이유
1. 원처분개요 청구법인은 서울특별시 성동구 OO동 OOOOOOO 대지 5,907㎡ 중 5,888㎡ 및 성동구 OO동 OOOOOOO 대지 155㎡(합계 6,043㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구외 OO건설주식회사와 OOO에게 “별첨 토지양도명세서”의 내용과 같이 양도하고 동 양도차익을 ’91사업년도(91.3.1～92.2.28)의 법인세 및 특별부가세 과세표준에 포함시켜 신고하고, 또한 조세감면규제법 제67조의3 제1항 제1호 및 같은법시행령 제55조의3 제4항의 규정에 의하여 특별부가세면제신청서를 제출하였다. 처분청은 이에 대하여 쟁점토지가 ’90사업년도(90.3.1～91.2.28) 중인 90.11.14 에 양도된 것으로 보아 92.5.28 자 특별부가세 면제신청은 적법한 면제신청이 아니라하여 청구법인의 ’90사업년도 법인세 및 특별부가세 경정시에 그 과세표준에 쟁점토지의 양도로 인하여 발생된 과세표준 해당금액(법인세 과세표준 1,465,780,811원, 특별부가세 과세표준 해당금액 3,145,780,996원)을 포함시키고, 또한 법인세과세표준에 유가증권 처분손실 손금부인액 등 894,383,572원(쟁점외)을 가산하여 93.4.16 청구법인에게 ’90사업년도분 법인세 836,497,280원 및 특별부가세 1,158,905,700원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.6.10 이의 신청 및 93.8.24 심사청구를 거쳐 93.12.16 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 쟁점토지는 나대지로서 면적이 다소 넓은 관계로 택지소유상한에 관한 법률 제10조의 규정에 의거 매매계약체결 전에 매수자가 관할구청장의 취득허가를 득하여 거래하여야 하므로 청구법인과 매수자(OO건설주식회사 및 OOO)간에 90.6.1 “부동산매매에 관한 합의서”를 작성 가계약하였고, 91.4.29 매수자가 성동구청장으로부터 쟁점토지 취득허가를 받아 91.4.30 매매를 위한 본계약을 체결하여 그 매매대금은 매매계약체결이전에 받았던 보증금으로 대체하고 91.5.8 소유권이전등기를 경료한 것이므로 쟁점토지 양도일은 91.4.30 이 되는 것이고, (2) 청구법인은 학교법인으로서 기본재산인 쟁점토지를 교육사업에 사용할 목적으로 양도하였으므로 조세감면규제법상의 규정에 의거 특별부가세 면제신청을 ’91사업년도의 법인세 및 특별부가세 과세표준신고시에 적법하게 제출하였는 바, 처분청은 청구법인이 매수자와 쟁점토지 매매계약체결이전에 작성한 합의서에 의한 보증금 수령일인 90.11.14 을 쟁점토지의 양도시기로 보아 청구법인의 ’90사업년도 법인세 및 특별부가세를 경정고지한 것은 부당하다고 주장한다. 나. 국세청장 의견 국세청장은 청구법인이 쟁점토지의 양도대금을 90.11.14 전부 영수하였으므로 쟁점토지의 양도일은 소득세법시행령 제53조 의 규정에 의거 대금의 청산일인 90.11.14 이 되는 것이므로 쟁점토지의 양도에 대한 특별부가세 면제신청은 조세감면규제법시행령 제55조의3 제4항의 규정에 의거 ’90사업년도의 법인세신고기한인 91.5.30 까지 제출하여야 함에도 이를 이행하지 아니하였으므로 처분청이 ’90사업년도의 법인세 및 특별부가세를 경정함에 있어 특별부가세를 면제하지 아니한 것은 정당하다는 의견을 제시하고 있다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건의 다툼은 쟁점토지의 양도일이 언제인지를 가리는 데 있다. 나. 관계법령 (1) 법인세법 제17조 제3항에서는 내국법인이 각 사업년도에 있어서 상품ㆍ제품 또는 기타 생산품 이외의 자산을 양도함으로써 생긴 익금과 손금의 귀속 사업년도는 대금을 청산한 날이 속하는 사업년도로 한다고 규정하고 있고, 같은법 제59조의2 제4항 및 같은법시행령 제124조의2 제13항에서는 특별부가세의 계산에 있어서 그 취득 및 양도시기에 관하여는 소득세법시행령 제53조 의 규정을 준용한다고 규정하고 있다. 소득세법시행령 제53조 제1항에서는 부동산의 취득 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로한다고 규정하고 있고, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 하고, 대금을 청산하기전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일로 하도록 규정하고 있다. (2) 택지소유상한에 관한 법률 제10조 제1항에서는 개인이 매매ㆍ교환ㆍ증여 기타 계약을 원인으로 하여 가구별 소유상한을 초과하여 택지를 취득하거나 법인이 계약을 원인으로 하여 택지를 취득하고자 할 때에는 당해 계약체결전에 관할 시장ㆍ군수 또는 자치구의 구청장의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있고, 같은법 제7조 제1항에서는 가구별 소유상한을 정하고 있는 바, 서울특별시 및 직할시 지역의 택지는 660㎡로 하고 있다. 또한 국토이용관리법 제21조의7 제1항에서는 토지거래계약의 신고구역으로 지정된 구역안에 있는 토지에 대한 소유권ㆍ지상권으로서 토지거래계약을 체결하고자 하는 당사자는 공동으로 계약내용과 그 토지의 이용계획등을 시장ㆍ군수 또는 구청장등에게 신고하여야 한다고 규정하고 있다. 다. 쟁점토지의 양도시기가 언제인지 여부 (1) 사실관계 청구법인은 쟁점토지를 청구외 OO건설주식회사 및 OOO에게 매도하기로 하고 90.6.1 청구법인과 위 매수자간에 “부동산매매에 관한 합의서”를 작성하였으며, 그 내용을 보면 제1조에서는 국토이용관리법등의 규정에 의하여 적법하게 매매계약을 체결할 수 있게 되었을 때에 그 매매계약의 내용을 미리 약정하는 것을 목적으로 하며 제2조의 특약사항이 이행되는 것을 조건부로 한다고 약정하고 그 제2조에서는 청구법인과 매수자는 합의체결 즉시 관계 행정관청에 토지거래계약허가신고서를 제출하고 허가를 득하여야 하며, 만일 허가를 득하지 못할 경우에는 쌍방이 합의해제한 것으로 간주하고 쌍방에 대하여 원상회복의무를 진다고 약정하였고, 제4조에서는 동 합의금으로 합의일에 계약금을 지급하고 잔금은 토지거래계약신고허가를 득한후 7일이내에 지불하도록 약정하였으나 쟁점토지매매 합의금의 영수내용을 보면 계약금은 90.6.1 자 800,000,000원(OO건설주식회사로부터 700,000,000원, OOO으로부터 100,000,000원), 잔금은 계약내용과 달리 토지거래허가전인 90.11.4 자 2,650,533,000원(OO건설주식회사로부터 2,306,315,000원, OOO으로부터 344,238,000,000원) 도합 3,450,533,000원으로 쟁점토지 매매합의금 전액을 영수한 사실이 확인된다. 쟁점토지 매수자는 91.4.12 성동구청장에게 택지취득허가신청서를 제출하여 91.4.29 허가를 득하였고 청구법인과 매수자는 91.4.25 성동구청장에게 토지거래계약신고를 하여 91.4.29 동 신고서가 수리되었으며, 91.4.30 양당사자는 당초의 “매매합의서”내용대로 쟁점토지 매매계약을 체결하고 91.5.8 소유권이전등기를 경료하였음을 알 수 있다. (2) 판단 관계법령과 위의 사실관계를 종합하여 보면 쟁점토지의 양도시기를 매매대금 잔여청산일인 90.11.14 로 보았으나 첫째, 쟁점토지의 매매당사자는 당초합의서작성시 관계법령에 의하여 토지거래허가를 얻은후 정식계약을 체결하기로 조건부계약을 체결하였던 것이고 따라서 90.11.14 에 지급받은 잔금 2,650,533,000원은 정식계약체결 이전에 작성된 매매합의서에 의하여 선수금으로 수수된 것으로 보아야 하고, 둘째, 청구법인도 위 매매대금을 선수금으로 계상하고 있다가 91.4.29 토지거래허가를 받은 후 그 다음날인 91.4.30 계약체결일에 토지양도대금으로 대체처리하였으며, 셋째, 매매합의서 제2조에 토지거래허가를 받는 조건으로 합의되어있는 점, 허가를 받고 청구법인과 매수자간에 정식매매계약을 체결한 점, 토지거래허가지역내의 토지를 허가를 받지않고 매매계약을 체결하였을 때 그 계약은 무효인 점(대법원 판례 90다12243, 91.12.24, 92누8361, 93.1.15)등에 비추어 볼 때 90.11.14 에는 택지소유상한에 관한 법률 제10조의 규정에 의한 택지취득허가를 받기 전이며 국토이용관리법 제21조의7 의 규정에 의한 토지거래계약신고서가 수리되기 이전이므로 위 금액은 비록 쟁점토지 매매대금의 잔금에 해당된다 하여도 그 지급일을 소득세법 시행령 제53조 에 규정한 양도시기로 보기는 어려우므로 쟁점토지의 양도일은 위 매매합의서에 의하여 보증금을 받은 90.11.14일이 아니고 토지거래허가를 받는 조건으로 하여 작성한 매매합의서의 조건이 성취된 이후에 정식매매계약을 체결한 날인 91.4.30 로 보는 것이 정당하다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점토지 양도일을 토지거래허가도 나기 이전에 선수금으로 매매대금 전액에 상당하는 금액을 받았다 하여 그 선수금을 받은 날인 90.11.14 로 보고 청구법인에게 ’90사업년도의 법인세 및 특별부가세를 과세한 것은 부당하다고 할 것이다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.