이유
1. 처분개요 OOO외 7인(청구인명세 별첨, 이하 “청구인들”이라 한다)은 서울특별시 동작구 OO동 OOO번지 대지 830㎡에 지하2층·지상5층의 주상복합건물(지상2층～지상5층은 주택, 나머지는 상가, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 재건축하기위해 OOOOO(주)를 시공 및 판매대행사로 하고, 94.11.21. OOOOO(주)와 총도급금액을 2,134,000,000원으로 하여 OOOOOOOOO공사를 도급계약하였으며, 95.6.28. 처분청에 상호를 OO재건축조합, 업태를 건축, 종목을 재건축으로 하여 사업자등록신청서를 제출하였고, 95.7.3. 처분청으로부터 면세사업자용 사업자등록증(OOO-OO-OOOOO)을 발급받은 후 96.5.30. 위 OOOOO(주)로부터 도급공사와 관련된 매입세금계산서 (공급가액 1,940,000,000원, 세액 194,000,000원)를 교부받은 사실이 있다. 처분청은 쟁점건물의 상가 및 주택분양 과세자료에 의해 부가가치세경정조사를 실시한 결과 OO연립재건축조합이 쟁점건물을 신축·분양하고 부가가치세신고를 누락한 분양수입금액에 대하여 97.9.18. 96년2기분 부가가치세 61,098,000원과 97년1기분 부가가치세 19,439,000원을 결정전통지하였다가 청구인들은 부가가치세법 제5조 의 규정에 의한 사업자등록을 하지않고 소득세법 제168조 의 규정에 의한 면세사업자등록번호로 매입세금계산서를 교부받았음이 확인되어 과세사업자로 직권등록하고(OOO-OO-OOOOO) 부가가치세법 제17조 제2항 제5호의 규정에 의거 등록전매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하여 당초 결정전통지한 부가가치세를 재경정결정하여 98.1.3. 청구인들에게 96년2기분 부가가치세 170,501,520원과 97년1기분 부가가치세 19,504,200원 합계 190,005,720원을 결정고지 하였다. 청구인들은 이에 불복하여 98.2.24. 심사청구를 거쳐 98.6.22. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구인들은 쟁점건물을 재건축하기위해 신축된 쟁점건물의 상가를 분양하여 건축비로 대체하고 분양에 따른 모든 조세를 부담하는 조건으로 OOOOO(주)를 분양대행사로 정하였으며, 시공자를 OOOOO(주)로 정하여 도급계약을 체결하고 그후 공사가 완공되었으나 상가분양이 안되고 분양대행사는 나타나지않아 시공자인 OOOOO(주)가 청구인들에게 건축비를 지급하지 않으면 건물전체를 압류하겠다고 하여 어쩔수없이 쟁점건물의 지하1층과 지상1층상가를 OOOOO(주)가 지정하는 주식회사 OOOOOOO에 일괄 소유권이전하여주고 96.9.24. OOOOO(주)로부터 2,134,000,000원의 입금표를 받았으며 OOOOO(주)도 역시 부가가치세 신고를 하였다. 청구인들은 95.6.28. 사업자등록신청시에 사업자등록신청서에 첨부된 공동사업계약서의 내용중 “사업의 업태는 주택 및 상가신축판매업으로 한다”는 것에 대하여 민원실담당공무원에게 설명하고 사업자등록신청서에 업태를 건축, 종목을 재건축으로 기재하였으므로 청구인들은 정확한 사업자등록증을 교부받은 것으로 알고 있었으며 처분청이 사실내용을 파악하지않고 면세사업자용 사업자등록증을 교부한 것이므로 이를 근거로 청구인들이 OOOOO(주)로부터 받은 매입세금계산서를 등록전매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하고 사업자등록미등록가산세를 적용하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다. 또한, 청구인들은 분양대행사인 OOOOO(주)가 건축에 대한 모든 조세를 부담하기로 약정하였으나 상가분양이 되지않고 분양대행사가 지급능력이 없으므로 청구인들이 갹출하여 상가부분에 대한 보존등기비 23,035,960원을 부담하고 등기를 한 사실이 있고 일반적으로 보존등기비용은 원가성비용이지 분양금의 일부라 할 수 없으므로 이를 상가분양대금의 일부라고 간주하여 분양대금에 포함하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다. 나. 국세청장 의견 청구인들이 처분청에 제출한 사업자등록신청서를 보면, 상호를 “OO연립재건축조합”으로 기재하였고 사업의 종류를 업태는 “건축”으로 종목은 “재건축”으로 기재하여 제출하였는 바 처분청이 이건 신청서를 청구인이 기재한 내용에 따라 연립주택을 재건축하는 면세사업자로 분류하여 사업자등록증을 교부한 처분에 어떤 잘못이 있다고 보기는 어렵다. 면세로 등록한 자가 과세사업을 영위하는 때에는 과세사업에 대한 사업자등록을 하여야 하며 그 등록전매입세액은 공제되지 아니하는 것이고(국세청 예규 부가1265-577, 81.3.11.; 국심 88서 147, 88.4.19) 면세사업자로 등록하고 과세사업을 영위한 경우 과세사업에 대하여는 미등록사업자에 해당하여 미등록가산세를 적용받게 되는 것이므로(국심 95중1125, 95.9.30) 처분청이 쟁점세금계산서의 매입세액을 등록전매입세액으로 보아 불공제한 처분과 미등록가산세를 적용한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 또한, 처분청에서 이건 경정결정시 수집한 청구인들의 확인서, 동의서등에 의하면 주상복합건물내에 지하1층, 지상1층 상가를 청구외 주식회사 OOOOOOO에 양도함에 있어서 취득세 16,037,720원, 등록세 6,998,240원을 지급받는 조건으로 양도한 사실이 확인되므로 처분청의 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 면세사업자용 사업자등록번호로 교부받은 세금계산서상의 매입세액은 등록전 매입세액에 해당된다하여 매입세액 불공제하고 사업자미등록가산세를 가산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부와 청구인들이 부담한 취득세 및 등록세등 부대비용을 분양수입금액에 포함하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 부가가치세법 제5조 제1항에는 “신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일로부터 20일내에 사업장관할 세무서장에게 등록하여야 한다.(단서생략)”고 규정하고 있고, 같은법 제17조 제2항에서는 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.”고 하고있고 제5호에서 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액”이라고 규정하고 있다. 또한, 같은법 제13조 제1항은 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 ‘공급가액’이라 한다)으로 한다.”고 하고 같은법시행령 제48조 제1항에는 “법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제48조의 2 제3항에서는 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.”라고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 처분청은 부가가치세경정조사결과 청구인들이 쟁점건물을 신축분양하고 부가가치세 신고를 누락한 분양수입금액을 매출과표로 하고 면세사업자등록번호로 교부받은 매입세금계산서를 등록전매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 결정한데 대하여 청구인들은 사업자등록신청시에 사업의 성격에 대한 충분한 설명을 하였음에도 불구하고 처분청 및 담당공무원의 잘못으로 면세사업자용 사업자등록증을 발급받게 되어 청구인에게 귀책사유가 없으므로 이를 근거로 매입세액을 불공제하고 사업자미등록가산세를 부과한 처분은 부당하며 실지로 청구인들이 부담한 취득세 및 등록세등 부대비용을 분양수입금액에 포함하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에대해 본다. (1) 청구인들이 제시한 사업자등록신청서에 의하면, 상호는 OO연립재건축조합으로, 사업의 종류중 업태는 건축으로, 종목은 재건축으로 기재되어 있으며 95.6.28. 처분청에 접수되었음을 알 수 있고, 공동사업계약서에 의하면, 제5조에서 사업의 업태는 주택 및 상가신축판매업으로 한다고 기재되어 있음이 확인된다. 또한, 95.7.3. 동작세무서장 명의로 발행된 사업자등록증(사업자등록번호는 OOO-OO-OOOOO임)을 보면, 면세사업자용이라고 표시되어 있고, 청구인들이 쟁점건물 완공후 시공자인 OOOOO(주)로부터 교부받은 매입세금계산서상에는 공급받는자란에 OO연립재건축조합(OOO-OO-OOOOO)으로 면세사업자등록번호가 기재되어 있음을 알 수 있다. (2) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 쟁점건물중 상가부분(16개)의 분양금액은 청구인의 확인서에 의해 건축비 2,134,000,000원과 취득세 및 등록세등 부대비용 23,035,960원을 합한 금액인 2,157,035,960원으로 하고, 주택부분(50평형 2채)은 매매계약서상의 금액인 310,000,000원으로 하여 이를 합한 금액인 2,467,035,000원중 과세부분만(건물부분) 안분계산한 금액 1,583,381,282원을 분양수입금액으로 하였으며, 과세사업과 관련하여 청구인들이 별도의 사업자등록없이 면세사업자등록번호로 매입세금계산서를 교부받았다 하여 등록전매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하여 96년2기분과 97년1기분 부가가치세 과세표준을 산정하고, 사업자미등록가산세 15,833,812원과 신고납부불성실가산세 15,833,812원을 가산하여 본건 부가가치세를 결정하였음이 확인된다. (3) 먼저, 면세사업자등록번호로 교부받은 매입세금계산서를 등록전매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하고 사업자미등록가산세를 부과한 처분이 부당한지에 대하여 보면, 청구인들은 사업자등록신청시에 공동사업계약서를 제시하며 사업의 성격에 대해 민원실담당공무원에게 충분한 설명을 하였음에도 불구하고 처분청에서 사실내용을 파악하여야 할 의무도 이행치않고 청구인들에게 면세사업자용 사업자등록증을 잘못 교부하였으므로 청구인들은 귀책사유가 없다고 주장하나, 청구인들은 사업자등록신청서에 사업의 종류를 업태는 건축으로 종목은 재건축으로 기재하여 제출하였고 첨부된 공동사업계약서에만 업태가 주택 및 상가신축판매업으로 기재되어있어 면세사업자용 사업자등록을 신청한 것으로 인정되고, 95.7.3. 본건 면세사업자용 사업자등록증을 발급받은 후 이의를 제기한 사실이 없으며, 96.5.30. 시공사인 OOOOO(주)로부터 매입세금계산서를 수취하는 등 사업자등록 및 정정사유가 발생하였음에도 불구하고 처분청의 부가가치세경정조사시까지 사업자등록정정신청 및 부가가치세를 신고납부하지 않은 점 등으로 보아 청구인들의 주장을 사실로 인정할 수 없다 할 것이므로 처분청이 면세사업자등록번호로 교부받은 매입세금계산서를 매입세액 불공제하고 사업자미등록가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (4) 다음으로, 쟁점건물중 상가부분의 취득세 및 등록세등 부대비용을 분양수입금액에 포함하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부에 대하여 보면, 청구인들은 쟁점건물의 취득세 42,680,000원과 등록세 18,624,000원(이중 상가부분의 취득세와 등록세는 23,035,960원임)을 청구인들이 실지로 납부하였다는 증빙으로 취득세와 등록세영수증을 제시하고 있으나, 94.11.21. 청구인들이 분양대행사인 OOOOO(주) 및 시공사인 OOOOO(주)와 체결한 OO연립재건축사업계약서에 의하면 양도소득세 및 제세금은 OOOOO(주)가 부담하기로 되어있고 97.9.10. 처분청의 부가가치세경정조사과정에서 청구인들이 쟁점건물내 상가를 양도함에 있어서 건축비 2,134백만원과 상가부분 취득세 및 등록세 23,035,960원을 지급받는 조건으로 OOOOO(주) 및 OOOOO(주)에서 지정한 (주)OOOOOOO에 양도하였음을 확인하는 확인서를 제출한 바 있어 청구인들이 취득세 및 등록세를 미리 납부하였다하더라도 쟁점건물중 상가부분의 취득세 및 등록세는 분양수입금액에 포함되어야 할 것이므로 처분청이 쟁점건물중 상가부분의 취득세 및 등록세를 분양수입금액에 포함하여 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다. 라. 결 론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의거 주문과 같이 결정한다.` ※ 별 첨 청 구 인 명 세
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