이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1994.1.19.부터 1997.11.5. 사이에 발전소 및 사택부지로 사용하기 위하여 ㅇㅇ시 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 산ㅇㅇ번지외 922필지 토지 2,923,425㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후 이 사건 토지의 발전소 부지 2,787,789㎡중 1,306,983㎡를 유예기간내에 고유업무에 사용하지 아니하였으며, 사택부지 135,636㎡중 용도지역별 적용배율을 초과하는 면적 52,934.01㎡(이하 발전소 부지 미사용면적과 합하여 “이 사건 쟁점토지”라 한다)가 있으므로, 이러한 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 그 취득가액(14,724,077,416원)에 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 1,413,511,330원, 농어촌특별세 129,571,850원, 합계 1,543,083,180원(가산세 포함)과 이 사건 토지와 신축한 사택 등에 대하여 취득세와 등록세를 과소신고납부한 사실을 확인하고, 과세표준에서 누락된 금액(1,704,304,840원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 40,903,270원, 농어촌특별세 3,749,430원, 등록세 3,892,680원, 교육세 713,650원, 합계 49,259,030원(가산세 포함)을 2001.6.10. 부과고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 취득세 등 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 첫째, 발전소 건설은 정부의 장기전력수급계획을 근거로 이루어지는 것으로서, 청구인은 이러한 계획에 따라 이 사건 토지상에 12기의 발전소 건설을 목적으로 국토이용계획 변경, 전원개발사업실시계획 승인 등의 절차를 거쳐 송전설비공사, 공업용수 관로공사, 진입도로공사 등 기반사업을 추진하면서, 현재 2기의 발전시설 건설사업을 진행하고 있는 상태로서, 발전소 건설의 특성상 장기간이 소요되고, 장기전력수급계획에 따라 필요시마다 발전소를 적기에 건축하여야 하기 때문에 건설 초기에 해당 부지를 일괄 취득할 수 밖에 없는 것으로, 청구인이 이 사건 토지를 취득하여 순차적으로 발전소 건설은 추진하고 있는 상태에서 그 중 일부 토지가 발전소 건설이 이루어지지 않고 있다고 하여 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하며, 사택부지의 경우도 발전소 건설 및 운전요원을 위한 숙소로 사용하기 위하여 아파트 830가구와 기숙사 54실 건축을 승인받았으나, 2기를 우선 추진함에 따라 아파트 164가구와 복지관만 우선 건축한 것으로, 발전소 건설에 맞추어 나머지 사택도 추가로 건축할 예정이므로 이러한 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하고, 둘째, 발전소를 건설하는 도중에 일시적으로 사용하기 위하여 도로포장공사를 한 것을 지목변경 비용으로 보아 취득세를 과세한 것은 부당하며, 감정평가수수료, 분묘이장비, 건축물 보상비, 사택 설계비를 취득세 등의 과세표준에 포함한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 순차적으로 발전시설 및 사택을 건설하기 위하여 취득한 토지중 일부에 대하여 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분이 적법한 지 여부와 취득세 과세표준이 적법한 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관련법령을 보면, 지방세법 제111조 제5항 본문 및 제3호와 같은 법 시행령 제82조의2제1항제2호에서 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서 등 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 취득의 경우에는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하도록 규정하고 있고, 같은 법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용(소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금이자 포함)을 포함하도록 규정하고 있으며, 구 지방세법 제112조 제2항, 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것) 제84조의4제1항에서 법인이 토지를 취득한 날부터 3년내에 정당한 사유없이 법령 또는 당해 법인의 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무에 직접 사용하지 아니하는 토지는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 ㅇㅇ공사로부터 분할된 법인으로서, 분할전에 ㅇㅇ공사는 이 사건 토지상에 12기의 화력발전시설을 건설하기 위하여 1992.9.2. 국토이용계획 변경 승인을 받고, 1994.12월에 이 사건 토지중 발전소 부지상에 우선 2기의 발전시설을 건설하기 위하여 전원개발사업 실시계획 승인 신청을 하자, 구 ㅇㅇ부장관은 이를 승인하고 이 사건 토지를 전원개발사업 예정구역으로 지정하였으며, 그후 청구인은 이 사건 토지중 이 사건 쟁점토지를 제외한 토지상에 발전시설 2기를 건설하는 한편 진입도로와 교량건설공사, 송전시설 건설공사, 사택 건축공사 등을 진행하고 있는 상태이며, 사택의 경우 1997.11.28. 총 사택용 부지 135,636㎡중 134,645.21㎡를 사업면적으로 하고, 164세대의 아파트를 건축하는 내용으로 사업승인을 받아 건축중에 있으며, 청구인은 발전소 건설부지와 사택부지로 확보한 이 사건 토지와 그 지상 건축물을 취득하면서 토지에 대한 보상비이외에 건물에 대한 보상비 913,144,995원, 감정평가수수료 96,665,260원, 분묘이장비 227,725,000원, 사택 신축을 위한 설계비 378,603,446원 도로포장공사비 88,166,139원을 지급한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인의 주장을 차례로 살펴보면, 첫째, 발전소 건설부지와 사택 부지에 대하여 장기전력수급계획에 따라 순차적으로 발전소와 사택을 건축중에 있으므로 그중 일부 토지에 발전소가 건설되고 있지 않다고 하여 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 청구인이 이 사건 토지상에 순차적으로 12기의 발전시설과 830세대의 아파트 및 기숙사 54실을 건설하기 위하여 국토이용계획 변경 결정을 받아 취득한 이 사건 토지중 발전소 부지의 경우 2기의 발전소에 대하여만 전원개발사업실시계획 승인을 받아 건설을 추진하고 있으며, 현재 추가로 2기의 발전소에 대하여 관련부처의 협의가 진행중인 상태로서, 발전소 건설을 위해서는 장기간이 소요될 뿐만 아니라, 발전소 건설은 산업자원부장관으로부터 전원개발사업실시계획 승인을 받아야 사업을 추진할 수 있는 특수한 사업이라는 점과 장기간에 걸쳐 이루어지는 발전소 건설사업의 특성상 사업부지를 일괄 매입하여 기반 조성 공사를 하면서 2기의 발전소를 건설하고 있는 사정을 종합적으로 고려할 때, 발전소 부지중 일부를 유예기간 경과시까지 발전소 건설부지로 사용하지 못하고 있다 하더라도 그러한 데에는 정당한 사유가 있다고 보는 것이 합리적이라 하겠다. 그러나 이 사건 토지중 사택부지의 경우 그 대부분의 면적을 사업부지로 하여 160세대의 아파트를 건축하는 것으로 사업계획 승인을 받았으므로 순차적으로 830세대의 아파트를 건축할 부지가 아님을 알 수 있고, 현재 건축중인 건축물을 포함한 총 건축면적 11,814.57㎡에 용도지역별 적용배율(7배)를 적용하여 판단하여도 사택부지중 52,934.01㎡는 적용배율 초과토지에 해당되므로 이 부분에 대하여 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 아무런 잘못이 없다 하겠다. 둘째, 도로포장공사비, 분묘이장비, 건물 보상비, 건축물 설계비 등을 취득세 등의 과세표준에 포함한 것이 부당하다는 주장에 대하여 보면, 1) 도로포장공사비의 경우 청구인은 발전소 건설을 위하여 일시적으로 조성한 도로이므로 지목변경이 이루어지지 않았다고 주장하지만 발전소 건설이 장기간에 걸쳐 이루어지는 건설과정을 고려할 때 단순히 일시적으로 사용할 목적으로 조성한 도로라고 보기는 힘들다 하겠으므로 그 포장공사비를 지목변경비용으로 보아 과세한 것은 타당하다 하겠으며, 2) 분묘이장비의 경우 그 지상에 분묘는 토지와 일체를 이루고 있으므로, 이러한 토지를 취득하기 위하여 취득하기 위하여 지급한 분묘이장비는 토지의 취득비용으로 보는 것이 타당하다 하겠으며, 3) 건물 보상비의 경우 비록 청구인이 당해 건물을 멸실을 전제로 취득하였다 하더라도 취득 당시 토지와 별개의 취득세 과세대상이 되는 건물에 해당하는 사실이 분명한 이상, 이를 취득세 과세표준에서 제외할 수는 없다 하겠고, 4) 사택신축 설계비의 경우 청구인은 전체 아파트와 부대시설에 대한 설계비이므로 모든 공사가 완료된 시점에서 취득세 등의 과세표준에 포함하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구인이 164세대의 아파트에 대한 사업계획 승인을 받고서 그중 현재 114가구에 대해서만 임시사용승인을 받아 취득한 상태이지만, 처분청이 114세대에 대한 취득시점에서 설계비중 일부를 취득비용으로 안분계산할 수 밖에 없다 하겠으며, 아파트단지에 대한 설계비를 안분하는 기준으로 아파트 연면적을 기준으로 안분하는 것이 합리적이라 하겠으므로, 취득세 과세표준에 대한 청구인의 주장은 모두 받아들일 수 없는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2001. 9. 24. 행 정 자 치 부 장 관