가산세 및 미납부가산세를 포함하여 추가 납부할 세액을 산정한 것은 부당하다고 판단된다 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [첨부] (단위 : 원)

귀속

세목

고지세액

본세

가산세

합계

과소신고

가산세

미납부

가산세

1990년

법인세

15,255,384,750

5,862,608,336

9,392,776,421

585,966,177

8,806,810,244

1990년

방위세

1,758,782,500

1,465,652,084

293,130,416

293,130,416

1991년

법인세

64,873,515,410

26,035,733,598

38,837,781,819

2,570,004,917

36,267,776,901

1992년

법인세

32,299,225,390

13,525,978,975

18,773,246,421

1,416,710,199

17,356,536,222

1993년

법인세

18,853,342,030

8,292,020,910

10,561,321,129

828,976,187

9,732,344,942

1994년

법인세

10,046,092,740

4,636,395,609

5,409,697,140

475,644,933

4,934,052,207

1994년

농어촌특별세

318,752,190

289,774,726

28,977,472

28,977,472

1996년

법인세

2,473,019,270

1,273,715,770

1,199,303,502

123,013,677

1,076,289,825

1998년

법인세

3,748,005,410

2,173,545,811

1,574,459,607

213,819,930

1,360,639,677

1999년

법인세

9,384,290

4,841,098

4,543,201

968,051

3,575,150

1999년

재평가세

7,207,569,210

7,207,569,212

고지

합계

156,843,073,190

70,767,836,129

86,075,237,128

6,215,104,071

79,860,133,056