이유
1. 처분개요 서울특별시 강서구 OOO동 OOOOOOO에 본점을 두고 고철 도매업을 영위하는 OO강업 주식회사(이하 “청구법인”이라 한다)는 95/1기 - 96/2기동안 매입한 고철매입금액을 조세감면규제법 제102조 의 규정에 의거 부가가치세 매입세액공제하여 신고하였다. 처분청은 서울지방국세청 감사지적에 따라, 청구법인이 취득한 고철중 일부가 조세감면규제법 제102조 및 동법시행령 제97조 제1항에서 규정하고 있는 자로부터 취득한 것이 아니므로 조세감면규제법에 의한 부가가치세 매입세액공제대상이 아니라는 이유로 97.5.15 청구법인에게 부가가치세 312,117,090원(95/1기 138,711,890원, 95/2기 92,472,860원, 96/1기 50,963,170원, 96/2기 29,969,170원 : 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.6.30 이의신청과 97.7.30 심사청구를 거쳐 97.11.7 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장 청구법인에게 고철을 공급한 자는 부가가치세 과세사업을 영위하는 자가 아니므로 조세감면규제법 제102조 의 규정을 적용하여 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다.

나. 국세청장 의견 청구법인은 고철도매업을 영위하면서 재활용폐자원 및 중고품 매입세액공제신고서를 제출하여 부가가치세 매입세액을 공제받아 오고 있는 바, 동 신고내용을 검토하여 보면 95/1기와 95/2기에는 청구외 OOO 등으로부터 각각 과세특례자에 해당하는 금액이상으로 매입하였음이 확인되고, 96/1기에서 96/2기 동안에도 청구외 OOO 등으로부터 계속적으로 과세특례자에 해당하는 금액 이상으로 매입하였음이 확인되고 있다. 이와 같이 청구법인은 재활용폐자원 및 중고품의 매입과 관련하여 부가가치세 과세사업을 영위하는 자(미등록사업자)로부터 매입한 것으로 이는 조세감면규제법 제102조 의 규정을 적용하지 아니하는 거래에 해당함을 알 수 있다. 따라서 처분청이 청구법인의 매입거래에 대하여 조세감면규제법 제102조 의 규정을 배제하고 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점 청구법인이 고철 도매업을 영위함에 있어서 조세감면규제법 제102조 제1항 및 같은법시행령 제97조 제1항의 규정에 의거 부가가치세 매입세액공제특례규정을 적용받을 수 있는 자로부터 고철을 취득한 것인지 여부

나. 관련법령

(1) 조세감면규제법(94.12.22 개정된 것) 제102조(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제특례)

① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가·지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

(2) 같은법시행령(94.12.31 개정된 것) 제97조[재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제특례]

① 법 제102조 제1항에서 “기타 대통령령이 정하는 자”라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 과세특례자를 말한다.

④ 법 제102조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고품의 범위는 다음과 같다.

1. 고철

2. (이하 생략)

(3) 부가가치세법 제5조 [등록]

① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 내에 정부에 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.

(4) 부가가치세법 제16조 [세금계산서]

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다.(단서 및 각호 생략)

(5) 부가가치세법 제17조 [납부세액]

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.(이하 각호 생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액.(단서 생략)

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액

(6) 부가가치세법 제20조 [세금계산서합계표의 제출]

① 사업자는 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하였거나 교부받은 때에는 다음 각호의 사항을 기재한 매출처별세금계산서합계표와 매입처별세금계산서합계표(이하 “매출·매입처별세금계산서합계표”라 한다)를 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다.(단서 및 각호 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 우선 과세경위 등을 정리해 본다. 청구법인은 고철 도매업을 영위하는 사업자로서 95/1기-92/2기 동안 부가가치세 신고시 쟁점매입세액에 대하여 조세감면규제법 제102조 에 의거 매입세액공제를 받았으며, 처분청은 서울지방국세청 감사실의 시정요구에 따라, 청구법인에게 고철을 공급한 자가 과세특례자 금액 이상으로 거래하고 청구법인이 비치한 거래처별 명세서에서 계속적으로 거래가 이루어져 조세감면규제법 제102조 에서 규정하는 매입세액공제특례규정을 적용받을 수 없는 일반과세자라는 이유로 쟁점매입세액을 불공제하여 고지하였음이 과세자료 등에서 확인되며 위 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구법인에게 고철을 공급한 자가 일반과세자에 해당하는지 여부를 살펴본다. 청구법인은 고철 도매업을 영위함에 있어서 95/1기-96/2기 동안 과세특례자에 해당하는 금액 이상으로 계속적·반복적으로 청구외 OOO·OOO 등으로부터 고철을 공급받아 온 사실이 재활용폐자원매입세액공제내역자료 등 과세자료에서 확인되며, 청구법인의 대표 OOO도 그 거래사실을 확인하고 있으며 달리 그 공급자가 일반과세자가 아니라는 주장을 받아들일만한 입증자료를 달리 제시하지 못하고 있다. 요컨대 고철 공급자인 청구외 OOO·OOO 등은 청구법인과의 거래양태 및 규모 등으로 보아 일반과세자에 해당하는 자로서 조세감면규제법 제102조 제1항 및 같은법시행령 제97조 제1항에서 규정하고 있는 부가가치세 매입세액공제특례규정 적용대상자가 아니라 할 것이다. 그렇다면, 일반과세자로서 매입세액을 공제받을 수 있는지를 본다. 부가가치세법 제17조 제2항에서, 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 등록을 하기 전의 매입세액 등은 공제하지 아니하도록 규정하고 있는 바, 고철을 공급한 청구외 OOO·OOO 등은 사업자등록을 한 사실이 없고, 청구법인은 이들로부터 쟁점매입세액과 관련한 매입세금계산서를 교부받아 과세관청에 제출한 사실이 없음에는 다툼이 없으므로, 처분청에서 쟁점매입세액을 불공제하여 과세한 이 건 처분은 적법한 것으로 판단된다.

라. 결론 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.