이유
1. 처분 개요 가. 청구법인은 OOOOO OOO OOO 505 외 11필지에 지하 6층 지상 22층 연면적 189,967.46㎡의 OOOOOO OOOO(OO OO O OOOOOO OO)을 증축하여 2008.12.30. 임시사용승인 및 2009.7.22. 사용승인 후 2009.9.3. 취득신고를 하면서 「지방세법」제107조 제1호 및 같은 법 시행령 제79조 제1항 규정에 의거 취득세와 등록세 등을 비과세 받았다. 나. 2009.9.8. 처분청 지방세 담당공무원(OOOO OO OOO)이 이 건 건축물에 현지출장 하여 확인한 결과, 2009.3.23.부터 의과대학 부속병원을 운영하면서 이 건 건축물 중 3,450.57㎡(지하 1층 3,218.57㎡, 지상 1층 231.80㎡)에 대하여 계약기간은 2009.4.1.～2011.3.31.(2년)까지로 하고 임대보증금은 1,000,000,000원에 정액의 경우 매월1,000,000원에서 4,000,000원까지, 정률의 경우 매월 매출액의 15%에서 21%까지 임대료를 지급받기로 (주)OOOO(OOOOO OOO OOO OOOOOOO OOOOOO OOO OOOO OOO, OO OO O OOOO OOOOO OO)와 임대차 계약을 체결한 후 안경점, 의료기 및 건강식품판매점, 은행, 신용협동조합, 식당, 편의점, 제과점, 커피점, 문구점, 성물판매점, 여행보험사 및 택배써비스(이하 “이 건 편의시설”이라 한다)용도로 사용하고 있는 것으로 확인한 후 이 건 편의시설로 안분한 취득가액 4,328,872,968원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제112조 제1항 및 제131조 제1항 제4호 규정을 적용하여 산출한 등록세 34,630,980원, 지방교육세 6,926,190원은 2009.9.3.에 신고한 후 2009.9.17. 납부하였고, 취득세 106,516,230원, 농어촌특별세 10,651,610원은 2009.9.10. 부과고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.11.30. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 ⑴ 이 건 편의시설은 대부분 청구법인 병원의 의료진 및 학생, 교직원 및 병원관계자, 진료환자 및 보호자 내방객 등 특정인들을 위한 편의시설로서 주변에는 대단위 상가가 따로 있어 일반주민들이 이 건 편의시설을 이용하지 아니하고, 이 건 건축물의 유동인구는 16,000명으로서 환자 및 내원객, 교직원, 학생 등이 이용하는데 불편함이 없도록 이 건 건축물에 이 건 편의시설을 설치하는 것이 효율적이고 비영리법인의 목적사업 수행에도 편리하다 할 것이며, ⑵ 「의료법」제58조 에서 의료기관의 질적 향상을 위하여 보건복지부에서 의료기관의 편의시설 운영상태를 평가하고 있는바, 제3자에게 임대하여 운영하는 것이 보다 효율적이고 더 나은 서비스를 제공할 수 있어 청구법인이 직영하지 아니하고 임대한 것이고, 이 건 편의시설 임대료 수입 또한 이 건 건축물의 전체면적에서 발생하는 수입금액의 0.71%(면적비율 1.82%)에 불과하며, 수입금액도 모두 비영리사업자인 청구법인의 목적사업에 공여되고 있으므로 비록, 청구법인이 이 건 편의시설에 대하여 임차자로부터 임대료를 받고 있으나, 임대사업으로 수익성이 있다거나 임대수익을 목적으로 한 것이라고 보기는 어렵다 할 것임에도 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 부당하므로 취소하여야 한다. 나. 처분청 의견 ⑴ 이 건 편의시설은 이 건 건축물 내에 위치하고 있고, 교직원과 학생, 환자 및 내원객들만이 이용하는 공간이 아닌 일반인들도 누구나 사용할 수 있도록 개방되어 있으며, 청구법인은 이 건 편의시설 임차자와 이 건 편의시설에 대하여 임대보증금 1,000,000,000원에 매월 정액의 경우 1,000,000원에서 4,000,000원까지, 정률의 경우 매월 매출액의 15%에서 21%까지 지급받기로 임대차계약을 하여 이 건 편의시설 용도로 사용하고 있음은 물론, 이 건 편의시설 관리비 또한 3.3㎡당 15,000원으로 하여 1년에 10,065,000원을 지급하고 관리비 및 공공요금 등도 이 건 편의시설 임차자가 납부하는 조건으로 계약한 점 등을 볼 때, ⑵ 이 건 편의시설에서 발생하는 수입금액 모두를 청구법인의 목적사업에 공여한다 하더라도 「법인세법」제3조 제3항 규정에 의한 수익사업에 해당되지 않는다 할 수 없으므로 「지방세법」제107조 및 제127조 제1항에서 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 다른 용도에 사용하는 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구법인의 의과대학부속병원으로 취득한 건물의 일부를 식당, 편의점, 커피점 등의 용도로 제3자에게 임대한 경우 수익사업에 사용하는 것으로 보아 기 면제한 취득세 등을 부과고지 할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 ⑴ 지방세법 제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 1년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세를 부과한다. 1. 제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 1년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 등록세를 부과한다. 1. 제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 ⑵ 지방세법 시행령 제78조의2(수익사업의 범위) ① 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 「법인세법」제3조 제3항의 규정에 의한 수익사업을 말한다. 제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호의 자를 말한다. 2. 「초·중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교,「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관설립·운영에 관한 특별법」또는「기업도시개발특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체 제120조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일〔상속으로 인한 경우는 상속개시일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일부터 각각 6월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9월)〕이내에 그 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다. ⑶ 법인세법 제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리 내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. 1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 ⑷ 법인세법 시행령 제2조(수익사업의 범위) ① 법인세법 제3조 제3항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다. 3. 교육서비스업 중「유아교육법」에 따른 유치원「초·중등교육법」및「고등교육법」에 의한 학교와「평생교육법」에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 경영하는 사업 다. 사실관계 및 판단 ⑴「지방세법」 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에서 공익사 업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 이에 대한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정한 후 그 단서에서 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제78조의2 제1항에서 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은「 법인세법 시행령」제2조 제1항에서 규정한 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다고 규정한 후 그 제3호에서 교육서비스업 중「고등교육법」에 의한 학교사업은 수익사업에서 제외한다고 규정하고 있다. ⑵ 청구법인은 2008.12.30. 이 건 건축물에 대한 임시사용승인을 득한 후 2008년 12월 (주)OOOO(OOOOO OOO OOO OOOOOOO OOOOOO OOO OOOO OOO)에게 이 건 건축물 연면적 189,967.46㎡ 중 3,450.57㎡(지상 1층 231.80㎡, 지하 1층 3,218.57㎡)에 대하여 2009.4.1.부터 최장 2013.3.31.까지 2년～4년간 임대하기로 하면서 임대보증금 1,000,000,000원에 매월 정액임대료의 경우 1,000,000원에서 4,000,000원까지, 정율임대료의 경우 임차자 매출액의 15%에서 21%까지 지급받는 것으로 하고, 이 건 편의시설에 대한 관리비로 1년에 10,065,000원과 기타 공과금등 일체를 임차자로부터 받기로 하는 계약을 체결한 후 임차자들이 이 건 편의시설을 운영하고 있고, 이 건 편의시설은 일반대학교 구내 학생들의 편의시설과 다르게 청구법인의 의과대학 교직원, 학생, 의료인, 환자 및 보호자 등 불특정 다수의 병원 내방객 모두를 대상으로 영업을 영위하고 있으며, 이 건 편의시설에 대한 임차금액이 인근부동산 임차부동산과 비교할 때 현저히 저렴하거나 임차자가 운영하는 식당 및 편의점, 베이커리 등 판매상품이 일반시중보다 저렴한 것으로 확인되지 아니하는 것은 물론, 이 건 편의시설에 대한 임대수익금액이 학생들의 장학금 등으로 지급되는 등 공익목적으로 사용되고 있는 것으로 확인되고 있지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 이 건 편의시설은 청구법인이 임대수익용으로 사용하고 있다 할 것이므로 처분청에서 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법한 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「지방세법」 제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.