이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 조합주택을 건설하기 위하여 1995.12.21. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 8,712.7㎡중 1,485㎡(이하 “이건 토지”라 한다)와 그 지상 건축물 878.45㎡(이하 “이건 건축물”이라 한다)를 취득하여 신탁재산에 편입한 후 이건 건축물은 철거하고 이건 토지상에 (주)ㅇㅇ개발과 공동으로 조합주택을 건축하여 1998.7.3. 사용승인을 받은 후 청구인의 구성원인 조합원에게 조합주택을 분양하면서 이건 토지에 대하여 신탁해지를 원인으로 소유권 이전등기를 하였는 바, 이건 토지를 조합원에게 소유권 이전등기시 주택조합인 청구인의 이건 토지 및 건축물에 대한 최초 취득 등기에 대하여 청구인에게 납세의무가 있다고 보아, 그 취득가액(2,982,714,890원)에 지방세법 제131조 제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 등록세 107,377,720원, 교육세 19,685,900원, 합계 127,063,620원(가산세 포함)을 1998.12.19. 부과고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 이건 토지를 취득한 후 그 등기를 하면서 신탁등기를 하였다가, 이건 토지상에 조합주택을 건축한 후 그 부속토지에 대하여 조합원에게 신탁해지를 원인으로 한 소유권 이전등기를 하였는 바, 청구인이 이건 토지를 취득하여 등기할 당시에는 구ㅇㅇ시세감면조례(1997.1.15. 조례 제3359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조제1항의 규정에 의하여 주택조합인 청구인이 조합주택을 건축하기 위하여 취득한 이건 토지는 취득세 및 등록세의 감면대상에 해당하였고, 그후 추징 사유가 발생하지 않았는데도, 처분청은 청구인이 이건 토지상에 조합주택을 건축할 당시의 개정된 감면조례를 적용하여 신탁해지로 이건 토지에 대하여 조합원에게 소유권 이전등기를 할 때에 청구인에게 등록세 납세의무가 있다고 보아 이미 감면한 등록세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 주택조합이 조합주택을 건축하기 위하여 취득한 토지를 주택조합 명의로 등기하였으므로 이에 대하여 등록세 등을 감면하였다가 그후 그 토지를 조합원에게 신탁해지를 원인으로 소유권 이전등기하므로 면제하였던 등록세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구ㅇㅇ시세감면조례 제18조제1항에서는 주택건설촉진법의 규정에 의하여 설립인가를 받은 주택조합이 그 조합원의 주택으로 건축한 전용면적 85제곱미터이하인 5세대 이상의 조합주택과 조합주택을 건축하기 위하여 취득한 토지에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 토지 취득일로부터 4년이내에 건축에 착공하지 아니하는 토지는 그러하지 아니하다고 규정하고 있었고, 1997.1.15. 개정된 ㅇㅇ시세감면조례 제18조제1항에서는 주택조합이 전용면적 85제곱미터 이하인 5세대이상의 조합주택을 건축하기 위하여 취득·등기하는 토지(신탁등기가 병행되는 경우를 제외)에 대하여는 취득세 등을 과세면제하고, 신탁등기가 병행된 경우에는 그 조합원명의로 등기하는 때에 등록세 납세의무가 성립되는 것으로 보아 과세하도록 규정하고, 그 부칙 제2항에서 개정된 규정은 조례시행일 이후에 사용검사 또는 임시사용검사를 받은 조합주택부터 적용한다고 규정하고 있다. 청구인의 경우를 보면, 제1청구인은 1995.8.9.에 ㅇㅇ구청장으로부터, 제2청구인은 같은해 12.13.에 ㅇㅇ구청장으로부터 각각 설립인가를 받은 후 1995.12.21. 조합주택을 건축하기 위하여 이건 토지를 공동으로 취득하고 다음날 주택조합 명의로 소유권 이전등기를 하면서 조합원을 위탁자로 하는 신탁등기를 병행하였으며, 1996.2.28. 처분청으로부터 (주)ㅇㅇ개발과 공동사업자로 하여 주택건설사업계획 승인을 받아 건축공사에 착공, 1998.7.3. 사용승인을 받고, 총 229세대중 51세대의 조합주택에 대하여 조합원 명의로 소유권 보존등기를 한 후, 1998.9.1. 신탁해지를 원인으로 각 조합원에게 이건 토지의 지분에 따른 소유권 이전등기를 함으로 인해서 처분청은 이날 현재 시행되는 ㅇㅇ세시세감면조례에 의거 청구인에게 이건 등록세 등을 부과한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 1998.9.1. 신탁해지를 원인으로 이건 토지의 소유권을 조합원에게 지분이전 등기를 할 당시에 시행되는 감면조례에서는 신탁해지를 원인으로 조합원 명의로 등기하는 때에 납세의무가 성립되는 것으로 규정되어 있지만, 동 조례는 청구인이 이건 토지를 취득 등기한 날(1995.12.22.) 이후인 1997.1.15. 개정된 것이기 때문에 청구인이 이건 토지를 조합원에게 소유권 지분이전등기를 할 때에도 동조례를 적용할 수 없는 것이라고 주장하고 있으나, 청구인이 1995.12.22.에 이건 토지에 대한 소유권 이전등기를 한 내용을 보면 등기부상의 표기내용상으로는 주택조합 공동소유로 되어 있으나, 실질적으로는 조합원의 공동소유이므로 주택조합은 이건 토지의 완전한 소유권자가 아니라 수탁자의 지위에서 취득한 것으로 봄이 타당하다 할 것이며, 그 취득 당시에 시행된 구ㅇㅇ시세감면조례 제18조제1항 본문 규정에 의한 취득세 및 등록세의 감면대상이 되는 토지는 주택조합이 완전한 소유권을 취득하는 토지에 대하여 감면하려는 것으로서, 사실상의 취득자는 자금을 제공한 조합원이라는 내용의 신탁등기가 병기되는 경우까지 감면대상에 해당된다고 보기는 어렵고, 주택조합에 대하여 취득세와 등록세를 감면하는 이유가 주택조합에 대하여 과세하였음에도 조합원 명의로 소유권 이전등기를 할 때 또다시 취득세와 등록세를 과세할 경우 사실상 이중으로 과세하는 문제가 발생되기 때문에 이러한 문제점을 해소하기 위한 데에 그 취지가 있는 점을 보면, 사실상 취득자인 조합원이 취득세와 등록세를 한번은 납부하는 것이 다른 주택조합과의 과세형평을 고려해 볼 때에도 타당하다 하겠으므로, 이에 대한 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1999. 7. 28. 행 정 자 치 부 장 관