이유
1. 사실 및 처분개요

청구법인은 부동산임대업을 영위하는 법인으로서 경기도 OOO시 OOO동 OOOOOO 소재 지하상가 35,651㎡(이하 “쟁점지하상가”라고 한다)를 신축하기 위하여 91.12.24 및 92.8.27 청구외 OO건설산업주식회사(이하 “청구외법인”이라고 한다)와 공사금액을 48,000,000,000원으로 한 공사도급계약을 체결한 후 1차기성고 3,575,000,000원(공급가액 3,250,000,000원, 세액 325,000,000원)에 대한 세금계산서를 별도로 교부받지 않고 이를 2차기성고 3,174,600,000원(공급가액 2,886,000,000원, 세액 288,600,000원)과 합산하여 93.9.30 세금계산서 1매(공급가액 6,136,000,000원, 세액 613,600,000원)를 교부받아 93년 제2기분 부가가치세 신고시 위 합산 세금계산서상의 세액 613,600,000원을 매입세액으로 공제하여 신고한 사실이 있다.

처분청은 1차기성고분에 대한 공급시기가 93.7.1 임에도 당해 세금계산서를 93.9.30 2차기성고분에 합산하여 교부받았다하여 1차기성고분 매입세액 325,000,000원은 그 공급시기가 사실과 다른 세금계산서상의 매입세액에 해당한다 하여 당해세액을 공제배제하고 94.2.16 청구법인에게 93년 제2기분 부가가치세 357,500,000원을 과세하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.3.29 심사청구를 거쳐 94.6.21 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점지하상가를 청구외법인과 공사계약을 체결하면서 공사대금은 “공사착공후 매 3개월마다 청구외법인이 작성·제출한 기성고 조서를 청구법인이 검사하여 7일이내에 기성고 금액을 확정하고 이 확정된 금액을 청구외법인이 청구법인에게 청구하며, 청구법인은 청구외법인이 청구한 날로부터 10일이내에 이를 지급하여야 한다”고 약정한 바 있고, 청구법인은 위 공사에 대한 감리용역계약을 청구외 주식회사 OO엔지니어링과 체결한 사실이 있는 바, 처분청이 매입세액을 불공제한 이 건 1차기성고분의 공급시기는 청구외 법인의 기성고 청구일인 93.7.1 로부터 10일내인 93.7.11 로 동 공급시기가 당해세금계산서를 교부받은 날(93.9.30)과 다르다 할지라도 양자가 같은 과세기간에 속하므로 이 건 1차기성고분 매입세액 325,000,000원은 매출세액에서 공제하여야 한다.

나. 국세청장 의견

쟁점용역거래는 공사계약서상 공사진척에 따른 기성고를 청구법인이 검사후 확정하도록 명시되어 있어 검사후 대가의 지급이 확정되는 때를 그 공급시기로 보아야 할 것인 바,

이 건의 경우 위 공사계약서상 감리에 관한 사항을 명시하지 아니하였으므로 감리자인 청구외 OO엔지니어링이 감리조서를 작성한 93.6.30 자로 청구법인이 1차기성고 금액을 확정한 것으로 보아야 하므로 청구법인이 이 건 1차기성고분 세금계산서를 위 93.6.30 로 교부받지 아니하고 과세기간이 다른 93.9.30 교부받은 것은 필요적기재내용이 착오로 기재된 것으로 볼 수 없다.

따라서 처분청이 1차기성고분 세금계산서를 기재내용이 사실과 다른 세금계산서로 보아 당해 매입세액을 공제배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다하여 매입세액을 공제배제한 처분의 당부

나. 관계법령

(1)

부가가치세법 제9조

제1항에서 “재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다”고 규정하고, 그 제1호에 “재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때”로, 제2호에 “재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때”로, 제3호에 “제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때”로 규정하고, 같은조 제2항에서 “용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다”고 규정하고 있으며,

(2)

같은법시행령 제21조

제1항 제4호 및 제22조 제2호에서 “완성도 기준지급·중간지급 등의 조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 재화 또는 용역의 공급시기”로 보도록 규정하고 있고,

같은법시행규칙 제9조

제1호에서 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우의 하나로 “재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우”를 규정하고 있다.

(3) 또한,

같은법 제17조

제1항에서 “납부세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액”으로 하도록 규정하고 있고, 같은조 제2항 제1호에서는 “세금계산서의 작성년월일등 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 있고,

같은법시행령 제60조

제2항에서는 “세금계산서 중 일부가 착오로 기재된 경우에도 당해 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 법 제17조 제2항 제1호 및 제22조 제2항 제2호에 규정하는 사실과 다른 세금계산서에 포함하지 아니한다”고 규정하고 있다.

다. 공급시기와 동일한 과세기간내에 교부받은 세금계산서상의 매입세액을 공제할 수 있는지

(1) 부가가치세는 사업자가 창출하는 부가가치를 과세물건으로 하는 조세이며, 위 법조에서 규정하고 있는 바와 같이 현행 부가가치세법에서는 부가가치에 대한 과세방식을 전단계세액공제법을 채택하고 있다.

전단계세액공제법은 어떤 거래단계의 부가가치와 세액을 계산함에 있어서 먼저 공급가액에 세율을 곱하여 매출세액을 산정하고 다음은 매입액에 세율을 곱하여 매입세액을 계산해서 매출세액에서 매입세액을 차감하는 방법으로 과세기간 단위로 납부세액 또는 환급세액을 계산하는 과세방식이다.

이와 같은 전단계세액공제방법의 부가가치세는 거래가 있을 때마다 품목별 또는 용역별로 공급가액과 세액등이 표시되는 세금계산서의 정확한 수수가 필수적으로 요구되고 있다.

이러한 취지에서 위

부가가치세법 제17조

제2항에서 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 필요적 기재사항으로는

같은법 제16조

제1항 제1호 부터 제5호까지 열거하고 있는 바, 그 교부일(작성년월일)이 공급시기와 일치하지 아니한 경우에는 위 규정에 의한 필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

(2) 위 법조에서 언급하고 있는「완성도기준지급 또는 중간지급조건부거래」라고 하는 것은 일반적으로 장기건설공사, 신축건물의 분양, 규모가 큰 기계나 기구의 제작등의 경우와 같이 “거래단위는 하나”이지만 재화나 용역이 완성될 때까지는 오랜시일이 필요하여 재화가 인도되거나 사용되기 전, 또는 용역이 제공완료되기 전 기성부분의 측정, 일의 진척도에 따라 재화의 공급이나 용역의 제공에 대한 대가를 분할하여 지급하는 것이 합리적이고, 또한 기성부분, 일의 진척도를 측정하기 어렵다거나 그럴 필요가 없는 경우에 다만 시간적으로 분할하여 대가를 지급하는 거래이거나, 완성된 건물의 매매와 같이 통상적으로 재화가 이용가능하게 되기전 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우등 계약금 지급일로부터 잔금지급일까지가 장기간인 “장기매매계약인 경우의 특수한 거래”를 가리키는 것이라 할 것이다.

(3) 그런데 통상적인 재화의 공급의 경우 재화의 이동의 필요성 여부에 따라 그 공급시기가 “재화가 이용가능하게 되는 때”가 되며, 용역의 공급의 경우는 “역무가 제공되거나 재화등이 사용되는 때”로 법조에서 규정하고 있다.

한편, 같은법시행령에서는 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기라고 규정하고 있는 바, 이와 같이 재화 또는 용역의 공급으로서 그 “거래단위는 하나”이지만, 그 대가만을 분할하여 지급하는 경우는 완성도기준지급 또는 중간지급조건부 공급이므로 그 대가를 지급받기로 한 때에 세금계산서를 교부받아야 할 것이나, 납세자의 입장에서는 통상적인 공급으로 보아 역무가 제공되거나 재화등이 사용되는 때를 공급시기로 볼 수 있는 등 그 공급 시기를 가리는 것이 용이하지 아니할 것으로 보인다.

(4) 위에서 본 사실관계와 관계법령등을 종합하여 보면, 「완성도 기준지급 또는 중간지급조건부 거래」는 원래는 그 “거래단위가 하나”이지만 그 대가만을 분할하여 지급하는 것으로서 재화 또는 용역의 공급에 대한 거래단위별로 재화가 인도되거나 용역의 제공이 완료되는 때에 세금계산서를 교부하도록 하지 아니하고 단순히 대가의 지급시기를 그 공급시기로 보도록 함으로써 공급시기에 관한 관련규정이 복잡 난해하여 착오를 불러 일으키기 쉬운 점을 인정할 수 있다.

그렇다면, 전단계세액공제방식이라는 부가가치세의 기본틀에서 볼 때 위 시행령 제60조 제2항의 규정에 따라 완성도기준지급 또는 중간지급 조건부 거래로서 재화 또는 용역의 공급이 완료되기 전에 그 대가가 분할하여 지급되는 때마다 이를 공급시기로 보지 아니하여 다소 그 공급시기와 달리 세금계산서가 교부된 경우에도 그 교부시기가 거래단위가 하나인 당해 재화 또는 용역의 공급이 완료되기 전이거나 적어도 완료되는 때이고 그 공급시기가 같은 과세기간에 속하는 것이라면 공급받는 자의 경우에 한하여 당해 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하여 그 매입세액을 공제할 수 있도록 하는 것이 일반적인 사회통념상 납득할 수 있는 합리적이고 타당성있는 법리해석이라 할 것이다. (국심 94전284, 94.7.9 합동회의 같은 뜻)

라. 이 건 제1차기성고의 공급시기가 언제인지

(1) 청구법인이 91.12.24 및 92.8.27 청구외법인과 총공사대금 48,000,000,000원의 쟁점지하상가 신축공사도급계약을 체결하면서 그 공사대금의 지급은 공사착공후 매 3개월마다 청구외법인이 작성·제출한 기성고 조서를 청구법인이 검사하여 7일이내에 기성고 금액을 확정하고 이 확정된 금액을 청구외법인이 청구하면 이를 10일이내에 지급한다는 내용의 계약을 체결한 사실, 그후 청구외법인이 제1차기성검사원을 93.6.26 청구법인에게 제출하자 청구법인과 쟁점지하상가의 신축공사에 대한 감리용역을 체결한 청구외 주식회사 OO엔지니어링(이하 “청구외감리단”이라고 한다)이 제1차기성부분을 검사하여 전체공사비의 7.45%인 3,575,000,000원 상당액을 지급함이 타당하다는 내용의 검사조서를 작성하여 이를 93.6.30 청구법인에게 제출한 사실과, 청구외법인이 제1차기성고 3,575,000,000원을 93.7.1 청구법인에게 지급청구한 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없고 이부분 관련계약서 등에 의하여 확인된다.

(2) 위 다툼없는 사실관계에 의하면 쟁점용역은 완성도기준지급조건부(중간지급조건부) 건설용역에 해당된다 할 것이어서 그 공급시기는 각 기성부분의 검사후「대가의 지급이 확정되는 때」로 봄이 타당하고 여기서「대가의 지급이 확정되는 때」라 함은 건설주가 기성고 검사후 그 대가의 지급액을 내부적으로 최종확정한 때를 의미한다.

(3) 이 건 제1차기성고의 공급시기에 대하여 처분청은 청구외법인이 청구법인에게 지급청구한 93.7.1 로 본 데 대하여 청구법인은 대금지급기한인 위 지급청구일로부터 10일이 되는 93.7.11 을 공급시기로 보아야 한다는 주장이고,

국세청장은 청구외 감리단이 기성고검사조서를 작성·제출한 93.6.30임을 주장하는 바,

살피건대, 감리자가 기성고를 검사하여 사정하였다하여 그 사정일에 건축주가 당해 기성부분에 대한 대가의 지급을 확정하였다고는 볼 수 없다 할 것이어서 93.6.30 을 공급시기로 보아야 한다는 국세청장 의견은 받아들이기 어려운 반면, 이 건의 경우 청구법인이 청구외감리단의 기성고 사정액을 내부적으로 언제 확정하였음을 알 수 있는 증빙제시가 없으므로 청구외법인이 청구법인에게 기성고를 지급청구한 93.7.1 에 사실상 대가의 지급을 확정하였다고 볼 수 밖에 없다.

따라서 처분청이 이 건 제1차기성고분에 대한 공급시기를 93.7.1 로 본 것 그 자체에는 잘못이 없다고 판단된다.

마. 이 건 제1차기성고분 매입세액이 공제대상인지

청구법인이 이 건 제1차기성고에 대한 세금계산서를 그 거래시기(공급시기)인 93.7.1 에 교부받지 않고 93.9.30 에 교부받은 사실과 관련하여 처분청은 위 세금계산서의 경우

부가가치세법 제17조

제2항 제1호가 규정하는 필요적 기재사항의 일부가 사실과 달리 기재된 계산서에 해당됨을 이유로 당해매입세액을 공제배제하였으나 이 건의 경우 세금계산서 작성일(93.9.30)이 속하는 과세기간이 그 거래시기(공급시기: 93.7.1)가 속한 과세기간과 동일한 과세기간(93년 제2기)이므로 거래시기와 일치하지 않는 세금계산서를 교부받았다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 거래사실이 확인되는 이상 당해세금계산서에 기재된 매입세액은 공제함이 타당하다 할 것이어서 처분청이 이 건 제1차기성고분 세금계산서상의 매입세액 325,000,000원을 매출세액에서 공제배제한 처분은 위법·부당하다고 판단된다.

바. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.