청구인은 종전주택과 신규주택을 보유하던 중 21.4.29. 신규주택을 종전주택인 쟁점주택보다 먼저 양도하여 쟁점주택은 소득령§155①에 따른 일시적 2주택자의 요건을 미충족하였으므로 쟁점주택의 보유기간은 21.4.29. 이후로 기산하여야 할 것임

이유

1. 처분개요 가. 청구인은 2014.8.8. 전라남도 화순군 이서면 OOO 소재 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 배우자로부터 증여받은 후 2021.12.2.에 양도(매매금액 OOO원)하고, 양도소득세를 무신고 하였다. 나. 처분청은 2021.1.1. 현재 청구인의 주택보유현황이 아래 ＜표1＞과 같이 확인되는바, 청구인은 2주택 이상을 보유한 경우로서 이 경우 종전주택(쟁점주택)의 보유기간은 「소득세법 시행령」 제154조 제5항에 따라 ＜표1＞의 신규주택의 양도일(2021.4.29.)로부터 기산하여야 하므로, 쟁점주택은 양도일 현재 1세대 1주택 비과세 요건 중 보유기간 요건(2년)을 충족하지 못한 것(약 7개월 보유)으로 보아, 2023.2.13. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다. ＜표1＞ 청구인의 주택보유 현황

구 분	소재지	취득일	양도일
쟁점주택	전라남도 화순군 이서면 OOO	2014.8.8.	2021.12.2.
신규주택	전라남도 담양군 가사문학면 OOO	2020.6.17.	2021.4.29.

다. 청구인은 이에 불복하여 2023.4.4. 이의신청(2023.6.22. 기각 결정)을 거쳐 2023.9.20. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 2021.1.1. 이후 시행된 다주택자의 최종 1주택에 대한 보유기간 재산정 규정은 시행 단계부터 여러 가지 쟁점이 발생되었는데, 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서의 괄호안의 문구 즉, “제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외” 라는 부분을 어떻게 해석할 것인지가 문제이다. (가) 1세대 1주택 비과세 판단의 대원칙은 ‘양도 당시’를 기준으로 판단하는 것이 확립되어 있는데, 다주택자가 2021년 이후 추가로 1주택을 취득하고 다른 주택들을 양도하여 남은 주택들이 「소득세법 시행령」 제155조 제1항의 일시적 2주택에 해당할 경우 먼저 양도하는 종전 주택은 “양도 당시” 일시적 2주택 특례에 해당하므로 보유기간 재산정 규정을 회피할 수 있게 된다. 따라서 입법취지와는 다르게 오히려 주택시장 과열을 부추기는 규정으로 변질될 우려가 생겼다. 국세청 유권해석(부동산납세과-428, 2021.3.24.)에 따르면, “2021.1.1. 현재 다주택자가 다른 주택들을 모두 처분하고 남은 주택이 일시적 2주택일 경우 보유기간 재산정을 하지 않는 것”이라고 하여 급기야 언론사에서 동 규정에 대한 문제점을 비판하는 기사가 나오게 되었고, 이에 대해 기획재정부는 해당 기사내용과는 달리, 2021.1.1. 현재 일시적 2주택에 대해서만 적용되는 것이고, 다주택자의 최종 1주택에 대한 보유기간은 재산정 되는 것이라고 국세청의 유권해석을 반박하였다. (나) 기획재정부는 2021.11.2. 다음과 같이 두 가지 유권해석(재산세제과-953, 2021.11.2.)을 하여 그 신뢰이익 보호조치를 아울러 명시하게 되고, 며칠 뒤 국세청 유권해석은 2021.11.5. 삭제 정비되었다. ① 2021.1.1. 이후 다주택자가 다른 주택들을 처분하고 남은 주택이 일시적 2주택인 경우 2021.11.1. 이전에 종전주택을 처분한 경우에는 보유기간을 재산정하지 않되, 2021.11.2. 이후 양도분부터는 보유기간을 재산정 함(국세청 종전 유권해석 신뢰자에 대한 보호조치) ② 일반 2주택자가 1주택을 추가 취득하고 종전 주택을 양도하여 일시적 2주택 상황인 경우로서 종전주택을 양도시 보유기간 재산정 함 (다) 결론적으로, 기획재정부는 ‘양도 당시’를 기준으로 1세대 1주택 비과세 요건을 판단하는 대원칙을 포기하고, 주택시장 안정화를 위해 도입된 보유기간 재산정 규정의 입법취지를 살리려 한 것이다. 따라서 2021.1.1. 현재 기준 일시적 2주택 등에 해당하지 않거나, 2021.1.1. 이후 주택을 취득하는 경우, 취득 당시 일시적 2주택 등에 해당하지 않는 경우에는 양도 당시 일시적 2주택 등에 해당하더라도 보유기간 재산정을 하겠다는 것을 분명히 한 것이다. (라) 위 기획재정부의 해석에 따르면 당초에는 「소득세법 시행령 제155조 」의 일시적 2주택 등의 특례 대상 요건을 모두 갖추었는데, 특례 대상 주택을 먼저 양도하고 남은 주택을 양도하는 경우에도 보유기간 재산정 규정이 적용되는지 여부가 문제된다. 왜냐하면 기획재정부가 ‘양도 당시’를 기준으로 보유기간 재산정 규정을 적용하는 것을 포기하였기 때문이다. 수많은 일시적 2주택 사례에 대해 종전에는 기획재정부 등이 유권해석을 하지 않은 상태였는데, 최근 들어 이에 대해 유권해석을 내놓기 시작하였다. 그 내용은 취득 당시 또는 당초에 「소득세법 시행령」 제155조 등의 요건을 갖춘 경우라면, 일반주택 등 특례 외의 주택을 먼저 양도하고 남은 일반주택 등을 양도하는 경우 보유기간을 재산정하지 않는다는 것이다. 이는 2021.11.2. 기획재정부 해석이 ‘양도 당시’ 적용 원칙을 포기한 결과로서 당연한 결론이다.

① 특례주택(소유주택으로 보지 않는 상속주택, 소수지분 상속주택, 말소된 장기임대주택 등)과 일반주택을 보유하다 특례주택을 먼저 양도한 경우 일반주택의 보유기간은 당해 주택 취득일부터 기산함(부동산납세과－1260, 2023.5.8. 외 다수) ② '21.1.1. 현재 혼인특례 2주택(A, B)을 보유한 1세대가 혼인한 날부터 5년 이내 보유기간 2년 미만인 A주택을 먼저 양도하고 이후 B주택을 양도할 경우 보유기간은 B주택 취득일부터 기산함(법규재산－1567, 2022.8.17.) ③ 거주(종전)주택, 장기임대주택, 신규주택(거주주택 취득한 날로부터 1년 이상 지난 후 취득)을 순차 취득하고 '21.1.1. 이후 신규주택을 과세로 양도한 경우 거주(종전)주택의 보유기간 기산일은 해당 주택의 취득일임 (기획재정부 재산세제과－678, 2023.5.10.)

이러한 유권해석은 결국 기획재정부가 ‘양도 당시’를 기준으로 보유기간 재산정 규정의 예외를 적용하는 것이 아니라 ‘당초’에 특례 요건에 해당하는지 여부를 판단하는 논리귀결로서 당연한 것으로, 유권해석의 장래효 문제는 이 건 심판청구를 비롯한 사건들에 적용될 것은 아니다. (2) 또한, 이 건 신규주택은 면단위 산골에 소재한 낡은 소형주택(건평33.4㎡, 취득가액 OOO원)으로, 천정에 물이 새는 등으로 청구인이 취득하여 실거주를 위해 천정수리 공사까지 하였던바, 결국 교통 불편, 주거면적 협소 등으로 거주하지 못하고 부득이 처분(과세 양도)하게 되었던 것으로서 투기와 무관한 실수요 목적의 주택이었다. (3) 처분청의 답변에 대한 청구법인의 항변은 다음과 같다. (가) 2021.1.1.부터 시행된 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서의 성격 1) 2021.1.1.부터 2022.5.9.까지 적용되었던 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서는 1세대 1주택 비과세 판단의 대원칙인 “양도 당시”를 기준으로 비과세 요건 판단 및 적용하는 것에 대한 중대한 예외 규정이다. 즉, 해당 보유기간 재산정 규정 자체가 “양도 당시 판단” 원칙의 예외 규정에 해당한다. 2) 예컨대, 보유기간 재산정 규정이 적용되기 전에는 1세대가 A, B 주택을 오랫동안 보유하다가 A주택을 양도하고 과세로 신고납부하고 곧바로 B주택을 양도하여도 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있고, 이 경우 보유기간은 당초 취득일부터 적용하였다. 왜냐하면 양도 당시 비과세 요건을 판단하기 때문이다. 그러나 보유기간 재산정 규정이 시행되면서 사안과 같은 경우 B주택은 비과세를 적용받으려면 A주택 양도일 이후 새롭게 보유기간 등을 갖추어야 하기에 양도 당시 비과세를 판단하는 원칙의 예외가 된다. (나) 보유기간 재산정 규정의 예외 적용 문제 1) 보유기간 재산정 규정이 적용되지 않는 경우로서 「소득세법 시행령」제155조 및 제156조의2 등의 규정이 적용되는 경우를 규정하고 있는데, 이 경우 ① “양도 당시”로 판단할 것인지, 아니면 ② “당초 요건”을 충족하면 되는 것인지는 법령이 규정하고 있지 않다. 2) 당초 청구주장과 같이 국세청은 “양도 당시” 기준을 적용하여 유권 해석(법령해석재산-404, 2021.4.12.)을 하여 혼선이 발생하였고, 기획재정부가 보도자료 및 새로운 유권해석(재산세제과-953, 2021.11.2., 재산세제과-895, 2022.8.5., 재산세제과-678, 2023.5.10.)을 하였으므로 보유기간 재산정 규정 적용시 “양도 당시”를 기준으로 판단하는 것은 포기하였다고 보는 것이 옳다고 생각된다. 즉, 기획재정부는 앞선 특례주택들의 사례들과 같이 일관되게 보유기간 재산정 규정의 예외가 되는 쟁점규정의 적용시기를 “양도 당시”가 아니라 “당초”에 쟁점규정 요건을 갖추었는지 여부로 판단하고 있다. (다) 처분청은 기획재정부의 유권해석은 ‘양도 당시’ 기준으로 보유기간 재산정 규정의 적용을 포기한 것이 아니라 상속주택, 장기임대주택 등 특례주택을 따로 열거하여 예외를 두는 것으로서, 쟁점주택은 상속주택, 장기임대주택, 혼인특례주택 등 어떠한 특례요건에도 해당하지 않고, 기획재정부의 질의회신(재산세제과-895, 2022.8.5.)에도 감면주택, 상속주택, 장기임대주택의 건에 대해서만 지정답변 하였으므로, 모든 특례주택을 일반화하여 일반주택의 당초 취득일로 판단할 수는 없는 것으로 답변하였으나, 위 답변에 의하더라도, 기획재정부 재산세제과-678, 2023.5.10.은 「소득세법 시행령」 제155조 제1항의 일시적 2주택 특례에 대한 해석으로서 ‘(종전)주택, 장기임대주택, 신규주택(거주주택 취득한 날로부터 1년 이상 지난 후 취득)을 순차 취득하고 2021.1.1. 이후 신규주택을 과세로 양도한 경우 거주(종전)주택의 보유기간 기산일은 해당 주택의 취득일이다’라고 해석하고 있음으로, 신규주택도 일시적 2주택으로서 열거된 특례주택에 해당됨이 확인되고 있다 할 것인바, 이 건 쟁점주택은 위 사례에 비추어 종전주택의 2년 이상 거주요건의 차이(위 사례는 종전, 신규주택이 모두 취득시 조정대상지역에 위치한 것으로 종전주택의 2년 이상 거주요건도 필요했지만, 이 건 쟁점주택의 경우는 종전, 신규주택 모두 취득시 비조정대상지역에 위치한 것으로 종전주택의 거주요건이 필요치 않음)만 있을 뿐, 이 점 외에는 모두 위 사례와 동일하다할 것으로서, 쟁점주택은 위 사례와 같이 ‘종전주택 취득일로부터 1년 후 신규주택을 취득하고 신규주택을 일시적 2주택 허용기간 내에 과세로 양도한 경우’에 해당하므로 쟁점주택의 보유기간 기산일은 쟁점주택의 취득일이라 할 것이다. (라) 세법 해석의 소급 적용 문제 1) 「국세기본법」 제18조 제3항은 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.”고 규정하고 있는데, 보유기간 재산정 규정은 당초 입법시부터 그 불분명으로 인해 수많은 불명확성으로 전문가들도 해석을 못하고 과세관청의 해석만을 기다리는 유례없는 일이 발생한 것이다. 우여곡절 끝에 과세관청은 다양한 해석들을 내놓았으나 보유기간 재산정의 예외에 해당하는 규정 적용과 관련하여 기획재정부는 일관되게 “양도 당시”를 기준으로 적용하지 않았다. 2) 이는 “양도 당시”를 기준으로 쟁점규정을 적용하는 것보다는 “당초 취득시기”를 기준으로 적용하는 것이 부작용이 훨씬 적기 때문이다. 그 이유를 들면, 2021.11.2. 위 기획재정부의 유권해석 시점에는 일시적 2주택의 신규주택을 먼저 양도해도 1년 미만 보유한 신규주택은 60% 세율로 중과하고, 2년 미만 보유한 신규주택은 50% 단일세율로 중과하기에 주택 투기세력의 신규주택 양도에 대해 그 매매차익을 대부분 세금으로 환수할 수 있었기 때문이다. 그리고 「국세기본법」 제18조 제3항의 세법 해석의 소급적용 금지라는 것도 국민의 재산권 보호를 위해 “납세자에게 불이익하게 소급과세를 금지하는 것”이 그 취지입니다. 이를 역으로 과세관청이 과세를 하기 위해 소급해석 금지를 원용하는 것은 해당 규정의 취지를 오해한 것이다. 3) 기획재정부가 2021.11.2. 예규(재산세제과-953, 2021.11.2.)를 생성할 때는 그 적용시기를 직접 정하였다. 왜냐하면, 국세청의 예규를 신뢰한 납세자의 신뢰이익을 침해하므로 「국세기본법」 제18조 제3항을 위반하기 때문이다. 그렇지만 기획재정부의 특례주택들에 대한 유권해석은 “양도 당시” 적용 원칙을 포기한 것으로 해석하여 왔기에 당연히 과거 행위에도 적용되는 것이고, 이것이 소급해석 적용 금지와는 전혀 무관하며, 당연히 소급하여 적용되고 납세자의 이익 침해가 없는 것이다. 조세심판원도 상속주택을 2021.5.3. 먼저 양도하고, 일반주택을 나중인 2021.5.13. 양도한 사안에서 보유기간 재산정 규정이 적용되어야 한다는 과세관청 주장을 배척하고 “한참 뒤에 생성된 기획재정부의 상속주택에 대한 유권해석 사례를 근거로 들면서” 당연히 당초부터 보유기간을 산정하여야 한다고 판단하였다.

＜ 조심2022서6842 , 2022.12.13. 경정＞ 처분청은 일반주택(쟁점주택)이 아닌 상속주택을 먼저 양도하는 경우에 1세대1주택 비과세요건에 해당하지 않는다는 의견이나, 「소득세법 시행령」제154조의 1 세대1주택의 범위란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인 것으로, 이 건은 1세대가 상속주택과 일반주택(쟁점주택)을 보유한 경우로서 상속주택을 먼저 양도한 후 남은 일반주택(쟁점주택)의 「소득세법 시행령」제154조 제1항에 따른 비과세 보유기간 기산일은 일반주택(쟁점주택) 취득일로 보아야 하는바(기획재정부 재산세제과-895, 2022.8.5., 같은 뜻임), 청구인의 쟁점주택 보유기간은 쟁점주택 취득일인 2014.8.1.부터 기산되어야 하므로 이에 따른 보유기간은 6년 이상으로 쟁점주택이 「소득세법 시행령」제154조 제1항의 1세대1주택 비과세대상에 해당하는 것으로 봄이 타당하다.

4) 뿐만 아니라 「정부조직법」 제27조 제1항은 “기획재정부장관은 ...경제ㆍ재정정책의 수립ㆍ총괄ㆍ조정, ...내국세제...에 관한 사무를 관장한다.”고 규정하고, 제3항은 “내국세의 부과ㆍ감면 및 징수에 관한 사무를 관장하기 위하여 기획재정부장관 소속으로 국세청을 둔다.”로 규정하여 국세에 관한 총괄부처는 기획재정부이고 국세청은 소속기관이므로 기획재정부의 유권해석이 국세청의 유권해석을 침해한다거나 소급과세 금지에 위배된다고 보기는 어렵다고 할 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 양도세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세 대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면 요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야하는바(대법원 2022.5.26. 선고 2022두35015, 판결 참조) 1세대 1주택 비과세 판단의 원칙은 ‘양도 당시’를 기준으로 판단하는 것이 확립되어 있다. (가) 기획재정부의 유권해석(재산세과-953, 2021.11.2.)은 다주택자를 규제하기 위해 개정되어 2021.1.1.부터 시행된 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 중 “다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.”라는 단서조항과 관련하여 적용되는 일시적 2주택자의 경우를 명확하게 하기 위해 해석한 것으로 1세대 1주택 비과세(일시적 2주택)요건을 양도당시의 기준으로 판단해야 한다는 원칙을 포기한 것은 아니다. (나) 또한, 기획재정부와 국세청은 현재까지 비과세규정에 관련하여 납세자의 재산권 보호 및 조세 형평성, 법적 논리 등을 보호하기 위해서 문리해석을 보완하는 다양한 질의회신, 예규, 해석을 내놓고 있지만 일시적 1세대 2주택 비과세와 1세대 1주택 비과세의 보유기간과 거주기간 계산은 동일한 것으로 해석하고 있다. (2) 기획재정부의 유권해석은 ‘양도 당시’ 기준으로 보유기간 재산정 규정의 적용을 포기한 것이 아니라 수많은 양도 사례 중 해당 개정 규정에 맞지 않는 것들이 당연히 존재하기 때문에 상속주택, 장기임대주택 등 특례주택을 따로 열거하여 예외를 두는 유권해석을 한 것이다. 「국세기본법」 제18조 제2항은 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 않는다고 규정하였으며 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않는바(대법원 2004.3.12. 선고 2003두7200, 판결 참조), 쟁점주택은 상속주택, 장기임대주택, 혼인특례주택 등 어떠한 특례요건에도 해당하지 않고 기획재정부의 질의회신(재산세제과-895, 2022.8.5.)에도 감면주택, 상속주택, 장기임대주택의 건에 대해서만 지정 답변하였으므로 모든 특례주택을 일반화하여 일반주택 취득일로 판단할 수는 없는 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점주택의 보유기간 기산일을 당초 취득일로 보아야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 소득세법(2020.8.18. 법률 제17477호로 일부 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조(양도소득금액) ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. (2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 법률 제29523호로 일부 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다. ⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다. 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득{조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수 되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다. 부 칙 ＜대통령령 제29523호, 2019.2.12.＞ 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정 규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다. 3. 제154조 제5항의 개정규정: 2021년 1월 1일 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구인이 제출한 주택보유현황 자료 등에 따르면, 청구인의 주택 취득.양도 현황은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구인의 주택 취득ㆍ양도 현황

					「소득세법 시행령」 제155조 시행일
	쟁점주택 취득			신규주택 취득						신규주택 양도			쟁점주택 양도
	2014.8.8.			2020.6.17.			2021.1.1.			2021.4.29.			2021.12.2.

(2) 청구인은 2021.12.2. 쟁점주택을 OOO원에 양도하고 비과세주택으로 보아 양도소득세를 신고하지 않았으나, 처분청은 쟁점주택이 비과세주택(보유기간) 요건을 충족하지 못한 것으로 판단하여 이 건 양도소득세를 결정ㆍ고지하였다. ＜쟁점주택의 양도소득세 결정내역＞ (단위 : 천원)

양 도 가 액	OOO	과세표준	OOO
취 득 가 액	OOO	세 율	40%
필 요 경 비	-	산출세액	OOO
양 도 차 익	OOO	가 산 세 액	OOO
장기보유특별공제	OOO	총 결 정 세 액	OOO
양도소득금액	OOO

(3) 2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 「소득세법 시행령」 제154조 제5항은 다주택을 보유한 기간은 1세대 1주택 보유기간에서 제외하여 비과세주택 보유기간의 요건을 강화하였고, 다만, 기존 다주택자에서 1주택자로 된 세대의 신뢰이익을 보호하고, 매물 잠김 현상을 최소화하기 위하여 2년간 적용을 유예하여 2021.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용(부칙 제29523호, 2019.2.12. 제1조 제3호)하도록 하였으며, 개정내용은 다음과 같다.

가) 개정취지 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 합리화 나) 개정내용 종 전 개 정 ⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다. ⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다. □ 1세대 1주택 양도소득세 비과세 (보유기간 계산) 해당주택의 취득일부터 기산 ＜추가＞ □ 보유기간 요건 강화 - 1세대가 1주택 이상을 보유*한 경우 다른 주택들을 모두 양도하고 최종적으로 1주택만 보유하게 된 날로부터 기산 * 일시적 2주택자나 상속 동거봉양 등 부득이한 사유로 인해 1주택 비과세를 받는 주택은 제외 다) 적용시기 및 적용례 2021.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용

(4) 보유기간 재산정 규정과 관련하여 당초 국세청의 유권해석과 달리 해석하여 보도자료 배포 후 변경된 기획재정부의 유권해석(재산세제과-953, 2021.11.2.)의 주요내용은 다음과 같다.

2010.4. 2015.4. 2020.10. 2021.3. 2021.11.2. A주택 취득 B주택 취득 C주택 취득 A주택 양도(과세) B주택 양도 [질의1] 3주택(AㆍBㆍC) 보유 중인 1세대가 1채(A)를 양도(과세) 후 남은 2채(BㆍC) 중 먼저 취득한 주택(B)을 양도하는 경우로서 「소득세법 시행령」제155조 제1항에 따른 일시적 2주택에 해당하는 경우 양도하는 B주택의 「소득세법 시행령」 제154 제1항에 따른 보유기간 기산일 ＜사례2＞ 「C주택 취득일」은 ’20.12.31. 이전, 「A주택 양도일」은 ’21.1.1. 이후인 경우 B주택의 보유기간 기산일? (제1안) B주택 취득일(’15.4.1.) (제2안) A주택 양도일(’21.3.1.) [회신1] 사례2는 제2안이 타당합니다. 다만, 사례2에 대한 해당 회신 내용은 먼저 취득한 주택(3주택을 보유 중인 1세대가 1채를 양도 후 남은 2채 중 먼저 취득한 주택을 말함)을 해당 회신일 이후로 양도하는 분부터 적용됩니다.

(5) 처분청은 기획재정부의 질의회신(재산세제과-895, 2022.8.5.)은 감면주택, 상속주택, 장기임대주택의 건에 대해서만 지정 답변한 것이기 때문에 이 건에서의 일시적 2주택인 쟁점주택은 해당사항이 없다고 답변하였다.

[제목] : 특례주택과 일반주택(거주주택)을 보유하다 특례주택을 먼저 양도 시 일반주택의 비과세 보유기간 기산일은 아래 사례별 해석례에 따르며, 「조세특례제한법」에 따라 비과세 판정시 거주자의 소유주택으로 보지 않는 주택은 보유기간 재기산 규정에서 다주택 판정 시에도 거주자의 소유주택으로 보지 않음 (사실관계) [사례1] ‘감면주택’ 보유 사례 o ’12.6월 김포시 소재 A주택 취득 o ’12.10월 김포시 소재 B주택 취득 * A주택과 B주택은 모두 「조세특례제한법」 제98조의3 특례 적용 대상을 전제 o ’16.1월 하남시 소재 C주택 취득하여 거주 중 o ’21.7월 A, B주택 양도 예정 o ’21.8월 C주택 양도 예정 [사례2] ‘상속주택’ 보유 사례 o ’10.1월 A주택 취득 o ’20.7월 별도세대인 父로부터 B주택 상속 * 「소득세법 시행령」 제155조 제2항에 따른 선순위 상속주택 o ’21.2월 B주택 양도(과세) o ’21.12월 A주택 양도 예정 [사례3] ‘임대주택 1채’ 보유 사례 o ’13.2월 고양시 일산서구 소재 A오피스텔 취득 * ’13.3월 구청 및 세무서 임대사업자 등록 o ’19.11월 서울 노원구 B아파트 취득 후 거주 o ’20.8월 A오피스텔 구청 임대등록 자동말소 o ’22.1월 A오피스텔을 먼저 양도하고, 이후 B아파트 양도예정 (질의요지) o 1세대가 특례주택과 일반주택(거주주택)을 보유한 경우로서 특례주택을 먼저 양도(과세)한 후 남은 일반주택(거주주택)의 「소득세법 시행령」제154조 제1항에 따른 비과세 보유기간 기산일 【회신】 사례1, 2, 3, 모두 각각 일반주택(거주주택) 취득일이 타당함.

(6) 청구인은 일시적 2주택인 쟁점주택은 아래의 사례(기획재정부 재산세제과-678, 2023.5.10.)와 같이 일시적 2주택인 상태에서 신규주택이 먼저 양도된 경우로, 쟁점(종전)주택의 비과세 보유기간 기산일은 쟁점(종전)주택의 취득일로 본다고 주장한다.

[제목] : 거주(종전)주택, 장기임대주택, 신규주택(거주주택 취득한 날로부터 1년 이상 지난 후 취득)을 순차적으로 취득하고 2021년 1월 이후 신규주택을 과세로 양도한 경우 거주(종전)주택의 「소득세법 시행령」(2022.5.31. 대통령 제32654호로 개정되기 전의 것) 제154조 제5항에 따른 보유기간 기산일은 거주ㆍ종전주택 취득일임 (사실관계) o ´13.9월 A주택 취득하여 거주 o ´15.11월 B주택 취득, ´17.3월 C주택 취득 * 18.6월 임대등록 o ´18.10월 D주택 취득 * ´18.9.13. 이전 계약 o ´21.5월 D주택 양도(과세) o ´21.12월 A주택 양도 * A,D 주택 모두 취득 시 조정대상지역 위치 【회신】 귀 질의의 경우 거주ㆍ종전주택의 「소득세법 시행령」(´22.5.31. 대통령 제32654호로 개정되기 전의 것) 제154조 제5항에 따른 보유기간 기산일은 거주ㆍ종전주택 취득일임.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 기획재정부의 유권해석 등에 따르면 취득당시 일시적 2주택자에 해당할 경우, 종전주택의 보유기간 기산일은 당초 취득일에 해당한다고 주장하나, 2019.2.12. 개정된 「소득세법 시행령」 제154조 제5항에 따르면, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 이외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하도록 하였고, 부칙(제29523호, 2019.2.12.)에서 그 시행일을 2021.1.1.이후 양도하는 분부터 적용하도록 규정하였으며, 같은 법 시행령 제155조 제1항은 2주택에 해당함에도 대체 주택의 구입 등과 같은 사유로 일시적 2주택이 된 경우 이를 1주택으로 보는 특례규정으로, 대체 주택의 취득을 위하여 일시적으로 1세대 2주택이 된 경우 유예기간 내에 종전 주택을 양도할 경우 「소득세법」 제95조 제4항에 따른 보유기간 계산을 적용하도록 규정하고 있는바, 청구인은 종전주택(쟁점주택)과 나중에 취득한 신규주택을 소유하던 중 2021.4.29. 신규주택을 종전주택인 쟁점주택보다 먼저 양도하여 쟁점주택은 「소득세법 시행령」 제155조 제1항의 일시적 2주택자의 요건을 충족하지 못하였으므로, 쟁점주택의 보유기간은 신규주택을 양도한 2021.4.29. 이후로 기산하여야 할 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택의 양도일 현재 1세대 1주택 비과세 요건 중 보유기간 요건(2년)을 충족하지 못한 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.