이유
1. 처분개요 청구인은 서울특별시 종로구 OO동 OOOOOOO 소재 대지 61.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 건물 39.27㎡(이하 대지와 건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다.)를 양도한 바 등기부상에 양도일이 95.6.8이다. 처분청은 쟁점토지 위의 건물(주택)멸실 사실이 94.6.30로 건축물관리대장에 등재되어 있고 쟁점부동산 매매계약은 95.5.16, 잔금청산은 95.5.27로 계약서에 나타나므로, 쟁점토지 위의 건물이 멸실된 후 나대지 상태에서 양도된 것으로 보아 95.12.16 95귀속 양도소득세 9,909,500원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.1.5 심사청구를 거쳐 96.3.27 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 공부상으로는 쟁점토지 위의 건물멸실일이 94.6.30으로 되어 있으나 실제로는 쟁점토지 및 그 위 건물에서 95.6.3(잔금청산 및 이사)까지 거주하였으며 분명히 주택이 있는 상태에서 양도한 것이므로 1세대1주택으로 비과세하여야 한다. 당시 공부상 멸실로 기재된 것은 쟁점토지 부근지역이 “주거환경개선지역”으로 지정됨에 따라 건물신축이 쉬워져서 청구인이 건축허가를 받고 그 신축자금은 종로구청에서 청구인을 포함한 4명을 주택개량자금 융자대상자로 하여 OOOO은행에 통보함에 따라 청구인은 동 은행으로부터 융자받기 위하여 구청에서 “건축물 개량사업 착공신청 확인서” 발급받고자 주택을 “멸실”한 것으로 기재하였을 뿐 실제로 멸실된 것이 아니다. 주민등록상에도 95.6.5 전출로 된 것을 보아도 양도시까지 분명히 주택에서 거주하였다. 나. 국세청장 의견 쟁점토지의 위지상 주택의 건축물관리대장을 살펴보면 94.6.30자로 멸실된 사실이 확인되고 있고 청구인은 쟁점토지 위지상에 다세대주택을 신축할 목적으로 94.4.14 청구인 명의로 건축허가신청서를 제출한 사실로 보아 청구인은 다세대주택을 신축하기 위하여 쟁점토지를 95.6.5 양도하기 전에 위지상 주택을 자의로 멸실한 것으로 보여진다 할 것으로 다세대주택을 신축중 나대지만을 양도한 경우에는 주택의 양도로 볼 수 없다 하겠다. 위와같은 사실과 관련법규정을 모아 볼 때 국내에 1개의 주택을 소유하고 있었다 하더라도 소유하고 있던 주택을 자의로 멸실하고 나대지 상태에서 토지만을 양도한 경우에는 1세대1주택의 부수토지로 볼 수 없는 것(국세청 재산 01254-1968, 88.7.14 참조)으로 쟁점토지의 양도를 비과세되는 1세대1주택의 양도로 보지 아니하고 양도소득세 결정한 처분청의 처분은 정당한 처분으로 보인다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 주택멸실후 나대지로 양도하였는지 여부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 쟁점토지 양도당시 시행되는 소득세법 제5조 제6호 및 같은법시행령 제15조 제1항에서 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 1세대1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 일정비율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득(88.12.26 개정)에 대하여는 비과세소득으로 규정하고 있다. 다. 심리 및 판단 (1) 등기부등본에 의하면 청구인은 쟁점부동산을 89.4.27 취득하였고 건축물관리대장상에는 쟁점부동산중 건축물(주택) 39.27㎡은 94.6.30 전부 멸실로 등재되었으며 95.6.8 쟁점부동산중 대지를 청구외 OOO에게 소유권 이전하였음이 등기부등본에 의하여 확인된다. (2) 청구인이 거주하던 쟁점부동산 소재지 일대가 종로구청으로부터 “주거환경 개선지역”으로 지정되었고, 종로구청은 주거환경개선사업을 추진하기 위하여 주택개량자금 융자대상자로 청구인등 4명을 OOOO은행에 통보하여 원만한 융자가 이루어지도록 협조요청(94.6.16)한 바 있다. (3) 한편 청구인은 쟁점토지 및 그 위 건물을 취득한후 취득후 3년이상 거주한 것으로 확인되나, 이 청구와 관련하여 ① 쟁점부동산 관할 동사무소에 문의한 바 쟁점토지 위의 건물은 95.4월 이전 이미 철거되어 인근 주민이 신축건물이 들어서기 전까지는 쓰레기등을 버리는 구역으로 사용하였음이 확인되고 ② 또한 청구인 자신도 신주택을 건축하기 위하여 건축허가를 득하여 건물을 짓기 위하여 철거를 시도했다는 사실을 스스로 인정하고 있고 ③ 건축물관리대장상에 94.6.30 멸실로 등재되어 있으며 94.6.30일자의 “멸실” 등재를 번복할만한 뚜렷한 입증자료가 없는 점 등으로 미루어 볼 때 청구인이 주택이 있는 상태에서 쟁점부동산을 양도했다는 주장은 받아들이기 어렵다고 본다. 그렇다면 처분청에서 청구인이 쟁점토지 및 그 위의 건축물을 함께 양도한 것이 아니고 나대지로 양도한 것으로 보아 1세대1주택 비과세적용을 배제하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 본다. 따라서 이 건 과세처분에 대하여 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.