이유
1. 처분개요 청구법인은 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인으로서 93.3.1～94.2.28 사업년도(이하 “94사업년도”라 한다)에 수익사업용토지인 광주광역시 광산구 OO동 OOOOO외 14필지 전 및 도로 합계 44,766㎡와 같은 구 OO동 OOOO 대지 304㎡(이하 이들 토지를 “쟁점토지”라 한다)를 양도하고 양도대금을 수익사업회계에서 비영리사업회계에 전용하고 수익사업에 따른 소득금액을 계산함에 있어서는 이를 기부금으로서 손금에 산입하여 94.5.30 법인세를 신고·납부하였다. 처분청은 청구법인이 비영리사업회계에 전입한 쟁점토지의 양도대금을 ‘94사업년도에 실제 고유목적사업을 위하여 지출한 바 없으므로 이를 손금산입할 수 없다고 함에 따라서 청구법인이 기부금으로 손금산입한 4,036,125,603원을 손금불산입하여 333,573,240원을 납부토록하는 법인세 수정신고를 94.6.16 처분청에 하였다. 그후 청구법인은 법인세 수정신고기한내(6월내)인 94.11.29에 청구법인이 94.5.3 법인세 신고한 바와 같이 비영리사업으로 전용한 쟁점토지 양도대금 4,036,125,603원을 손금산입하여 법인세과세표준 및 납부세액을 감액하는 수정신고서를 처분청에 제출하였다. 처분청이 청구법인의 수정신고 내용대로 법인세 과세표준 및 세액을 감액결정을 할 수 없다는 통지를 95.1.28 청구법인에게 하자 청구법인은 이에 불복하여 95.3.21 심사청구를 거쳐 95.7.5 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 구 조세감면규제법 제49조 제3항에는 사립학교법에 의한 학교법인이 수익사업에서 발생한 소득 중 그 법인의 고유목적에 지출하는 기부금은 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이월결손금을 차감한 후의 소득금액의 범위안에서 이를 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있으므로 청구법인이 수익사업용 자산의 매각대금을 고유의 목적인 학교교사 신축을 위하여 94사업년도에 고유목적사업에의 기부금으로 계상하였으므로 손금산입되어야 한다. 청구법인과 같은 학교법인에 있어서의 학교에 대한 시설투자는 수익사업용 자산의 매각대금수령 즉시 투자할 수 있는 사항이 아니고 사립학교법 등의 관련법령에 따른 승인을 얻는 등 상당기간이 소요되어야 하므로 고유의 목적사업에 사용될 때마다 기부금으로 손금산입하여야 한다면 수익사업용 자산의 매각대금이 고유의 목적에 사용될지라도 손금에 산입되지 아니하는 결과가 되어 전시 조세감면규제법의 취지에 반하게 된다. 나. 국세청장 의견 청구법인은 학교법인이 수익사업에서 발생한 소득을 비영리사업에 전출하기만 하면 고유의 목적사업에 직접사용하지 아니하여도 구 조세감면규제법 제49조 제3항에 의한 기부금에 해당되므로 손금용인되어야 한다는 주장이나 기부금은 현실적으로 지급한 때에 손금에 산입되는 것이며 현실적으로 지급하지 아니한 상태에서는 실제로 지급할 때까지 손금에 산입할 수 없는 것(법인세법 기본통칙 2-12-7...18 같은 취지)이므로 처분청이 청구법인의 고유목적사업에 실제 지출하지 아니한 쟁점토지의 양도대금을 손금산입하지 아니한 것은 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 이 건 심판청구는 청구법인이 수익사업용자산을 매각한 대금을 고유목적사업에 전출하고 이를 수익사업 소득금액 계산시에 손금에 산입한 것이 타당한지 여부를 가리는데 있다. 나. (1) 구 조세감면 규제법 제49조 제3항 제1호는 사립학교법에 의한 학교법인이 수익사업에서 발생한 소득중 그 법인이 고유의 목적에 지출하는 기부금은 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이월결손금을 차감한 후의 소득금액의 범위안에서 이를 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있다. (2) 법인세법 시행령 제2조 제4항은 비영리내국법인이 수익사업을 영위하거나 수입이 있을 때에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업 또는 수입의 원천에 속하거나 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 하면서, 동법시행령 제42조 제16호는 비영리법인이 정관에 규정된 고유의 목적을 달성하기 위하여 당해수익사업에서 생긴 소득을 그 법인의 고유목적에 지출하는 금액을 기부금으로 보도록 규정하고 있다. 다. (1) 비영리 내국법인에 대하여는 법인세법 제1조 제1항 각호에서 열거한 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과하며 이에 따라서 법인세법시행령 제2조 제4항은 비영리 내국법인은 수익사업 또는 수입과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 하였다. 위와 같이 비영리 내국법인에 대하여 법인세법령상 수익사업 또는 수입과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 법인세법상 다르게 취급함에 따라서 비영리 내국법인에 속하는 수입일지라도 이것이 수익사업에 속하느냐 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하느냐에 따라서 법인세 과세대상 여부가 가려진다. 그러하다면 전시 법인세법시행령 제42조 제16호에서 비영리 내국법인이 당해 수익사업에서 생긴 소득을 그 고유의 목적에 지출하는 금액을 기부금으로 하도록 하면서 구 조세감면규제법 제49조 제3항 제1호는 사립학교법에 의한 고유의 목적에 지출한 기부금은 각 사업년도 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하도록 하였으므로 법인세 과세대상인 수익사업에서의 수입을 수익사업이 아닌 기타의 사업인 비영리사업에 전출하였다면 이는 수익사업의 소득금액을 계산함에 있어서는 그 전출이 있을 때에 이를 수익사업에서의 기부금으로 보아 손금산입하여야 할 것이지 학교법인이 수익사업에서의 수입금액을 고유의 목적사업에 실제 지출하는 때에 손금산입하는 것은 아니라 할 것이다.(대법원 88누7248, 91.8.27, 국세심판소 95서0754, 95.10.2, 재정경제원 법인 46012-172, 94.11.21 같은 뜻임) (2) 청구법인은 쟁점토지중 광주광역시 광산구 OO동 OOOOO외 14필지의 토지양도대금 4,053,690,000원을 93.3.25 수령하여 93.3.31 이를 기부금으로 기장하면서 일시에 기장하지 아니하고 4,023,000,000원과 30,690,000원으로 나누어 기장하였음이 동 법인의 장부(수입내역부, 기부금)에 의하여 인정되며, 또한 청구법인은 93.9월부터 93.11.30 사이에 쟁점토지에 포함된 광주광역시 OO동 OOOO 대지 304㎡의 토지대금 164,224,000원을 수령하고 이중 13,505,000원을 93.11.4에 기부금으로 기장하였음이 전시 청구법인의 수익사업에 관한 장부에 의하여 인정된다(이외에 청구법인은 93.12월 92,112,000원, 94.2.28에 30,630,000원을 기부금으로 기장하였음) 그 후 청구법인은 앞서 수익사업에서 기부금으로 기장한 금액중 93.3.31의 4,023,000,000원과 93.11.4의 13,505,000원 합계 4,036,505,000원을 수익사업에 따른 소득금액 계산시에 손금산입하여 결산(손익계산서에 반영)하였음이 처분청에 제출된 계산서류에 의하여 인정되고 그 후 기부금으로 회계처리된 위 금액은 청구법인이 운영하는 OO중학교의 교사(校舍)신축자금으로 95년부터 지출되었음이 청구법인이 보관한 지출결의서, 세금계산서 등의 증빙에 의하여 인정되고 있다. 그러하다면 청구법인이 수익사업용 자산인 쟁점토지의 처분으로 인한 수입금을 고유목적사업에 전출한 후 이를 고유목적사업인 학교 교사(校舍)신축자금으로 사용되었다고 하여야 할 것이므로 수익사업에서 고유의 목적사업으로 전출한 사업년도에 이를 손금산입하여야 할 것이다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유있으므로 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.