이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2011.10.20. OOO외 5필지 토지 합계 3,396.17㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 종교와 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다. 나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 유예기간(3년) 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 2016.12.19. 청구법인에게 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 부과.고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.1.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 2011.10.20. 성당을 건축하기 위하여 쟁점토지를 취득하였고, 2013.11.22. 건축허가를 신청하였다가 거부된 후 이를 취소하는 행정심판을 거쳐 유예기간 종료일(2014.10.20.)에 앞선 2014.10.14. 착공신고를 하였는바, 이는 유예기간 중에 직접 사용한 것이라 할 수 있고, 설사 그렇지 않다 하더라도 정당한 사유로 인한 것이다. (2) 처분청은 대법원 2015.2.12. 선고 2014두43752 판결을 근거로 유예기간 중 쟁점토지에 착공신고만 하고 건물의 사용승인을 받지 못하였으므로 해당 용도로 직접 사용하였다고 볼 수 없고, 정당한 사유도 없다는 의견이다. 그러나 처분청이 제시한 판결은 산업단지의 감면과 관련된 것으로서 감면취지가 업체의 조속한 입주와 영업의 착수를 독려하여 그 산업단지를 활성화하고 경쟁력을 높이고자 하는 것이었던 점, 토지소유자가 비영리사업자가 아니고 “산업단지”라는 제한적으로 조성된 토지의 감면과 관련한 것이라는 점, 면제 또는 감면에 있어서 유예기간 내에 준공을 해야 한다면 유예기간을 1년(어린이집 및 유치원, 공공의료기관, 평생교육시설, 박물관, 노인복지 등)으로 규정하고 있는 경우 1년 내에 준공을 해야만 감면을 받을 수 있다는 것인데, 이는 현실을 도외하는 것이라는 점 등을 감안하면 처분청이 제시한 판례를 이 건에 적용시킬 수 없다. 또한, 설사 준공 여부가 직접 사용하는지를 판단하는 기준이 된다고 하더라도 성당은 다른 건축물과는 다르게 설계에 긴 시간이 요하고 시공 난이도도 높아 공사기간이 긴 것이 일반적인 점, 유예기간 종료일 이내에 착공을 하였던 점, 처분청의 위법한 건축허가 신청 거부 처분으로 인해 건축 착공이 늦어졌던 점, 유예기간 종료 후 8개월이 되지 않아 성당이 준공되었던 점 등을 감안하면 청구법인이 쟁점토지를 해당 용도에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다고 할 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 유예기간 종료일 이전에 착공하였으므로 쟁점토지를 해당 용도에 직접 사용하였다고 주장하나, 건축물을 착공하는 시점을 직접 사용의 개시일로 해석할 경우 취득일로부터 3년 이내에 착공하고 그 후 2년만 경과하면 토지를 매각한다고 하더라도 취득세 등을 추징할 수 없어 부당한 점, 건물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점 등을 종합하여 볼 때 유예기간 종료일 이전에 착공하였으므로 쟁점토지를 해당 용도에 직접 사용하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다(대법원 2015.2.12. 선고 2014두43752 판결, 같은 뜻임). (2) 청구법인은 쟁점토지의 준공이 늦어진 것에 정당한 사유가 있다고 주장한다. 그러나, “정당한 사유”라 함은 그 재산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용.처분한 사유가 행정관청의 사용 금지.제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 그 재산을 해당 사업에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 해당 사업에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 그 재산의 취득자가 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등은 이에 해당하지 아니한다(대법원 2003.12.12. 선고 2003두9978 판결). 위와 같은 판결에 비추어 쟁점토지 지상에 성당이 8개월 만에 준공한 것을 보면 쟁점토지를 취득한 후 상당한 시간 내에 건축허가를 신청하였다면 건축허가 거부처분에 대한 심판기간을 감안하더라도 유예기간 내에 사용을 승인을 받을 수 있었음에도 불구하고, 쟁점토지 취득일로부터 2년이 지난 시점에서 건축허가를 신청하여 유예기간 종료일 일주일 전에서야 착공신고를 하게 된 것인바, 이를 두고 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이하게 해당 사업에 사용할 수 없는 경우라고 인정 할 수는 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 취득세 면제 유예기간 중에 착공신고를 하였으므로 해당 사업에 직접 사용한 것으로 보아야 한다는 청구주장의 당부 ② 정당한 사유로 인하여 쟁점토지를 해당 사업에 직접 사용하지 못한 것이라는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 지방세특례제한법 제50조 【종교 및 제사 단체에 대한 면제】① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 1. 수익사업에 사용하는 경우 2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세( 「지방세법」제112조 에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다. (2) 지방세특례제한법 시행령 제25조 【종교 및 제사를 목적으로 하는 단체에 대한 면제대상 사업범위 등】 ① 법 제50조 제2항 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제출한 자료 등에 의하여 확인된 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 주요 사실관계는 다음과 같이 나타난다.

일 자

주요 사실 관계

2011.10.20.

청구법인 쟁점토지 및 지상 건축물 취득

2012.1.19.

지상 건축물 철거 및 말소

2013.11.22.

건축허가 신청

2013.12.16.

건축허가 신청 거부 처분

2014.2.18.

허가 거부처분에 대한 행정심판청구

2014.3.6.

행정심판 재결(건축허가 거부처분 취소 결정)

2014.5.21.

건축허가 필

2014.10.14.

착공신고

2014.10.20.

유예기간 만료

2015.6.18.

성당 사용승인

(나) 청구법인은 성당은 설계하는데 시간을 요하고 통상의 건물과는 달리 시공난이도가 높아 공사기간이 길었으며, 건축 허가와 관련한 협의로 인하여 착공이 늦어졌다 주장하며, 성당 설계도 및 인접도로 관련 변경도면을 제출하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 취득세 면제 유예기간 중에 착공신고를 하였으므로 해당 사업에 직접 사용한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 건축물을 착공하는 시점을 직접 사용의 개시일로 해석할 경우 취득일부터 3년 이내에 착공하고 그 후 2년만 경과하면 토지를 매각한다 하더라도 취득세 등을 추징할 수 없어 부당한 점, 건축물 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것이라기보다는 이를 위한 준비로 보이는 점, 재산세는 건축 중인 경우에 이를 면제하는 규정이 있으나 취득세는 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지를 직접 사용하였거나 그렇지 못한 데 정당한 사유가 있다고 보기 위해서는 비록 유예기간 만료일까지 준공하지는 못하였다 하더라도 그 기간 내에 한 건축공사의 착공을 전후하여 꾸준히 일련의 건축과정을 진행하여야 하는 점(조심 2016지1048, 2017.3.24., 같은 뜻임), 쟁점토지의 취득일부터 특별한 사정없이 2년이 지난 시점에 건축허가를 신청한 점, 그 허가를 취득한 후에도 역시 특별한 사정 없이 5개월간 착공하지 아니하다가 유예기간 만료 일주일 전에 신고를 한 점 등에 비추어 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보이지는 아니한다. 따라서 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제4항 및 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.